genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  195  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61498455--61498604	80	1.9	80	84	5	205	26	21	26	25	1.99
61501329--61501358	10	2.8	11	90	10	53	30	20	6	43	1.77
61511733--61511831	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
61519706--61519804	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
61524328--61524511	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
61524368--61524556	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
61528531--61528889	81	4.4	81	85	2	425	39	21	8	30	1.83
61528531--61528820	27	10.7	27	88	0	427	39	22	8	29	1.84
61528538--61528887	27	13.0	27	81	4	312	39	21	8	30	1.84
61528917--61529021	27	3.9	27	82	6	124	34	18	22	24	1.96
61528918--61529024	54	2.0	54	85	3	144	34	17	22	25	1.96
61528908--61529025	27	4.3	27	80	9	123	35	17	20	26	1.95
61529269--61529320	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
61529250--61529425	67	2.6	67	95	0	307	19	28	21	30	1.97
61529604--61529790	6	30.3	6	69	17	116	19	18	13	48	1.81
61529635--61529764	19	6.6	19	72	16	95	20	18	13	47	1.82
61529607--61529671	25	2.6	25	92	0	103	16	20	16	46	1.85
61529626--61529708	37	2.2	37	89	0	130	19	18	15	46	1.83
61529669--61529726	25	2.3	25	93	0	98	20	18	12	48	1.80
61529604--61529769	62	2.7	62	91	0	269	19	18	13	47	1.82
61529680--61529733	25	2.2	25	89	0	81	24	20	11	44	1.83
61529694--61529781	37	2.4	37	88	0	122	19	19	12	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61535921--61537683	591	3.0	591	97	0	3283	33	23	15	27	1.95
61538316--61538344	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
61541522--61541743	117	1.9	117	86	5	315	41	18	8	31	1.79
61546272--61546351	39	2.1	39	85	4	108	45	11	5	38	1.62
61546365--61546406	14	3.0	14	79	10	50	59	4	0	35	1.19
61546402--61546436	16	2.2	16	100	0	70	20	0	0	80	0.72
61546913--61546952	18	2.2	18	91	8	64	27	0	7	65	1.20
61558985--61559063	28	2.8	28	82	0	95	35	10	25	29	1.88
61561029--61561386	57	6.2	57	94	0	599	17	17	35	29	1.93
61565697--61565775	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
61570893--61571146	80	3.2	80	89	4	356	25	20	26	26	1.99
61570886--61571113	40	5.7	40	89	3	343	24	21	27	27	1.99
61582012--61582050	19	2.1	19	90	0	60	64	2	0	33	1.08
61584113--61584153	20	2.0	20	100	0	82	60	9	14	14	1.57
61584583--61584681	41	2.4	41	84	0	126	23	17	23	36	1.95
61588496--61588575	40	2.0	40	95	0	142	27	5	22	45	1.73
61590649--61590780	40	3.3	39	77	9	117	24	28	20	27	1.99
61590663--61590830	40	4.2	40	78	6	151	25	28	20	25	1.99
61598755--61598902	40	3.7	40	86	5	174	22	27	22	26	2.00
61603983--61604150	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
61603999--61604148	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
61612003--61612170	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61612019--61612168	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
61616471--61616505	17	2.1	17	88	0	52	71	2	0	25	1.00
61616467--61616533	25	2.6	25	79	6	73	64	2	1	31	1.18
61617337--61617382	23	2.0	23	95	0	83	23	13	15	47	1.80
61617448--61617485	15	2.5	16	83	12	53	42	0	0	57	0.98
61618867--61618918	22	2.4	22	87	6	79	32	0	0	67	0.91
61618858--61618914	12	4.6	12	76	8	51	35	0	0	64	0.93
61618845--61618914	16	4.2	16	76	7	68	37	0	1	61	1.05
61621719--61621853	10	14.2	10	69	20	69	36	3	1	58	1.25
61621719--61621806	19	4.6	19	75	9	90	32	2	2	62	1.20
61621773--61621806	11	3.2	11	87	8	52	35	0	0	64	0.94
61622219--61622265	24	2.0	23	84	12	60	34	0	2	63	1.06
61624187--61624274	43	2.0	45	91	4	144	23	10	15	50	1.75
61627305--61627391	15	5.8	15	68	12	54	35	20	21	21	1.96
61627277--61627417	30	4.7	30	75	8	108	34	24	21	19	1.97
61629604--61629651	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
61629904--61629946	18	2.5	17	76	3	50	32	0	4	62	1.15
61638147--61638245	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
61641913--61641954	13	3.2	13	80	6	50	50	30	11	7	1.66
61642370--61642474	49	2.1	48	80	3	111	40	22	15	21	1.91
61644577--61644677	28	3.5	28	83	6	105	29	27	13	28	1.95
61644694--61644766	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61656182--61656308	41	3.0	42	79	10	150	24	17	27	30	1.97
61656486--61656523	18	2.1	19	90	5	60	50	0	15	34	1.45
61663144--61663296	65	2.4	65	86	0	216	21	22	23	32	1.98
61663350--61663395	24	2.0	24	86	4	67	15	19	23	41	1.89
61670332--61670475	47	3.1	47	85	0	189	32	9	29	27	1.89
61670361--61670434	23	3.1	25	62	25	59	29	13	33	22	1.93
61670448--61670634	48	3.8	48	85	8	268	36	7	25	30	1.84
61670449--61670634	100	1.9	96	90	6	293	36	7	25	30	1.84
61670480--61670675	100	2.0	99	84	3	259	34	8	27	29	1.87
61670781--61670889	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
61672749--61672859	42	2.6	42	80	2	125	28	25	16	29	1.96
61677938--61678097	40	4.1	39	78	5	151	26	27	20	25	1.99
61686037--61686198	40	4.1	40	82	1	175	24	28	22	24	1.99
61693459--61693625	40	4.2	40	82	2	176	24	26	22	25	2.00
61695682--61695715	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
61698221--61698280	30	2.0	30	87	6	86	28	23	8	40	1.83
61699658--61699760	28	3.7	28	90	0	161	26	34	14	24	1.94
61699641--61699760	56	2.1	57	89	1	179	24	33	14	28	1.94
61707460--61707524	28	2.3	28	89	0	103	32	29	9	29	1.88
61714225--61714303	28	2.8	28	84	3	106	27	26	11	34	1.91
61714335--61714422	41	2.2	41	80	10	101	31	29	17	21	1.96
61719961--61720017	30	1.9	30	92	0	96	28	22	7	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61724944--61725046	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
61731734--61731772	20	2.0	20	84	0	51	30	33	2	33	1.72
61735110--61735190	42	1.9	42	87	0	117	28	16	25	29	1.96
61737313--61737479	46	3.6	46	80	8	178	23	26	19	29	1.98
61748657--61748733	27	2.8	27	84	5	93	22	25	19	32	1.97
61748656--61748754	27	3.7	26	82	8	92	22	25	17	35	1.95
61749750--61749809	30	2.0	30	100	0	120	33	26	6	33	1.83
61755763--61755990	40	5.7	40	91	3	361	25	27	22	24	2.00
61762451--61762479	14	2.1	14	100	0	58	51	6	13	27	1.66
61765845--61765928	23	3.5	24	83	6	98	23	22	22	30	1.99
61766094--61766130	15	2.4	16	86	8	51	32	0	18	48	1.49
61769144--61769279	48	2.8	48	78	2	139	29	14	25	30	1.95
61769581--61769622	21	2.0	21	95	0	75	23	14	21	40	1.90
61774344--61774510	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
61774360--61774510	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
61782352--61782502	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
61782352--61782502	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
61787062--61787197	48	2.8	48	84	0	164	29	16	23	30	1.97
61787102--61787284	48	4.1	42	71	15	127	27	18	25	28	1.98
61787499--61787540	21	2.0	21	95	0	75	23	14	21	40	1.90
61789503--61789551	22	2.2	23	92	3	82	18	4	30	46	1.67
61789511--61789561	22	2.3	22	83	10	59	19	5	27	47	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61793958--61794089	70	1.9	66	83	6	165	45	10	10	33	1.73
61796186--61796249	24	2.6	25	87	4	87	32	31	15	20	1.94
61796273--61796322	24	2.1	24	88	0	73	32	26	12	30	1.92
61796278--61796746	94	5.0	94	96	0	823	40	18	10	30	1.85
61804196--61804259	24	2.6	25	87	4	87	32	31	15	20	1.94
61804288--61804603	94	3.4	94	95	1	573	39	18	10	30	1.85
61804599--61804702	43	2.4	43	88	0	172	29	30	16	23	1.96
61805680--61805710	15	2.0	16	93	6	55	38	6	3	51	1.44
61808269--61808338	27	2.7	25	84	6	79	25	21	40	12	1.89
61808814--61808857	16	2.8	16	96	0	79	47	4	9	38	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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