genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.277.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  277  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86051469--86051671	40	5.1	40	87	1	273	23	21	28	27	1.99
86051465--86051672	80	2.6	80	89	1	310	24	21	27	26	1.99
86054788--86054857	28	2.5	28	80	0	86	35	10	25	28	1.88
86061748--86061842	42	2.2	42	79	5	111	34	22	16	26	1.95
86061756--86061886	44	3.0	42	79	9	115	34	23	18	23	1.96
86061780--86061889	44	2.6	42	82	7	123	33	24	19	22	1.97
86062259--86062283	8	3.1	8	100	0	50	24	24	0	52	1.48
86065752--86065810	30	2.0	30	86	6	84	37	0	40	22	1.54
86065914--86065975	30	2.0	31	81	3	72	37	0	40	22	1.54
86069046--86069166	45	2.7	45	88	8	178	26	28	21	23	1.99
86069769--86069796	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
86074277--86074405	40	3.3	39	82	5	154	22	25	28	23	1.99
86078552--86078718	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
86086547--86086635	40	2.2	40	88	4	135	25	26	23	23	2.00
86088910--86088983	29	2.5	28	84	4	85	31	33	14	20	1.93
86098043--86098088	23	2.0	23	100	0	92	43	8	8	39	1.66
86101374--86101472	42	2.3	42	78	11	103	26	20	25	28	1.99
86103179--86103270	27	3.4	27	86	5	132	28	25	7	39	1.83
86103152--86103270	54	2.2	54	83	3	141	30	25	8	36	1.85
86103262--86103430	27	6.3	26	74	11	103	37	20	11	30	1.88
86103269--86103423	54	2.9	54	83	4	163	39	18	10	30	1.86
86103302--86103481	27	6.7	27	79	1	182	38	20	9	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86103274--86103479	80	2.6	81	78	6	231	38	20	10	30	1.86
86104361--86104430	25	2.8	24	89	4	104	24	27	24	24	2.00
86106266--86106486	40	5.6	40	91	2	358	23	22	26	28	1.99
86106266--86106486	79	2.8	80	91	3	358	23	22	26	28	1.99
86114393--86114613	40	5.6	40	91	2	349	23	23	25	27	2.00
86114393--86114613	79	2.8	80	92	3	358	23	23	25	27	2.00
86114393--86114613	119	1.9	119	92	1	372	23	23	25	27	2.00
86116275--86116351	37	2.1	37	100	0	154	29	15	24	29	1.96
86118850--86118941	40	2.3	40	90	0	139	29	18	23	28	1.98
86123632--86123665	17	1.9	18	94	5	61	11	23	41	23	1.87
86124145--86124262	27	4.4	27	86	0	164	37	21	16	24	1.94
86124403--86124504	27	3.8	27	76	5	89	22	21	17	38	1.93
86129464--86129575	40	2.8	41	82	9	117	25	25	27	22	2.00
86132304--86132461	27	5.9	27	85	5	169	31	10	20	38	1.86
86132304--86132470	81	2.1	81	84	6	214	29	10	22	37	1.87
86144759--86144828	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
86144759--86144840	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
86161713--86161885	45	3.9	44	90	4	251	24	21	27	26	2.00
86167759--86167821	26	2.3	27	78	8	74	36	23	12	26	1.91
86167930--86168016	27	3.2	27	90	1	129	19	21	22	35	1.96
86167930--86168040	27	4.1	27	83	3	71	20	21	20	36	1.95
86169004--86169041	16	2.4	16	86	8	51	60	5	0	34	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86175996--86176210	40	5.5	40	91	3	307	23	23	28	24	1.99
86187771--86187850	29	2.8	28	82	3	88	18	15	35	31	1.92
86191643--86191667	10	2.5	10	100	0	50	44	20	8	28	1.79
86197747--86197810	33	1.9	33	90	0	101	26	23	26	23	2.00
86202893--86202999	42	2.5	44	80	7	121	32	26	17	23	1.97
86210704--86210792	27	3.3	27	90	3	135	41	20	19	19	1.91
86210704--86210820	27	4.3	27	85	2	112	40	20	19	19	1.92
86210860--86210902	23	1.9	22	86	13	61	20	16	18	44	1.87
86224079--86224265	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
86224079--86224232	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
86224083--86224265	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
86224083--86224300	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
86232473--86232682	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
86235451--86235637	40	4.7	40	80	4	171	29	23	25	21	1.99
86235451--86235604	80	1.9	80	85	0	209	28	22	25	22	1.99
86240978--86241019	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
86244027--86244116	26	3.5	26	81	0	108	26	24	23	25	2.00
86252299--86252430	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
86260114--86260245	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
86261753--86261924	67	2.7	63	77	6	191	29	18	29	23	1.97
86270761--86270856	50	1.9	49	91	2	156	28	11	30	30	1.92
86277679--86277757	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86277629--86277980	49	7.3	49	92	3	545	29	30	8	31	1.86
86291259--86291483	40	5.6	40	83	3	272	23	21	27	27	1.99
86291263--86291453	83	2.3	80	86	4	258	22	21	27	27	1.99
86299284--86299505	40	5.6	40	81	7	247	24	22	27	26	2.00
86304764--86304796	15	2.3	15	89	5	50	18	12	36	33	1.88
86305676--86305733	17	3.4	17	100	0	116	5	34	41	18	1.73
86309971--86310023	27	2.0	27	88	7	81	18	24	24	32	1.97
86310264--86310747	256	1.9	250	88	3	727	27	15	16	40	1.89
86313841--86313988	50	3.0	50	81	3	174	24	16	29	29	1.97
86316054--86316309	94	2.8	92	81	7	272	24	29	19	27	1.98
86316650--86316735	30	2.9	30	94	0	154	25	27	17	29	1.97
86317055--86317079	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
86351038--86351209	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
86351030--86351205	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
86353588--86353676	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
86353588--86353667	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
86353599--86353676	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
86356627--86356798	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
86356619--86356794	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
86358547--86358674	40	3.3	39	91	4	195	20	22	27	29	1.98
86360311--86360601	24	12.1	24	96	0	501	20	18	25	35	1.95
86368205--86368249	21	2.2	21	84	4	56	44	4	24	26	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86369789--86369952	40	4.2	40	92	1	260	21	21	25	31	1.98
86371805--86371854	22	2.3	22	100	0	100	36	20	16	28	1.93
86378175--86378370	40	4.9	40	84	7	272	23	27	24	24	2.00
86378175--86378366	80	2.4	80	92	1	314	23	28	25	23	2.00
86385465--86385555	30	3.0	30	93	0	146	13	30	30	25	1.93
86385485--86385538	17	3.4	17	70	19	62	9	29	35	25	1.87
86385770--86385837	27	2.5	27	95	0	118	50	14	5	29	1.67
86387313--86387368	18	2.9	18	73	26	53	80	3	3	12	0.97
86387320--86387368	18	2.5	21	80	9	59	79	4	4	12	1.01
86387313--86387366	28	1.9	28	82	14	67	79	3	3	12	1.00
86389720--86389849	40	3.2	40	83	4	156	23	25	27	23	2.00
86397771--86397803	17	1.9	17	100	0	66	54	12	9	24	1.66
86406044--86406152	43	2.6	43	79	5	123	28	24	15	31	1.96
86410717--86410866	41	3.6	41	75	10	144	23	20	28	28	1.99
86414084--86414186	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
86421895--86422081	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
86421895--86422048	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
86421899--86422081	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
86425117--86425219	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
86431353--86431454	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
86439237--86439338	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
86445031--86445180	41	3.6	41	75	13	137	23	21	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86448078--86448187	54	2.0	55	92	1	186	26	19	10	43	1.83
86450342--86450426	42	2.0	42	95	0	152	30	23	17	28	1.97
86454494--86454525	16	1.9	17	93	6	57	37	6	12	43	1.68
86465411--86465516	55	1.9	55	86	3	151	18	33	24	22	1.97
86475061--86475112	27	1.9	27	88	7	79	34	26	21	17	1.95
86481514--86481576	31	2.0	31	84	0	81	25	23	14	36	1.93
86481784--86481879	47	2.1	46	92	2	156	30	20	19	29	1.97
86481763--86481880	24	5.0	24	88	6	161	28	22	20	28	1.98
86481930--86481995	20	3.3	20	87	2	98	31	21	13	33	1.92
86489582--86489643	31	2.0	31	93	0	106	24	24	16	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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