genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  227  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70854085--70854270	40	4.7	40	88	5	227	26	26	21	25	1.99
70857077--70857322	64	3.8	64	81	4	262	24	28	16	30	1.96
70859985--70860041	19	3.0	18	77	10	60	38	12	5	43	1.65
70860746--70860777	16	2.0	16	93	0	55	53	0	6	40	1.26
70861204--70861268	30	2.2	30	94	0	112	29	3	16	50	1.60
70867035--70867187	39	3.9	39	89	0	225	24	19	32	24	1.98
70870616--70870640	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
70884853--70884971	58	2.1	58	100	0	238	19	6	19	54	1.66
70893391--70893463	35	2.1	36	86	2	103	28	28	12	30	1.93
70898447--70898519	28	2.6	29	91	4	121	27	4	2	65	1.24
70898459--70898505	14	3.4	14	72	21	53	29	4	2	63	1.25
70900664--70900861	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
70900730--70900847	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
70900698--70900861	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
70906650--70906847	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
70906716--70906833	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
70906684--70906847	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
70912632--70912829	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
70912698--70912815	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
70912666--70912829	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
70918668--70918864	52	3.9	52	74	12	142	38	25	13	22	1.91
70918650--70918803	26	5.9	26	75	6	132	36	24	13	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70920855--70920980	66	1.9	66	80	3	146	30	32	15	21	1.94
70933950--70934089	58	2.4	58	92	0	226	35	22	16	25	1.94
70936979--70937224	43	5.7	43	79	5	264	21	17	21	39	1.92
70936981--70937224	129	1.9	128	83	5	312	21	17	21	39	1.92
70940397--70940585	40	4.8	40	80	8	181	24	29	21	24	1.99
70940371--70940585	79	2.7	80	79	9	226	25	28	21	24	1.99
70947116--70947153	19	2.0	19	85	10	51	13	23	44	18	1.85
70947860--70947911	27	1.9	27	84	7	70	17	23	25	34	1.96
70950606--70950730	6	20.3	6	72	19	89	48	15	17	19	1.82
70950620--70950730	31	3.6	31	90	2	161	47	15	18	18	1.82
70951132--70951423	27	10.3	27	79	8	237	24	19	18	37	1.94
70951258--70951369	35	3.2	35	89	5	172	21	15	20	42	1.88
70951407--70951669	27	9.8	26	80	8	165	30	9	22	37	1.86
70951455--70951721	81	3.3	81	84	3	270	31	9	20	38	1.85
70951516--70951721	27	7.6	27	87	0	277	31	9	19	39	1.83
70954120--70954172	26	2.0	26	85	7	72	20	16	22	39	1.92
70955420--70955523	24	4.3	23	83	7	109	20	34	6	38	1.79
70955427--70955523	48	2.0	49	83	2	124	21	34	6	38	1.79
70962260--70962288	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
70967616--70967673	26	2.2	26	96	0	107	18	17	32	31	1.94
70969476--70969661	48	3.9	48	83	1	221	32	29	19	18	1.95
70971857--70972074	40	5.4	40	87	1	276	23	26	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70979949--70980121	40	4.3	40	87	0	220	24	26	22	27	2.00
70987304--70987335	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
70989108--70989265	40	4.0	40	80	12	173	23	22	28	25	1.99
70989112--70989265	80	1.9	79	88	5	229	22	22	28	25	1.99
70990751--70991133	50	7.6	50	76	4	367	29	24	19	26	1.98
70990801--70990982	101	1.8	101	87	0	274	30	24	19	26	1.98
70990748--70991134	150	2.6	151	91	0	623	29	24	19	26	1.98
70991481--70991527	19	2.3	20	82	10	60	48	17	0	34	1.47
70995976--70996023	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
70996090--70996126	11	3.5	11	82	14	51	35	8	18	37	1.81
70996060--70996126	20	3.3	20	87	0	98	34	11	20	32	1.90
70996176--70996367	24	8.0	24	89	6	282	30	20	20	28	1.98
70996176--70996367	47	4.0	48	90	6	282	30	20	20	28	1.98
71005198--71005418	48	4.6	48	76	10	202	35	26	17	20	1.95
71011289--71011502	45	4.9	44	82	7	233	24	23	26	25	2.00
71011289--71011549	90	3.0	87	84	8	286	26	21	26	26	2.00
71014998--71015067	28	2.5	28	86	4	97	28	15	27	28	1.96
71020579--71020745	43	3.9	43	76	9	144	31	14	22	31	1.94
71020579--71020741	86	1.9	85	82	3	202	31	15	22	31	1.95
71021760--71021784	13	1.9	13	100	0	50	32	28	24	16	1.96
71023898--71023944	21	2.4	19	82	10	58	27	2	23	46	1.63
71027796--71027846	20	2.3	20	80	12	57	49	23	7	19	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71030949--71030980	9	3.6	9	100	0	64	9	9	21	59	1.57
71032851--71032909	14	4.2	14	78	8	57	20	33	6	38	1.79
71034099--71034201	26	4.0	26	93	2	163	33	4	25	35	1.77
71035820--71035932	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
71035818--71035932	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
71035994--71036032	19	1.9	20	85	15	53	17	2	46	33	1.62
71038070--71038201	29	4.5	29	93	1	228	25	23	13	37	1.91
71038070--71038201	59	2.3	59	93	1	230	25	23	13	37	1.91
71042478--71042672	40	5.1	39	70	12	118	25	18	21	34	1.96
71042434--71042795	75	4.8	75	83	5	390	25	19	21	33	1.96
71042518--71042641	35	3.4	35	72	10	122	24	18	24	33	1.97
71042733--71042838	35	3.0	36	71	8	108	26	22	22	28	1.99
71042913--71042958	24	1.9	24	90	0	74	58	0	19	21	1.39
71042912--71042969	24	2.4	24	82	0	71	58	1	17	22	1.47
71045025--71045138	43	2.7	44	81	6	137	35	24	13	26	1.92
71045009--71045135	43	3.0	43	75	11	127	36	25	13	25	1.92
71053344--71053425	33	2.3	38	83	12	102	52	0	13	34	1.41
71053410--71053451	19	2.3	18	87	4	57	69	2	2	26	1.13
71053836--71053898	13	5.2	13	81	14	89	14	0	46	39	1.45
71053821--71053898	22	3.4	22	83	13	102	15	0	47	37	1.46
71056377--71056620	47	5.1	47	85	5	326	32	11	29	26	1.92
71056594--71056730	46	3.0	46	89	0	202	34	8	31	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71056879--71056987	37	2.9	37	93	0	182	22	18	31	27	1.97
71058202--71058553	40	8.8	40	91	0	515	25	23	27	23	2.00
71059070--71059103	13	2.6	13	100	0	68	29	5	38	26	1.80
71062410--71062487	25	3.2	25	63	23	67	28	10	32	29	1.90
71062409--71062699	47	6.1	47	87	4	402	32	12	29	26	1.92
71062409--71062691	100	2.9	95	86	6	399	32	12	28	26	1.92
71062409--71062676	147	1.8	147	95	0	491	32	11	28	26	1.92
71062673--71062809	46	3.0	46	89	0	202	34	8	31	25	1.86
71062958--71063066	37	2.9	37	93	0	173	22	17	31	28	1.97
71068299--71068407	6	17.7	6	68	19	64	47	13	17	21	1.82
71068308--71068410	31	3.3	31	91	0	143	49	12	17	20	1.79
71068556--71068656	27	3.8	26	86	5	121	36	21	23	17	1.95
71068817--71068879	22	2.9	22	75	13	67	36	23	22	17	1.95
71069368--71069768	27	14.9	27	88	1	486	26	19	19	35	1.95
71069781--71069875	27	3.5	27	86	0	136	41	7	24	27	1.81
71069781--71069882	54	1.9	53	87	2	150	40	6	23	29	1.80
71069886--71069944	27	2.2	27	87	6	84	25	18	18	37	1.94
71069926--71070053	27	4.7	27	90	0	184	31	7	21	39	1.81
71069899--71070053	54	2.9	54	85	1	168	30	9	20	39	1.85
71071990--71072115	6	20.3	6	71	18	89	47	15	18	19	1.82
71072007--71072115	31	3.3	31	79	15	119	48	14	17	19	1.81
71072003--71072115	37	3.2	37	86	8	139	47	15	17	19	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71072252--71072353	27	3.8	26	85	5	123	38	21	22	17	1.93
71072521--71072577	22	2.6	22	75	10	62	38	21	21	19	1.93
71074193--71074340	67	2.2	67	83	8	176	33	17	27	21	1.96
71076543--71076872	27	12.3	27	85	1	430	25	19	20	34	1.96
71076894--71076952	27	2.2	27	87	6	84	40	1	18	38	1.61
71076946--71077003	27	2.1	28	81	9	75	25	20	20	32	1.97
71076955--71077014	27	2.2	27	84	0	84	26	18	18	36	1.94
71076997--71077123	27	4.7	27	88	1	175	33	6	19	40	1.77
71078555--71078732	45	4.0	45	78	6	188	23	15	28	33	1.95
71089842--71089981	37	3.8	37	95	0	244	24	30	20	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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