genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.429.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  429  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131472089--131472405	73	4.2	73	76	12	302	35	21	15	27	1.93
131472005--131472970	313	3.1	312	78	11	1047	34	20	15	28	1.94
131472121--131472387	74	3.6	74	74	9	254	32	21	15	29	1.95
131472324--131472488	87	1.9	87	89	2	260	36	23	13	27	1.92
131472005--131472898	161	5.6	159	83	7	981	35	20	15	28	1.94
131472557--131472585	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
131472770--131472969	73	2.8	73	96	1	359	33	21	17	28	1.96
131472953--131472984	14	2.3	14	94	0	55	65	9	12	12	1.47
131472879--131473039	87	1.9	85	83	7	209	36	21	15	26	1.93
131472806--131473112	160	1.9	158	86	3	438	33	22	16	28	1.95
131472604--131473128	233	2.2	234	87	4	750	33	20	16	28	1.95
131479849--131479984	26	5.2	26	97	0	236	33	5	24	36	1.78
131485629--131485703	25	3.2	21	84	15	62	38	4	22	34	1.73
131485633--131485767	26	5.2	26	97	0	227	34	5	24	36	1.78
131490318--131490352	12	2.9	12	82	0	52	45	2	20	31	1.65
131491882--131491929	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
131491878--131491933	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
131491878--131491929	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
131492085--131492133	25	2.0	25	91	0	80	51	6	8	34	1.57
131492161--131492189	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
131492751--131492925	30	5.8	30	86	1	210	22	4	46	26	1.69
131493112--131493256	46	3.1	46	88	3	211	43	16	22	17	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131494551--131494604	26	2.1	26	100	0	108	31	18	18	31	1.95
131497534--131497560	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
131498717--131498754	19	2.1	19	85	5	51	23	5	23	47	1.72
131500540--131500579	10	4.0	11	87	12	52	47	0	5	47	1.24
131500540--131500572	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
131508755--131508849	33	2.8	34	73	15	97	37	9	21	31	1.85
131511064--131511117	21	2.6	21	82	5	65	12	29	35	22	1.91
131512078--131512106	6	4.8	6	100	0	58	65	0	0	34	0.93
131516114--131516156	21	2.2	19	83	8	50	65	9	2	23	1.34
131517857--131517899	16	2.7	15	82	13	50	34	6	9	48	1.62
131523459--131523498	17	2.3	18	87	8	57	57	12	0	30	1.36
131525708--131525778	23	3.0	23	72	18	65	25	8	1	64	1.30
131531853--131532139	137	2.1	137	96	0	529	32	24	18	24	1.97
131533917--131534052	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
131537747--131538031	136	2.1	136	96	1	518	31	24	18	24	1.98
131541588--131541727	42	3.3	41	70	14	131	35	22	21	21	1.96
131541529--131541994	86	5.4	86	84	4	550	34	21	23	21	1.97
131541752--131542640	43	20.7	43	67	12	421	35	20	22	20	1.96
131541529--131541988	173	2.7	172	88	3	642	34	21	23	21	1.97
131541524--131541994	259	1.8	258	86	3	678	34	21	23	21	1.97
131541756--131542211	215	2.1	216	85	3	605	35	20	22	21	1.96
131541544--131542676	44	26.3	44	67	11	310	35	21	22	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131541971--131542676	87	8.2	87	86	3	926	36	20	22	20	1.95
131541665--131542299	302	2.1	302	83	3	785	35	21	22	21	1.96
131542364--131542610	79	3.0	80	78	12	264	38	20	21	18	1.93
131543756--131543846	3	30.3	3	70	24	52	28	4	1	65	1.18
131543766--131543846	12	6.8	12	73	17	71	29	4	1	64	1.22
131544085--131544110	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
131544213--131544278	23	2.7	24	84	11	73	37	4	0	57	1.19
131546172--131546201	7	4.3	7	95	0	51	53	0	0	46	1.00
131547043--131547079	2	18.0	2	94	5	65	48	2	0	48	1.15
131548531--131548638	3	36.3	3	81	5	130	31	3	0	63	1.18
131549010--131549060	19	2.5	20	81	15	61	25	5	0	68	1.12
131549012--131549067	19	3.1	17	78	16	60	25	7	0	67	1.15
131550491--131550597	53	2.0	54	81	3	126	43	16	9	29	1.79
131551017--131551204	26	7.2	26	92	0	304	33	5	23	37	1.78
131551017--131551204	52	3.6	52	95	0	340	33	5	23	37	1.78
131557229--131557277	25	2.0	26	84	8	66	24	16	20	38	1.92
131558732--131558812	26	3.2	26	94	1	146	37	25	6	30	1.81
131562990--131563040	25	2.0	26	85	7	70	25	15	19	39	1.91
131564502--131564583	26	3.2	26	96	0	155	36	26	6	30	1.81
131570115--131570145	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
131570219--131570287	18	3.7	18	80	14	77	60	1	2	34	1.20
131570223--131570305	3	27.3	3	70	20	50	63	1	3	31	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131570242--131570313	27	2.7	27	81	14	71	68	1	4	26	1.16
131570785--131570870	30	2.9	30	89	0	136	25	6	50	17	1.71
131571219--131571253	18	1.9	18	88	0	52	31	8	20	40	1.82
131572904--131573128	3	72.3	3	66	19	79	29	6	6	57	1.48
131572893--131572928	15	2.5	15	90	4	56	27	0	2	69	1.02
131573327--131573510	96	1.9	97	88	2	280	29	17	16	35	1.92
131575981--131576159	27	6.6	27	86	0	250	40	20	7	31	1.81
131575981--131576213	54	4.3	53	82	4	245	39	21	8	30	1.83
131575981--131576214	27	8.7	27	78	8	174	39	21	8	30	1.83
131575981--131576213	81	2.9	81	83	5	240	39	21	8	30	1.83
131576169--131576268	27	3.7	27	70	5	76	39	22	7	32	1.80
131576259--131576741	27	18.0	27	87	3	600	33	19	22	24	1.97
131577392--131577493	27	3.8	26	83	5	105	20	23	19	36	1.95
131577630--131577743	6	18.3	6	67	16	63	19	15	14	50	1.79
131577630--131577752	31	4.2	31	74	16	109	19	15	14	50	1.78
131577660--131577729	25	2.8	25	88	0	104	18	17	15	48	1.81
131579991--131580044	25	2.2	24	75	15	56	27	7	11	53	1.63
131581659--131581726	19	3.7	19	92	7	122	36	14	11	36	1.83
131581659--131581726	36	2.0	34	91	8	111	36	14	11	36	1.83
131581974--131582030	28	2.1	27	81	12	64	31	12	0	56	1.36
131581983--131582043	29	2.1	30	90	6	99	31	4	0	63	1.15
131581940--131582037	25	3.8	25	69	15	72	29	9	2	59	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131581991--131582047	14	4.0	14	74	19	55	26	7	0	66	1.17
131584307--131584352	19	2.4	19	86	13	60	23	17	8	50	1.74
131586344--131586372	11	2.5	12	88	11	51	86	13	0	0	0.58
131589386--131589671	136	2.1	137	94	0	502	32	24	18	24	1.97
131591456--131591565	26	4.2	26	87	2	150	38	24	3	33	1.73
131591456--131591565	52	2.1	52	93	0	184	38	24	3	33	1.73
131593414--131593456	23	1.9	22	85	4	59	2	55	0	41	1.12
131593880--131593977	3	31.3	3	73	19	76	32	4	3	60	1.31
131593880--131593977	13	7.8	12	75	16	76	32	4	3	60	1.31
131594237--131594277	4	10.5	4	94	5	75	24	0	0	75	0.80
131595921--131595986	3	22.0	3	100	0	132	33	0	0	66	0.92
131596421--131596462	15	2.6	16	85	11	59	23	4	2	69	1.20
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131597400--131597453	22	2.5	22	100	0	108	35	3	0	61	1.14
131598487--131598990	262	1.9	260	84	3	670	34	15	24	25	1.95
131599069--131599133	19	3.4	19	93	4	105	20	21	13	44	1.86
131599070--131599123	5	11.2	5	76	21	53	20	22	14	42	1.88
131603012--131603058	24	2.0	24	91	0	76	27	14	29	27	1.96
131603036--131603371	133	2.5	133	85	1	433	27	16	24	30	1.97
131603120--131603499	178	2.1	178	93	0	634	26	17	25	30	1.97
131603120--131603549	178	2.4	178	89	0	574	26	17	25	30	1.97
131603294--131603941	132	4.9	132	86	4	774	27	19	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131603116--131604037	45	20.8	45	70	7	352	28	18	24	28	1.98
131603851--131604027	89	2.0	88	86	1	246	29	18	24	27	1.98
131603337--131604042	264	2.7	264	81	5	633	28	19	24	27	1.98
131606016--131606082	3	22.3	3	87	6	100	31	1	2	64	1.18
131607809--131607861	22	2.4	22	96	0	97	39	11	15	33	1.83
131607820--131607866	22	2.4	19	86	13	60	36	8	14	40	1.77
131608060--131608309	132	1.9	132	89	1	385	26	18	26	29	1.98
131608232--131608341	45	2.4	45	96	0	202	25	20	27	27	1.99
131608740--131608875	26	5.2	26	92	0	227	33	5	24	36	1.78
131609903--131609935	16	2.1	16	100	0	66	39	0	24	36	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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