genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.308.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  308  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96098275--96098306	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
96100393--96100426	11	3.2	11	91	4	52	29	0	0	70	0.87
96100925--96100975	20	2.6	21	76	17	56	60	5	0	33	1.21
96109342--96109393	22	2.3	23	81	15	56	51	0	0	48	1.00
96110853--96110912	30	2.0	30	83	6	77	56	11	1	30	1.45
96111985--96112072	45	2.0	45	100	0	176	31	23	21	22	1.98
96112118--96112148	11	2.8	11	90	0	53	32	0	0	67	0.91
96112270--96112332	30	2.1	30	91	5	101	58	12	3	25	1.49
96119347--96119383	17	2.2	17	90	9	58	29	0	0	70	0.88
96121311--96121369	30	1.9	31	86	3	84	47	3	20	28	1.66
96121580--96121643	29	2.1	31	83	11	80	35	0	3	60	1.12
96121621--96121645	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
96129708--96129833	39	3.2	39	91	0	189	23	22	26	28	1.99
96133448--96133486	21	1.9	21	89	5	62	12	38	28	20	1.89
96135324--96135385	30	2.0	31	96	3	117	32	6	22	38	1.80
96135886--96135924	21	1.9	20	85	15	53	12	35	28	23	1.91
96140034--96140078	20	2.1	22	88	12	67	37	20	4	37	1.73
96145399--96145564	92	1.8	90	80	5	199	24	27	19	29	1.98
96145314--96145661	138	2.5	138	81	7	359	23	27	20	28	1.99
96147981--96148050	27	2.5	28	90	2	106	25	14	30	30	1.95
96152836--96152905	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
96160756--96160825	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96162995--96163062	20	3.4	20	82	8	84	41	25	27	5	1.78
96172491--96172610	43	2.8	42	82	2	159	28	23	18	30	1.98
96174934--96174965	15	2.1	15	100	0	64	28	25	6	40	1.79
96178882--96178993	43	2.6	42	86	8	163	30	22	16	30	1.96
96181583--96181827	49	4.9	49	85	3	319	28	27	18	25	1.98
96181594--96181828	101	2.4	101	87	2	341	28	27	18	25	1.98
96188548--96188665	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
96188571--96188665	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
96188857--96188973	24	5.0	24	85	9	152	27	23	20	29	1.99
96188857--96188973	46	2.5	47	88	5	166	27	23	20	29	1.99
96189023--96189083	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
96189126--96189173	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
96195645--96195708	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
96195900--96196016	24	5.0	24	85	9	152	27	23	20	29	1.99
96195900--96196016	46	2.5	47	88	5	166	27	23	20	29	1.99
96196066--96196126	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
96196169--96196216	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
96198103--96198275	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	30	1.98
96198100--96198270	93	1.8	93	94	0	306	21	20	28	29	1.98
96205667--96205838	46	3.8	45	80	11	215	21	21	27	29	1.99
96205664--96205833	92	1.8	92	96	0	313	21	21	28	28	1.99
96207951--96208133	88	2.1	88	96	0	339	24	2	33	39	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96208899--96208962	31	2.1	31	93	0	110	25	21	15	37	1.93
96209177--96209248	23	3.1	23	95	0	126	30	20	18	30	1.96
96209299--96209365	20	3.3	20	89	0	107	32	20	13	32	1.92
96216965--96217028	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
96217222--96217316	24	4.0	24	86	6	131	29	21	21	28	1.98
96217243--96217315	23	3.1	23	92	2	119	31	19	20	28	1.97
96217366--96217432	20	3.3	20	87	0	98	32	19	13	34	1.91
96228569--96228616	24	2.0	24	100	0	96	33	20	20	25	1.97
96231895--96231958	32	2.0	32	96	0	119	26	29	9	34	1.88
96239423--96239482	29	2.0	29	83	3	75	36	8	23	31	1.84
96240188--96240337	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
96240212--96240395	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
96245340--96245598	27	9.6	27	86	3	324	27	22	9	40	1.85
96245523--96245798	27	10.1	27	78	8	112	36	19	9	33	1.84
96245577--96245798	54	4.1	54	81	4	205	39	20	9	31	1.83
96245590--96245807	27	8.0	27	79	6	163	38	18	10	32	1.84
96245847--96245924	27	2.9	27	79	7	86	39	21	19	19	1.92
96247073--96247120	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
96247159--96247215	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
96247157--96247227	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
96247168--96247222	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
96247274--96247416	23	6.1	23	92	1	223	28	23	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96247274--96247416	47	3.1	46	88	4	223	28	23	20	27	1.99
96247558--96247649	42	2.2	42	86	3	123	27	10	21	40	1.87
96247673--96247736	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
96250389--96250506	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
96250357--96250520	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
96257966--96258083	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
96257934--96258097	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
96263987--96264015	14	2.1	14	100	0	58	31	34	6	27	1.83
96272917--96272980	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
96273186--96273289	24	4.3	24	90	6	149	25	25	21	27	1.99
96273186--96273290	47	2.2	48	91	6	169	25	24	20	28	1.99
96273341--96273400	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
96273443--96273490	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
96279270--96279369	47	2.1	47	84	0	128	32	10	29	29	1.89
96279574--96279755	37	4.9	37	94	1	303	23	19	31	25	1.98
96280759--96280850	42	2.2	42	82	7	107	22	18	27	31	1.97
96288141--96288243	37	2.8	37	93	0	170	26	32	18	23	1.97
96288416--96288772	48	7.4	48	96	0	624	29	26	8	34	1.87
96291413--96291511	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
96299417--96299515	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
96302376--96302534	84	1.9	84	84	2	212	30	13	20	35	1.91
96303887--96303974	25	3.5	25	80	0	104	28	23	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96304196--96304233	18	2.1	19	85	5	51	31	10	13	44	1.77
96314443--96314489	23	2.1	22	88	4	67	57	25	2	14	1.49
96322579--96322737	49	3.3	48	81	3	167	12	25	11	50	1.73
96325988--96326057	28	2.5	29	93	4	117	44	27	10	18	1.81
96337914--96338026	49	2.3	49	85	0	163	15	23	11	49	1.77
96350185--96350232	15	3.1	16	77	16	57	12	12	16	58	1.63
96350188--96350259	30	2.4	29	82	8	83	13	15	15	55	1.69
96354678--96354788	57	1.9	57	85	1	150	26	14	30	28	1.95
96354665--96354779	29	4.0	29	84	6	137	26	14	29	28	1.95
96358760--96358808	25	2.0	25	95	0	89	26	22	16	34	1.95
96364245--96364731	151	3.2	150	84	5	522	26	18	25	29	1.98
96364240--96364835	50	11.8	51	73	5	363	27	19	24	29	1.98
96364240--96364832	252	2.4	252	90	0	936	26	19	24	29	1.98
96364240--96364834	101	5.9	100	79	4	491	27	19	24	29	1.98
96364492--96364835	151	2.3	151	86	0	463	27	19	24	29	1.98
96365035--96365066	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
96366274--96366298	13	1.9	13	100	0	50	32	4	16	48	1.64
96368000--96368038	15	2.6	15	92	8	62	15	17	15	51	1.77
96370962--96371307	50	6.9	50	80	3	311	27	17	24	30	1.97
96371065--96371254	101	1.9	101	88	0	290	27	17	24	30	1.97
96370963--96371304	151	2.3	151	91	0	540	27	17	24	30	1.97
96371507--96371538	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96373529--96373623	42	2.3	42	83	7	113	30	23	13	32	1.93
96374731--96374764	11	3.1	11	91	8	52	70	0	0	29	0.87
96380993--96381084	44	2.1	44	85	4	123	31	23	22	21	1.98
96382292--96382350	29	2.0	31	83	6	77	50	1	3	44	1.28
96382445--96382488	15	2.9	15	83	16	56	59	0	0	40	0.98
96389976--96390014	16	2.4	16	91	0	60	30	15	5	48	1.66
96390654--96390862	41	5.1	40	82	8	181	37	20	22	19	1.94
96390661--96390862	82	2.5	82	80	7	207	36	21	22	19	1.95
96391040--96391115	36	2.0	39	85	7	104	30	5	23	40	1.77
96391385--96391412	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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