genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.293.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  293  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91299393--91299448	29	1.9	29	85	7	78	30	12	25	32	1.92
91321836--91322423	296	2.0	296	95	1	1072	35	9	23	31	1.87
91331175--91331320	37	3.9	37	96	0	247	26	30	19	23	1.98
91331466--91331602	50	2.8	49	84	6	197	31	25	5	37	1.80
91331573--91331673	47	2.1	47	83	0	130	26	30	10	31	1.91
91335905--91336075	93	1.8	93	96	0	315	27	28	22	21	1.99
91335897--91336077	46	3.9	46	81	9	233	27	28	21	22	1.99
91338653--91338970	94	3.4	92	78	5	334	27	21	28	23	1.99
91352013--91352051	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
91355911--91356043	46	2.9	45	79	4	124	36	13	22	27	1.92
91363256--91363370	44	2.6	45	84	2	142	36	13	21	27	1.92
91366132--91366353	47	4.7	48	76	11	203	22	28	18	29	1.98
91366178--91366350	94	1.8	94	85	2	240	21	28	20	29	1.98
91370072--91370203	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
91377416--91377547	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
91379545--91379716	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
91379537--91379712	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
91382071--91382158	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
91382071--91382149	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
91382082--91382158	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
91385107--91385277	93	1.8	93	96	0	315	27	29	21	21	1.99
91385099--91385274	46	3.8	46	81	10	223	28	28	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91388025--91388058	11	3.1	11	95	0	59	29	17	26	26	1.98
91394477--91394527	21	2.4	22	90	3	77	19	33	31	15	1.93
91397638--91397750	40	2.7	42	89	5	160	33	26	15	24	1.95
91398188--91398236	19	2.5	20	90	10	82	44	14	8	32	1.74
91398368--91398407	19	2.1	19	90	0	62	60	15	10	15	1.60
91405757--91405923	46	3.6	45	81	8	167	26	29	17	26	1.97
91406573--91406615	20	2.3	18	81	14	52	37	20	0	41	1.53
91408402--91408620	79	2.7	79	82	8	257	26	27	21	24	1.99
91408416--91408620	40	5.1	41	83	8	237	25	28	21	23	1.99
91414218--91414283	28	2.4	28	92	2	107	42	27	9	21	1.83
91421823--91422040	79	2.7	79	82	8	255	26	27	21	24	1.99
91421836--91422040	40	5.1	41	83	8	237	25	28	21	23	1.99
91424139--91424239	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
91424168--91424243	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
91432670--91432770	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
91432699--91432774	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
91435465--91436760	648	2.0	648	100	0	2592	25	20	25	28	1.99
91441209--91441309	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
91441238--91441313	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
91449095--91449195	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
91449124--91449199	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
91459426--91459511	24	3.6	24	95	1	156	22	17	25	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91459426--91459533	47	2.3	48	90	4	166	25	17	24	33	1.96
91459426--91459533	24	4.6	23	82	11	85	25	17	24	33	1.96
91471345--91471393	21	2.3	21	100	0	98	36	22	16	24	1.94
91473193--91473297	37	2.8	37	92	0	165	27	30	17	24	1.97
91473448--91474083	48	12.9	49	94	3	1016	32	25	5	36	1.80
91473451--91474083	100	6.4	98	91	4	1051	32	25	5	36	1.80
91476996--91477049	25	2.2	25	90	6	83	27	31	11	29	1.91
91477223--91477491	40	6.8	40	89	0	405	26	28	22	22	1.99
91477223--91477491	80	3.4	80	92	0	450	26	28	22	22	1.99
91478753--91478892	37	3.8	37	96	0	235	26	30	18	25	1.98
91479048--91479780	50	14.8	49	92	3	1147	31	24	6	37	1.81
91479048--91479780	98	7.4	98	93	3	1188	31	24	6	37	1.81
91481225--91481255	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
91485527--91485554	9	3.1	9	100	0	56	21	21	10	46	1.81
91487736--91487855	40	2.9	42	81	7	156	31	27	16	24	1.96
91494146--91494318	46	3.8	46	79	14	214	20	21	29	28	1.98
91497272--91497340	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
91497263--91497350	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
91499737--91499947	38	4.9	38	77	19	188	20	20	29	29	1.98
91499775--91499947	46	3.8	46	79	13	212	20	20	29	28	1.98
91502473--91502517	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
91506900--91506932	16	2.1	16	88	5	50	66	9	9	15	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91507072--91507150	39	2.0	39	100	0	158	37	17	27	16	1.91
91511472--91511624	40	3.8	40	77	5	139	25	27	23	23	2.00
91519168--91519202	17	2.0	18	94	5	63	11	25	45	17	1.81
91527558--91527603	24	1.9	24	82	8	58	45	13	13	28	1.80
91539395--91539432	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
91543487--91543848	48	7.7	47	73	10	222	24	29	19	26	1.98
91543487--91543745	139	1.9	140	82	4	335	24	29	19	26	1.98
91546703--91547100	49	8.1	49	95	0	670	28	26	10	34	1.89
91550392--91550464	36	2.0	36	100	0	146	23	16	27	32	1.96
91552707--91552759	26	2.0	26	96	0	97	41	11	20	26	1.86
91555412--91555762	47	7.4	46	74	13	227	23	31	20	25	1.98
91555412--91555762	141	2.5	140	79	10	351	23	31	20	25	1.98
91555412--91555767	94	3.8	92	79	8	353	23	30	20	25	1.98
91564721--91564813	40	2.3	41	83	3	118	33	17	24	24	1.96
91570997--91571064	33	2.1	33	100	0	136	25	11	17	45	1.82
91574697--91574737	21	1.9	22	90	5	66	75	4	7	12	1.16
91579480--91579672	46	4.2	46	86	3	255	19	22	15	43	1.88
91581351--91581501	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
91581387--91581517	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
91589362--91589512	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
91589398--91589528	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
91590887--91591044	46	3.5	45	94	0	262	22	24	15	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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91616868--91616935	22	3.1	21	70	16	57	52	2	5	38	1.41
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Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91628803--91628858	18	3.1	19	85	10	73	55	32	0	12	1.37
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91650763--91650945	40	4.6	40	70	6	129	20	19	27	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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