genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  77  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22459175--22459202	13	2.2	13	100	0	56	28	28	14	28	1.95
22460399--22460503	43	2.4	43	77	0	111	29	14	24	31	1.94
22460602--22460717	56	2.1	56	100	0	232	44	5	18	31	1.72
22464975--22465102	40	3.2	40	80	8	145	25	24	27	23	2.00
22472571--22472737	40	4.2	40	78	6	160	26	22	26	23	2.00
22473604--22473750	40	3.7	40	78	6	136	25	22	25	26	2.00
22475844--22475945	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
22483694--22483793	29	3.5	29	80	13	109	28	27	15	30	1.96
22488368--22488422	26	2.1	26	83	6	67	36	23	10	29	1.89
22488530--22488640	55	2.0	55	87	3	161	18	21	19	39	1.92
22488530--22488644	28	4.2	28	84	2	146	18	21	20	39	1.93
22489215--22489253	20	2.0	20	90	9	64	48	5	12	33	1.63
22490485--22490557	36	2.0	36	91	0	119	26	28	8	36	1.85
22504014--22504038	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
22511244--22511276	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
22512800--22512835	18	1.9	19	88	5	56	41	0	16	41	1.48
22513169--22513420	68	3.8	64	76	9	199	29	16	29	24	1.97
22514919--22515021	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
22522716--22522818	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
22531017--22531072	5	10.8	5	81	14	69	16	1	0	82	0.76
22531013--22531075	21	2.9	21	88	4	90	17	1	0	80	0.78
22531016--22531072	16	3.6	16	93	6	91	15	1	0	82	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22537580--22537621	21	2.0	21	100	0	84	28	28	14	28	1.95
22543124--22543217	34	2.8	33	81	1	107	30	23	21	24	1.99
22547199--22547406	67	3.2	64	77	8	204	31	16	28	22	1.96
22555802--22555980	40	4.5	39	81	6	112	23	26	25	24	2.00
22555838--22555980	40	3.6	40	85	6	193	23	26	25	25	2.00
22563858--22564002	40	3.6	40	86	4	202	22	26	25	25	2.00
22572852--22573016	40	4.1	40	86	7	242	26	28	22	23	1.99
22572816--22573000	83	2.3	80	88	3	273	24	29	23	23	1.99
22574541--22574784	40	6.1	40	88	1	310	24	21	27	27	1.99
22580358--22580485	50	2.6	49	89	1	184	25	15	28	29	1.96
22584822--22584960	48	2.9	48	81	10	149	24	20	26	28	1.99
22584824--22584960	51	2.8	49	83	8	163	24	19	27	29	1.99
22595431--22595459	5	5.8	5	100	0	58	41	0	0	58	0.98
22597554--22597738	40	4.6	40	91	1	282	23	24	26	25	2.00
22605297--22605559	40	6.6	40	85	4	327	23	26	23	25	2.00
22615292--22615509	40	5.5	40	90	2	298	23	22	27	25	2.00
22619139--22619165	14	1.9	14	100	0	54	22	7	0	70	1.12
22620545--22620577	5	6.6	5	100	0	66	81	0	18	0	0.68
22628967--22628991	13	1.9	13	100	0	50	16	28	40	16	1.89
22642155--22642298	43	3.3	43	73	9	132	27	15	23	34	1.95
22651476--22651635	40	4.0	40	92	0	266	20	23	29	27	1.98
22651817--22651915	28	3.5	28	72	5	110	22	19	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22651818--22651940	56	2.2	56	94	0	219	21	18	30	29	1.97
22651845--22651940	28	3.4	28	70	5	95	19	17	34	28	1.95
22655662--22655754	46	2.0	46	100	0	186	37	27	15	19	1.91
22682072--22682251	50	3.6	50	90	0	263	31	27	16	25	1.96
22682070--22682297	50	4.6	50	86	2	262	30	27	16	25	1.97
22685872--22685986	29	4.0	29	83	6	128	27	28	15	27	1.96
22693129--22693284	43	3.6	43	76	5	129	26	14	24	35	1.93
22702019--22702215	38	5.1	38	85	4	270	30	24	22	21	1.99
22702018--22702215	78	2.6	76	83	6	272	31	24	22	21	1.98
22728262--22728332	24	3.0	24	79	8	92	23	21	16	38	1.93
22728252--22728328	23	3.3	22	83	7	91	25	22	16	35	1.95
22732330--22732483	29	5.5	27	79	4	146	31	24	14	29	1.94
22732330--22732454	27	4.5	28	79	4	119	33	24	14	28	1.94
22753660--22753900	51	4.7	52	73	4	213	31	16	26	25	1.96
22755683--22755835	24	6.4	24	92	2	245	26	20	21	30	1.98
22755884--22755950	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
22755884--22755939	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
22755987--22756034	25	1.9	25	86	0	69	27	14	25	33	1.94
22757633--22757792	40	4.0	40	80	4	173	26	26	21	25	2.00
22765692--22765859	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
22775202--22775399	24	8.4	24	92	4	314	27	21	21	29	1.99
22775202--22775399	47	4.2	48	92	4	314	27	21	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22775456--22775508	9	5.4	9	75	16	52	37	20	7	33	1.81
22775448--22775514	20	3.3	20	89	0	107	34	20	10	34	1.87
22775448--22775504	11	5.5	11	74	16	59	35	19	10	35	1.86
22775551--22775598	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
22779614--22779698	6	13.8	6	75	14	66	50	14	16	18	1.78
22779619--22779698	31	2.6	31	87	0	115	50	15	16	18	1.79
22779880--22779931	27	2.0	26	84	3	68	38	21	23	17	1.93
22780168--22780254	27	3.2	27	86	1	120	36	5	24	33	1.79
22780249--22780400	54	2.8	54	78	4	155	28	10	22	38	1.87
22780248--22780400	27	5.7	26	75	9	112	28	10	22	37	1.88
22789429--22789596	40	4.2	40	78	6	153	26	22	26	25	2.00
22808639--22808813	46	3.8	46	77	15	198	29	29	20	20	1.97
22808646--22808817	93	1.8	93	93	0	299	29	29	20	20	1.98
22808647--22808833	46	4.0	45	71	19	145	29	29	20	20	1.98
22816684--22816744	30	2.0	31	83	3	79	32	18	8	40	1.80
22817738--22817816	27	2.9	27	96	0	140	44	20	7	27	1.78
22818247--22818289	15	2.9	15	96	0	77	53	13	13	18	1.73
22827641--22827679	6	6.5	6	96	0	69	82	0	2	15	0.79
22832627--22832739	56	2.0	56	87	0	163	15	20	22	42	1.88
22834263--22834381	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
22834263--22834381	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
22834432--22834491	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22834432--22834486	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
22834534--22834581	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
22841411--22841643	50	4.7	50	81	3	281	27	17	25	30	1.97
22841416--22841597	101	1.8	101	88	0	283	27	18	25	29	1.98
22841411--22841692	150	1.9	151	85	0	395	26	16	26	29	1.97
22847435--22847653	106	2.1	106	95	0	393	37	9	20	32	1.84
22851009--22851091	33	2.5	34	86	7	127	25	20	27	26	1.99
22856014--22856233	40	5.5	40	85	3	246	24	26	23	25	2.00
22870849--22871018	93	1.8	93	93	1	297	27	28	21	22	1.99
22871434--22871490	30	1.9	30	88	0	87	29	24	8	36	1.86
22875430--22875597	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
22880488--22880655	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
22888501--22888668	40	4.2	40	77	3	151	23	26	23	27	2.00
22893228--22893269	21	2.0	21	81	9	50	61	4	2	30	1.29
22903073--22903112	19	2.1	19	100	0	80	42	32	5	20	1.73
22907967--22908166	49	4.1	49	96	0	373	35	9	26	29	1.88
22908237--22908327	37	2.4	37	90	1	146	20	18	35	25	1.96
22914504--22914633	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
22916777--22916806	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
22930350--22930509	85	1.9	85	92	0	266	43	11	12	33	1.78
22941596--22941623	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
22948520--22948571	19	2.6	21	75	6	54	23	26	1	48	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22949008--22949189	99	1.8	99	87	0	274	34	27	13	25	1.93
22950318--22950372	20	2.7	21	83	13	71	74	0	5	20	1.01
22951804--22951849	22	2.1	22	100	0	92	17	47	0	34	1.48
22952844--22952908	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
22953024--22953102	27	2.8	28	80	5	97	21	25	20	32	1.97
22953024--22953114	27	3.2	28	76	7	87	21	26	19	31	1.98
22954180--22954213	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
22960682--22960743	28	2.2	28	94	0	106	32	27	9	30	1.89
22960860--22960939	27	2.9	28	81	5	99	20	23	22	33	1.97
22960860--22960950	27	3.2	28	79	4	85	20	25	20	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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