genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  230  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71753902--71753958	25	2.3	25	81	0	69	42	10	15	31	1.81
71766790--71766828	20	2.1	19	85	9	53	51	12	28	7	1.67
71774593--71774702	31	3.5	31	91	0	166	29	22	17	30	1.97
71774724--71774817	42	2.2	42	90	0	143	36	20	13	29	1.91
71774963--71775111	26	5.8	26	90	0	230	26	21	24	27	1.99
71775161--71775247	20	4.3	20	89	2	131	32	18	9	40	1.82
71775955--71776019	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
71776063--71776115	27	2.0	27	84	0	70	39	15	13	32	1.85
71776073--71776158	27	3.1	27	80	14	95	37	9	15	38	1.79
71776136--71776259	27	4.6	27	83	4	144	29	7	20	42	1.79
71776070--71776239	54	3.1	54	80	5	157	34	9	16	39	1.81
71776160--71776287	54	2.4	53	80	3	139	28	10	20	40	1.85
71776290--71776409	27	4.4	27	90	0	186	40	9	22	27	1.84
71780733--71780796	27	2.4	26	92	2	101	39	3	6	51	1.43
71781353--71781390	20	1.9	20	89	10	60	42	0	2	55	1.14
71781401--71781437	18	1.9	18	89	10	56	54	0	5	40	1.24
71785534--71785617	38	2.2	38	89	4	125	22	25	25	27	2.00
71785553--71785636	38	2.2	38	95	0	150	21	22	23	32	1.98
71787217--71787395	43	4.2	43	88	0	259	12	23	32	31	1.91
71787552--71787708	29	5.4	29	67	13	92	24	20	26	28	1.99
71787550--71787717	58	2.9	58	91	2	259	24	19	27	27	1.99
71787616--71787711	29	3.4	27	78	7	102	21	19	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71787639--71787735	28	3.4	28	76	7	97	21	18	32	26	1.97
71787985--71788031	21	2.2	21	96	0	85	42	2	21	34	1.65
71787992--71788037	21	2.2	21	88	0	65	43	4	17	34	1.69
71791278--71791379	39	2.6	38	83	9	116	22	24	25	27	2.00
71791314--71791398	38	2.2	39	91	2	136	20	22	24	32	1.97
71792804--71792923	38	3.1	38	84	4	143	22	23	24	30	1.99
71792840--71792960	38	3.1	38	83	2	125	20	21	24	33	1.97
71794357--71794460	38	2.7	38	88	5	149	23	23	24	29	1.99
71796041--71796176	43	3.2	43	94	0	227	11	22	33	32	1.89
71796333--71796491	29	5.5	29	71	10	112	23	18	27	30	1.98
71796333--71796498	58	2.9	58	88	0	253	23	18	27	30	1.98
71796420--71796516	28	3.4	28	77	9	90	23	17	30	27	1.97
71796765--71796811	21	2.2	21	100	0	94	42	0	23	34	1.54
71796772--71796817	21	2.2	21	92	0	74	43	2	19	34	1.63
71800027--71800146	38	3.1	38	80	4	125	25	20	23	30	1.98
71805778--71806210	47	9.1	47	81	6	335	34	9	27	27	1.88
71805807--71805878	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
71805942--71806268	48	6.8	48	79	10	335	36	7	26	29	1.84
71805801--71806260	143	3.2	143	78	8	488	35	9	27	28	1.87
71805889--71806244	193	1.8	193	84	4	493	35	8	26	29	1.85
71806415--71806559	37	3.9	37	94	0	245	22	19	32	25	1.97
71813009--71813069	25	2.4	25	94	0	104	19	21	18	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71813018--71813110	22	4.0	23	79	6	82	17	21	19	41	1.90
71818220--71818256	19	1.9	19	88	0	56	35	16	13	35	1.88
71819313--71819389	31	2.5	31	100	0	154	23	32	28	15	1.95
71821926--71821956	8	3.9	8	100	0	62	12	0	0	87	0.55
71822688--71822722	18	1.9	18	88	0	52	40	17	25	17	1.90
71822708--71822818	45	2.5	45	85	2	152	43	18	17	21	1.88
71822928--71822996	29	2.4	29	76	7	77	33	10	4	52	1.55
71823918--71823945	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
71824143--71824199	20	2.8	20	82	15	71	54	1	1	42	1.21
71824166--71824265	37	2.8	37	76	14	93	58	3	1	38	1.20
71827321--71827392	26	2.7	27	78	10	85	48	2	18	30	1.62
71827321--71827378	13	4.5	13	78	6	55	46	1	18	32	1.60
71827359--71827444	40	2.2	40	85	4	111	39	3	18	38	1.68
71827479--71827514	13	2.8	13	91	0	54	44	0	22	33	1.53
71831630--71831660	2	16.0	2	93	6	55	0	48	0	51	1.00
71835569--71835602	15	2.3	15	90	5	52	85	0	0	14	0.60
71835570--71835611	21	2.0	22	90	4	68	83	0	2	14	0.75
71835562--71835613	24	2.1	24	82	10	61	82	0	3	13	0.80
71836072--71836105	16	2.0	18	88	11	54	44	0	17	38	1.49
71836043--71836123	24	3.5	24	75	10	78	44	0	17	38	1.49
71836271--71836644	125	3.0	126	90	2	583	36	18	16	28	1.93
71837535--71837578	3	14.7	3	95	0	79	68	0	31	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71840274--71840339	30	2.2	30	86	5	89	15	15	36	33	1.88
71843188--71843369	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
71843188--71843369	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
71850658--71850839	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
71850658--71850839	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
71852441--71852486	20	2.2	20	84	3	56	54	0	2	43	1.12
71857133--71857173	20	2.0	20	100	0	82	46	9	19	24	1.80
71857436--71857474	15	2.4	17	87	12	55	28	7	0	64	1.21
71859496--71859745	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
71867600--71867849	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
71872441--71872501	28	2.3	26	82	5	68	50	4	4	39	1.45
71874505--71874586	40	2.0	40	85	0	110	23	15	31	29	1.95
71876910--71876987	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
71884756--71884833	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
71891014--71891091	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
71898863--71898940	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
71901019--71901076	30	1.9	30	85	0	80	37	8	24	29	1.85
71901541--71901691	68	2.3	64	81	10	162	29	15	28	26	1.96
71904399--71904468	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
71908372--71908465	27	3.5	26	81	8	100	31	27	14	25	1.95
71914433--71914582	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
71914457--71914640	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71915720--71915746	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
71916422--71916457	18	2.0	18	100	0	72	44	11	11	33	1.75
71919951--71919990	21	1.9	21	85	10	55	35	7	17	40	1.78
71920462--71920561	30	3.3	30	88	0	146	36	12	25	27	1.91
71920554--71920622	29	2.3	30	80	2	77	43	11	28	15	1.82
71920543--71920728	30	6.2	30	69	10	85	40	12	23	23	1.89
71920489--71920721	119	2.0	119	85	1	315	39	12	24	23	1.90
71924117--71924190	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
71924174--71924249	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
71924117--71924249	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
71931997--71932070	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
71932054--71932129	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
71931997--71932129	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
71941670--71941713	23	2.0	22	82	8	54	40	0	18	40	1.50
71942018--71942073	12	4.6	11	74	25	51	35	1	10	51	1.47
71942014--71942064	25	2.0	25	100	0	102	35	3	11	49	1.58
71942147--71942211	30	2.2	30	88	2	96	36	12	24	26	1.91
71942208--71942274	29	2.3	30	86	2	91	43	13	26	16	1.85
71944681--71944718	10	3.5	11	86	13	53	44	0	0	55	0.99
71944686--71944717	6	5.7	6	92	7	50	46	0	0	53	1.00
71944836--71944898	31	2.0	32	84	9	85	46	0	4	49	1.23
71946719--71946819	47	2.1	47	89	5	159	15	18	24	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71946964--71947032	18	3.8	18	82	0	93	36	10	14	39	1.80
71946952--71947032	36	2.2	37	84	2	110	37	9	13	39	1.78
71950003--71950227	40	5.7	40	85	3	251	28	27	21	23	1.99
71958368--71958592	40	5.7	40	87	1	267	26	27	22	24	2.00
71969411--71969519	40	2.7	40	84	5	123	30	26	15	27	1.96
71982963--71983021	10	5.9	10	87	0	91	20	10	0	69	1.17
71984217--71984249	15	2.1	17	88	11	52	42	6	21	30	1.77
71986642--71986694	16	2.9	18	81	10	56	64	0	0	35	0.94
71987672--71987706	18	1.9	18	88	0	52	14	11	2	71	1.25
71989065--71989112	24	2.0	24	100	0	96	33	20	8	37	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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