genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  35  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9094895--9094948	21	2.6	21	100	0	108	29	35	24	11	1.90
9097095--9097139	8	5.4	8	82	10	54	37	0	0	62	0.96
9097096--9097139	13	3.4	13	78	12	54	38	0	0	61	0.96
9097077--9097132	18	3.1	18	84	7	60	32	1	1	64	1.14
9097094--9097141	18	2.8	17	84	9	62	37	0	0	62	0.95
9100432--9100465	18	1.9	17	88	5	50	14	5	0	79	0.91
9108618--9108658	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
9113745--9113787	22	2.0	22	85	0	59	44	2	0	53	1.13
9115235--9115321	17	5.1	18	69	14	60	41	2	0	56	1.12
9115240--9115334	24	3.8	24	74	12	93	38	3	0	57	1.14
9115229--9115327	50	2.0	50	92	4	164	42	2	0	55	1.11
9127188--9127240	20	2.8	20	76	21	53	0	37	0	62	0.96
9127204--9127243	16	2.3	18	91	8	66	0	37	0	62	0.95
9130077--9130121	4	11.2	4	100	0	90	51	24	0	24	1.49
9132238--9132289	27	1.9	27	84	7	70	36	26	0	36	1.57
9136337--9136376	20	2.0	20	100	0	80	25	0	20	55	1.44
9138061--9138099	16	2.4	17	86	4	53	74	0	2	23	0.94
9138731--9138773	17	2.5	17	80	3	50	58	2	2	37	1.24
9139219--9139256	19	2.0	19	100	0	76	26	5	21	47	1.71
9139375--9139412	20	1.9	20	89	10	60	50	2	18	28	1.61
9139849--9139917	23	2.9	24	84	14	90	36	0	2	60	1.11
9140608--9140669	29	2.1	29	84	6	79	33	1	8	56	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9142964--9143116	46	3.4	43	84	8	171	33	23	19	22	1.97
9153840--9153923	41	2.0	43	84	11	111	10	11	8	69	1.38
9153872--9153929	30	1.9	30	86	6	82	15	10	3	70	1.28
9156638--9156681	18	2.4	18	80	3	52	56	2	0	40	1.11
9156659--9156705	24	1.9	24	82	4	58	46	0	0	53	1.00
9156652--9156744	46	2.1	42	82	7	105	46	2	1	50	1.20
9158098--9158155	23	2.5	23	91	5	82	60	6	3	29	1.39
9158455--9158496	21	1.9	23	85	9	61	45	2	0	52	1.13
9158459--9158502	22	2.0	21	83	12	54	45	2	0	52	1.13
9182322--9182356	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
9182842--9182867	7	3.7	7	100	0	52	88	0	11	0	0.52
9184789--9184862	37	2.0	37	94	2	132	54	12	5	28	1.59
9191021--9191230	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
9199154--9199363	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
9205190--9205399	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
9207675--9207737	18	3.5	18	77	0	72	36	14	12	36	1.84
9207675--9207754	18	4.4	19	75	9	62	35	15	13	36	1.86
9207673--9207754	36	2.3	36	80	4	94	34	15	13	36	1.87
9209838--9209885	20	2.4	20	74	22	55	39	18	4	37	1.70
9212783--9212896	26	4.2	26	89	8	165	35	24	6	34	1.80
9212797--9212882	30	3.0	30	85	13	135	33	25	6	33	1.83
9215615--9215729	43	2.7	42	81	11	137	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9215616--9215776	85	1.9	84	81	12	195	27	17	25	29	1.97
9216930--9216958	15	2.0	15	93	6	51	55	6	0	37	1.27
9219244--9219282	5	8.0	5	83	16	55	41	0	0	58	0.98
9225795--9226023	115	2.0	115	94	0	404	37	14	14	33	1.87
9227604--9227661	29	2.0	29	100	0	116	37	10	13	37	1.79
9234275--9234305	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
9234385--9234415	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
9234597--9234642	21	2.2	21	96	3	85	47	21	4	26	1.69
9237237--9237270	17	1.9	18	88	5	52	44	14	11	29	1.81
9238437--9238490	26	2.1	26	100	0	108	40	3	14	40	1.64
9241717--9241757	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
9260413--9260438	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
9266056--9266105	21	2.3	22	93	3	84	56	2	14	28	1.49
9266064--9266116	21	2.4	22	84	12	72	60	1	13	24	1.43
9267273--9267320	22	2.1	23	81	14	55	8	10	8	72	1.27
9268427--9268466	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
9275173--9275210	2	19.0	2	88	0	58	44	0	2	52	1.14
9276983--9277035	24	2.2	24	80	3	63	30	0	0	69	0.88
9286332--9286437	22	4.6	23	76	18	96	15	1	28	54	1.51
9286332--9286433	23	4.4	23	77	14	93	13	1	27	56	1.48
9286357--9286436	25	3.4	24	81	13	87	15	1	27	56	1.47
9286735--9286820	3	28.3	3	73	19	65	30	3	1	65	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9286734--9286820	27	3.4	27	71	19	78	29	3	1	65	1.16
9286735--9286824	18	4.7	18	80	13	92	31	3	1	64	1.17
9291521--9291556	16	2.3	16	90	4	56	83	2	13	0	0.76
9291520--9291556	15	2.3	17	81	13	51	83	2	13	0	0.74
9292675--9292801	66	1.9	66	93	0	218	32	18	12	36	1.89
9292869--9293583	45	16.3	44	70	14	392	36	21	20	21	1.96
9292853--9293583	43	16.7	43	70	13	273	36	21	20	21	1.96
9293087--9293653	88	6.5	86	70	13	332	37	20	20	21	1.95
9292954--9293550	131	4.6	132	92	1	934	36	22	20	20	1.96
9292869--9293366	86	5.7	86	71	12	356	35	22	21	20	1.96
9293670--9293853	68	2.7	68	88	1	262	28	22	23	25	1.99
9293965--9294605	44	14.6	44	79	6	620	31	18	23	26	1.97
9293907--9294664	176	4.3	175	86	3	794	32	18	23	26	1.97
9293965--9294473	220	2.3	220	95	0	901	32	18	22	26	1.97
9293968--9294553	220	2.7	218	89	3	854	31	19	22	26	1.97
9293906--9294664	44	17.2	44	77	7	337	32	18	23	26	1.97
9294944--9294970	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
9294972--9295042	37	2.0	36	83	10	92	18	49	12	19	1.79
9295123--9295170	23	2.2	21	85	7	60	12	2	29	56	1.48
9295114--9295225	21	4.9	23	74	19	92	14	1	28	55	1.49
9295146--9295224	25	3.4	23	80	16	76	15	1	27	55	1.48
9295524--9295609	3	28.3	3	73	19	65	30	3	1	65	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9295523--9295609	27	3.4	27	71	19	78	29	3	1	65	1.16
9295524--9295728	18	10.4	18	67	22	94	28	6	2	61	1.36
9295634--9295730	6	16.0	6	70	18	51	28	5	4	61	1.36
9296674--9296711	19	2.1	19	85	9	53	39	5	5	50	1.48
9298308--9298350	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
9299385--9299417	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
9300194--9300231	20	1.9	20	88	0	58	44	7	15	31	1.75
9301594--9301656	29	2.2	29	94	0	108	30	11	14	44	1.79
9301849--9301914	14	4.3	15	73	19	55	45	0	1	53	1.09
9304976--9305033	5	11.2	5	74	7	53	67	0	3	29	1.07
9304973--9305034	21	2.9	20	77	18	63	67	0	3	29	1.06
9305059--9305112	22	2.5	21	81	3	54	70	1	1	25	1.07
9305083--9305112	14	2.1	14	93	0	51	70	0	0	30	0.88
9305600--9305645	18	2.5	20	79	13	53	65	0	6	28	1.17
9307286--9308246	206	4.7	206	89	3	1465	29	22	17	30	1.96
9316576--9316625	26	1.9	27	84	8	68	26	12	22	40	1.88
9318112--9318219	26	4.2	26	90	0	171	37	24	5	32	1.78
9322975--9323032	5	11.2	5	74	7	53	67	0	3	29	1.07
9322972--9323033	21	2.9	20	77	18	63	67	0	3	29	1.06
9323058--9323111	22	2.5	21	81	3	54	70	1	1	25	1.07
9323082--9323111	14	2.1	14	93	0	51	70	0	0	30	0.88
9323601--9323646	18	2.5	20	79	13	53	65	0	6	28	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9326505--9326529	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
9331117--9331160	20	2.2	20	100	0	88	36	18	20	25	1.95
9342419--9342562	56	2.6	55	86	3	198	33	2	17	46	1.62
9342699--9342746	24	2.0	24	100	0	96	33	4	16	45	1.67
9342701--9342757	24	2.5	22	88	8	80	31	1	17	49	1.57
9347688--9347773	44	1.9	47	83	9	117	41	5	2	50	1.39
9349368--9349415	16	3.0	15	79	11	51	58	16	6	18	1.59
9355633--9355703	35	2.0	34	97	0	115	36	9	2	50	1.50
9355973--9356034	31	2.1	30	82	8	74	64	4	0	30	1.14
9356552--9356589	15	2.4	16	82	4	51	42	2	0	55	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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