genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  92  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27686997--27687153	28	5.6	28	70	20	89	63	1	2	31	1.18
27687031--27687111	12	6.8	12	69	25	64	62	0	3	33	1.12
27687165--27687238	29	2.4	30	82	8	87	58	1	2	37	1.21
27687190--27687237	14	3.4	14	74	5	51	60	2	2	35	1.20
27688679--27689812	90	12.6	90	88	0	1604	27	25	14	32	1.95
27689752--27689850	44	2.2	44	80	8	119	25	28	14	32	1.94
27688679--27689850	539	2.2	539	87	1	1578	27	25	14	32	1.95
27692314--27692348	14	2.5	14	90	0	52	85	0	14	0	0.59
27693623--27693783	29	5.6	29	90	0	241	27	14	31	26	1.95
27701094--27701342	40	6.2	40	89	2	376	25	24	28	21	1.99
27708310--27708358	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
27709176--27709326	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
27709212--27709342	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
27712627--27712732	53	2.0	53	98	0	203	31	11	12	45	1.77
27712631--27712712	25	3.2	23	67	26	58	31	10	13	43	1.79
27713204--27713251	22	2.1	24	85	14	66	37	6	0	56	1.25
27721581--27721632	25	2.1	25	100	0	104	44	3	19	32	1.69
27722064--27722159	43	2.3	43	78	5	106	26	17	26	30	1.97
27726374--27726476	29	3.6	28	80	5	107	26	30	17	26	1.97
27734134--27734206	29	2.5	28	80	12	76	27	27	17	27	1.98
27736451--27736501	25	2.1	24	82	13	61	29	9	11	49	1.72
27763899--27763974	29	2.6	29	87	0	107	27	25	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27763900--27764001	29	3.5	28	79	10	100	25	26	18	29	1.98
27765178--27765262	42	2.0	42	100	0	170	32	21	14	31	1.93
27771994--27772095	29	3.6	29	84	6	120	26	26	16	30	1.97
27781563--27781753	39	4.8	40	85	0	136	24	31	20	23	1.98
27781599--27781761	39	4.2	39	87	0	236	24	31	19	23	1.98
27800358--27800433	38	2.0	38	100	0	152	36	15	5	42	1.70
27801422--27801459	20	1.9	20	100	0	76	42	7	0	50	1.31
27805903--27805951	20	2.5	20	100	0	98	44	10	12	32	1.75
27815434--27815504	25	2.6	25	82	10	79	12	8	15	63	1.51
27820372--27820412	20	2.0	20	90	0	64	29	26	7	36	1.83
27821186--27821250	34	2.0	34	81	6	80	32	26	15	26	1.95
27823098--27823205	26	4.2	26	90	4	173	36	23	7	33	1.83
27830133--27830240	26	4.2	26	89	4	164	36	22	7	34	1.82
27832431--27832496	27	2.4	27	89	5	96	28	3	22	45	1.67
27832431--27832496	29	2.4	27	87	5	87	28	3	22	45	1.67
27832477--27832553	34	2.2	34	79	2	82	38	6	11	42	1.67
27833371--27833422	17	3.1	17	81	8	61	30	7	15	46	1.74
27833411--27833473	17	3.6	17	73	12	65	25	12	15	46	1.82
27834804--27834861	24	2.6	22	84	12	82	27	17	15	39	1.90
27836914--27837076	39	4.2	39	90	2	247	23	32	20	23	1.98
27838551--27838593	19	2.3	19	96	4	79	23	18	9	48	1.76
27843223--27843256	16	2.3	14	90	10	50	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27843206--27843263	18	3.2	18	79	16	66	39	1	0	58	1.08
27850881--27851012	29	4.6	29	91	0	201	26	15	32	25	1.95
27853980--27854037	29	2.0	30	89	3	91	25	12	15	46	1.80
27860080--27860109	14	2.1	14	100	0	60	20	0	16	63	1.31
27860412--27860684	49	5.6	49	74	13	224	29	18	28	23	1.98
27860409--27860685	98	2.8	97	84	4	335	29	18	28	23	1.98
27869075--27869114	17	2.4	17	86	0	62	22	10	10	57	1.61
27870719--27870743	11	2.3	11	100	0	50	60	16	16	8	1.58
27873894--27873962	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
27875590--27875627	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
27878046--27878232	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
27878069--27878232	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
27878069--27878266	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
27885584--27885770	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
27885607--27885770	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
27885607--27885804	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
27888877--27889060	40	4.6	40	93	0	307	26	28	21	23	1.99
27888909--27889085	80	2.2	80	90	5	270	28	28	19	23	1.98
27888989--27889177	40	4.7	40	81	5	150	27	28	20	23	1.99
27888877--27889174	120	2.5	119	80	5	309	26	28	20	24	1.99
27891152--27891414	49	5.4	49	92	0	400	29	29	9	31	1.88
27896201--27896238	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27896271--27896322	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
27898230--27898281	20	2.7	20	81	3	61	65	1	5	26	1.26
27898252--27898334	12	7.0	12	69	25	61	63	0	3	32	1.11
27898224--27898294	28	2.6	27	82	12	83	63	1	4	30	1.22
27898305--27898373	23	2.8	26	70	17	65	66	2	0	30	1.06
27898384--27898456	29	2.4	29	82	15	85	57	1	2	38	1.22
27898618--27898674	30	1.9	30	85	0	78	57	7	14	21	1.60
27901338--27901507	27	6.3	27	84	1	148	29	13	18	38	1.89
27901352--27901825	81	5.9	81	78	5	392	31	11	19	38	1.87
27901407--27901825	27	15.6	27	80	4	425	31	10	19	38	1.86
27901405--27901805	134	3.0	133	85	3	500	31	10	18	38	1.85
27902125--27902233	28	3.9	28	87	1	155	27	33	14	23	1.94
27910018--27910077	31	1.9	31	89	0	93	25	20	16	38	1.93
27910271--27910415	24	6.0	24	87	4	202	28	20	20	31	1.97
27910271--27910415	49	3.0	48	88	5	211	28	20	20	31	1.97
27910271--27910416	73	2.0	73	90	2	231	28	19	21	30	1.98
27910465--27910511	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
27910548--27910595	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
27916881--27916989	40	2.7	41	80	9	134	22	23	27	25	2.00
27920710--27920769	31	1.9	31	89	0	93	26	21	15	36	1.93
27920963--27921131	24	7.0	24	91	3	259	27	21	21	29	1.98
27920983--27921131	49	3.1	49	93	0	255	28	20	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27921181--27921247	20	3.3	20	91	0	107	32	19	11	35	1.88
27921284--27921331	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
27927933--27928047	44	2.7	42	81	9	133	24	17	24	33	1.96
27932792--27932864	33	2.2	34	95	2	130	38	4	26	31	1.75
27935440--27935475	16	2.2	17	90	5	56	52	30	5	11	1.59
27936055--27936121	28	2.4	27	78	14	73	10	23	7	58	1.57
27936962--27937069	29	3.8	29	72	14	89	26	16	33	23	1.96
27941339--27941421	29	2.9	29	85	0	112	25	14	33	26	1.94
27945797--27945834	19	2.0	19	89	0	58	34	18	31	15	1.92
27945916--27945988	30	2.5	30	86	2	94	24	15	32	27	1.95
27948120--27948275	48	3.3	47	86	3	213	32	26	17	23	1.96
27949899--27949946	11	4.4	11	76	10	53	22	12	6	58	1.57
27950385--27950428	2	22.5	2	81	4	54	45	4	2	47	1.35
27955205--27955359	44	3.7	43	71	14	126	25	18	25	30	1.98
27963661--27963783	48	2.6	48	86	0	165	35	28	15	20	1.93
27967183--27967297	44	2.7	42	82	11	144	24	16	25	33	1.96
27969070--27969294	124	1.8	124	85	1	317	31	10	23	35	1.88
27969289--27969417	40	3.2	40	81	5	156	22	24	29	24	1.99
27976201--27976353	39	3.9	39	88	0	216	23	30	21	24	1.99
27976170--27976352	78	2.3	79	89	1	269	22	29	22	24	1.99
27984227--27984369	39	3.7	39	90	2	234	22	30	20	26	1.99
27984187--27984368	77	2.3	79	89	2	269	23	29	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27991640--27991789	39	3.8	39	96	0	264	24	32	20	23	1.98
27998953--27999139	56	3.4	56	90	1	295	33	26	13	26	1.93
28000742--28000779	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
28009909--28010079	42	4.0	43	72	12	136	33	26	16	22	1.96
28010554--28010581	9	3.1	9	100	0	56	21	10	0	67	1.20
28013331--28013393	31	2.1	31	88	5	94	20	9	19	50	1.74
28014548--28014728	40	4.6	40	78	8	165	24	23	27	24	2.00
28014547--28014698	78	1.9	80	85	5	211	25	23	26	25	2.00
28021414--28021474	31	2.1	30	82	11	74	21	8	18	52	1.71
28022628--28022779	78	1.9	79	81	7	184	25	23	25	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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