genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  187  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58816054--58816281	114	2.0	114	98	0	438	28	21	26	23	1.99
58818552--58818612	27	2.3	27	100	0	122	32	8	24	34	1.85
58821460--58821723	133	2.0	131	81	8	313	31	18	23	26	1.98
58821664--58821783	44	2.7	45	78	8	131	32	14	26	26	1.94
58821728--58821901	44	3.9	44	76	4	152	31	17	25	25	1.97
58821728--58821890	89	1.8	89	81	2	202	29	17	26	26	1.97
58821861--58822037	80	2.2	79	83	2	221	29	15	24	29	1.96
58821886--58822060	80	2.2	78	82	4	206	32	16	26	25	1.96
58822186--58822220	17	2.1	17	94	0	61	74	5	2	17	1.14
58826475--58826575	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
58828296--58828360	28	2.3	28	89	5	96	33	27	7	30	1.85
58828467--58828539	27	2.7	27	78	6	85	20	24	24	30	1.99
58831488--58831552	27	2.4	27	92	0	112	38	20	10	30	1.86
58831459--58831616	27	5.9	27	75	4	95	36	24	8	30	1.86
58831601--58831823	27	8.3	27	81	0	239	36	18	19	24	1.94
58832145--58832170	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
58832345--58832543	6	32.3	6	72	17	142	17	19	15	48	1.82
58832348--58832412	25	2.6	25	90	0	94	16	18	16	47	1.83
58832367--58832449	37	2.2	37	82	0	112	18	19	16	45	1.85
58832410--58832471	25	2.5	25	89	0	88	17	22	14	45	1.85
58832345--58832511	62	2.7	62	89	1	255	17	19	15	47	1.83
58832435--58832522	37	2.4	37	83	11	126	15	20	14	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58834976--58835269	142	2.1	141	96	1	545	21	10	28	39	1.87
58835914--58836044	29	4.5	29	89	0	163	29	16	31	22	1.96
58844589--58844691	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
58854160--58854385	113	2.0	113	98	0	434	28	22	25	23	1.99
58856663--58856723	27	2.3	27	100	0	122	32	8	24	34	1.85
58859588--58859851	133	2.0	131	81	8	313	31	18	23	26	1.98
58859792--58859911	44	2.7	45	78	8	131	32	14	26	26	1.94
58859856--58860029	44	3.9	44	76	4	152	31	17	25	25	1.97
58859856--58860018	89	1.8	89	81	2	202	29	17	26	26	1.97
58859989--58860165	80	2.2	79	83	2	221	29	15	24	29	1.96
58860014--58860188	80	2.2	78	82	4	206	32	16	26	25	1.96
58860315--58860347	16	2.1	16	94	0	57	72	6	3	18	1.18
58863317--58863380	28	2.3	28	91	5	103	34	29	6	29	1.82
58863486--58863575	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
58863496--58863586	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
58863486--58863600	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
58864539--58864592	22	2.4	22	80	17	58	31	3	0	64	1.11
58864641--58864741	32	3.0	32	78	10	96	28	2	5	62	1.33
58870402--58870541	54	2.6	54	84	0	181	25	23	27	23	2.00
58871002--58871044	22	2.0	22	95	0	77	32	25	4	37	1.77
58871220--58871269	22	2.3	22	83	16	68	56	22	0	22	1.43
58876739--58876959	40	5.6	40	93	3	358	26	28	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58884708--58884963	40	6.5	40	91	3	378	25	28	22	22	1.99
58884708--58884963	79	3.2	80	90	4	378	25	28	22	22	1.99
58884708--58884963	119	2.2	119	89	4	385	25	28	22	22	1.99
58887667--58887893	40	5.7	40	78	7	194	36	16	27	19	1.93
58887775--58887838	20	3.3	19	69	16	58	35	17	31	15	1.91
58887667--58887893	79	2.8	80	77	9	221	36	16	27	19	1.93
58892167--58892342	46	3.8	46	79	10	205	21	20	28	28	1.98
58892164--58892335	93	1.8	93	93	0	299	22	20	29	27	1.99
58897302--58897335	17	2.0	17	94	0	59	58	8	11	20	1.59
58899936--58900026	45	2.0	45	95	0	164	39	5	16	38	1.72
58907443--58907652	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
58915576--58915785	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
58920914--58921079	47	3.6	47	79	10	148	28	21	27	22	1.99
58921059--58921104	24	1.9	24	95	0	83	28	26	26	19	1.99
58921083--58921261	47	3.8	46	75	12	175	29	20	27	22	1.98
58925321--58925382	25	2.5	24	80	10	72	74	1	17	6	1.11
58926545--58926609	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
58933226--58933281	21	2.8	20	78	7	69	76	1	16	5	1.05
58934433--58934497	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
58938237--58938440	53	3.8	54	77	1	203	21	23	18	37	1.94
58945571--58945776	53	3.8	52	79	5	187	20	22	17	39	1.92
58945584--58945776	55	3.6	52	78	6	188	20	21	18	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58947929--58947973	19	2.4	19	92	0	72	22	24	33	20	1.97
58948352--58948398	21	2.2	21	92	0	76	19	27	25	27	1.99
58948868--58948904	18	2.1	18	89	0	56	40	8	13	37	1.74
58949261--58949294	17	2.0	17	88	11	52	50	11	11	26	1.73
58953878--58953998	28	4.3	28	82	6	113	23	31	16	28	1.96
58956675--58956831	43	3.7	43	74	9	142	24	18	25	31	1.97
58959068--58959105	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
58960692--58960760	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
58967023--58967060	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
58968672--58968740	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
58978418--58978481	28	2.3	28	88	0	92	17	18	37	26	1.93
58978798--58979216	27	15.7	27	78	7	390	39	19	9	31	1.84
58978798--58979177	53	7.1	53	80	5	401	39	19	9	32	1.83
58979190--58979259	27	2.6	27	86	0	95	37	18	18	25	1.94
58998503--58998572	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
58998580--58998686	42	2.5	42	95	0	187	23	33	14	28	1.93
59001346--59001395	25	2.0	25	96	0	91	22	4	12	62	1.46
59007089--59007217	40	3.2	40	95	0	222	35	15	30	18	1.92
59008865--59008980	49	2.5	46	84	10	132	31	25	13	30	1.94
59008885--59008980	49	2.0	48	93	2	165	33	23	14	28	1.94
59010372--59010493	46	2.6	46	81	5	136	26	22	14	36	1.93
59010479--59010532	26	2.1	26	96	0	99	3	35	18	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59011729--59011844	31	3.7	31	94	2	189	26	26	18	28	1.98
59015868--59015918	23	2.2	23	100	0	102	33	15	7	43	1.76
59016592--59016701	42	2.6	42	85	4	152	30	26	11	31	1.92
59016661--59016779	47	2.6	46	86	4	150	29	25	15	29	1.96
59016814--59016962	31	4.8	32	89	4	225	26	27	19	26	1.99
59022818--59023679	437	2.0	435	91	3	1392	34	14	23	27	1.94
59024926--59025075	40	3.8	40	83	5	169	29	22	25	23	1.99
59024922--59025109	40	4.8	38	77	9	155	28	22	25	23	1.99
59028138--59028267	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
59028101--59028267	80	2.1	79	81	7	196	25	23	27	23	2.00
59035946--59036170	124	1.8	124	85	1	317	31	11	23	34	1.89
59036165--59036294	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
59036127--59036294	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
59052966--59052999	15	2.3	15	89	0	50	35	2	23	38	1.70
59053966--59053998	16	2.1	16	94	0	57	39	9	12	39	1.74
59060822--59060883	26	2.3	26	83	2	70	38	27	9	24	1.86
59060987--59061101	27	4.3	26	89	5	149	19	23	22	34	1.96
59063533--59063696	43	3.8	43	74	11	138	22	19	26	31	1.98
59066451--59066475	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
59079732--59079801	28	2.5	28	84	9	90	28	12	27	31	1.93
59085351--59085405	29	1.9	28	85	10	76	32	25	18	23	1.97
59087159--59087303	40	3.6	40	85	4	193	26	24	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59095085--59095229	40	3.6	40	84	4	184	26	22	25	25	2.00
59097218--59097254	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
59097995--59098352	176	2.0	176	90	0	554	33	17	23	25	1.96
59098895--59098919	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
59110739--59110859	27	4.4	27	85	9	165	37	23	25	14	1.92
59110739--59110860	55	2.2	55	95	1	219	36	22	25	14	1.93
59112166--59112338	93	1.9	93	90	2	276	27	30	21	21	1.98
59112167--59112337	46	3.7	46	78	6	193	27	29	21	21	1.99
59114249--59114337	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
59114249--59114331	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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