genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.365.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  365  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114566042--114566238	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	33	1.95
114573569--114573732	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
114573569--114573766	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
114580319--114580463	70	2.1	71	97	1	274	33	15	17	33	1.92
114582039--114582082	21	2.1	21	100	0	88	18	18	4	59	1.55
114588970--114589029	25	2.4	26	76	15	63	60	1	3	35	1.23
114597323--114597472	39	3.8	39	92	0	246	24	32	20	23	1.98
114609729--114609776	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
114609813--114609878	20	3.3	20	97	0	123	36	13	19	30	1.91
114609929--114610118	24	8.0	24	89	2	251	28	22	21	27	1.99
114613432--114613490	9	6.6	9	84	0	82	47	20	6	25	1.74
114613432--114613490	18	3.3	18	90	0	91	47	20	6	25	1.74
114614661--114614685	8	3.1	8	100	0	50	52	0	24	24	1.48
114615378--114615407	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
114616480--114616515	18	1.9	19	88	5	56	41	5	13	38	1.68
114619070--114619094	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
114619757--114619888	39	3.4	39	90	2	194	31	19	24	25	1.98
114619870--114620057	39	4.8	39	86	3	243	21	22	28	27	1.99
114619759--114620057	78	3.8	77	81	7	223	25	21	26	26	2.00
114624588--114624679	39	2.4	39	100	0	184	26	20	29	23	1.99
114626830--114626966	39	3.5	39	86	1	166	22	22	32	22	1.98
114634880--114635061	39	4.7	39	93	2	285	25	19	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114634880--114635061	77	2.3	78	91	1	285	25	19	30	23	1.98
114637023--114637068	23	2.0	23	95	0	83	34	15	21	28	1.94
114638239--114638297	30	2.0	30	86	3	84	35	10	22	32	1.87
114646216--114646248	12	2.8	12	95	0	57	0	30	27	42	1.56
114647325--114647464	48	2.9	48	89	0	208	27	25	22	25	2.00
114650752--114650822	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
114652244--114652355	27	4.1	27	79	7	120	16	25	22	36	1.94
114653415--114653448	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
114658630--114658700	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
114660120--114660231	27	4.2	26	82	7	125	16	25	22	36	1.94
114660120--114660231	54	2.1	54	84	3	145	16	25	22	36	1.94
114662860--114662949	40	2.2	40	94	0	153	21	22	26	30	1.99
114662921--114662970	26	1.9	26	95	0	91	20	16	24	40	1.91
114662886--114663015	66	2.0	66	93	0	224	20	20	25	33	1.97
114662947--114663067	40	3.1	39	85	3	154	23	21	26	28	1.99
114662860--114663050	106	1.8	106	93	2	330	21	21	25	30	1.98
114663294--114663337	22	2.0	22	86	8	63	31	15	13	38	1.87
114667989--114668230	50	4.8	50	77	6	222	29	26	18	25	1.98
114677962--114678001	18	2.1	18	86	9	53	22	15	17	45	1.85
114678697--114678856	38	4.2	39	91	5	263	22	20	32	25	1.98
114678708--114678856	37	3.9	37	92	5	228	22	20	32	24	1.98
114678714--114678925	75	2.8	76	84	7	214	23	22	31	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114686678--114686879	39	5.2	39	96	0	359	22	19	32	24	1.97
114689480--114689565	27	3.2	27	88	1	129	22	18	16	43	1.88
114689560--114689766	27	7.7	27	90	1	317	38	15	13	31	1.87
114690893--114690980	44	2.0	44	95	0	158	26	39	5	28	1.79
114702693--114702880	27	7.0	27	75	0	142	17	15	33	34	1.91
114702744--114702880	54	2.5	54	87	0	193	16	17	35	31	1.92
114702698--114702880	54	3.4	54	81	1	179	16	15	33	33	1.91
114707669--114707821	49	3.1	49	80	3	198	26	16	25	30	1.97
114710805--114710849	15	3.0	15	78	12	56	8	8	17	64	1.47
114713319--114713506	49	3.8	49	82	5	243	26	17	26	29	1.97
114713314--114713501	100	1.9	100	94	0	331	25	18	26	29	1.98
114716490--114716525	8	4.4	8	89	6	54	77	0	2	19	0.88
114716490--114716525	17	2.2	17	90	5	56	77	0	2	19	0.88
114720698--114720737	6	6.7	6	88	0	62	57	0	25	17	1.40
114720698--114720737	12	3.3	12	96	0	71	57	0	25	17	1.40
114727068--114727274	53	3.8	53	78	5	218	37	17	24	20	1.94
114730853--114731025	46	3.8	45	71	16	156	21	19	28	30	1.98
114730848--114731017	93	1.8	93	89	2	270	21	19	28	30	1.98
114737291--114737438	53	2.8	53	81	1	170	36	17	24	21	1.95
114739295--114739345	21	2.4	21	80	3	57	9	19	45	25	1.81
114740384--114740456	37	2.0	37	100	0	146	23	8	32	35	1.84
114741360--114741390	14	2.2	14	100	0	62	0	6	19	74	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114745019--114745060	22	1.9	22	100	0	84	52	4	28	14	1.62
114744803--114745272	249	1.9	249	96	0	868	41	17	17	23	1.89
114750742--114750772	14	2.2	14	100	0	62	0	6	19	74	1.03
114756851--114756934	30	2.8	30	92	0	141	30	9	27	32	1.88
114757271--114757487	46	4.7	45	78	11	201	29	19	28	22	1.98
114769312--114769351	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
114771549--114771615	33	2.0	33	100	0	134	31	14	5	47	1.69
114774064--114774122	24	2.5	24	83	2	66	16	3	1	77	0.98
114774073--114774133	6	10.0	6	78	8	61	16	4	1	77	1.03
114774067--114774153	25	3.4	26	75	19	67	18	4	1	75	1.03
114791288--114791320	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
114793971--114794088	39	3.0	40	82	7	143	23	28	24	22	1.99
114793963--114794091	40	3.3	39	81	6	145	24	27	24	24	2.00
114796145--114796190	20	2.3	20	84	0	56	17	19	4	58	1.55
114796265--114796311	23	2.0	23	83	0	58	23	31	8	36	1.85
114801481--114801592	41	2.7	41	78	10	120	17	18	29	33	1.95
114802587--114802612	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
114803458--114803505	5	9.6	5	84	10	55	16	0	4	79	0.89
114803446--114803494	21	2.3	22	83	16	68	22	0	4	73	1.00
114806335--114806368	7	5.0	7	96	3	61	26	14	0	58	1.36
114810096--114810248	42	3.6	42	77	8	150	32	17	22	27	1.97
114811803--114811966	71	2.3	71	98	0	319	18	28	17	35	1.93
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114811803--114812000	71	2.8	70	90	3	249	20	28	16	34	1.95
114819374--114819537	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
114819374--114819571	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
114827183--114827379	39	5.1	39	90	3	254	25	32	20	21	1.98
114827219--114827379	39	4.2	39	93	4	272	25	32	19	22	1.97
114827219--114827379	76	2.1	78	92	3	272	25	32	19	22	1.97
114835198--114835259	27	2.3	27	88	0	88	25	16	17	40	1.90
114835239--114835422	27	6.8	27	91	0	305	25	9	25	39	1.86
114835215--114835422	81	2.6	81	89	3	312	25	10	25	39	1.87
114835413--114835591	27	6.6	27	86	7	229	39	8	22	29	1.83
114835215--114835446	81	2.9	81	85	3	254	26	10	25	37	1.88
114835214--114835543	81	4.1	81	81	5	224	30	9	24	35	1.87
114835412--114835591	81	2.2	81	91	2	281	39	8	22	29	1.83
114835415--114835622	81	2.6	80	84	7	258	37	8	23	29	1.85
114837918--114837966	22	2.1	23	82	14	57	59	2	4	34	1.28
114838736--114838763	11	2.5	11	100	0	56	0	7	0	92	0.37
114857549--114857773	47	4.8	46	78	10	181	23	29	19	28	1.98
114857644--114857817	46	3.7	46	78	7	192	22	28	19	28	1.98
114865587--114865851	134	2.0	133	87	2	388	39	16	14	30	1.88
114873130--114873206	33	2.3	35	80	10	81	29	2	5	62	1.30
114876837--114876863	14	1.9	14	100	0	54	40	7	0	51	1.30
114886610--114886727	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114886578--114886740	71	2.3	71	100	0	326	35	17	27	19	1.94
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114888614--114888802	87	2.1	89	83	3	240	34	17	19	27	1.95
114888672--114888922	130	1.9	131	90	0	396	33	16	20	29	1.95
114890676--114890710	15	2.3	15	90	5	52	28	0	2	68	1.04
114902917--114902978	17	3.8	17	79	12	67	74	1	8	16	1.13
114902917--114902964	16	2.9	17	84	9	64	77	0	8	14	0.99
114910009--114910172	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
114910009--114910206	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
114917587--114917750	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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