genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  75  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21750038--21750372	134	2.4	136	92	3	539	28	29	8	33	1.87
21753248--21753351	28	3.7	28	66	11	77	30	34	16	18	1.93
21753247--21753380	58	2.4	56	85	5	196	32	32	16	18	1.93
21753366--21753417	25	2.1	25	85	7	70	28	30	13	26	1.94
21753586--21753736	40	3.8	40	96	0	266	25	29	24	21	1.99
21753772--21753883	38	2.9	38	79	10	88	29	29	15	25	1.96
21753794--21753944	38	4.0	38	86	0	167	27	29	14	28	1.95
21755891--21756373	47	10.3	47	91	0	768	28	28	8	34	1.86
21759253--21759472	40	5.6	40	78	4	232	24	25	23	26	2.00
21763954--21764064	25	4.4	25	75	11	111	36	4	0	58	1.25
21764028--21764073	21	2.2	20	85	14	58	30	4	4	60	1.35
21763952--21764059	12	8.9	12	68	20	57	36	4	0	58	1.25
21764340--21764371	16	2.0	16	93	0	55	21	0	0	78	0.76
21772833--21772873	14	3.0	14	86	10	50	26	7	14	51	1.69
21774671--21774695	11	2.3	11	100	0	50	56	16	0	28	1.41
21785701--21785741	20	2.0	20	85	0	55	26	19	12	41	1.87
21789475--21789535	31	2.0	31	93	0	104	24	26	16	32	1.96
21789742--21789914	23	7.4	24	91	6	275	27	21	20	29	1.98
21789963--21790029	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
21789963--21790018	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
21790066--21790113	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
21797613--21797675	30	2.1	30	93	0	108	23	23	15	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21797882--21798057	24	7.4	24	93	3	293	27	21	21	29	1.99
21797889--21798057	47	3.6	47	95	1	302	27	20	21	29	1.98
21797882--21798058	71	2.5	71	92	2	293	27	21	21	29	1.98
21798106--21798172	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
21798106--21798161	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
21798209--21798256	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
21800085--21800147	15	4.2	15	75	0	63	50	15	17	15	1.78
21804460--21804515	28	2.0	28	96	0	103	30	21	5	42	1.75
21811926--21812115	51	3.7	51	90	2	294	31	24	13	30	1.93
21812180--21812211	11	2.9	11	100	0	64	25	28	18	28	1.98
21821055--21821126	36	2.0	36	86	10	103	20	20	16	41	1.90
21823533--21823564	17	1.9	17	93	6	57	43	0	6	50	1.27
21824876--21824909	17	2.0	17	88	0	50	47	0	2	50	1.16
21826793--21826873	30	2.7	30	84	0	108	45	2	32	19	1.64
21830429--21830546	40	3.0	40	96	0	209	27	29	20	22	1.98
21833946--21834526	289	2.0	290	88	1	871	37	13	14	34	1.86
21837261--21837412	40	3.8	40	80	5	164	26	23	26	22	2.00
21837261--21837412	80	1.9	80	85	5	209	26	23	26	22	2.00
21845244--21845393	40	3.8	40	79	6	162	27	23	27	22	1.99
21845244--21845393	80	1.9	78	83	8	196	27	23	27	22	1.99
21851483--21851635	40	3.8	41	77	10	154	27	23	26	22	1.99
21851485--21851635	82	1.9	81	84	6	207	27	23	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21859468--21859618	40	3.8	40	80	6	164	27	23	27	22	1.99
21859468--21859618	80	1.9	79	85	6	207	27	23	27	22	1.99
21864601--21864656	16	3.5	16	76	9	60	33	1	12	51	1.50
21876517--21876585	33	2.1	33	97	0	129	28	20	11	39	1.87
21881708--21881777	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
21881708--21881789	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
21886082--21886203	48	2.5	48	86	4	165	31	18	22	26	1.97
21886241--21886463	42	5.3	41	78	8	191	29	13	25	31	1.94
21886269--21886464	42	4.6	42	80	6	207	30	13	24	31	1.94
21886269--21886479	85	2.5	85	85	3	280	29	14	24	31	1.94
21888641--21888681	19	2.1	20	86	4	57	31	9	2	56	1.45
21891115--21891194	42	2.0	41	85	7	110	48	2	20	28	1.62
21895175--21895219	22	2.0	22	100	0	90	31	4	17	46	1.68
21896242--21896304	31	2.0	31	100	0	126	30	22	19	28	1.98
21899886--21900030	40	3.6	40	86	4	202	25	25	26	22	2.00
21912741--21912791	6	8.2	6	79	16	59	78	0	5	15	0.93
21920818--21920950	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
21920848--21920950	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
21922224--21922505	143	2.0	143	98	0	546	31	18	25	24	1.98
21927868--21928000	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
21927898--21928000	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
21929751--21929912	26	6.2	26	94	0	261	32	5	24	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21929751--21929912	78	2.1	78	96	0	297	32	5	24	37	1.79
21931356--21931416	28	2.3	26	82	5	68	37	16	13	32	1.87
21931380--21931431	26	2.0	26	88	7	79	30	17	21	30	1.96
21931534--21931645	27	4.2	26	77	10	109	17	24	21	36	1.95
21934033--21934217	40	4.6	40	81	5	189	22	27	24	25	2.00
21942049--21942229	40	4.6	40	78	6	165	22	27	24	25	2.00
21942044--21942229	80	2.3	80	78	13	204	23	26	24	25	2.00
21950055--21950236	40	4.6	40	79	6	158	23	26	24	26	2.00
21955248--21955416	43	4.0	42	74	14	141	30	28	18	23	1.97
21963420--21963480	29	2.2	28	91	5	97	42	11	21	24	1.86
21969730--21969814	40	2.2	40	86	2	118	27	16	25	30	1.97
21972411--21972622	43	5.0	43	79	5	148	33	26	15	24	1.95
21972419--21972622	42	4.8	42	78	5	187	32	27	14	25	1.95
21972591--21972672	43	1.9	43	82	2	103	32	25	12	29	1.92
21973224--21973329	40	2.7	40	91	1	160	32	25	17	24	1.97
21975056--21975101	18	2.6	17	86	6	65	60	2	0	36	1.09
21975059--21975099	18	2.2	19	91	4	66	65	2	0	31	1.05
21976831--21976932	51	2.0	51	100	0	204	29	15	19	35	1.93
21981220--21981257	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
21993761--21993838	38	2.1	38	100	0	156	26	20	20	32	1.97
21994794--21994875	27	3.1	26	91	5	128	36	20	24	18	1.95
21996682--21996723	18	2.3	18	84	12	50	45	21	11	21	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21999657--21999864	40	5.2	40	83	2	211	25	23	25	25	2.00
21999658--21999864	80	2.6	80	82	6	240	25	23	26	25	2.00
22001543--22001619	28	2.8	28	80	7	93	29	27	11	31	1.92
22001628--22001703	40	1.9	40	86	0	107	30	28	17	23	1.97
22004744--22005036	42	6.7	41	74	14	205	29	25	17	27	1.97
22004873--22005013	48	2.9	48	87	2	203	27	24	17	30	1.97
22005008--22005144	37	3.8	37	84	7	167	26	27	18	27	1.98
22007135--22007173	20	1.9	20	84	5	51	30	7	5	56	1.49
22007625--22007701	28	2.8	28	77	0	73	28	28	11	31	1.92
22025806--22025905	38	2.6	38	87	4	130	24	26	25	25	2.00
22025822--22025928	37	2.8	38	85	2	135	20	24	27	28	1.99
22025919--22026032	43	2.7	43	94	0	192	13	26	30	29	1.94
22028396--22028537	47	3.0	47	95	1	250	28	11	14	45	1.81
22029340--22029513	43	4.0	44	82	6	194	27	21	27	24	1.99
22029340--22029513	88	2.0	88	85	5	237	27	21	27	24	1.99
22030040--22030072	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
22039252--22039296	16	2.8	16	82	0	54	51	20	17	11	1.75
22039522--22039621	29	3.5	29	84	1	130	27	17	29	27	1.97
22039507--22039621	29	4.0	29	82	6	128	28	15	27	27	1.96
22039522--22039630	57	1.9	58	84	1	148	26	17	28	27	1.98
22048786--22048970	79	2.3	82	81	7	211	24	23	27	24	2.00
22048786--22048970	40	4.7	40	76	6	171	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22048838--22049003	79	2.1	79	78	4	174	25	22	27	24	2.00
22050384--22050572	40	4.7	40	86	0	234	24	26	22	26	2.00
22057310--22057528	40	5.5	39	80	5	199	24	25	22	26	2.00
22062725--22062789	32	2.0	32	100	0	130	24	12	20	43	1.86
22064469--22064791	43	7.5	44	82	8	342	31	24	18	25	1.97
22064516--22064791	88	3.2	88	86	5	364	32	23	18	25	1.97
22064469--22064792	131	2.5	128	86	4	429	32	24	18	25	1.97
22065093--22065136	21	2.1	21	100	0	88	0	56	20	22	1.42
22065692--22065729	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
22072926--22073177	133	1.9	133	99	0	495	51	18	10	19	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433