genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.431.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  431  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131792106--131792235	54	2.4	54	82	0	134	30	20	9	40	1.83
131792187--131792410	54	4.1	54	69	8	166	37	19	10	33	1.86
131792089--131792248	81	2.0	81	80	2	178	31	20	8	39	1.83
131792443--131792507	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
131793743--131793813	20	3.5	20	90	0	115	35	11	19	33	1.88
131793858--131793981	24	5.2	24	87	3	180	29	23	21	25	1.99
131793860--131793979	23	5.1	23	88	3	177	28	23	21	26	1.99
131793860--131793981	47	2.6	47	93	0	208	28	22	22	26	1.99
131797486--131797525	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
131797954--131797993	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
131797134--131798391	468	2.7	469	97	0	2369	41	10	11	36	1.75
131799115--131799145	7	4.4	7	100	0	62	61	0	0	38	0.96
131799627--131799681	27	2.0	27	100	0	110	32	18	20	29	1.96
131800400--131800446	23	2.0	23	95	0	85	48	10	19	21	1.78
131801737--131801872	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
131803650--131803936	137	2.1	137	98	0	556	24	19	25	31	1.98
131807637--131807772	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
131809551--131809824	137	2.0	136	99	0	539	24	19	24	31	1.98
131812395--131812446	25	2.1	25	96	0	95	38	23	7	30	1.83
131812867--131813145	41	6.8	41	89	0	405	18	24	23	34	1.96
131812867--131813238	41	9.1	40	84	2	156	19	22	21	36	1.96
131813770--131813814	23	2.0	23	81	0	54	35	11	13	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131818976--131819711	44	16.1	44	67	10	278	32	19	20	27	1.97
131818975--131819417	89	4.9	89	70	12	306	33	18	20	27	1.96
131819022--131819602	278	2.1	278	99	0	1135	33	19	20	27	1.96
131821287--131821321	18	1.9	18	88	0	52	34	5	0	60	1.21
131821262--131821339	24	3.2	24	77	12	79	28	6	6	58	1.47
131823158--131823265	26	4.2	26	87	0	162	33	9	22	35	1.86
131823732--131823867	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
131825345--131825397	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
131825645--131825931	137	2.1	137	98	0	556	24	19	25	31	1.98
131827992--131828044	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
131830378--131830426	19	2.6	19	83	6	55	40	4	0	55	1.19
131830393--131830450	18	3.6	18	71	23	65	39	1	0	58	1.08
131830390--131830452	19	3.6	19	68	29	59	41	1	0	57	1.08
131834282--131834328	18	2.6	18	77	9	51	29	6	4	59	1.41
131836052--131836149	35	2.8	33	77	17	90	57	3	4	35	1.33
131836340--131836394	26	2.2	24	83	6	65	70	3	5	20	1.22
131837447--131837496	18	2.8	18	78	6	57	12	0	16	72	1.13
131839912--131840028	40	2.9	40	93	0	207	22	12	30	34	1.91
131842377--131842474	48	2.0	48	94	0	169	22	21	9	46	1.79
131842685--131842730	11	3.8	12	76	18	51	65	2	0	32	1.05
131843323--131843391	34	2.0	35	82	5	86	46	5	10	37	1.62
131845242--131845280	14	2.8	13	85	14	51	87	2	10	0	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131845272--131845305	16	2.0	18	88	11	54	55	35	2	5	1.39
131847903--131847938	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
131854792--131855052	68	3.7	68	82	8	319	25	14	22	37	1.92
131854792--131855197	72	6.0	69	72	15	323	24	14	22	38	1.92
131854628--131855212	259	2.3	251	92	5	958	25	14	22	36	1.93
131854628--131855305	259	2.6	248	82	12	653	25	15	22	37	1.93
131856167--131856229	21	3.1	19	78	14	63	23	33	28	14	1.94
131857826--131857872	24	2.0	23	83	4	58	59	8	0	31	1.27
131861736--131861774	20	2.0	20	85	10	53	10	5	0	84	0.76
131861759--131861815	6	9.5	6	83	7	53	3	8	7	80	1.00
131861759--131861815	24	2.4	24	79	8	62	3	8	7	80	1.00
131862194--131862229	13	2.8	13	86	0	54	25	41	22	11	1.86
131862509--131862558	20	2.5	20	84	12	66	22	38	22	18	1.94
131862509--131862566	21	2.8	20	80	12	64	18	37	24	18	1.94
131862552--131862661	43	2.6	43	98	1	213	20	34	19	26	1.96
131864259--131864302	2	22.0	2	95	0	79	47	0	2	50	1.13
131864869--131864962	34	2.8	34	84	10	131	3	5	18	73	1.16
131865723--131867106	148	9.3	147	83	9	1355	31	21	16	31	1.95
131865723--131867101	72	18.5	74	76	10	1198	31	21	16	31	1.95
131866299--131866325	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
131865728--131866972	370	3.3	374	87	5	1675	31	20	16	31	1.94
131866309--131867101	146	5.5	147	85	6	968	30	22	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131865728--131867101	224	6.2	219	82	8	1432	31	21	16	31	1.95
131866915--131867093	61	2.8	61	81	10	191	28	28	17	25	1.98
131867070--131867175	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
131867034--131867792	140	5.4	140	97	0	1421	36	21	17	24	1.94
131867034--131867792	419	1.8	421	97	0	1450	36	21	17	24	1.94
131867034--131867791	279	2.7	280	96	0	1419	36	21	17	24	1.94
131867629--131867734	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
131867725--131867890	72	2.3	71	87	4	235	41	21	14	22	1.89
131867765--131868011	122	2.0	124	87	3	356	39	21	13	25	1.90
131867890--131868064	71	2.5	70	85	3	228	34	21	13	29	1.92
131869241--131869350	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
131871137--131871422	136	2.1	137	96	0	520	24	18	25	32	1.97
131879571--131879606	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
131881574--131881613	10	4.0	11	87	12	52	47	0	5	47	1.24
131881574--131881606	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
131882172--131882244	34	2.2	32	87	4	101	4	6	16	72	1.22
131882180--131882266	36	2.5	35	85	5	115	4	5	20	68	1.28
131887498--131887541	21	2.2	19	84	8	52	68	9	0	22	1.18
131888457--131888481	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
131888444--131888489	17	2.7	18	76	10	51	65	0	0	34	0.93
131894884--131894923	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
131896065--131896104	17	2.3	18	87	8	57	57	12	0	30	1.36
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131898041--131898071	15	2.1	15	93	0	53	54	0	0	45	0.99
131899084--131899333	131	1.9	131	89	0	383	33	18	17	30	1.94
131899883--131899916	15	2.2	16	89	5	52	58	5	5	29	1.45
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131902374--131902574	45	4.5	45	68	10	144	27	24	17	29	1.98
131902181--131902983	132	6.1	132	92	1	1214	27	25	19	27	1.98
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131910374--131910498	39	3.2	39	70	13	96	24	20	25	28	1.99
131918005--131918254	131	1.9	131	89	0	392	33	18	18	30	1.94
131918613--131918663	28	1.9	25	84	11	66	43	7	7	41	1.63
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131924084--131924128	19	2.4	18	86	13	65	0	33	0	66	0.92
131924340--131924379	20	2.0	20	100	0	80	45	5	0	50	1.23
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131931345--131931385	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
131931385--131931428	17	2.7	16	86	10	54	75	0	18	6	1.02
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131932421--131932673	36	6.8	35	70	15	143	35	11	15	37	1.84
131932409--131932593	54	3.4	54	80	5	178	35	11	14	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131932631--131932686	18	3.2	18	79	2	60	37	10	14	37	1.81
131933506--131933563	27	2.1	27	93	0	98	18	36	22	22	1.95
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131934456--131934512	21	2.7	22	81	8	64	22	26	38	12	1.89
131935399--131935423	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
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131938147--131938246	6	17.7	6	74	8	59	73	1	7	19	1.12
131938161--131938248	16	5.6	16	76	19	80	73	1	5	19	1.09
131938166--131938248	27	3.0	26	81	16	89	74	1	4	19	1.06
131938168--131938248	22	3.7	22	81	9	103	74	1	4	19	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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