genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.321.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  321  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100356958--100357058	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
100356987--100357062	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
100360187--100360289	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
100363422--100363613	79	2.4	80	85	6	248	23	24	28	23	2.00
100363423--100363613	40	4.8	39	83	8	208	23	24	28	23	2.00
100365257--100365433	39	4.5	39	91	1	282	27	28	24	19	1.99
100365426--100365518	39	2.4	39	89	3	143	23	25	19	31	1.98
100365257--100365518	78	3.3	78	83	5	244	26	27	22	23	2.00
100366182--100366208	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
100369388--100369481	32	2.8	33	77	7	102	28	25	19	26	1.98
100375385--100375622	49	4.9	49	96	1	435	32	8	28	30	1.87
100375709--100375799	37	2.4	37	96	1	164	23	18	32	25	1.97
100379214--100379261	19	2.4	21	83	13	66	41	14	10	33	1.80
100382473--100382586	35	3.3	35	80	9	142	28	8	20	42	1.82
100384305--100384344	20	2.0	20	95	0	71	40	7	15	37	1.75
100391790--100391931	72	2.0	71	84	4	187	23	19	33	23	1.97
100401324--100401356	15	2.2	15	94	0	57	30	0	24	45	1.53
100407625--100407966	27	12.7	27	84	2	400	27	23	9	39	1.85
100409211--100409378	24	7.0	24	93	3	259	28	23	21	26	1.99
100409213--100409357	47	3.1	47	95	1	254	28	22	20	27	1.99
100409572--100409634	31	2.1	30	87	3	90	36	14	23	25	1.93
100423515--100423590	40	1.9	40	83	5	100	28	34	17	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100425487--100425822	42	7.7	42	73	13	200	31	26	14	28	1.95
100425616--100425778	48	3.5	46	83	8	167	30	26	12	30	1.93
100425658--100425797	48	2.9	47	80	4	165	27	24	15	32	1.95
100425793--100426048	73	3.5	72	85	4	329	27	29	17	25	1.98
100425793--100426043	37	6.9	36	81	4	299	27	28	17	26	1.98
100428805--100428880	27	2.8	28	83	4	100	28	27	10	32	1.90
100429821--100429913	24	3.9	24	94	0	159	33	3	41	21	1.69
100431338--100431441	54	1.9	53	88	1	154	20	24	20	35	1.96
100431339--100431449	27	4.2	26	80	7	116	18	23	21	36	1.95
100432953--100432985	16	2.1	16	100	0	66	18	15	12	54	1.71
100437855--100437955	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
100441949--100441984	17	2.1	18	89	5	56	41	5	5	47	1.50
100446955--100447197	120	2.0	120	99	0	477	31	19	18	30	1.96
100451638--100452612	23	42.7	23	74	10	565	33	5	23	38	1.76
100451636--100452178	206	2.6	206	89	3	819	34	4	23	37	1.76
100451844--100452445	91	6.6	89	74	12	415	34	4	23	37	1.76
100452118--100452606	206	2.4	205	90	3	761	33	4	23	38	1.76
100454990--100455441	49	9.3	49	94	1	745	29	29	7	32	1.86
100457760--100457831	28	2.5	28	88	6	101	26	26	16	30	1.97
100465665--100465736	28	2.5	28	88	6	101	26	26	16	30	1.97
100468869--100469114	43	5.7	43	81	4	266	24	15	29	30	1.96
100468868--100469119	86	3.0	84	83	3	315	25	15	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100468868--100469114	129	1.9	128	85	4	336	25	15	29	29	1.96
100483760--100483914	43	3.7	43	77	10	183	29	25	18	25	1.98
100485767--100485987	124	1.8	121	84	4	300	32	10	23	33	1.89
100485944--100486116	40	4.4	39	75	8	136	27	21	27	23	1.99
100494022--100494207	40	4.7	40	79	3	169	26	22	27	23	1.99
100494065--100494252	79	2.4	81	80	3	211	22	23	30	23	1.99
100497092--100497131	21	2.0	20	85	5	53	15	42	25	17	1.88
100511982--100512209	46	5.0	46	96	0	375	21	23	13	41	1.89
100511935--100512209	46	5.9	46	91	1	372	21	22	13	42	1.88
100513836--100513897	31	2.0	31	93	0	106	27	20	14	37	1.92
100514370--100514417	11	4.2	11	79	10	60	64	0	0	35	0.94
100514364--100514419	24	2.3	24	87	3	76	60	1	0	37	1.07
100525268--100525333	34	2.0	33	90	3	105	25	19	24	30	1.98
100526667--100526712	24	2.0	23	83	12	58	65	4	28	2	1.23
100527717--100527750	11	3.0	11	86	4	50	52	2	11	32	1.53
100529900--100529948	10	4.8	10	78	11	55	61	2	2	34	1.19
100537004--100537051	22	2.1	24	85	14	66	54	0	6	39	1.26
100553986--100554081	27	3.6	27	81	2	104	19	21	22	35	1.96
100560198--100560256	29	2.0	29	90	0	91	30	27	13	28	1.94
100567985--100568112	44	2.8	46	82	12	174	24	28	19	28	1.99
100567943--100568112	91	1.8	93	92	2	290	23	28	18	28	1.98
100569073--100569141	21	3.2	21	62	18	52	24	18	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100569060--100569146	43	2.0	43	100	0	174	20	18	21	39	1.93
100569697--100569746	18	2.8	18	90	0	73	50	12	20	18	1.78
100570056--100570294	27	9.0	27	81	3	225	42	17	14	25	1.87
100572108--100572279	46	3.7	46	77	13	208	22	20	27	29	1.99
100579591--100579716	46	2.7	46	96	0	225	21	21	26	30	1.98
100581438--100581476	15	2.6	15	100	0	78	35	12	7	43	1.72
100591119--100591288	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
100621751--100622000	40	6.2	40	90	1	376	21	29	24	25	1.99
100629867--100630113	40	6.2	40	88	4	358	22	28	23	25	1.99
100629867--100630113	77	3.1	78	88	4	336	22	28	23	25	1.99
100643088--100643336	40	6.2	40	90	2	376	21	28	24	25	1.99
100645182--100645274	27	3.4	27	93	0	150	30	22	23	23	1.99
100645182--100645297	54	2.1	54	82	0	133	31	21	21	25	1.98
100645474--100645524	26	2.0	26	84	0	66	21	17	17	43	1.88
100646498--100646612	27	4.3	27	87	1	160	34	17	22	25	1.95
100646757--100646840	27	3.2	26	78	11	82	19	22	21	36	1.95
100649316--100649450	29	4.7	29	84	3	146	24	31	14	29	1.95
100649320--100649451	58	2.3	58	82	0	165	24	31	15	29	1.95
100651045--100651143	27	3.7	27	86	2	137	31	20	24	24	1.98
100658030--100658248	40	5.4	40	83	2	242	25	24	26	23	2.00
100658030--100658248	120	1.8	121	83	3	289	25	24	26	23	2.00
100658191--100658274	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100660016--100660194	40	4.4	40	80	3	180	26	24	25	24	2.00
100660016--100660194	80	2.2	81	82	3	209	26	24	25	24	2.00
100660137--100660215	40	2.0	40	82	5	97	27	26	25	20	1.99
100670738--100670790	24	2.2	24	83	6	63	32	3	3	60	1.32
100673183--100673654	235	2.0	235	96	0	872	36	11	16	35	1.85
100679397--100679662	27	9.9	27	80	6	288	40	19	8	31	1.81
100679395--100679689	81	3.7	81	81	8	343	40	18	9	31	1.82
100680137--100680210	27	2.7	27	72	0	67	21	21	20	36	1.95
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100708148--100708265	48	2.5	48	85	0	155	27	21	26	24	1.99
100708100--100708408	48	6.5	47	70	10	148	29	20	25	24	1.99
100712952--100713119	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
100712968--100713117	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
100720956--100721122	40	4.2	40	79	4	160	23	26	22	27	2.00
100723318--100723378	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
100729512--100729564	9	5.2	11	76	19	53	30	0	0	69	0.88
100729520--100729577	28	2.0	29	93	3	100	32	1	0	65	1.03
100729512--100729565	20	2.7	19	76	18	56	31	0	0	68	0.90
100729521--100729569	15	3.4	15	72	11	57	28	0	0	71	0.86
100729600--100729707	21	5.0	22	73	16	84	26	0	3	69	1.05
100729612--100729695	12	7.5	12	73	20	83	27	0	2	70	1.00
100729603--100729695	33	2.8	33	93	1	161	25	0	3	70	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100729722--100729762	13	2.9	15	75	10	50	41	4	0	53	1.22
100729729--100729776	21	2.3	21	78	7	53	41	4	2	52	1.32
100730311--100730384	31	2.4	31	78	13	82	64	2	2	29	1.21
100735032--100735099	34	2.0	34	100	0	136	50	17	2	29	1.61
100735125--100735186	14	4.4	14	76	8	54	38	38	1	20	1.63
100735129--100735187	21	2.8	21	78	0	64	42	37	1	18	1.61
100735206--100735250	14	3.2	14	80	0	54	48	26	0	24	1.51
100735344--100735391	7	6.7	7	78	4	51	43	33	2	20	1.64
100735422--100735469	25	1.9	25	87	8	71	39	41	0	18	1.51
100735450--100735484	15	2.4	15	90	4	54	45	34	0	20	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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