genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  94  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28463653--28463790	37	3.7	37	96	0	249	23	18	32	26	1.97
28464776--28464951	50	3.7	47	79	13	168	23	29	19	26	1.99
28468263--28468411	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
28468304--28468411	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
28476375--28476523	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
28476416--28476523	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
28479616--28479781	40	4.2	40	79	4	167	26	22	27	23	2.00
28487624--28487765	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
28487663--28487791	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
28490069--28490127	29	2.0	29	93	0	100	37	8	23	30	1.85
28496239--28496331	44	2.1	44	95	0	168	25	23	21	29	1.99
28497127--28497191	16	4.0	16	73	13	53	60	3	0	36	1.13
28497286--28497322	18	2.1	17	90	5	56	51	5	0	43	1.24
28499982--28500293	168	1.8	169	83	4	414	33	14	14	37	1.87
28505059--28505197	69	2.0	69	98	0	269	28	32	12	26	1.93
28514673--28514704	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
28514486--28514862	206	1.8	203	93	2	648	34	8	11	44	1.72
28516619--28516687	33	2.1	34	86	2	95	55	1	0	43	1.08
28516668--28516723	22	2.5	22	85	5	67	51	0	1	46	1.11
28516685--28516726	22	1.9	22	95	0	75	52	0	2	45	1.13
28539854--28539991	24	5.8	25	74	17	80	23	19	19	37	1.94
28539889--28540016	24	5.4	24	79	9	120	24	20	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28539972--28540023	26	2.0	25	85	3	68	28	25	19	26	1.98
28540116--28540168	18	2.8	19	74	8	63	35	3	13	47	1.61
28547604--28547706	29	3.6	28	88	5	136	28	27	16	28	1.97
28554348--28554374	12	2.2	12	100	0	54	14	0	0	85	0.61
28555763--28555865	29	3.6	28	88	5	136	28	27	16	28	1.97
28558409--28558576	55	3.1	53	77	10	151	34	18	26	20	1.96
28558841--28558871	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
28562343--28562651	38	8.1	38	93	0	474	31	24	22	21	1.98
28562929--28563014	43	2.0	44	93	2	147	23	31	20	24	1.98
28566843--28566927	23	3.7	23	70	14	68	36	18	23	21	1.95
28569556--28569627	22	3.2	22	77	11	74	25	20	15	38	1.92
28569520--28569647	24	5.4	25	75	11	74	24	21	18	35	1.95
28569603--28569654	26	2.0	25	85	3	68	28	25	19	26	1.98
28570085--28570114	15	2.0	15	93	0	51	83	0	13	3	0.77
28571255--28571415	29	5.6	29	79	2	155	25	16	32	25	1.96
28571251--28571383	58	2.3	58	84	3	171	25	15	32	26	1.96
28579901--28580029	40	3.2	40	83	6	154	24	22	27	25	2.00
28587100--28587228	40	3.2	40	83	6	154	24	22	27	25	2.00
28589580--28589674	27	3.5	27	77	5	111	43	20	20	16	1.88
28589530--28589880	181	1.9	181	83	3	447	39	17	21	21	1.92
28593804--28593905	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
28613846--28614002	43	3.7	43	83	2	181	31	25	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28621546--28621590	23	1.9	24	86	4	65	77	4	13	4	1.07
28621879--28621930	17	3.0	17	80	8	61	13	0	26	59	1.34
28622307--28622564	79	3.3	78	83	2	318	20	23	24	31	1.98
28622498--28623298	143	5.6	143	85	0	1021	27	22	19	30	1.98
28622793--28623009	44	4.7	45	70	13	145	27	25	19	27	1.99
28622498--28623298	429	1.9	428	85	2	1131	27	22	19	30	1.98
28625232--28625365	40	3.3	40	83	2	144	28	20	25	25	1.99
28627804--28627873	5	13.8	5	80	15	65	1	14	0	84	0.70
28627804--28627875	17	4.2	17	92	5	119	1	13	0	84	0.68
28627803--28627864	12	5.2	12	88	11	101	0	16	0	83	0.64
28632779--28632808	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
28633152--28633323	43	4.0	42	75	10	152	29	26	18	25	1.98
28633189--28633304	42	2.7	44	76	6	121	29	25	18	26	1.98
28633243--28633334	43	2.1	42	84	7	105	31	26	16	26	1.96
28634563--28634601	14	2.9	14	88	3	62	0	10	5	84	0.76
28634565--28634614	19	2.6	19	90	0	73	2	12	2	84	0.80
28637597--28637697	28	3.6	28	88	4	114	28	31	12	26	1.93
28637915--28637945	16	1.9	16	100	0	62	9	19	19	51	1.74
28652327--28652403	3	25.7	3	100	0	154	66	0	0	33	0.92
28654738--28654867	29	4.5	29	77	7	113	24	17	32	25	1.97
28662765--28662923	29	5.5	29	82	5	171	25	16	31	25	1.97
28662761--28662925	57	2.9	58	79	6	176	26	16	31	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28666687--28666740	20	2.7	20	88	0	72	42	20	9	27	1.82
28669857--28670091	103	2.3	101	80	11	250	50	4	3	42	1.38
28670128--28670152	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
28672836--28672870	18	1.9	18	94	0	61	25	17	20	37	1.94
28678208--28678235	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
28680831--28681000	47	3.6	47	97	0	313	31	8	30	29	1.87
28680831--28681250	48	8.8	48	90	2	317	33	8	28	29	1.86
28680978--28681245	48	5.6	48	93	0	428	34	8	27	29	1.86
28681294--28681379	37	2.3	37	97	0	163	23	19	33	23	1.97
28683275--28683666	40	9.8	40	92	1	617	26	20	27	25	1.99
28687132--28687301	47	3.6	47	97	0	313	31	8	30	29	1.87
28687132--28687551	48	8.8	48	90	2	317	33	8	28	29	1.86
28687279--28687546	48	5.6	48	93	0	428	34	8	27	29	1.86
28687595--28687680	37	2.3	37	97	0	163	23	19	33	23	1.97
28691869--28691895	12	2.2	12	100	0	54	44	7	25	22	1.79
28702221--28702295	27	2.7	28	87	2	107	28	14	28	29	1.95
28703849--28703904	23	2.5	23	80	5	62	51	0	12	35	1.40
28709085--28709235	62	2.4	62	83	4	171	25	26	23	24	2.00
28709345--28709392	24	2.0	24	95	0	87	27	43	16	12	1.84
28711891--28712027	33	4.2	32	77	9	100	36	11	20	31	1.89
28716407--28716598	70	2.8	69	79	7	203	27	11	17	44	1.83
28718050--28718248	41	4.9	40	77	7	107	37	22	20	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28718121--28718338	41	5.4	41	87	3	307	35	22	22	20	1.96
28718494--28718547	7	7.7	7	78	0	54	24	0	25	50	1.50
28718502--28718586	21	3.9	21	75	11	89	28	1	25	44	1.61
28718513--28718602	46	2.0	46	97	0	171	30	2	25	42	1.67
28718629--28718757	7	18.1	7	70	12	59	20	0	39	38	1.59
28719556--28719590	16	2.1	18	89	10	56	28	14	0	57	1.38
28720385--28720544	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
28720385--28720544	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
28728300--28728459	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
28728300--28728459	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
28731065--28731095	15	2.1	15	100	0	62	6	29	12	51	1.65
28732310--28732355	23	2.0	23	83	8	58	32	0	21	45	1.52
28732734--28733111	23	16.4	23	76	9	317	34	5	23	36	1.79
28732750--28733111	92	3.9	91	81	6	363	33	6	23	36	1.80
28735005--28735051	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
28735187--28735292	43	2.5	43	95	0	185	22	22	29	25	1.99
28739044--28739148	51	2.1	51	98	0	201	46	18	1	33	1.60
28745618--28745661	23	1.9	23	86	9	63	40	15	6	36	1.74
28751094--28751176	33	2.5	32	78	5	85	32	12	21	33	1.90
28756974--28757136	62	2.6	61	82	11	197	24	30	22	22	1.99
28762471--28762536	31	2.1	31	82	0	78	19	13	15	51	1.76
28769937--28770008	35	2.1	35	94	0	126	48	9	4	37	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28771295--28771412	59	2.0	59	93	0	200	29	22	20	27	1.98
28771351--28771481	43	3.0	43	90	0	190	30	21	19	28	1.98
28771263--28771455	102	1.9	103	85	1	271	31	19	20	28	1.97
28771365--28771482	43	2.7	43	93	0	191	30	20	18	30	1.96
28771776--28771823	21	2.3	21	92	0	78	2	56	16	25	1.51
28772378--28772415	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
28778945--28779026	28	2.9	28	90	0	128	29	28	14	28	1.95
28779013--28779149	40	3.4	40	88	0	166	35	24	17	22	1.95
28796783--28796812	13	2.3	13	100	0	60	50	0	26	23	1.50
28805310--28805528	40	5.4	40	87	2	278	26	23	26	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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