genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  109  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33509155--33509405	27	9.3	27	83	3	222	31	8	20	38	1.83
33508832--33509277	54	8.3	53	83	3	185	38	9	22	29	1.85
33509282--33509422	27	5.3	26	81	5	131	31	7	19	42	1.78
33510896--33510952	27	2.1	27	80	0	51	31	21	10	36	1.87
33510905--33511061	27	5.8	27	87	0	206	29	21	8	41	1.82
33510905--33511061	81	1.9	81	88	0	233	29	21	8	41	1.82
33511013--33511207	27	7.2	27	76	6	171	39	22	7	30	1.82
33510881--33511072	81	2.4	81	81	0	231	31	21	7	39	1.82
33511013--33511293	54	5.1	54	74	9	201	38	20	9	32	1.84
33511230--33511293	27	2.4	27	78	0	56	34	20	12	32	1.90
33511315--33511378	27	2.4	27	84	2	85	35	15	25	23	1.94
33512189--33512257	24	2.8	25	86	4	95	27	24	21	26	1.99
33512189--33512270	24	3.4	24	81	6	85	30	21	21	25	1.99
33512477--33512548	31	2.4	31	92	2	119	31	15	25	27	1.95
33514085--33514128	12	3.7	12	100	0	88	9	25	40	25	1.84
33517115--33517184	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
33517115--33517196	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
33525724--33525768	14	3.0	15	87	6	56	57	15	15	11	1.64
33529516--33529761	72	3.4	72	82	3	221	30	28	17	23	1.97
33529618--33529760	73	2.0	73	92	2	243	34	27	14	23	1.94
33533043--33533138	37	2.6	37	74	9	97	17	14	27	40	1.89
33534113--33534299	50	3.7	50	82	2	180	19	12	28	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33534135--33534363	25	9.2	25	69	3	102	20	13	27	38	1.91
33534181--33534401	75	2.9	75	77	1	219	20	12	28	38	1.89
33534113--33534299	100	1.9	100	81	2	232	19	12	28	39	1.88
33534110--33534320	100	2.1	100	79	3	228	19	12	28	39	1.88
33536480--33536747	46	5.7	48	72	13	168	25	19	30	23	1.98
33539147--33539364	40	5.5	39	84	6	217	24	25	22	26	2.00
33539147--33539365	79	2.7	80	83	1	260	25	25	22	26	2.00
33546059--33546421	143	2.6	137	82	8	392	28	19	28	23	1.99
33546059--33546416	46	7.7	45	74	16	184	28	19	27	24	1.99
33546241--33546416	99	1.8	99	85	7	256	26	18	28	26	1.98
33547552--33547591	21	2.0	20	85	5	53	10	35	32	22	1.87
33553100--33553175	38	2.0	38	97	0	143	19	28	5	46	1.72
33553259--33553374	50	2.4	48	81	8	135	29	20	11	38	1.87
33555419--33555476	15	3.9	15	75	8	64	68	8	3	18	1.30
33555708--33555777	3	23.7	3	88	2	88	61	1	4	32	1.24
33555878--33556015	29	4.8	29	69	15	88	63	2	7	25	1.35
33556967--33556998	15	2.1	16	94	5	57	0	6	9	84	0.78
33560161--33560307	57	2.6	57	79	7	145	30	21	17	30	1.96
33561798--33561894	42	2.3	42	98	0	185	15	29	36	18	1.92
33565507--33565548	20	2.1	20	90	0	66	42	7	2	47	1.43
33567183--33567773	295	2.0	296	99	0	1166	33	11	18	36	1.87
33570872--33570906	18	1.9	18	88	11	54	60	11	0	28	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33571103--33571127	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
33576166--33576190	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
33586193--33586257	25	2.9	23	80	15	66	66	7	0	26	1.19
33586219--33586257	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
33586740--33586774	17	2.1	17	89	5	54	62	0	2	34	1.10
33590623--33590649	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
33593579--33593641	30	2.1	31	82	8	76	41	0	9	49	1.35
33602227--33602429	38	5.3	38	84	6	230	19	21	27	32	1.97
33602227--33602414	76	2.4	77	87	4	254	20	22	26	30	1.98
33604774--33604849	24	3.2	24	62	20	61	19	22	15	42	1.89
33604733--33604959	91	2.5	92	86	5	309	22	23	14	40	1.90
33604733--33604959	46	5.0	46	87	4	307	22	23	14	40	1.90
33607093--33607142	11	4.4	11	78	9	55	64	0	0	36	0.94
33607095--33607168	24	2.7	27	78	19	75	59	1	0	39	1.06
33608196--33608228	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
33608514--33608741	46	5.0	47	90	2	304	21	23	14	40	1.90
33610867--33610915	21	2.5	18	73	20	53	48	4	0	46	1.20
33611014--33611085	29	2.5	27	72	18	65	47	1	0	51	1.09
33611901--33612326	117	3.6	116	78	7	374	30	20	15	33	1.93
33611961--33612288	117	2.8	116	81	2	381	28	19	15	35	1.93
33612568--33612645	28	2.8	28	81	13	81	43	30	2	23	1.67
33612684--33612736	15	3.5	15	76	2	52	43	35	0	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33612892--33612994	40	2.5	40	81	10	129	19	17	17	45	1.86
33612885--33613018	41	3.3	40	79	10	146	17	17	17	46	1.85
33613356--33613436	34	2.4	33	80	12	85	34	2	2	60	1.23
33613381--33613454	15	5.3	14	69	16	55	43	2	2	51	1.30
33613384--33613474	42	2.1	43	80	8	105	41	4	3	50	1.38
33617946--33618211	46	6.0	45	85	8	339	21	23	15	39	1.92
33618124--33618199	38	2.0	38	100	0	152	21	26	18	34	1.96
33620349--33620400	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
33624743--33624935	54	3.5	54	72	17	196	32	26	16	24	1.96
33624799--33624990	59	3.3	59	71	17	204	33	26	14	25	1.94
33624745--33624990	113	2.2	113	98	0	483	33	26	15	24	1.95
33626790--33627017	46	5.0	46	92	1	341	22	24	14	39	1.91
33632832--33632859	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
33635399--33635508	43	2.6	43	77	12	111	25	19	25	30	1.98
33639148--33639208	24	2.5	23	82	12	70	54	3	13	29	1.55
33639351--33639465	21	5.3	21	81	11	117	59	2	3	34	1.28
33639349--33639464	44	2.6	45	84	8	150	58	2	3	35	1.29
33639399--33639467	10	6.8	10	72	19	54	60	1	1	36	1.14
33639669--33639708	17	2.2	20	86	13	59	52	12	0	35	1.39
33639665--33639696	17	1.9	16	93	6	55	53	12	0	34	1.39
33639698--33639858	3	53.7	3	65	18	59	59	3	6	31	1.39
33640491--33640528	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33641492--33641521	14	2.1	15	93	6	53	43	0	0	56	0.99
33644820--33644914	24	4.1	22	72	18	77	63	3	8	25	1.38
33644840--33644993	45	3.4	45	93	5	256	62	1	7	27	1.33
33644829--33645064	116	2.0	120	83	9	308	61	2	9	26	1.38
33644954--33645085	27	5.1	27	73	13	127	65	1	9	23	1.31
33644909--33645102	75	2.7	70	85	9	241	63	2	10	23	1.36
33645157--33645201	23	2.0	22	83	12	56	66	0	8	24	1.20
33645595--33645644	26	2.0	26	84	4	66	40	0	10	50	1.36
33645726--33645758	16	2.1	15	94	5	57	66	0	12	21	1.23
33645839--33645914	5	13.6	5	74	17	53	51	1	17	30	1.53
33645839--33645929	33	2.7	33	77	13	96	52	1	16	29	1.51
33645906--33645994	40	2.3	39	81	11	103	66	1	7	24	1.25
33645839--33646033	16	12.2	16	71	18	79	58	1	12	27	1.44
33645998--33646037	21	1.9	21	90	10	64	62	2	15	20	1.43
33648781--33648818	20	1.9	20	88	0	58	34	26	10	28	1.90
33649186--33649241	29	1.9	29	82	7	69	41	10	17	30	1.84
33651781--33651810	7	4.3	7	95	0	51	23	0	0	76	0.78
33659999--33660177	47	3.8	49	80	13	196	29	28	20	21	1.98
33660007--33660177	94	1.8	93	91	1	279	28	28	21	21	1.98
33662292--33662328	18	2.1	18	94	0	65	54	0	40	5	1.24
33662347--33662376	6	5.0	6	95	0	51	70	13	0	16	1.18
33670451--33670507	25	2.3	24	80	14	62	35	7	1	56	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33673450--33673520	36	2.0	36	94	0	124	40	9	8	40	1.69
33679177--33679208	9	3.4	9	95	4	55	81	0	0	18	0.70
33679177--33679208	5	6.8	5	86	13	50	81	0	0	18	0.70
33681776--33681822	24	2.0	23	83	4	58	42	2	4	51	1.33
33682839--33682869	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
33684901--33684973	28	2.5	28	80	8	76	58	1	0	39	1.06
33684901--33684978	14	5.5	14	71	15	54	58	1	0	39	1.06
33685254--33685338	18	4.8	18	74	17	70	40	0	0	60	0.97
33685235--33685325	45	2.0	46	82	6	114	40	0	0	59	0.97
33685255--33685332	8	8.8	9	78	17	58	38	0	0	61	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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