genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  105  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32200461--32200487	14	1.9	14	100	0	54	44	0	3	51	1.19
32211438--32211659	46	4.7	47	76	9	159	27	18	29	24	1.98
32211441--32211662	47	4.7	48	75	11	176	27	18	29	24	1.98
32213280--32213304	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
32217428--32217465	18	2.2	18	86	9	53	68	2	7	21	1.28
32217711--32217738	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
32219644--32219722	26	3.0	26	80	7	72	36	18	10	34	1.85
32219794--32219943	42	3.6	42	74	0	129	33	24	24	18	1.97
32224551--32224710	46	3.5	45	81	10	182	25	31	16	26	1.96
32224539--32224709	90	1.9	94	84	9	237	25	31	16	26	1.96
32226965--32227013	24	2.0	24	96	0	89	28	22	16	32	1.95
32229652--32229689	19	2.0	19	94	0	67	36	28	5	28	1.79
32231096--32231121	12	2.2	12	100	0	52	23	46	15	15	1.83
32232219--32232256	20	2.0	20	89	5	60	44	0	31	23	1.54
32234223--32234425	102	2.0	102	94	0	352	38	19	15	27	1.91
32235017--32235099	34	2.4	34	86	4	105	30	7	9	53	1.61
32235050--32235177	55	2.3	55	79	0	157	29	6	10	53	1.60
32242253--32242345	48	1.9	48	91	0	150	36	13	22	26	1.92
32248292--32248322	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
32248289--32248328	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
32248514--32248768	53	4.8	53	82	7	245	21	25	17	36	1.95
32248561--32248760	108	1.8	109	90	3	323	22	25	17	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32248514--32248768	54	4.8	53	80	8	256	21	25	17	36	1.95
32256065--32256317	53	4.8	53	81	9	270	21	24	17	35	1.95
32256112--32256310	108	1.8	108	91	4	330	22	25	18	34	1.96
32258844--32258908	29	2.2	30	83	2	78	52	0	20	27	1.47
32261184--32261236	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
32262720--32262816	32	3.0	32	92	1	158	38	24	7	29	1.82
32263651--32263757	43	2.5	42	86	1	133	17	30	31	19	1.95
32265850--32266011	49	3.4	48	72	15	131	26	20	28	24	1.99
32273901--32274060	80	2.0	80	97	0	302	26	22	17	33	1.96
32278840--32279011	46	3.7	46	75	16	183	29	26	19	25	1.98
32278848--32279019	93	1.8	93	90	2	274	28	26	20	24	1.99
32288569--32288670	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
32291699--32291875	51	3.5	51	77	3	187	31	25	16	25	1.97
32296638--32296681	22	2.0	22	95	0	79	22	34	18	25	1.96
32300006--32300085	40	2.0	39	92	2	133	46	7	17	28	1.75
32300494--32300660	43	3.9	44	81	4	198	26	14	25	32	1.95
32303657--32303789	40	3.3	39	82	11	162	29	28	16	25	1.97
32313702--32313900	40	5.0	40	96	0	355	20	23	30	26	1.98
32314143--32314191	25	2.0	25	88	8	73	28	12	30	28	1.93
32314483--32314509	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
32319683--32319880	40	5.0	40	95	1	346	20	23	29	26	1.98
32320123--32320171	25	2.0	25	88	8	73	28	12	30	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32320464--32320490	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
32325669--32325867	40	5.0	40	96	0	355	20	23	30	26	1.98
32326110--32326158	25	2.0	25	88	8	73	28	12	30	28	1.93
32331792--32331933	27	5.3	27	81	6	162	40	21	8	29	1.83
32331792--32331942	81	1.9	81	85	2	214	39	22	7	29	1.82
32331943--32332197	27	9.4	27	88	0	357	29	22	7	41	1.80
32331944--32332197	54	4.7	54	92	0	409	28	22	7	41	1.80
32331946--32332254	54	5.7	54	87	1	296	31	21	7	39	1.81
32332215--32332333	27	4.4	27	77	0	121	38	22	8	30	1.84
32331975--32332254	81	3.5	81	84	1	240	31	22	7	38	1.82
32332164--32332303	54	2.6	54	81	2	138	40	22	7	30	1.81
32332315--32332509	27	7.3	27	88	1	293	33	20	23	22	1.97
32332911--32332981	31	2.3	31	95	0	124	21	16	14	47	1.81
32332911--32333014	6	16.8	6	70	16	70	20	19	13	47	1.82
32332914--32333009	25	3.8	25	82	6	106	19	19	14	45	1.85
32337964--32338094	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
32337963--32338094	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
32341532--32341674	27	5.3	27	79	9	157	40	20	8	30	1.82
32341684--32341883	27	7.4	27	86	0	265	28	23	8	41	1.82
32341676--32341883	54	3.8	54	93	0	335	28	22	8	40	1.82
32341686--32341924	81	2.9	81	84	0	262	31	21	7	38	1.82
32341850--32341961	27	4.2	25	72	13	71	43	22	5	28	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32341686--32341909	54	4.1	54	90	0	277	31	22	7	38	1.82
32341877--32341989	54	2.1	54	85	3	147	45	21	6	27	1.75
32341891--32342015	27	4.6	27	78	0	124	43	20	7	28	1.78
32342004--32342191	27	7.0	27	82	3	220	35	19	22	22	1.96
32342001--32342187	81	2.3	81	87	4	263	35	19	22	22	1.96
32342001--32342191	54	3.6	54	82	1	251	36	19	21	22	1.95
32342597--32342667	31	2.3	31	95	0	124	21	16	14	47	1.81
32342597--32342709	6	18.3	6	67	18	63	20	17	14	47	1.82
32342600--32342695	25	3.8	25	80	6	97	19	18	14	46	1.83
32348658--32348767	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
32350387--32350508	27	4.5	27	87	2	165	19	25	22	32	1.97
32353694--32353750	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
32353921--32353945	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
32364128--32364158	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
32372491--32372555	16	4.3	15	74	18	64	53	27	0	18	1.44
32372621--32372683	31	2.0	31	96	0	117	39	17	19	23	1.92
32373848--32373889	19	2.3	19	83	4	59	61	4	0	33	1.17
32373903--32373963	10	6.0	10	74	9	52	52	3	1	42	1.27
32375305--32375348	19	2.3	19	92	4	70	36	0	11	52	1.38
32384775--32384839	34	1.9	34	90	0	103	44	15	10	29	1.80
32384777--32384850	34	2.2	34	85	4	96	44	17	9	28	1.80
32387798--32387890	23	3.8	25	72	12	86	23	21	20	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32387858--32387917	22	2.7	23	78	5	68	25	23	18	33	1.97
32387845--32387961	23	5.0	23	72	13	78	23	23	20	32	1.98
32390147--32390185	19	2.1	19	100	0	78	38	25	5	30	1.78
32393215--32393334	50	2.4	50	88	0	186	32	23	20	23	1.98
32393537--32393776	105	2.3	105	84	1	329	25	30	23	20	1.98
32395508--32395555	23	2.1	23	96	0	87	50	0	12	37	1.41
32395546--32395596	23	2.3	23	89	3	77	43	3	5	47	1.46
32396020--32396059	5	7.8	5	86	5	53	12	2	0	85	0.71
32396020--32396059	16	2.6	16	92	4	64	12	2	0	85	0.71
32399336--32399374	19	2.1	19	100	0	78	53	20	5	20	1.64
32399707--32399753	21	2.2	21	81	11	51	27	4	6	61	1.39
32399714--32399767	21	2.6	20	77	8	63	25	1	5	66	1.23
32400036--32400078	2	21.5	2	95	0	77	46	0	0	53	1.00
32403686--32403726	14	2.8	14	88	7	55	80	2	2	14	0.92
32404012--32404117	51	2.0	54	89	5	164	46	20	14	18	1.84
32404567--32404591	10	2.5	10	100	0	50	20	16	0	64	1.30
32405129--32405170	17	2.7	16	78	14	52	47	42	0	9	1.36
32407312--32407417	53	2.0	53	98	0	203	50	12	13	23	1.74
32411237--32411420	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
32411281--32411429	80	1.9	80	81	2	183	22	24	30	22	1.99
32413884--32413953	35	2.0	35	100	0	140	31	14	17	37	1.89
32418495--32418647	39	3.9	39	88	0	216	24	30	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32418476--32418646	78	2.2	79	90	1	263	23	29	21	25	1.99
32424929--32425097	89	1.9	89	82	2	214	18	14	21	45	1.85
32427330--32427818	242	2.0	243	97	0	935	34	18	17	29	1.94
32428837--32428905	31	2.2	32	82	10	90	46	21	10	21	1.81
32429425--32429495	18	3.9	18	79	0	61	21	9	11	57	1.62
32429443--32429487	6	7.5	6	87	0	54	17	8	13	60	1.58
32429443--32429497	12	4.6	12	82	8	58	21	9	12	56	1.64
32429683--32429855	48	3.6	48	96	0	310	24	13	17	43	1.85
32430170--32430198	15	1.9	15	100	0	58	13	6	37	41	1.72
32431852--32431959	40	2.7	40	92	0	171	22	6	23	48	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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