genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.349.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  349  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109817319--109817361	21	2.0	21	90	0	68	25	27	9	37	1.87
109819021--109819215	31	6.3	31	95	0	318	30	25	15	29	1.96
109820786--109820917	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
109820786--109820917	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
109822216--109822251	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
109828474--109828605	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
109828474--109828605	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
109829901--109829936	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
109830362--109830452	25	3.7	25	91	1	139	24	23	27	25	2.00
109830483--109830513	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
109831259--109831340	27	3.0	27	91	3	121	20	24	23	31	1.98
109831264--109831359	27	3.6	27	87	5	97	20	23	22	32	1.98
109831468--109831699	27	8.6	27	77	4	200	29	8	19	42	1.80
109831468--109831698	81	2.9	79	79	3	221	29	8	19	42	1.80
109831381--109831767	27	14.3	27	77	5	163	33	8	19	38	1.82
109831383--109831767	54	7.1	54	73	8	192	32	8	19	38	1.82
109831690--109831820	27	4.9	27	85	4	167	39	6	22	31	1.80
109831665--109831820	54	2.9	53	83	2	170	38	7	21	32	1.81
109834128--109834298	31	5.5	31	92	0	279	30	26	16	26	1.97
109834500--109834600	25	4.1	24	81	6	87	27	19	25	26	1.99
109834521--109834600	25	3.2	25	85	5	110	27	20	28	23	1.99
109835423--109835501	27	2.9	27	94	3	133	20	26	22	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109835563--109835898	27	12.4	27	75	8	137	32	9	19	37	1.85
109835561--109835780	54	4.1	54	80	4	167	32	10	19	38	1.85
109835626--109835830	54	3.8	54	82	5	211	27	9	21	40	1.84
109835626--109835847	81	2.8	79	81	6	223	28	9	22	40	1.85
109835650--109835858	80	2.6	81	82	3	235	29	9	21	39	1.84
109835823--109835973	54	2.8	54	83	0	167	40	10	17	31	1.84
109835859--109835978	27	4.5	27	84	3	145	40	11	20	26	1.87
109842868--109842899	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
109843250--109843309	29	2.1	29	100	0	120	51	15	10	23	1.72
109843905--109844037	56	2.4	56	84	2	178	32	21	15	30	1.95
109850267--109850300	17	2.0	17	88	0	50	38	14	5	41	1.70
109853093--109853138	11	4.4	10	84	10	65	0	15	2	82	0.76
109853093--109853138	16	2.9	16	90	0	74	0	15	2	82	0.76
109855771--109855853	40	2.1	40	97	0	157	48	6	4	40	1.49
109855998--109856039	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
109876625--109876653	12	2.4	12	100	0	58	48	34	0	17	1.47
109879325--109879412	44	2.0	44	100	0	176	45	6	22	25	1.77
109895560--109895615	26	2.2	26	96	0	103	35	25	7	32	1.83
109903542--109903610	26	2.7	26	80	8	70	39	1	1	57	1.16
109903578--109903740	24	6.6	25	70	23	98	34	5	0	58	1.26
109903592--109903735	25	5.8	24	72	18	109	34	6	0	58	1.28
109903689--109903818	41	3.2	40	71	22	108	36	6	0	56	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109903666--109903817	81	1.9	82	83	5	200	35	7	0	57	1.27
109915534--109915760	46	4.9	47	78	11	189	26	18	30	25	1.98
109916707--109916731	13	1.9	13	100	0	50	32	28	40	0	1.57
109932258--109932313	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
109932247--109932313	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
109932362--109932507	25	6.0	24	84	8	181	30	20	21	27	1.98
109932701--109932763	31	2.0	31	93	0	108	36	15	23	23	1.94
109933888--109934008	24	5.0	24	92	3	181	26	21	23	28	1.99
109934065--109934121	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
109934053--109934123	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
109934058--109934112	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
109941960--109942124	24	7.0	24	90	6	248	27	21	21	28	1.99
109941960--109942125	70	2.3	71	90	5	264	27	21	22	28	1.99
109942180--109942236	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
109942168--109942238	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
109942173--109942227	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
109942275--109942322	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
109951508--109951653	25	6.0	24	90	5	206	28	19	22	28	1.98
109951847--109951909	31	2.0	31	93	0	108	36	15	23	23	1.94
109955108--109955235	38	3.3	40	86	6	174	25	28	21	24	1.99
109963151--109963279	39	3.3	40	89	4	183	24	28	22	24	1.99
109965205--109965368	46	3.5	46	84	6	179	27	19	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109965253--109965413	46	3.5	45	78	10	155	28	19	27	23	1.99
109967916--109968047	43	3.1	43	82	5	162	31	28	18	21	1.97
109976543--109976672	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
109984444--109984664	122	1.8	122	85	2	309	30	9	24	35	1.88
109984661--109984790	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
109994154--109994203	22	2.3	22	89	0	82	42	20	8	30	1.80
109996910--109997064	42	3.7	41	78	10	161	29	16	23	30	1.96
109998564--109998620	28	2.1	27	83	3	69	31	24	24	19	1.98
110012130--110012256	43	3.0	42	79	7	139	28	25	15	30	1.96
110012568--110012650	42	2.0	42	100	0	166	42	24	7	26	1.80
110020086--110020350	27	9.8	27	87	2	336	29	23	8	38	1.84
110020369--110020519	27	5.6	27	78	10	139	43	21	7	27	1.80
110020331--110020496	81	2.0	81	86	4	228	40	24	7	27	1.82
110020369--110020519	54	2.8	54	85	2	196	43	21	7	27	1.80
110020369--110020535	81	2.1	81	81	8	189	42	20	8	28	1.81
110020538--110020700	27	6.0	27	84	0	191	36	19	19	25	1.95
110020538--110020700	54	3.0	54	84	7	213	36	19	19	25	1.95
110020531--110020698	81	2.1	81	82	1	212	38	17	19	25	1.93
110020905--110021022	50	2.4	49	90	5	177	26	23	22	27	1.99
110020905--110021022	25	4.8	24	84	8	148	26	23	22	27	1.99
110028818--110028947	40	3.2	40	82	2	163	23	24	27	24	2.00
110040168--110040335	87	1.9	87	97	0	318	39	23	9	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110041840--110041892	24	2.2	24	83	6	63	45	20	3	30	1.69
110042752--110042792	17	2.4	18	80	12	50	41	12	14	31	1.83
110049670--110050121	49	9.3	49	96	0	786	31	7	31	29	1.85
110058874--110058926	27	2.0	27	84	0	70	30	24	26	18	1.98
110069689--110069747	27	2.2	27	87	0	82	25	22	25	27	2.00
110071390--110071437	21	2.3	21	75	10	55	45	0	18	35	1.50
110084703--110084738	8	4.5	8	100	0	72	63	13	22	0	1.29
110085080--110085218	40	3.5	40	84	4	167	25	30	21	23	1.99
110087674--110087774	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
110095619--110095719	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
110103855--110103882	8	3.5	8	100	0	56	64	14	21	0	1.29
110104223--110104360	39	3.5	40	86	4	174	24	29	21	23	1.99
110107120--110107329	43	4.9	43	79	8	205	32	23	15	28	1.95
110112202--110112263	7	8.4	7	72	10	52	35	3	0	61	1.12
110112659--110112687	12	2.3	13	94	5	51	41	0	0	58	0.98
110112657--110112690	13	2.6	14	81	18	54	41	0	0	58	0.98
110118846--110118886	19	2.2	19	86	8	57	31	4	4	58	1.40
110120339--110120408	31	2.2	32	82	2	88	22	15	2	58	1.50
110128093--110128279	50	3.8	49	82	7	189	26	18	27	28	1.98
110128082--110128268	101	1.9	100	84	4	252	25	17	28	28	1.98
110131275--110131330	15	3.7	15	79	15	71	10	14	12	62	1.55
110134160--110134304	40	3.6	41	76	11	129	22	26	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110136730--110136920	50	3.8	50	78	3	197	25	18	27	28	1.98
110136788--110136869	26	3.2	26	67	19	73	26	13	28	31	1.94
110136729--110136923	49	3.9	49	80	7	214	26	17	27	28	1.98
110142539--110142587	21	2.3	21	86	6	64	18	28	34	18	1.94
110145407--110145452	20	2.3	20	96	0	83	15	32	34	17	1.91
110153958--110153994	18	2.1	18	100	0	74	51	21	10	16	1.74
110156384--110156540	40	3.9	40	94	0	260	34	24	17	22	1.96
110167155--110167228	28	2.6	28	87	4	105	31	14	22	31	1.94
110171466--110171498	11	2.8	12	86	9	50	33	33	0	33	1.58
110174119--110174157	20	2.0	19	90	5	60	71	2	2	23	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433