genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  269  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83754512--83754581	25	2.8	25	85	10	90	48	15	18	17	1.81
83754512--83754584	31	2.4	31	95	0	128	49	15	17	17	1.80
83754721--83754795	27	2.8	26	89	4	105	33	21	24	21	1.97
83754954--83755018	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
83755472--83755720	27	9.2	27	88	1	338	24	18	20	35	1.95
83755444--83755720	81	3.4	82	86	4	375	24	19	20	35	1.95
83755771--83755928	27	5.9	28	83	4	114	31	10	19	38	1.85
83755824--83756179	27	13.2	27	85	1	473	32	9	19	38	1.84
83760289--83760513	47	4.8	48	79	7	212	28	19	30	21	1.97
83760253--83760514	140	1.9	141	83	4	350	29	19	29	22	1.98
83761482--83761568	40	2.2	40	95	0	156	16	21	48	13	1.80
83775326--83775453	39	3.3	39	93	0	220	38	20	25	16	1.93
83775444--83775509	21	3.2	19	70	16	51	39	19	18	22	1.92
83782078--83782112	7	5.0	7	89	0	52	57	0	11	31	1.34
83788162--83788332	93	1.8	93	92	0	288	22	22	28	26	1.99
83788166--83788337	46	3.7	46	79	10	197	22	22	27	27	1.99
83792833--83792985	81	1.9	81	83	0	198	21	26	16	35	1.94
83792814--83793022	41	5.1	41	77	3	215	22	27	16	34	1.95
83792994--83793052	20	3.0	20	75	7	59	13	23	25	37	1.92
83794894--83795060	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
83794894--83795060	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
83795886--83795931	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83800080--83800427	27	12.8	27	88	2	464	30	23	6	39	1.80
83800419--83800584	27	6.1	27	87	2	226	39	22	9	29	1.85
83800431--83800610	54	3.3	53	82	7	179	40	21	8	29	1.82
83804140--83804250	23	4.9	23	96	1	206	30	22	20	26	1.98
83804301--83804367	20	3.3	20	87	0	98	29	20	13	35	1.91
83808409--83808506	27	3.6	27	73	13	74	34	10	17	37	1.83
83808496--83808627	54	2.5	54	83	3	160	31	10	20	37	1.87
83808497--83808634	27	5.1	27	82	4	145	30	10	22	36	1.87
83808487--83808661	80	2.2	81	80	7	205	31	9	22	37	1.85
83808626--83808973	27	12.8	27	87	3	475	40	7	24	28	1.81
83815301--83815471	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	28	1.98
83815307--83815476	46	3.7	46	77	13	195	21	20	28	29	1.98
83820281--83820317	16	2.3	16	100	0	74	16	13	32	37	1.87
83826249--83826421	46	3.7	46	77	13	201	21	20	28	30	1.98
83826246--83826416	93	1.8	93	93	0	297	21	20	29	29	1.98
83832236--83832363	40	3.2	40	78	4	116	25	23	27	23	2.00
83840186--83840297	41	2.8	40	87	6	147	24	26	29	19	1.98
83841979--83842151	46	3.8	45	79	13	201	21	20	29	28	1.98
83841975--83842143	92	1.8	92	93	2	295	21	20	29	28	1.98
83845052--83845120	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
83845043--83845130	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
83847510--83847685	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83847507--83847678	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
83850769--83850961	47	4.1	47	91	1	289	33	10	29	26	1.90
83850769--83850961	93	2.1	94	89	1	289	33	10	29	26	1.90
83851168--83851239	37	1.9	37	91	0	117	23	19	29	27	1.98
83884209--83884397	55	3.5	54	82	6	222	35	17	24	21	1.95
83884209--83884408	53	3.7	54	82	4	224	35	17	25	22	1.95
83884209--83884419	108	2.0	109	82	1	264	36	16	25	21	1.94
83889403--83889593	96	2.0	95	96	1	355	19	15	26	38	1.91
83892336--83892459	38	3.2	38	85	6	151	27	27	23	21	1.99
83912462--83912631	49	3.5	49	99	0	331	27	7	34	31	1.85
83912462--83912653	98	2.0	98	91	0	312	27	8	33	29	1.87
83912700--83912821	37	3.3	37	98	0	235	26	19	32	21	1.97
83914589--83914673	40	2.1	40	84	0	107	27	21	28	23	1.99
83914902--83915004	29	3.6	29	97	0	188	25	16	33	25	1.96
83914870--83915003	58	2.3	58	86	7	184	25	17	31	26	1.97
83918449--83918569	49	2.5	49	97	0	224	27	6	33	32	1.83
83918638--83918759	37	3.3	37	98	0	235	26	19	32	21	1.97
83920101--83920172	37	1.9	37	100	0	144	44	9	23	22	1.82
83921463--83921575	40	2.8	40	85	5	140	27	19	23	29	1.98
83922106--83922133	13	2.2	13	100	0	56	35	7	17	39	1.78
83926063--83926158	38	2.5	38	93	0	156	37	26	17	18	1.93
83935388--83935470	41	2.0	41	97	0	157	28	6	27	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83937557--83937668	43	2.6	42	80	5	145	29	17	25	27	1.98
83937755--83937793	20	2.0	20	89	0	60	33	2	23	41	1.68
83943405--83943555	43	3.5	43	74	15	143	31	24	18	25	1.97
83946952--83947026	31	2.4	31	90	0	123	26	25	17	30	1.97
83947050--83947141	42	2.2	42	90	0	139	35	21	14	28	1.92
83947286--83947461	26	6.8	26	90	0	273	27	22	23	27	1.99
83948269--83948341	27	2.7	27	81	8	85	21	19	21	36	1.95
83948382--83948584	27	7.4	27	75	8	115	34	9	19	36	1.84
83948534--83948746	27	7.9	27	85	2	230	38	7	24	29	1.83
83948752--83948841	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
83948735--83948841	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
83948752--83948856	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
83950105--83950216	46	2.4	46	82	7	129	23	29	19	27	1.98
83950877--83951026	41	3.7	41	85	1	221	20	23	28	28	1.99
83959710--83959779	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
83959710--83959791	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
83961201--83961350	41	3.7	41	84	1	212	20	22	28	28	1.99
83968400--83968549	41	3.7	41	84	1	221	21	22	28	28	1.99
83975293--83975640	70	5.0	70	90	1	547	40	18	10	31	1.83
83987673--83987770	39	2.5	39	94	0	169	23	28	23	24	2.00
83994275--83994445	93	1.8	92	93	1	297	28	29	21	20	1.98
83994268--83994442	46	3.8	46	79	13	198	29	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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84061475--84061597	45	2.7	44	75	14	124	32	21	22	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84061475--84061607	23	5.9	23	72	18	75	31	21	24	22	1.98
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84089518--84089602	45	1.9	44	85	2	116	10	15	15	58	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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