genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  61  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17445507--17445839	54	6.2	54	88	0	470	39	20	9	31	1.84
17445507--17445896	81	4.8	81	81	1	390	38	21	9	31	1.84
17445507--17445900	27	14.6	28	80	6	345	38	20	9	31	1.84
17445876--17445950	27	2.8	26	75	4	78	36	24	9	30	1.87
17445935--17446177	27	9.0	27	85	2	292	36	18	20	24	1.95
17445935--17446177	81	3.0	81	90	0	353	36	18	20	24	1.95
17446426--17446477	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
17446516--17446572	24	2.3	26	75	12	64	21	24	19	35	1.96
17446691--17446861	6	27.8	6	73	13	116	19	16	14	49	1.79
17446694--17446758	25	2.6	25	85	0	85	18	20	15	46	1.84
17446722--17446785	19	3.4	19	70	12	60	21	17	12	48	1.80
17446713--17446804	37	2.5	37	83	0	121	21	17	14	46	1.83
17446694--17446861	43	3.9	43	77	9	155	19	17	14	49	1.80
17446741--17446859	49	2.4	49	88	0	157	18	15	14	52	1.75
17447528--17447587	29	2.1	28	84	9	77	36	0	23	40	1.55
17447537--17447596	29	2.1	29	81	12	70	35	0	25	40	1.56
17448737--17448850	43	2.7	43	85	0	138	27	20	28	23	1.99
17456692--17456759	35	1.9	35	93	0	118	33	19	22	25	1.97
17466650--17466683	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
17468610--17468828	39	5.6	39	85	8	254	26	26	21	25	1.99
17468610--17468828	75	2.8	78	84	8	268	26	26	21	25	1.99
17468610--17468824	114	1.9	117	82	8	280	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17476778--17476997	40	5.7	39	87	7	281	25	27	21	25	2.00
17483377--17483443	28	2.3	29	84	2	91	29	29	13	26	1.94
17485585--17485715	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
17485584--17485715	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
17487858--17487882	7	3.6	7	100	0	50	16	44	16	24	1.86
17494790--17494860	27	2.5	29	86	4	101	30	25	14	29	1.94
17494790--17494860	29	2.5	28	82	8	83	30	25	14	29	1.94
17499409--17499478	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
17499409--17499490	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
17507484--17507553	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
17507484--17507565	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
17510077--17510308	50	4.7	50	81	3	290	29	25	18	26	1.98
17510077--17510306	99	2.3	99	85	3	293	29	25	18	26	1.98
17514799--17515114	48	6.6	48	89	1	427	27	29	17	25	1.98
17517628--17517663	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
17520550--17520584	17	2.1	17	100	0	70	17	17	31	34	1.93
17520510--17520623	56	2.0	57	94	1	203	21	20	28	29	1.98
17520567--17520734	40	4.2	40	94	3	279	23	22	27	26	1.99
17520962--17521003	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
17523721--17523823	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
17531736--17531838	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
17535374--17535486	58	1.9	58	90	0	181	37	5	23	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17538240--17538300	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
17542691--17542751	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
17552509--17552572	31	2.1	31	90	0	101	23	21	15	39	1.92
17552766--17552860	24	4.0	24	89	6	140	28	22	21	28	1.99
17552787--17552859	23	3.1	23	96	2	128	30	20	20	28	1.98
17552910--17552976	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
17552910--17552965	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
17553013--17553060	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
17555858--17555938	40	2.0	40	100	0	162	32	24	19	23	1.98
17559486--17559644	43	3.7	43	74	13	157	23	20	26	29	1.99
17563377--17563499	44	2.9	43	81	7	126	34	26	17	21	1.96
17576587--17576612	12	2.2	12	100	0	52	53	15	0	30	1.42
17579500--17579539	6	6.5	6	85	5	53	82	0	5	12	0.82
17581046--17581086	21	2.0	20	86	9	57	7	17	53	21	1.67
17584916--17584954	8	5.2	8	82	17	57	53	12	0	33	1.39
17584914--17584942	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
17588462--17588550	44	2.0	44	100	0	178	43	20	6	29	1.77
17594318--17594515	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
17594384--17594501	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
17594352--17594515	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
17601879--17602076	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
17601945--17602062	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17601913--17602076	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
17608836--17608881	21	2.2	21	96	0	83	34	19	2	43	1.63
17608947--17609108	43	3.8	42	79	9	159	32	25	16	24	1.96
17615384--17615555	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
17615377--17615552	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
17622954--17623125	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
17622947--17623122	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
17631360--17631523	38	4.3	38	82	3	211	22	21	25	30	1.99
17631516--17631624	42	2.6	42	95	1	193	11	25	33	30	1.90
17631978--17632075	45	2.3	43	81	12	112	25	23	27	23	2.00
17635840--17636015	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
17635837--17636007	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
17638970--17639038	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
17638961--17639048	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
17641407--17641576	93	1.8	92	94	1	304	21	21	29	28	1.98
17641411--17641584	46	3.8	46	79	13	214	21	20	29	28	1.98
17647447--17647628	37	4.9	37	95	0	310	24	31	19	24	1.98
17647775--17648407	48	13.1	48	96	1	1140	30	26	6	36	1.81
17647775--17648407	194	3.3	194	97	0	1180	30	26	6	36	1.81
17652370--17652517	51	2.9	51	90	2	226	27	25	15	31	1.96
17662346--17662463	31	3.5	35	87	9	126	21	23	16	38	1.93
17662369--17662463	31	3.1	31	95	0	172	22	22	15	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17662669--17662797	24	5.4	24	94	2	206	26	22	21	29	1.99
17662669--17662796	47	2.7	48	92	3	204	26	22	21	28	1.99
17662847--17662907	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
17665613--17665663	26	1.9	26	84	11	68	58	7	3	29	1.44
17667737--17667866	55	2.4	55	78	2	127	15	26	29	28	1.96
17670483--17670666	67	2.8	64	78	7	201	29	16	29	23	1.96
17672536--17672706	93	1.8	93	94	0	306	26	30	22	20	1.98
17672528--17672708	46	3.9	46	81	9	224	27	30	21	20	1.98
17676977--17677175	51	3.9	51	77	10	217	30	25	11	33	1.90
17677199--17677290	28	3.4	27	76	13	100	28	22	13	35	1.92
17678784--17678946	40	4.1	40	79	1	166	25	26	22	25	2.00
17687869--17687945	29	2.7	29	95	2	138	31	27	11	29	1.92
17694429--17694610	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
17694429--17694610	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
17698105--17698248	39	3.7	40	84	0	175	23	29	22	23	1.99
17705644--17705825	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
17705644--17705825	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
17713353--17713776	27	15.7	27	75	6	205	38	21	8	31	1.84
17714657--17714805	26	5.8	26	91	0	230	26	23	22	26	2.00
17714950--17715041	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
17717385--17717553	27	6.2	27	77	8	110	37	20	8	33	1.83
17717436--17717554	28	4.3	27	80	8	132	41	17	8	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17717430--17717555	55	2.3	55	80	5	139	40	17	8	33	1.80
17717532--17717616	27	3.1	27	81	0	107	29	22	5	42	1.77
17717356--17717607	137	1.8	136	84	0	342	36	20	8	34	1.83
17717655--17717751	27	3.6	27	81	4	124	41	23	8	26	1.83
17717655--17717800	27	5.4	27	77	8	118	42	19	8	29	1.80
17717623--17717776	81	1.9	81	80	7	179	40	20	11	27	1.86
17717675--17717800	54	2.3	54	84	2	155	42	17	8	31	1.80
17717826--17717899	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
17718704--17718827	26	4.8	26	95	3	207	28	26	21	23	1.99
17719045--17719121	31	2.5	31	93	0	136	29	18	24	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
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