genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.350.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  350  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110175689--110175755	3	23.0	3	74	17	61	67	4	0	28	1.10
110175688--110175758	26	2.8	26	77	14	85	66	5	0	28	1.14
110175693--110175760	29	2.3	28	80	16	68	69	4	0	26	1.07
110178060--110178179	46	2.6	46	94	2	206	20	20	27	32	1.97
110177959--110178128	93	1.8	92	87	3	252	21	18	28	31	1.97
110182559--110182708	75	2.0	75	100	0	300	38	17	21	22	1.93
110185626--110185750	46	2.7	46	87	0	178	21	19	26	32	1.97
110189750--110189925	46	3.8	44	79	10	192	21	20	28	28	1.98
110195074--110195165	39	2.4	39	88	1	132	21	29	23	25	1.99
110197253--110197377	38	3.3	38	95	0	223	21	28	25	24	1.99
110201127--110201171	21	2.2	20	85	14	58	71	2	2	24	1.09
110202682--110202722	12	3.3	13	86	10	59	63	7	2	26	1.33
110211947--110212023	38	2.0	38	97	0	145	33	25	5	35	1.79
110213847--110213886	19	2.1	19	100	0	80	50	10	5	35	1.58
110213851--110213894	19	2.3	19	88	0	61	43	18	4	34	1.70
110218297--110218481	40	4.6	40	91	1	300	23	23	27	25	2.00
110227173--110227218	22	2.1	22	100	0	92	47	21	8	21	1.77
110227268--110227318	24	2.1	24	100	0	102	47	17	7	27	1.75
110227383--110227479	42	2.3	42	92	0	167	23	29	26	19	1.98
110230625--110230685	18	3.3	18	90	2	95	14	39	29	16	1.88
110238271--110238426	43	3.6	42	77	10	147	32	23	16	26	1.96
110238293--110238426	42	3.1	42	76	14	114	34	25	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110238380--110238507	64	2.0	64	96	0	238	31	24	16	28	1.96
110241894--110241929	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
110242452--110242586	45	3.0	45	87	2	191	25	22	25	26	2.00
110242507--110242671	85	1.9	88	81	12	207	26	20	28	24	1.99
110245127--110245219	45	2.0	46	95	2	170	59	9	11	19	1.60
110247967--110248052	40	2.2	39	82	2	109	24	13	29	32	1.94
110248829--110248858	15	2.0	15	100	0	60	33	13	20	33	1.91
110261384--110261486	44	2.4	43	83	6	127	37	23	16	22	1.93
110261456--110261571	43	2.7	43	93	2	189	31	25	19	23	1.98
110261412--110261571	86	1.9	87	82	4	207	32	26	18	22	1.97
110267433--110267620	9	19.6	9	72	12	133	29	1	22	46	1.61
110267435--110267543	57	1.9	57	88	0	164	28	0	23	46	1.58
110267437--110267603	21	8.5	21	72	14	142	28	1	23	46	1.63
110267470--110267607	39	3.5	39	97	0	249	30	1	23	44	1.62
110267448--110267620	78	2.3	78	87	3	253	29	1	22	46	1.62
110267801--110268287	241	2.0	241	97	0	911	33	14	17	34	1.90
110273451--110273503	27	1.9	27	81	11	63	32	5	3	58	1.39
110273670--110273704	14	2.5	14	95	0	61	45	8	0	45	1.34
110273665--110273704	12	3.2	12	83	13	53	45	10	0	45	1.37
110281529--110282045	126	4.1	126	88	3	731	36	16	17	28	1.92
110284792--110284953	46	3.5	45	81	9	168	22	32	19	25	1.97
110285894--110285958	28	2.3	28	91	0	103	18	20	43	18	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110287200--110287308	18	6.4	15	82	17	85	37	11	14	36	1.82
110287205--110287322	17	6.6	17	86	9	164	37	11	14	36	1.83
110287203--110287322	35	3.3	35	87	9	179	36	11	15	36	1.83
110287200--110287322	54	2.3	54	100	0	246	37	11	14	36	1.82
110287200--110287322	19	6.8	19	89	10	204	37	11	14	36	1.82
110287200--110287345	17	7.7	22	86	12	97	36	10	15	37	1.81
110287314--110287359	21	2.1	22	84	8	58	36	4	15	43	1.66
110287301--110287359	22	2.7	23	79	7	61	37	5	16	40	1.71
110294055--110294105	7	6.9	7	77	18	50	82	0	17	0	0.67
110294064--110294104	6	6.8	6	83	10	57	82	0	17	0	0.66
110294052--110294105	11	4.5	12	80	15	58	83	0	16	0	0.65
110294064--110294104	19	2.3	18	83	8	57	82	0	17	0	0.66
110294055--110294104	12	3.9	13	79	10	59	82	0	18	0	0.68
110295063--110295404	44	7.8	44	80	7	356	29	16	27	26	1.97
110295048--110295363	175	1.8	174	92	0	542	31	15	25	26	1.96
110295370--110295619	87	2.9	87	90	0	419	24	14	27	33	1.95
110295064--110295494	219	2.0	218	90	1	675	29	15	26	28	1.96
110295600--110295637	18	2.1	18	100	0	76	23	18	26	31	1.97
110295513--110295724	105	2.0	105	90	0	334	25	14	26	33	1.95
110296349--110296457	18	6.4	15	82	17	85	37	11	14	36	1.82
110296354--110296471	17	6.6	17	86	9	164	37	11	14	36	1.83
110296352--110296471	35	3.3	35	87	9	179	36	11	15	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110296349--110296471	54	2.3	54	100	0	246	37	11	14	36	1.82
110296349--110296471	19	6.8	19	89	10	204	37	11	14	36	1.82
110296349--110296494	17	7.7	22	86	12	97	36	10	15	37	1.81
110296463--110296508	21	2.1	22	84	8	58	36	4	15	43	1.66
110296450--110296508	22	2.7	23	79	7	61	37	5	16	40	1.71
110299269--110299498	47	4.9	49	80	6	239	23	30	18	27	1.98
110299270--110299534	47	5.7	48	77	10	216	24	29	18	27	1.98
110300798--110301090	148	2.0	148	89	0	451	51	6	4	37	1.48
110304006--110304053	17	2.8	17	77	3	51	27	12	18	41	1.86
110305458--110305483	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
110306642--110306677	11	3.3	11	92	0	54	33	0	27	38	1.57
110307052--110307139	44	2.0	44	93	0	149	40	4	29	25	1.75
110307158--110307190	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
110312592--110312768	51	3.5	50	85	4	203	28	25	14	31	1.95
110312621--110312768	52	2.9	51	88	4	201	29	26	13	30	1.94
110313307--110313352	21	2.2	21	92	0	74	41	21	8	28	1.83
110314925--110315053	63	2.0	62	84	14	167	24	14	5	55	1.61
110320017--110320081	19	3.4	18	77	10	58	36	3	9	50	1.50
110324683--110324812	19	6.7	21	77	15	68	39	15	8	36	1.78
110324683--110324740	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
110324719--110324841	19	6.8	19	87	10	195	36	13	11	38	1.81
110324719--110324841	54	2.3	54	98	0	237	36	13	11	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110324719--110324838	35	3.3	36	87	6	181	36	14	11	37	1.82
110325450--110325583	47	3.2	40	63	21	92	37	25	11	25	1.90
110325416--110325889	87	5.4	87	93	1	797	32	27	14	25	1.94
110325854--110326195	44	7.8	44	78	8	349	27	26	16	29	1.97
110325764--110326195	218	2.0	219	90	0	686	28	26	15	28	1.96
110327160--110327201	20	2.0	21	82	13	52	4	21	0	73	1.01
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110327169--110327207	20	2.0	20	85	10	53	2	20	0	76	0.90
110333999--110334098	17	5.6	18	87	7	150	35	15	12	38	1.84
110333999--110334099	35	2.8	36	89	5	152	35	14	11	37	1.83
110333992--110334102	54	2.1	52	94	3	195	35	15	10	38	1.82
110334591--110334648	17	3.4	18	68	20	52	62	0	24	13	1.32
110336923--110336955	17	1.9	17	88	11	50	9	0	6	84	0.76
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110349427--110349479	21	2.5	22	76	11	56	32	18	7	41	1.79
110349716--110349839	58	2.2	58	79	4	135	30	20	16	31	1.95
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110367312--110367531	40	5.5	40	95	1	370	26	28	22	22	1.99
110380068--110380350	50	5.6	50	75	9	227	28	16	24	31	1.96
110380119--110380300	101	1.8	101	86	0	265	29	18	24	28	1.98
110380114--110380395	150	1.9	151	84	3	381	28	17	25	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110382871--110382961	24	3.8	24	97	0	164	35	27	17	19	1.95
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110389695--110389785	24	3.8	24	97	0	164	35	27	17	19	1.95
110389768--110389841	29	2.6	29	97	0	139	28	32	14	24	1.95
110401895--110401960	23	2.9	23	84	4	80	53	22	13	10	1.71
110404109--110404291	54	3.4	54	82	1	152	33	22	8	35	1.85
110404120--110404250	27	4.9	27	90	0	208	28	22	9	39	1.86
110404107--110404292	81	2.3	80	75	4	194	33	22	8	34	1.85
110404228--110404504	81	3.4	80	84	4	315	40	21	8	29	1.83
110404242--110404579	27	12.5	27	76	4	277	40	18	9	31	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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