genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  111  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33905123--33905182	6	9.8	6	90	1	93	53	1	30	15	1.51
33907093--33907141	25	2.0	25	91	0	80	12	24	32	30	1.92
33909081--33909136	14	4.2	14	73	13	55	33	3	14	48	1.61
33909078--33909126	25	2.0	25	95	0	89	32	6	14	46	1.69
33921300--33921456	43	3.7	41	80	8	154	34	26	15	22	1.95
33923827--33923882	20	2.8	20	80	17	64	32	25	16	26	1.96
33928085--33928221	60	2.3	60	83	6	161	27	26	18	27	1.98
33930589--33930643	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
33931959--33932050	36	2.5	36	87	8	123	41	1	3	54	1.24
33931967--33932027	19	3.3	19	67	17	56	44	1	0	54	1.10
33938016--33938079	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
33938272--33938537	25	11.0	23	84	8	318	28	23	20	27	1.99
33938299--33938536	48	4.9	48	89	5	363	29	23	20	26	1.99
33938299--33938536	73	3.3	72	90	4	365	29	23	20	26	1.99
33938595--33938651	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
33938583--33938653	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
33938588--33938642	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
33939865--33939947	27	3.1	27	91	3	123	20	24	22	32	1.98
33940010--33940265	27	9.4	27	77	5	131	33	8	19	37	1.83
33940099--33940238	54	2.6	54	82	4	183	31	7	21	39	1.82
33940070--33940223	81	1.9	80	86	6	222	31	8	20	40	1.82
33940217--33940427	27	7.8	27	87	2	271	39	7	24	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33940433--33940521	27	3.3	27	84	3	108	30	10	19	40	1.84
33940455--33940531	27	2.8	27	84	5	84	32	10	15	41	1.81
33951159--33951365	53	3.8	54	80	1	227	37	18	22	20	1.94
33952449--33952479	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
33953026--33953132	7	15.7	7	68	20	50	57	0	4	38	1.20
33953064--33953128	21	3.1	21	78	8	62	61	0	4	33	1.16
33953066--33953126	28	2.2	29	77	19	67	59	0	4	36	1.19
33953148--33953178	12	2.5	13	89	10	55	64	0	0	35	0.94
33953153--33953183	16	2.0	15	93	6	53	64	0	0	35	0.94
33953488--33953524	19	1.9	19	94	0	65	35	13	10	40	1.80
33953491--33953532	19	2.3	19	84	8	52	38	9	14	38	1.78
33953901--33954332	82	5.2	83	94	2	728	28	20	20	31	1.97
33954256--33954846	119	5.0	119	93	2	1010	29	18	17	33	1.95
33954256--33954846	236	2.5	237	93	2	1008	29	18	17	33	1.95
33955879--33955941	22	3.0	21	83	4	65	3	20	0	76	0.93
33955893--33955945	12	4.5	12	83	11	74	1	15	0	83	0.74
33955886--33955945	11	5.6	10	75	21	59	1	15	0	83	0.73
33955886--33955944	22	2.7	22	82	14	70	1	15	0	83	0.74
33955888--33955946	13	4.8	13	77	14	63	1	15	0	83	0.74
33962037--33962243	53	3.8	54	80	1	227	37	18	22	20	1.94
33963531--33963563	12	2.7	13	86	13	52	66	0	0	33	0.92
33963896--33964002	7	15.7	7	68	20	50	57	0	4	38	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33963934--33963998	21	3.1	21	78	8	62	61	0	4	33	1.16
33963936--33963996	28	2.2	29	77	19	67	59	0	4	36	1.19
33964018--33964048	12	2.5	13	89	10	55	64	0	0	35	0.94
33964023--33964053	16	2.0	15	93	6	53	64	0	0	35	0.94
33964358--33964429	19	3.9	18	83	7	92	34	13	11	40	1.81
33967834--33967934	27	3.7	28	80	9	111	38	20	9	30	1.85
33967834--33967940	54	2.0	54	81	7	128	38	20	9	31	1.84
33967836--33967952	54	2.2	53	79	10	121	38	21	10	29	1.86
33967929--33968222	27	10.9	27	84	6	319	28	21	7	42	1.80
33968119--33968420	27	11.1	27	77	9	123	37	19	8	34	1.83
33967980--33968248	136	2.0	136	82	2	326	28	20	8	42	1.80
33968200--33968339	54	2.6	54	85	4	192	38	22	8	30	1.84
33968200--33968367	54	3.1	52	80	8	151	38	22	8	29	1.85
33968378--33968429	27	1.9	27	84	7	70	40	9	11	38	1.74
33968483--33968574	27	3.4	27	87	3	123	33	19	26	20	1.96
33969734--33969781	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
33969825--33969884	20	3.0	20	95	0	102	35	11	21	31	1.90
33969934--33970100	24	7.0	24	93	3	257	28	22	22	26	1.99
33969934--33970101	71	2.3	71	90	4	257	29	22	22	26	1.99
33970292--33970386	31	3.1	31	95	0	172	40	15	22	22	1.91
33972062--33972094	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
33972528--33972572	19	2.4	19	88	3	65	42	13	6	37	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33974864--33974984	41	2.9	42	79	7	129	29	25	19	25	1.98
33974822--33974984	84	1.9	84	81	2	193	29	26	18	25	1.98
33974827--33974995	43	4.0	42	75	7	144	29	26	18	25	1.98
33977665--33977706	22	1.9	22	85	9	59	30	38	0	30	1.58
33981784--33981885	30	3.5	28	86	5	114	29	13	27	29	1.94
33989707--33989807	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
33993127--33993302	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
33993124--33993294	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
33995262--33995338	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
33995271--33995342	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
33995260--33995342	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
33995397--33995538	24	6.0	24	90	4	209	28	23	21	25	1.99
33995397--33995538	47	3.0	48	90	5	218	28	23	21	25	1.99
33995732--33995795	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
33997519--33997575	25	2.3	25	75	6	62	31	15	14	38	1.87
33999894--33999937	22	2.0	22	86	8	63	29	38	0	31	1.58
34009083--34009138	24	2.3	23	76	8	58	33	3	1	60	1.24
34010938--34010976	19	2.2	17	86	9	51	76	2	17	2	1.01
34015714--34015808	48	2.0	48	89	0	145	16	20	24	38	1.92
34015719--34015821	48	2.1	48	87	0	143	16	21	24	37	1.93
34016789--34016813	10	2.5	10	100	0	50	52	12	16	20	1.75
34031030--34031211	46	4.0	46	90	1	258	40	14	23	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34037702--34037815	43	2.7	43	81	1	122	20	17	30	31	1.95
34048924--34049200	48	5.8	48	78	11	252	23	29	19	27	1.98
34048978--34049240	46	5.5	44	78	15	169	23	29	19	27	1.98
34054772--34054815	11	4.2	11	80	8	56	0	22	18	59	1.38
34055062--34055229	49	3.4	49	83	4	189	27	23	27	21	1.99
34060463--34060735	27	9.8	27	78	10	228	28	23	7	40	1.82
34060567--34060646	37	2.2	37	86	4	108	23	30	7	38	1.82
34060714--34060937	27	8.2	28	74	13	112	40	20	8	31	1.81
34060606--34060863	81	3.2	82	76	7	204	35	21	7	35	1.82
34060750--34060852	54	1.9	54	86	4	145	40	19	7	32	1.80
34060996--34061088	27	3.4	27	85	2	116	35	19	24	20	1.96
34062333--34062395	20	3.2	20	97	0	117	36	14	19	30	1.91
34062451--34062641	24	8.0	23	88	5	258	29	23	21	26	1.99
34062451--34062619	47	3.6	47	91	3	277	29	23	20	26	1.99
34062451--34062640	71	2.7	70	87	7	258	28	23	21	26	1.99
34062834--34062897	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
34069871--34070054	67	2.8	64	75	10	185	29	17	29	23	1.97
34075244--34075272	10	2.9	10	100	0	58	10	41	10	37	1.73
34079938--34079978	19	2.1	20	86	4	57	41	0	26	31	1.56
34083862--34083898	18	2.1	18	100	0	74	40	27	5	27	1.78
34089698--34089856	39	4.1	39	87	0	219	28	18	23	28	1.98
34092048--34092157	6	18.3	6	96	0	202	19	0	32	48	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34096433--34096501	22	3.3	22	66	22	67	63	7	5	23	1.42
34096425--34096508	40	2.1	40	97	0	159	64	7	5	22	1.41
34101018--34101042	13	1.9	13	100	0	50	24	12	24	40	1.88
34101772--34101860	44	2.0	43	82	2	106	21	14	25	38	1.92
34102696--34102725	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
34104288--34104317	12	2.5	12	94	0	51	20	10	13	56	1.65
34123673--34123718	22	2.0	23	95	4	85	28	13	26	32	1.93
34126788--34126884	43	2.2	43	81	5	106	31	23	19	24	1.98
34127459--34127510	25	2.0	26	85	3	70	48	46	3	1	1.31
34128939--34128964	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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