genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  33  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8496288--8496390	48	2.1	48	87	3	145	38	8	15	36	1.79
8497719--8497998	139	2.0	139	95	0	497	32	11	18	37	1.86
8501300--8501326	14	1.9	14	100	0	54	40	7	14	37	1.74
8501666--8501697	13	2.5	13	94	0	55	56	15	0	28	1.40
8501743--8501780	19	2.0	19	89	0	58	42	26	5	26	1.76
8507055--8507106	22	2.4	22	87	3	70	17	13	17	51	1.76
8509375--8509401	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8513804--8513838	2	17.5	2	87	0	52	48	0	0	51	1.00
8514600--8514660	31	2.0	30	84	9	79	47	0	3	49	1.18
8514618--8514661	17	2.7	16	83	13	54	52	0	4	43	1.22
8514788--8514859	32	2.2	33	82	7	85	40	6	8	44	1.61
8516347--8516388	21	2.0	21	86	4	59	47	4	0	47	1.23
8516520--8516579	31	1.9	31	86	0	84	36	8	16	38	1.79
8519948--8519973	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8525963--8526025	25	2.6	24	77	5	72	33	6	3	57	1.40
8529014--8529121	17	6.1	17	87	7	153	37	16	10	35	1.83
8529014--8529117	35	2.9	35	94	1	172	38	16	9	35	1.81
8529492--8530619	207	5.5	207	93	0	1853	29	23	17	29	1.97
8530748--8531117	87	4.4	86	84	8	476	22	22	24	30	1.99
8530799--8530941	43	3.3	43	70	18	134	23	19	23	32	1.97
8530965--8531075	41	2.8	38	75	22	113	23	24	24	27	2.00
8530744--8531117	166	2.2	167	86	7	508	22	22	24	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8532019--8532091	1	73.0	1	72	0	56	0	12	1	86	0.64
8532019--8532089	9	8.6	8	86	13	92	0	12	1	85	0.65
8532019--8532078	31	1.9	31	96	0	111	0	13	0	86	0.57
8532019--8532091	24	3.1	24	83	13	89	0	12	1	86	0.64
8537807--8537913	18	5.9	18	85	6	146	36	13	11	39	1.80
8537807--8537913	35	3.0	35	94	4	178	36	13	11	39	1.80
8539164--8539220	30	1.9	30	88	0	87	29	22	19	28	1.98
8539565--8539611	18	2.6	18	96	0	85	53	12	4	29	1.58
8542547--8542595	17	2.9	17	90	0	80	44	10	16	28	1.80
8543294--8543327	3	11.3	3	93	0	59	64	0	2	32	1.08
8544126--8544220	30	3.2	30	84	3	111	42	2	23	32	1.66
8544216--8544248	13	2.4	14	90	5	50	27	0	3	69	1.03
8544490--8544816	54	6.1	54	90	5	502	37	18	15	28	1.91
8544490--8544808	110	3.0	106	90	5	500	37	18	15	28	1.92
8544795--8544829	14	2.5	14	90	0	52	60	2	17	20	1.49
8544760--8545327	87	6.4	85	80	12	546	36	20	17	26	1.94
8545065--8545098	16	2.1	16	88	0	50	64	5	11	17	1.45
8544760--8546005	358	3.8	336	79	13	944	35	20	16	28	1.94
8545242--8545276	14	2.5	14	85	0	52	60	5	20	14	1.54
8545256--8545770	73	7.0	75	84	4	640	33	20	16	30	1.94
8545267--8546604	225	6.0	221	78	14	1143	33	20	15	30	1.94
8545707--8545956	84	3.0	84	85	5	342	38	19	14	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8546239--8546354	58	2.0	58	91	3	189	31	26	18	24	1.97
8546456--8546622	71	2.3	72	86	5	239	35	17	16	30	1.92
8546297--8546550	85	3.0	84	79	8	343	35	18	14	32	1.90
8548201--8548238	14	2.6	14	91	8	58	0	18	2	78	0.86
8548796--8548830	14	2.5	14	95	0	61	0	2	5	91	0.50
8552459--8552504	17	2.7	17	82	0	56	50	10	6	32	1.63
8553989--8554105	30	4.0	29	82	8	121	45	3	20	30	1.68
8554101--8554136	15	2.4	15	90	0	54	27	0	2	69	1.02
8562398--8562455	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
8565800--8565864	32	2.0	32	81	6	76	46	1	4	47	1.32
8565963--8566015	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
8575203--8575232	15	2.0	15	93	0	51	23	0	10	66	1.21
8581335--8581417	29	2.9	29	90	3	105	62	1	0	36	1.03
8581359--8581408	15	3.4	15	68	15	50	60	0	0	40	0.97
8581344--8581417	29	2.6	29	95	0	130	64	0	0	35	0.94
8585657--8585694	17	2.2	18	90	4	60	68	0	0	31	0.90
8585657--8585695	19	2.1	18	85	4	51	69	0	0	30	0.89
8585657--8585696	18	2.2	18	86	8	55	67	0	0	32	0.91
8586148--8586541	10	41.6	9	68	16	158	32	3	3	60	1.29
8586157--8586218	19	3.2	19	81	4	88	32	0	4	62	1.16
8586146--8586241	39	2.5	39	83	8	133	29	1	4	65	1.18
8586148--8586314	19	8.8	18	70	16	83	32	2	3	61	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8586309--8586381	22	3.3	22	76	3	67	31	2	5	60	1.34
8586264--8586389	19	6.4	19	75	8	85	34	1	3	60	1.25
8586490--8586540	19	2.7	18	81	6	57	27	3	3	64	1.28
8588846--8588946	42	2.4	42	85	5	132	31	21	18	27	1.97
8588827--8588989	43	3.8	43	74	9	145	30	24	19	25	1.98
8596476--8596638	43	3.8	42	76	8	159	31	22	17	28	1.97
8596476--8596638	85	1.9	85	86	2	229	31	22	17	28	1.97
8598809--8598858	14	3.6	14	84	10	66	46	0	10	44	1.37
8598813--8598838	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8599341--8599541	90	2.2	92	86	4	273	37	20	9	31	1.86
8601342--8601369	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8602959--8603043	3	28.7	3	69	15	52	32	5	2	58	1.35
8603041--8603065	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8602987--8603133	43	3.5	42	71	14	117	35	8	1	54	1.40
8603443--8603467	13	1.9	13	100	0	50	24	8	0	68	1.16
8615738--8615932	84	2.3	84	90	4	297	35	21	23	20	1.96
8616048--8616141	42	2.2	43	94	1	163	25	19	28	26	1.98
8616507--8616561	2	29.0	2	78	10	53	50	7	0	41	1.30
8616507--8616558	23	2.3	22	93	3	86	51	7	0	40	1.30
8617061--8617096	11	3.4	11	88	7	56	50	0	50	0	1.00
8617192--8617235	11	4.0	11	85	5	54	15	0	2	81	0.78
8617362--8617396	13	2.5	15	90	9	56	14	5	14	65	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8617349--8617397	14	3.6	14	81	10	57	10	4	14	71	1.27
8617360--8617433	31	2.4	29	82	12	94	10	6	18	63	1.48
8617821--8617889	35	2.0	35	97	0	129	20	13	50	15	1.77
8618591--8618736	48	2.9	50	79	14	183	34	20	16	28	1.94
8618792--8619161	69	5.4	69	92	5	621	32	18	16	33	1.93
8618792--8619299	203	2.4	217	89	9	757	31	18	16	33	1.94
8618792--8619299	134	3.6	136	86	10	647	31	18	16	33	1.94
8631218--8631260	2	21.5	2	90	0	68	48	2	2	46	1.27
8631424--8631498	2	39.0	2	84	7	93	52	5	0	42	1.24
8632017--8632053	11	3.2	12	88	11	60	45	0	54	0	1.00
8632015--8632064	11	4.5	11	82	9	57	44	0	56	0	0.99
8632324--8632390	15	4.5	14	76	23	66	11	5	20	61	1.51
8632322--8632394	32	2.3	30	84	13	101	10	5	19	64	1.45
8632315--8632395	34	2.3	36	77	14	98	9	4	18	66	1.38
8632802--8632870	35	2.0	35	97	0	129	20	13	50	15	1.77
8634382--8634422	17	2.5	17	84	11	50	53	4	4	36	1.44
8641483--8641534	26	2.1	24	82	13	61	36	3	1	57	1.28
8641466--8641534	24	2.8	24	75	14	70	36	2	4	56	1.34
8641768--8641811	22	2.0	22	95	0	79	52	9	15	22	1.71
8653939--8653969	15	2.0	16	93	6	55	12	9	0	77	0.99
8654234--8654273	15	2.7	15	100	0	80	25	7	12	55	1.63
8655237--8655357	63	1.9	63	85	9	167	27	16	6	49	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8670547--8670685	72	1.9	72	86	2	199	32	21	15	30	1.94
8676677--8677010	167	2.0	167	98	0	641	16	18	10	54	1.69
8688394--8688427	15	2.2	16	89	5	52	32	0	0	67	0.91
8688416--8688480	30	2.1	32	82	5	80	43	1	0	55	1.09
8688503--8688545	13	3.0	14	87	12	61	74	0	0	25	0.82
8689209--8689241	16	2.1	16	94	0	57	15	3	0	81	0.80
8691025--8691059	15	2.3	15	90	9	54	42	0	0	57	0.99
8699213--8699299	34	2.5	33	77	3	84	31	10	14	43	1.79
8699396--8699642	90	2.7	90	83	3	273	27	23	15	32	1.95
8699439--8699662	90	2.5	90	83	1	297	27	24	16	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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