genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.340.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  340  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106490332--106490518	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
106490332--106490485	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
106490336--106490518	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
106490336--106490553	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
106505397--106505614	40	5.5	40	92	1	341	25	27	23	23	2.00
106510032--106510069	19	2.0	19	100	0	76	47	26	5	21	1.71
106513685--106513900	40	5.5	40	92	3	341	25	28	22	23	1.99
106513685--106513900	118	1.8	118	90	4	346	25	28	22	23	1.99
106515505--106515672	40	4.2	40	79	3	169	24	26	23	25	2.00
106515521--106515670	80	1.9	80	84	2	203	23	26	24	26	2.00
106517078--106517178	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
106525869--106526033	40	4.2	40	78	9	160	24	27	23	24	2.00
106525885--106525991	38	2.8	39	87	7	139	21	29	25	23	1.99
106535044--106535211	40	4.2	40	81	1	185	24	27	23	24	2.00
106541217--106541385	46	3.7	46	74	15	168	30	26	20	23	1.98
106541222--106541392	93	1.8	93	89	2	272	29	26	21	22	1.99
106541812--106541871	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
106546445--106546715	39	6.9	40	92	5	457	21	22	29	26	1.99
106546753--106546877	29	4.4	28	78	8	119	22	16	28	32	1.96
106546721--106546877	57	2.8	57	91	0	233	22	18	28	30	1.97
106546725--106546877	28	5.4	27	77	9	135	22	18	28	30	1.97
106576500--106576669	92	1.8	93	94	1	306	28	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106576495--106576666	46	3.7	46	78	14	210	29	27	21	21	1.99
106577084--106577143	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
106582930--106583059	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
106590989--106591118	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
106595912--106595971	30	2.0	30	86	0	84	28	25	8	38	1.84
106602858--106603026	93	1.8	91	94	2	302	28	28	21	21	1.98
106602853--106603034	44	4.0	44	76	14	190	29	28	20	21	1.98
106608688--106608799	57	2.0	56	96	1	206	32	17	8	41	1.81
106608689--106608778	28	3.2	28	61	14	67	32	20	8	38	1.83
106608702--106608790	28	3.1	28	63	13	65	33	17	8	39	1.82
106614709--106614761	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
106618741--106618900	45	3.6	45	81	5	182	26	28	22	21	1.99
106618893--106619090	38	5.2	38	86	1	236	31	24	21	21	1.98
106619360--106619488	43	2.9	44	83	5	163	27	29	17	24	1.98
106626724--106626776	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
106627152--106627190	14	2.7	14	96	4	69	15	25	35	23	1.94
106635718--106635902	40	4.7	40	80	7	200	24	22	27	25	2.00
106635771--106635935	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	26	1.99
106639279--106639374	27	3.6	27	78	1	77	19	25	21	33	1.97
106639327--106639381	26	2.1	26	89	0	83	21	23	23	30	1.99
106641426--106641683	40	6.5	40	89	1	367	26	26	22	24	2.00
106646817--106647061	29	8.4	29	73	9	124	22	26	11	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106646817--106647034	29	7.5	29	76	8	142	21	25	11	40	1.87
106646847--106647067	116	1.9	117	90	0	354	22	26	11	39	1.88
106647253--106647287	18	1.9	18	88	0	52	40	2	0	57	1.14
106659251--106659313	15	4.2	15	75	0	63	50	15	17	15	1.78
106664660--106664688	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
106665711--106665747	19	1.9	19	88	0	56	16	37	18	27	1.92
106665849--106665895	24	2.0	24	86	0	67	4	14	25	55	1.58
106668089--106668291	44	4.7	43	85	5	259	31	24	17	26	1.97
106669383--106669407	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
106685512--106685549	14	2.5	15	87	8	51	13	2	10	73	1.19
106689053--106689279	40	5.6	40	91	3	314	24	20	28	26	1.99
106697033--106697249	40	5.5	40	95	2	368	23	22	28	25	1.99
106702143--106702174	16	1.9	17	93	6	57	43	15	9	31	1.78
106702324--106702489	42	3.9	42	79	4	181	31	25	15	27	1.96
106702324--106702482	85	1.9	84	85	1	219	30	25	16	27	1.97
106713808--106713844	15	2.3	16	86	13	58	62	16	10	10	1.55
106713814--106713844	15	2.1	15	100	0	62	61	12	12	12	1.58
106719210--106719254	22	2.0	23	82	4	56	42	11	4	42	1.60
106724273--106724357	41	2.1	41	97	0	161	29	21	10	38	1.87
106729418--106729474	25	2.3	25	93	0	96	26	12	7	54	1.63
106736008--106736040	16	2.0	17	88	5	50	6	33	33	27	1.81
106738036--106738201	79	2.1	79	82	5	194	25	27	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106738036--106738201	40	4.2	40	80	3	178	25	27	21	25	2.00
106745997--106746110	56	2.0	56	100	0	228	28	14	17	39	1.89
106746154--106746321	40	4.2	39	79	3	158	25	26	22	26	2.00
106746154--106746321	80	2.1	80	83	3	205	25	26	22	26	2.00
106748002--106748165	71	2.3	71	96	0	301	34	17	28	19	1.95
106751552--106751678	29	4.5	30	87	7	151	31	14	25	28	1.95
106751552--106751678	57	2.2	57	84	4	159	31	14	25	28	1.95
106758455--106758482	14	2.0	14	100	0	56	21	21	21	35	1.96
106759486--106759614	30	4.5	30	83	6	151	31	13	26	28	1.94
106759486--106759614	58	2.2	57	86	4	170	31	13	26	28	1.94
106763904--106764055	71	2.1	71	97	0	286	33	17	29	19	1.95
106767421--106767551	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
106767421--106767551	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
106775355--106775485	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
106775355--106775485	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
106782486--106782648	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
106787929--106788039	29	3.8	29	89	0	168	22	22	14	40	1.90
106791420--106791505	43	2.0	43	95	0	154	25	30	18	25	1.98
106794104--106794307	107	1.9	107	82	4	259	27	16	16	39	1.90
106806252--106806302	25	2.0	25	100	0	102	31	0	7	60	1.25
106806877--106806905	4	7.2	4	100	0	58	51	24	0	24	1.48
106812257--106812295	15	2.6	14	84	11	51	15	5	0	79	0.90
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106815534--106815854	46	6.8	47	77	9	271	23	31	18	26	1.98
106819536--106819599	33	1.9	33	96	0	119	29	15	17	37	1.91
106820467--106820511	23	2.0	23	86	8	65	51	4	0	44	1.21
106823730--106823763	17	2.0	17	94	0	59	55	5	8	29	1.54
106824423--106824456	6	5.7	6	85	0	50	23	14	0	61	1.33
106824423--106824456	12	2.8	12	100	0	68	23	14	0	61	1.33
106825897--106826010	56	2.0	56	96	0	210	41	7	26	24	1.82
106831172--106831207	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
106836573--106836633	31	2.0	31	90	0	95	34	1	3	60	1.23
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106854335--106854517	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
106861843--106861965	6	20.3	6	77	1	111	74	4	4	16	1.14
106866672--106866778	28	3.8	28	84	0	124	29	25	12	32	1.92
106872975--106873124	43	3.5	44	76	5	128	28	16	23	32	1.95
106874564--106874643	42	1.9	42	82	5	99	20	26	32	21	1.97
106876584--106876767	50	3.7	49	81	4	226	25	15	26	32	1.96
106876580--106876767	100	1.9	100	92	1	315	25	16	26	31	1.96
106882737--106882876	72	1.9	72	95	0	253	25	15	26	32	1.95
106883958--106883992	18	2.0	18	88	5	54	17	11	8	62	1.52
106890949--106891118	93	1.8	93	94	0	304	27	30	21	21	1.98
106890939--106891114	46	3.8	46	79	10	214	27	28	21	21	1.99
106890990--106891133	46	3.1	45	74	11	139	29	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106893515--106893635	46	2.6	46	89	1	179	19	19	26	33	1.96
106897032--106897120	27	3.2	27	79	7	90	33	24	22	19	1.97
106897227--106897318	28	3.3	28	95	3	159	30	7	28	33	1.85
106904909--106904996	25	3.2	27	81	14	101	31	23	25	19	1.98
106905102--106905189	28	3.2	28	96	1	160	30	7	27	34	1.85
106905440--106905471	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
106906472--106906505	12	2.6	13	90	9	52	14	44	8	32	1.76
106914127--106914200	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
106914068--106914200	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
106922893--106922991	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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