genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  255  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79594605--79594664	30	2.0	30	90	0	93	25	18	20	36	1.94
79596366--79596485	48	2.5	48	95	0	213	31	19	24	25	1.98
79596366--79596549	96	1.9	96	83	2	235	29	16	25	28	1.97
79598636--79598675	22	2.0	21	85	14	57	77	0	15	7	0.98
79599983--79600085	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
79606374--79606410	19	2.1	18	85	14	51	75	0	16	8	1.02
79611408--79611677	40	6.8	40	93	1	436	24	28	21	25	1.99
79611393--79611677	119	2.4	119	92	2	473	24	28	21	25	1.99
79613491--79613577	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
79613646--79613847	49	4.1	49	93	0	341	29	27	8	33	1.87
79616478--79616561	43	2.0	43	90	0	132	29	25	22	22	1.99
79621341--79621516	46	3.8	46	80	14	202	22	20	28	28	1.98
79621339--79621508	93	1.8	93	91	5	281	22	21	28	28	1.99
79624772--79624847	37	2.1	37	97	0	143	38	15	21	25	1.92
79624772--79624831	19	3.2	19	65	21	54	38	15	21	25	1.92
79633821--79633921	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
79633850--79633925	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
79641712--79641812	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
79641741--79641816	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
79649175--79649248	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
79657067--79657142	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
79658870--79659044	46	3.8	46	79	7	210	28	29	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79658878--79659049	93	1.8	93	93	0	299	27	29	20	22	1.98
79658875--79659064	46	4.1	44	70	21	113	28	28	20	22	1.99
79661438--79661516	30	2.6	30	76	11	81	55	13	17	12	1.69
79661466--79661505	15	2.7	15	96	0	71	55	10	22	12	1.67
79661439--79661516	15	5.2	15	78	9	70	55	14	17	12	1.70
79664294--79664463	46	3.7	45	77	10	182	30	29	18	21	1.97
79664305--79664473	93	1.8	93	90	0	275	28	30	18	21	1.97
79666045--79666188	27	5.3	27	76	6	157	25	24	9	40	1.85
79666057--79666188	54	2.4	54	88	0	201	26	23	9	40	1.86
79666193--79666468	27	10.2	27	80	1	275	37	18	17	26	1.93
79666201--79666466	81	3.3	80	86	6	340	37	18	18	26	1.93
79666668--79666750	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
79666837--79666895	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
79667060--79667126	27	2.5	27	85	4	82	19	25	19	35	1.95
79667297--79667510	6	35.3	6	77	17	203	19	17	14	48	1.81
79667280--79667510	85	2.7	85	97	0	435	20	17	13	48	1.80
79669496--79669649	27	5.7	26	79	9	141	26	20	10	42	1.84
79669496--79669639	54	2.7	53	84	8	191	25	21	9	43	1.83
79669644--79669892	81	3.1	81	91	0	401	37	18	16	26	1.92
79669652--79669899	27	9.2	27	84	0	309	37	18	17	26	1.93
79670119--79670197	27	3.0	26	82	10	88	21	21	18	37	1.94
79670131--79670199	27	2.5	28	86	9	90	23	23	17	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79670287--79670345	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
79670510--79670583	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
79670726--79670966	6	39.8	6	74	17	205	19	16	14	48	1.80
79670701--79670966	91	3.1	79	77	17	275	19	16	14	48	1.80
79677216--79677489	40	6.9	40	89	0	415	22	21	28	27	1.99
79677653--79677703	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
79677778--79677852	37	2.0	37	100	0	150	29	13	30	26	1.94
79688050--79688113	31	2.1	31	87	0	92	25	23	14	37	1.92
79688332--79688492	23	7.0	23	93	0	259	29	21	22	26	1.99
79688538--79688608	20	3.5	20	90	0	106	32	21	11	35	1.89
79692601--79692668	29	2.3	29	76	16	70	33	4	22	39	1.74
79694156--79694216	29	2.1	29	84	0	77	21	32	16	29	1.95
79702792--79702850	29	2.1	27	82	14	68	35	5	23	35	1.77
79703247--79703414	42	3.9	42	75	9	142	27	18	25	28	1.98
79703871--79703902	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
79705290--79705391	37	2.6	38	75	20	95	57	4	4	32	1.41
79705558--79705613	25	2.2	25	78	6	60	50	3	5	41	1.43
79706149--79706249	34	2.9	35	89	7	154	6	4	13	74	1.20
79706149--79706252	36	3.2	29	74	21	75	6	4	13	75	1.17
79713726--79713889	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
79713726--79713923	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
79721265--79721426	71	2.3	71	97	2	310	19	28	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79721265--79721460	71	2.8	70	89	5	249	20	28	17	33	1.96
79727380--79727416	8	4.6	8	89	0	56	5	40	32	21	1.76
79727380--79727419	16	2.5	16	100	0	80	5	37	32	25	1.77
79731451--79731488	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
79734434--79734471	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
79734699--79734819	46	2.6	46	94	0	206	28	28	22	21	1.99
79734697--79734839	46	3.1	45	83	11	141	28	27	21	21	1.99
79735242--79735301	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
79740162--79740222	27	2.3	26	82	2	68	36	19	21	22	1.95
79743189--79743232	18	2.4	18	100	0	88	38	13	13	34	1.84
79743286--79743326	18	2.3	18	95	0	73	36	12	14	36	1.84
79752697--79752723	12	2.2	12	100	0	54	25	0	7	66	1.17
79753019--79753136	47	2.5	47	94	0	200	37	12	24	25	1.91
79753119--79753335	54	4.0	54	81	5	224	38	16	23	21	1.93
79753127--79753336	107	2.0	109	83	2	273	38	16	23	21	1.93
79761173--79761290	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
79761141--79761304	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
79763718--79763885	27	6.3	27	89	2	232	41	19	7	32	1.78
79763718--79763939	27	8.3	27	85	4	211	40	18	8	32	1.80
79763718--79763941	81	2.8	81	84	6	258	40	19	8	32	1.81
79763919--79764212	27	10.9	27	88	2	351	27	23	9	39	1.85
79764081--79764329	27	9.1	27	81	3	104	34	21	9	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79764282--79764337	27	2.1	26	83	9	69	37	10	12	39	1.78
79764390--79764455	27	2.5	26	80	11	80	36	19	22	21	1.95
79765613--79765660	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
79765704--79765762	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
79765813--79765941	24	5.4	24	93	2	197	30	21	21	26	1.99
79765813--79765941	47	2.7	47	91	3	195	30	21	21	26	1.99
79766146--79766239	31	3.1	31	92	1	145	38	15	21	24	1.92
79772445--79772592	40	3.7	39	77	8	147	26	27	22	24	2.00
79772445--79772598	80	1.9	80	82	2	193	26	26	22	24	2.00
79776456--79776531	28	2.7	29	77	8	84	22	19	35	22	1.96
79780978--79781079	27	3.8	27	79	5	100	38	21	10	29	1.87
79780977--79781079	54	1.9	53	82	9	129	37	21	10	30	1.87
79780973--79781094	54	2.2	53	76	11	122	36	22	10	30	1.88
79781072--79781470	27	14.8	27	87	4	443	27	23	8	40	1.82
79781341--79781614	27	10.1	27	78	8	119	35	19	8	36	1.82
79781072--79781469	81	4.9	81	90	3	579	27	23	8	40	1.82
79781342--79781522	81	2.3	81	78	5	181	32	19	8	39	1.82
79781491--79781560	25	2.7	27	81	18	78	47	24	4	24	1.70
79781571--79781622	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
79782897--79782944	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
79782988--79783045	19	3.0	20	92	5	100	36	10	20	32	1.87
79783096--79783238	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79783096--79783238	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
79783096--79783239	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
79783430--79783524	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
79785920--79786009	27	3.3	28	81	6	105	38	18	10	32	1.84
79785920--79786023	54	1.9	54	82	7	131	38	21	10	29	1.87
79785944--79786026	27	3.1	26	77	6	85	36	21	10	31	1.88
79785922--79786038	54	2.2	53	79	10	121	37	22	11	29	1.88
79786016--79786413	27	14.8	27	87	4	443	27	23	8	40	1.82
79786284--79786557	27	10.1	27	80	5	115	35	18	8	37	1.82
79786016--79786412	81	4.9	81	90	4	579	27	23	8	40	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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