genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  239  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74509459--74509646	40	4.7	39	88	3	182	25	27	21	25	2.00
74509446--74509646	80	2.5	80	82	3	242	27	26	20	24	1.99
74515941--74516447	250	2.0	250	98	0	978	34	14	23	28	1.93
74518998--74519087	47	1.9	47	95	0	162	26	20	22	31	1.98
74520799--74520858	28	2.1	28	100	0	120	56	15	10	18	1.66
74526612--74526833	46	4.8	46	82	8	263	21	19	28	29	1.98
74529773--74529849	14	5.4	15	80	7	81	10	18	14	57	1.65
74532219--74532394	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
74532215--74532386	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
74535021--74535132	43	2.6	42	72	15	113	30	14	25	30	1.95
74535215--74535261	20	2.3	20	85	0	67	29	2	31	36	1.70
74537488--74537660	46	3.7	46	79	10	217	23	21	26	28	1.99
74537485--74537655	93	1.8	93	96	0	315	22	21	27	28	1.99
74537880--74537917	19	2.0	20	85	15	53	39	0	21	39	1.53
74544663--74544908	49	4.9	50	83	2	307	26	18	26	28	1.98
74544768--74544851	28	3.2	28	65	25	83	23	15	29	30	1.95
74555896--74556012	40	2.9	38	76	9	110	28	22	23	25	1.99
74563262--74563452	40	4.8	39	83	6	199	24	23	28	24	2.00
74563262--74563427	78	2.1	80	83	8	207	25	22	27	24	2.00
74568234--74568424	40	4.8	40	86	0	229	26	22	26	24	2.00
74568234--74568466	80	2.9	81	82	3	247	27	23	26	23	2.00
74568282--74568466	40	4.6	40	85	4	194	28	23	25	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74568234--74568452	120	1.8	121	83	4	291	26	23	26	23	2.00
74570463--74570497	17	2.1	17	100	0	70	37	40	0	22	1.55
74575789--74575873	38	2.2	38	85	0	107	21	21	24	32	1.97
74575809--74575913	38	2.7	38	86	2	129	21	19	24	34	1.96
74579663--74579837	46	3.8	45	77	7	181	30	28	18	22	1.97
74579671--74579842	93	1.8	93	89	0	272	29	29	19	22	1.98
74582546--74582659	43	2.7	43	84	2	140	33	27	14	24	1.95
74594988--74595056	28	2.5	28	86	9	88	28	14	24	31	1.95
74598596--74598633	18	2.1	18	90	0	58	81	5	13	0	0.85
74599871--74599977	40	2.7	40	82	0	124	28	22	25	23	1.99
74599912--74600038	40	3.2	39	83	8	141	22	24	29	23	1.99
74606992--74607178	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
74607015--74607178	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
74607015--74607212	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
74610452--74610565	31	3.5	31	89	8	147	23	21	14	40	1.90
74610429--74610591	38	4.4	38	84	11	232	22	22	17	38	1.93
74610452--74610591	69	2.0	69	98	0	271	23	21	15	39	1.92
74610783--74610854	24	3.0	24	84	10	85	26	25	20	27	1.99
74610905--74610964	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
74611007--74611054	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
74614065--74614215	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
74614102--74614231	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74622574--74622789	43	5.1	43	82	9	246	27	26	18	26	1.98
74634574--74634627	28	1.9	28	96	0	99	46	7	9	37	1.64
74637698--74637747	25	2.0	25	92	0	82	44	26	10	20	1.82
74643456--74643664	49	4.3	49	95	1	350	30	30	8	31	1.86
74646391--74646535	40	3.6	39	80	9	141	24	24	24	26	2.00
74647266--74647909	40	16.1	40	96	0	1137	27	27	20	25	1.99
74649994--74650202	49	4.3	49	95	1	350	30	30	8	31	1.86
74652905--74653045	40	3.5	39	80	8	140	25	25	23	25	2.00
74652943--74653045	41	2.5	40	84	7	136	26	26	23	24	2.00
74653789--74654339	40	13.8	40	96	1	971	27	27	20	25	1.99
74656427--74656586	49	3.3	49	92	1	252	30	30	8	31	1.86
74659910--74660403	49	10.1	49	96	0	884	33	8	28	29	1.87
74660472--74660558	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
74662431--74662820	40	9.8	39	91	3	523	28	20	24	26	1.99
74662431--74662820	80	4.9	80	89	1	595	28	20	24	26	1.99
74662431--74662820	198	2.0	200	92	1	658	28	20	24	26	1.99
74666319--74666714	49	8.1	49	96	1	697	33	8	28	29	1.87
74666783--74666869	37	2.3	36	92	5	138	20	18	33	27	1.96
74671937--74671969	17	1.9	17	93	0	57	21	12	9	57	1.62
74675165--74675396	40	5.8	40	82	9	174	23	26	23	27	2.00
74675206--74675398	80	2.4	81	84	1	253	24	26	23	25	2.00
74688468--74688492	11	2.3	11	100	0	50	68	0	8	24	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74715784--74715918	40	3.4	40	92	0	225	20	18	30	30	1.97
74718409--74718490	27	3.0	27	80	0	83	26	15	18	39	1.91
74721857--74722032	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
74721853--74722024	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
74724977--74725055	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
74724968--74725054	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
74727432--74727607	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
74727428--74727599	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
74729514--74729574	29	2.1	28	84	3	77	34	13	24	27	1.93
74736838--74736962	29	4.3	29	81	1	153	27	14	28	30	1.95
74741191--74741233	16	2.7	16	82	7	52	53	20	16	9	1.70
74741443--74741538	29	3.3	29	86	1	131	27	11	29	32	1.91
74744080--74744204	46	2.7	45	88	2	178	21	20	27	31	1.98
74759335--74759708	39	9.5	39	88	3	475	20	21	27	30	1.98
74765071--74765402	39	8.5	39	89	2	472	18	21	28	30	1.97
74765071--74765402	77	4.3	78	87	2	472	18	21	28	30	1.97
74765071--74765362	116	2.5	116	90	1	458	19	22	28	29	1.98
74771936--74772018	29	2.9	29	94	0	139	27	14	31	26	1.95
74778509--74778591	29	2.9	29	94	0	139	27	14	31	26	1.95
74786579--74786661	29	2.9	29	94	0	139	27	14	31	26	1.95
74789876--74790014	42	3.3	42	90	0	224	29	18	24	27	1.98
74790946--74791010	33	2.0	33	100	0	130	23	0	36	40	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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74812748--74812885	54	2.5	54	84	3	152	41	21	6	30	1.78
74812868--74812929	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
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74832699--74832771	29	2.5	29	88	0	83	23	32	16	27	1.96
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74837506--74837694	43	4.4	43	90	1	283	13	22	33	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74839358--74839530	93	1.9	93	96	0	319	27	28	21	21	1.99
74839351--74839526	46	3.8	46	79	12	216	28	28	21	21	1.98
74844310--74844559	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
74852410--74852659	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
74854393--74854440	6	8.0	6	95	0	87	35	0	16	47	1.47
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74858301--74858357	15	3.8	15	85	0	69	1	26	35	36	1.67
74858994--74859041	19	2.6	19	83	3	62	35	4	12	47	1.60
74860151--74860196	22	2.1	22	100	0	92	19	17	4	58	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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