genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.120.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  120  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36695686--36695723	19	2.0	19	89	0	58	44	2	2	50	1.30
36695705--36695738	16	2.2	15	94	5	59	50	2	0	47	1.16
36697474--36697499	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
36697521--36697546	13	2.0	13	100	0	52	92	0	7	0	0.39
36697522--36697551	15	2.0	15	100	0	60	93	0	6	0	0.35
36701273--36701302	2	15.0	2	92	0	51	50	46	3	0	1.18
36701987--36702021	7	5.1	7	89	6	54	14	2	82	0	0.77
36701987--36702021	13	2.6	13	95	4	61	14	2	82	0	0.77
36702768--36702821	18	3.1	17	87	12	74	66	1	0	31	1.02
36720687--36720725	3	13.0	3	89	10	62	33	0	0	66	0.92
36723442--36723480	13	3.0	13	85	7	53	23	17	5	53	1.63
36728959--36729040	41	2.0	41	92	0	137	20	12	30	36	1.89
36731253--36731300	12	4.0	12	86	0	60	4	25	0	70	1.04
36731259--36731301	19	2.3	19	84	11	54	4	20	0	74	1.00
36732339--36732378	10	4.1	10	90	6	64	30	20	2	47	1.63
36732339--36732378	19	2.0	20	90	4	64	30	20	2	47	1.63
36738044--36738526	251	1.9	251	87	0	716	27	11	30	30	1.91
36740639--36740747	14	8.2	13	75	6	94	44	4	24	26	1.73
36745697--36745814	57	2.1	58	90	1	184	44	6	20	27	1.76
36750434--36750486	26	2.0	26	85	7	70	37	22	20	18	1.94
36751065--36751120	13	4.3	13	88	0	76	25	7	16	51	1.69
36764367--36764422	26	2.2	26	90	0	85	30	0	19	50	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36764529--36764562	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
36765142--36765205	25	2.5	25	80	14	69	34	3	1	60	1.22
36769383--36769432	21	2.4	21	100	0	100	30	22	0	48	1.51
36772660--36772880	104	2.1	105	80	3	250	34	18	10	36	1.85
36779725--36779749	8	3.1	8	100	0	50	52	0	12	36	1.39
36786613--36786703	17	5.5	16	78	2	65	45	24	7	23	1.79
36786630--36786839	17	12.4	17	80	0	188	46	21	7	24	1.77
36786630--36786853	34	6.6	34	81	3	229	45	21	7	25	1.78
36786663--36786839	51	3.5	51	86	0	237	46	21	7	24	1.77
36793733--36793780	15	3.3	15	70	5	53	54	4	2	39	1.32
36793712--36793780	29	2.3	29	95	5	120	53	4	4	37	1.41
36805780--36806007	46	5.0	46	92	1	350	39	14	23	21	1.91
36811033--36811260	46	5.0	46	92	1	350	39	14	23	21	1.91
36816658--36816746	44	2.0	44	97	0	169	26	12	22	38	1.90
36819691--36819724	17	2.0	18	88	11	54	47	0	11	41	1.40
36831153--36831197	22	2.0	22	87	8	65	57	0	2	40	1.11
36831157--36831198	16	2.5	17	81	14	52	54	0	2	42	1.13
36833402--36833713	154	2.0	154	94	0	552	31	12	19	37	1.89
36833759--36833841	42	2.0	42	85	0	112	31	19	15	33	1.93
36841718--36841928	79	2.7	79	82	0	242	29	15	12	42	1.83
36847813--36847850	12	3.2	12	78	14	51	23	10	15	50	1.75
36847834--36847889	24	2.3	24	78	6	60	33	14	12	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36851998--36852047	21	2.4	21	83	6	57	58	4	4	34	1.36
36852460--36852519	29	2.1	29	81	6	68	73	1	1	23	1.01
36862322--36862549	112	2.0	112	99	0	447	45	13	7	33	1.73
36870432--36870591	35	4.6	36	88	4	229	35	16	25	23	1.95
36880752--36880789	19	2.0	19	85	10	51	13	21	42	23	1.88
36884471--36884526	18	2.8	20	81	18	71	21	0	7	71	1.09
36884875--36884937	9	6.5	10	78	14	53	31	1	1	65	1.12
36884876--36884936	29	2.1	28	85	8	79	32	1	1	63	1.13
36884896--36884941	19	2.4	20	82	17	62	32	2	0	65	1.05
36884893--36884943	18	2.9	17	78	21	52	35	1	0	62	1.06
36884870--36884937	28	2.3	29	80	9	77	32	1	2	63	1.18
36885201--36885245	19	2.5	19	85	7	58	42	0	6	51	1.28
36891656--36891872	64	3.3	64	62	18	145	32	25	16	25	1.96
36891634--36892043	136	3.0	136	97	0	766	32	24	17	25	1.97
36893823--36893958	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
36897658--36898080	136	3.1	136	97	0	783	32	24	17	24	1.97
36899861--36899996	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
36909449--36909479	16	1.9	16	93	0	53	58	16	0	25	1.38
36910734--36910763	10	3.0	10	95	0	51	43	0	0	56	0.99
36912251--36912275	12	2.1	12	100	0	50	56	0	16	28	1.41
36912942--36912978	17	2.1	17	90	10	56	72	0	27	0	0.84
36913307--36913345	17	2.2	18	86	4	53	23	0	2	74	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36918056--36918096	22	2.0	22	90	9	68	34	0	7	58	1.26
36918127--36918190	13	4.4	14	70	18	51	25	4	1	68	1.17
36918347--36918388	22	2.0	21	90	4	66	33	0	7	59	1.25
36917869--36919071	291	4.1	289	89	6	1591	30	7	6	55	1.53
36917946--36919071	446	2.5	441	80	10	1177	30	8	5	55	1.53
36918876--36918936	30	2.1	29	84	9	79	26	4	1	67	1.20
36918543--36919220	302	2.4	290	84	8	827	28	8	6	56	1.53
36919657--36919719	14	4.4	14	74	14	58	0	31	0	68	0.90
36919668--36919714	19	2.6	18	78	15	51	0	36	0	63	0.94
36919771--36919805	8	4.4	8	92	0	52	0	42	0	57	0.99
36921880--36921934	24	2.3	24	100	0	110	20	10	7	61	1.52
36928534--36928627	3	31.3	3	95	0	170	68	1	0	30	0.97
36929169--36929218	25	2.0	25	92	0	82	56	0	2	42	1.11
36930578--36930618	18	2.2	19	91	4	66	4	21	0	73	1.02
36937145--36937218	34	2.2	34	90	0	112	33	28	12	25	1.92
36937273--36937337	27	2.4	27	86	0	85	21	24	12	41	1.87
36937394--36937605	31	6.8	31	86	4	275	26	26	17	28	1.98
36937598--36937710	33	3.5	33	86	4	149	27	23	11	37	1.90
36939388--36939440	11	4.7	11	75	13	54	64	3	0	32	1.12
36939388--36939453	34	2.0	33	82	8	82	59	4	0	36	1.18
36944603--36944774	48	3.6	47	77	12	163	21	27	20	30	1.98
36944603--36944820	96	2.3	94	80	5	242	23	28	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36944742--36944835	48	2.0	48	86	0	134	30	29	15	23	1.96
36947647--36947700	23	2.3	23	83	0	72	27	18	24	29	1.98
36947904--36947959	26	2.2	25	83	3	67	66	1	0	32	1.03
36948171--36948223	23	2.2	24	80	12	65	43	0	1	54	1.11
36948429--36948481	26	2.0	26	85	0	70	47	16	15	20	1.83
36948666--36948732	3	22.3	3	100	0	134	67	0	0	32	0.91
36949020--36949054	12	2.8	13	86	8	54	8	31	2	57	1.44
36951583--36951791	46	4.5	45	77	12	174	30	19	26	23	1.98
36953775--36953883	26	4.2	26	95	1	184	33	4	24	36	1.76
36955497--36955556	27	2.2	27	90	0	93	18	23	23	35	1.96
36955508--36955581	27	2.8	27	87	2	96	20	24	18	36	1.95
36959557--36959665	26	4.2	26	95	1	184	33	4	24	36	1.76
36961278--36961390	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
36961276--36961390	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
36963590--36963765	46	3.8	46	79	11	173	28	19	30	21	1.98
36963637--36963793	46	3.4	46	83	9	164	28	18	30	22	1.97
36964396--36964420	9	2.8	9	100	0	50	12	12	24	52	1.72
36969075--36969129	13	4.2	13	83	0	56	40	1	21	36	1.64
36971210--36971259	25	2.0	25	96	0	91	38	12	18	32	1.87
36973964--36974015	24	2.2	24	89	0	77	59	17	11	11	1.60
36974805--36974863	24	2.5	25	81	10	72	30	0	5	64	1.15
36977599--36977635	5	7.6	5	88	11	51	37	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36977596--36977640	15	3.2	14	82	17	58	37	0	0	62	0.96
36979405--36979429	13	1.9	13	100	0	50	8	32	28	32	1.86
36980434--36980548	45	2.6	45	91	2	187	27	25	19	27	1.98
36980524--36980649	47	2.7	45	82	11	148	22	29	20	27	1.98
36985849--36985894	17	2.8	17	81	12	53	50	6	0	43	1.28
36987176--36987209	18	1.9	18	88	5	52	29	0	0	70	0.87
37001645--37001711	23	2.8	24	82	6	82	26	1	14	56	1.47
37010061--37010099	20	1.9	21	89	5	62	53	0	0	46	1.00
37010437--37010475	18	2.2	18	85	0	51	64	2	15	17	1.41
37010657--37010699	19	2.3	19	100	0	86	41	13	23	20	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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