genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  70  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20236823--20236850	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
20243885--20243933	20	2.4	20	86	10	64	51	16	22	10	1.74
20250452--20250571	48	2.5	49	83	4	145	26	17	30	25	1.97
20252597--20252698	43	2.4	42	91	3	159	32	9	13	44	1.77
20254495--20254726	49	4.7	49	80	3	248	28	25	18	27	1.98
20258318--20258381	30	2.1	31	88	8	96	59	10	4	25	1.50
20258410--20258452	22	2.0	22	85	0	59	58	9	9	23	1.58
20259342--20259389	2	24.0	2	91	8	80	47	0	2	50	1.12
20260867--20260922	17	3.2	17	72	25	53	21	5	5	67	1.31
20261620--20261671	7	8.0	7	76	23	60	42	0	0	57	0.98
20261620--20261671	15	3.5	15	79	15	63	42	0	0	57	0.98
20261728--20261782	16	3.5	15	73	11	56	47	0	0	52	1.00
20267624--20267698	2	37.5	2	100	0	150	50	49	0	0	1.00
20268511--20268573	20	3.1	21	77	8	60	34	19	11	34	1.87
20268524--20268623	20	5.0	20	70	11	62	42	18	7	33	1.77
20268796--20268859	22	2.8	22	75	17	60	37	21	20	20	1.94
20268778--20268859	23	3.6	22	76	16	71	36	20	19	23	1.95
20268778--20268892	45	2.5	45	81	8	117	38	20	18	22	1.94
20272085--20272259	49	3.6	49	78	5	185	22	26	21	29	1.99
20272085--20272356	94	2.8	97	81	5	241	23	26	19	30	1.98
20272183--20272356	48	3.6	48	73	3	172	24	27	18	29	1.98
20272042--20272365	49	6.8	48	72	5	165	24	27	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20282328--20282366	17	2.3	17	95	0	69	58	12	7	20	1.58
20289374--20289403	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
20289482--20289654	49	3.6	48	78	5	170	23	28	19	27	1.98
20289666--20289794	46	2.7	46	85	3	150	24	26	20	29	1.99
20302974--20303136	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
20311013--20311121	40	2.8	40	83	2	123	24	32	22	21	1.98
20311098--20311175	28	2.9	28	69	16	83	17	33	26	21	1.96
20311151--20311225	39	1.9	39	97	0	141	22	33	21	22	1.97
20319133--20319295	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
20321171--20321561	47	8.3	47	94	0	647	32	9	29	28	1.88
20331062--20331137	23	3.3	23	81	7	93	32	22	22	22	1.98
20331056--20331126	22	3.2	22	82	7	72	33	19	22	23	1.97
20331330--20331385	23	2.5	24	83	11	66	46	14	0	39	1.44
20337476--20337526	21	2.5	21	90	9	79	25	17	25	31	1.97
20338880--20338912	16	2.0	17	88	5	50	39	3	0	57	1.14
20341747--20341850	29	3.6	28	69	13	70	25	31	12	30	1.92
20342076--20342127	16	3.3	16	81	7	63	7	19	17	55	1.65
20347324--20347484	29	5.6	29	89	0	223	25	15	33	25	1.95
20349474--20349570	29	3.4	28	71	14	74	23	32	14	28	1.94
20349497--20349570	29	2.6	29	78	4	78	24	32	13	29	1.93
20357680--20357719	21	1.9	21	85	10	55	35	5	2	57	1.34
20361820--20361884	29	2.2	29	86	0	94	30	18	29	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20363568--20363734	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
20363584--20363734	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
20364556--20364601	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
20369186--20369335	40	3.8	40	76	14	132	26	24	27	22	2.00
20369223--20369351	40	3.2	40	80	3	154	23	23	28	24	1.99
20378007--20378168	39	4.2	39	91	2	263	22	20	32	24	1.98
20378007--20378199	39	4.9	39	89	1	253	22	21	31	23	1.98
20378024--20378237	77	2.7	77	85	5	225	23	22	30	22	1.99
20385018--20385123	28	3.8	27	80	6	104	27	13	24	34	1.92
20385029--20385137	28	3.9	28	77	3	96	27	10	25	36	1.88
20388509--20388631	47	2.6	47	96	0	219	28	29	20	21	1.98
20394831--20395015	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
20394830--20395036	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
20394829--20395036	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
20402814--20402998	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
20402813--20403019	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
20402812--20403019	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
20406520--20406896	47	8.1	47	91	1	571	34	10	28	26	1.89
20406520--20406860	186	1.8	186	93	0	592	34	10	28	26	1.89
20406870--20407006	46	3.0	46	89	0	211	34	8	31	25	1.86
20408493--20408747	40	6.4	40	93	0	420	25	20	27	26	1.99
20410446--20410596	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20410483--20410612	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
20412008--20412164	28	5.6	27	73	11	109	21	19	29	30	1.97
20412007--20412192	57	3.3	56	83	2	221	21	18	30	29	1.97
20412036--20412137	29	3.6	29	78	7	109	21	17	31	29	1.96
20415432--20415465	9	3.9	9	96	3	61	35	8	32	23	1.86
20415854--20416232	47	8.1	47	92	0	580	34	10	28	25	1.90
20416022--20416095	22	3.2	22	63	29	55	31	13	31	24	1.93
20416068--20416142	22	3.3	22	68	23	64	32	12	29	26	1.92
20416206--20416342	46	3.0	46	91	0	220	34	8	31	25	1.86
20426864--20426922	29	2.0	31	83	12	79	40	0	18	40	1.51
20440000--20440054	27	2.0	27	100	0	110	43	29	0	27	1.55
20442357--20442429	29	2.5	29	90	0	92	24	32	16	26	1.96
20449586--20449610	13	1.9	13	100	0	50	40	0	20	40	1.52
20455406--20455587	46	4.0	46	89	2	251	23	23	13	40	1.90
20457951--20458018	30	2.3	30	84	5	84	27	19	4	48	1.68
20460331--20460383	11	5.0	11	75	6	56	37	13	18	30	1.89
20460331--20460388	21	2.8	21	84	5	73	37	12	18	31	1.88
20464679--20464715	17	2.2	17	100	0	74	29	35	16	18	1.93
20468477--20468517	21	2.0	21	90	0	64	34	14	21	29	1.93
20471911--20472120	46	4.5	47	76	9	148	25	30	17	27	1.97
20474739--20474783	20	2.3	20	84	3	56	35	11	2	51	1.50
20477233--20477280	25	1.9	25	83	8	62	27	0	20	52	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20477282--20477324	2	21.5	2	90	0	68	51	0	2	46	1.13
20481364--20481557	39	4.9	39	91	0	271	24	31	20	23	1.98
20489052--20489245	39	4.9	39	91	0	271	24	31	20	23	1.98
20492236--20492414	40	4.4	40	80	4	191	26	24	26	22	2.00
20492236--20492414	80	2.2	81	82	4	211	26	24	26	22	2.00
20492236--20492440	40	5.1	41	79	9	145	26	24	26	22	2.00
20492284--20492440	80	2.0	80	82	2	190	28	24	25	21	1.99
20496692--20496876	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
20496691--20496897	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
20496690--20496897	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
20504676--20504860	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
20504675--20504881	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
20504674--20504881	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
20506265--20507144	44	20.1	44	86	1	1140	22	30	16	30	1.96
20507351--20507466	61	2.0	56	85	9	153	36	14	17	31	1.90
20511033--20511240	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
20511033--20511238	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
20514592--20514639	19	2.5	19	93	0	87	41	16	20	20	1.90
20514602--20514655	24	2.2	24	83	6	65	38	16	24	20	1.92
20518257--20518286	11	2.6	11	94	5	51	80	3	6	10	1.01
20520068--20520100	4	8.2	4	100	0	66	75	0	24	0	0.80
20524456--20524487	6	5.5	6	96	3	57	0	15	0	84	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20532933--20532960	12	2.3	12	100	0	56	35	0	0	64	0.94
20535455--20535492	19	2.0	20	89	5	60	55	5	10	28	1.56
20536838--20536922	43	2.0	43	95	0	152	27	22	2	48	1.63
20548374--20548457	41	2.0	42	95	2	152	48	1	17	32	1.55
20555222--20555262	17	2.4	17	95	0	73	31	24	17	26	1.97
20570851--20571105	39	6.5	39	92	1	386	19	22	28	29	1.98
20574156--20574196	20	2.0	20	100	0	82	51	24	0	24	1.49
20574156--20574202	20	2.3	20	92	0	67	48	25	2	23	1.62
20576179--20576327	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
20576220--20576327	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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