genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.415.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  415  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127646550--127646575	11	2.4	11	100	0	52	50	0	7	42	1.31
127647249--127647379	59	2.2	59	85	8	169	52	0	1	45	1.15
127647383--127647475	32	2.9	31	84	13	125	45	0	1	53	1.07
127647456--127647493	10	3.9	10	89	3	51	52	2	0	44	1.14
127657802--127657882	29	2.8	29	76	9	85	65	1	0	33	1.01
127657825--127657882	10	5.5	11	85	6	68	68	1	0	29	0.99
127657825--127657872	21	2.3	21	92	3	80	70	2	0	27	0.98
127657802--127657882	21	4.1	20	77	19	73	65	1	0	33	1.01
127664028--127664088	31	2.0	31	87	6	88	40	11	6	40	1.67
127664384--127664449	30	2.2	30	83	5	80	42	3	12	42	1.57
127666057--127666107	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
127668025--127668088	11	6.0	11	75	14	62	31	29	0	39	1.57
127668025--127668088	20	3.0	21	81	9	76	31	29	0	39	1.57
127669878--127669920	18	2.4	18	92	0	68	16	27	11	44	1.82
127670305--127670919	116	5.3	116	95	0	1077	40	3	8	47	1.51
127670319--127670883	54	9.8	59	66	21	279	40	3	8	47	1.50
127673941--127674468	126	4.2	126	90	2	855	26	20	18	33	1.96
127674578--127674754	96	1.8	98	83	8	236	40	12	2	44	1.55
127685563--127685628	33	2.0	33	93	0	114	39	6	27	27	1.80
127686326--127686459	9	14.8	9	66	23	59	28	8	5	57	1.51
127686335--127686459	12	10.3	12	68	17	64	28	8	5	57	1.51
127686331--127686381	20	2.5	21	96	3	95	29	9	3	56	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127686372--127686425	28	1.9	28	88	0	81	27	7	9	55	1.58
127686781--127687087	125	2.5	123	85	3	391	27	14	19	38	1.91
127698224--127698856	84	7.5	84	81	6	618	36	22	22	18	1.95
127698402--127698632	40	5.6	40	65	23	129	36	22	22	17	1.94
127698691--127698885	89	2.2	87	79	3	203	34	20	21	24	1.97
127700256--127700388	3	43.3	3	66	11	56	30	8	3	57	1.45
127700265--127700388	12	10.1	12	70	17	78	29	8	4	58	1.46
127700251--127700328	28	2.7	28	80	4	84	32	7	5	55	1.50
127700799--127701055	125	2.1	124	82	4	311	28	14	19	38	1.90
127701794--127701876	30	2.8	30	75	5	78	61	6	8	24	1.47
127707027--127707114	26	3.5	25	78	6	88	59	5	3	31	1.38
127707057--127707114	28	2.1	28	83	6	73	58	5	1	34	1.30
127707172--127707226	25	2.2	25	78	12	60	60	5	3	30	1.37
127707074--127707243	80	2.2	81	81	11	194	58	4	4	32	1.37
127707294--127707348	28	1.9	28	85	10	76	60	3	10	25	1.47
127707532--127707605	3	25.0	3	97	2	141	66	0	0	33	0.92
127707822--127707941	3	39.0	3	71	17	68	60	4	5	30	1.37
127707824--127707880	16	3.6	16	90	6	82	63	5	3	28	1.33
127707824--127707929	15	6.5	15	73	21	81	61	4	4	29	1.37
127708423--127708461	19	2.0	20	90	5	62	46	0	53	0	1.00
127708612--127708646	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
127709912--127710907	87	11.5	87	85	7	1161	35	19	17	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127710209--127710242	14	2.4	14	95	0	59	58	0	17	23	1.38
127710296--127710329	14	2.4	14	90	0	50	55	0	17	26	1.42
127710128--127710802	339	2.0	333	85	5	896	34	19	18	27	1.95
127710042--127710894	426	2.0	419	85	5	1135	35	19	17	27	1.95
127710813--127710847	18	1.9	18	94	0	61	71	0	8	20	1.11
127710502--127710908	179	2.3	175	84	8	509	33	20	17	28	1.95
127719217--127719244	4	7.0	4	100	0	56	50	0	25	25	1.50
127723078--127723128	17	2.8	18	75	19	61	50	3	7	37	1.50
127723078--127723151	36	2.1	35	85	5	96	51	6	5	36	1.51
127723251--127723342	24	3.7	23	73	20	69	59	5	4	30	1.39
127723280--127723342	26	2.4	28	84	10	80	58	4	3	33	1.35
127723361--127723457	21	4.4	23	71	18	71	61	4	4	29	1.33
127723307--127723420	23	4.9	21	68	23	61	57	5	4	32	1.40
127723276--127723438	70	2.3	73	75	14	176	57	5	4	31	1.43
127723508--127723562	28	1.9	28	85	10	76	60	1	10	27	1.41
127723644--127723670	12	2.2	12	100	0	54	66	0	0	33	0.92
127723753--127724010	143	1.8	136	83	7	338	55	6	4	32	1.46
127723988--127724107	3	39.0	3	70	17	68	60	5	4	30	1.37
127723990--127724046	16	3.6	16	90	6	82	63	5	3	28	1.33
127724128--127724163	17	2.1	18	89	5	56	77	0	2	19	0.88
127724648--127724689	18	2.3	18	80	11	50	11	42	35	9	1.74
127725606--127725644	6	6.5	6	91	8	62	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127725790--127725833	19	2.4	18	96	3	79	75	9	11	4	1.19
127725999--127726050	19	2.8	18	78	18	54	67	0	28	3	1.08
127726566--127726617	17	2.9	17	77	8	59	69	5	9	15	1.35
127726566--127726620	19	3.1	18	81	5	67	69	5	9	16	1.34
127726563--127726620	17	3.4	17	75	15	57	70	5	8	15	1.30
127726626--127727375	138	5.5	138	91	2	1158	56	6	8	27	1.55
127731105--127731139	18	1.9	18	100	0	70	28	22	20	28	1.98
127731092--127731151	18	2.8	24	66	28	69	25	28	15	31	1.95
127732992--127733017	11	2.4	11	100	0	52	34	0	0	65	0.93
127735359--127735402	23	1.9	23	81	9	54	68	4	4	22	1.27
127735524--127735599	26	2.8	26	78	7	64	48	2	18	30	1.62
127735583--127735649	26	2.5	28	80	4	75	55	0	7	37	1.28
127735707--127735736	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
127738404--127738484	41	2.0	41	87	2	119	38	20	19	20	1.94
127738415--127738541	41	3.1	40	84	5	157	36	21	17	25	1.94
127738417--127738576	41	3.9	41	80	8	139	33	19	20	26	1.97
127739107--127739163	30	1.9	29	92	3	96	36	36	7	19	1.79
127740401--127740452	19	2.7	20	84	6	79	28	38	0	32	1.57
127741180--127741288	26	4.2	25	91	4	164	34	3	24	36	1.73
127741180--127741288	51	2.1	52	91	1	175	34	3	24	36	1.73
127742774--127742826	26	2.0	26	82	7	63	39	20	15	24	1.91
127745083--127745112	14	2.2	13	94	5	51	50	0	13	36	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127746160--127746204	23	2.0	23	95	0	81	26	17	17	37	1.93
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127749904--127749951	21	2.3	21	92	0	78	22	20	56	0	1.43
127751368--127751411	21	2.0	22	83	12	56	27	4	4	63	1.33
127751547--127751585	14	2.8	14	84	0	51	28	7	23	41	1.82
127752999--127753024	6	4.3	6	100	0	52	69	15	15	0	1.20
127753806--127753851	24	2.0	23	84	12	60	47	6	10	34	1.64
127754590--127754619	11	2.6	11	94	5	51	46	0	13	40	1.43
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127755803--127756023	43	5.1	43	71	7	185	23	20	20	35	1.96
127755803--127756037	87	2.7	85	77	8	231	22	20	21	35	1.96
127764045--127764081	11	3.6	11	79	20	53	27	16	29	27	1.97
127764046--127764092	19	2.5	19	96	0	85	29	14	29	25	1.95
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127771355--127771406	28	1.9	26	85	14	70	7	9	5	76	1.14
127771364--127771406	21	2.0	22	90	4	70	6	11	6	74	1.21
127772256--127772284	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
127773832--127773884	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
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127777946--127778219	136	2.0	137	97	0	523	31	25	18	24	1.98
127778467--127778520	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127779979--127780114	26	5.2	26	92	0	227	36	24	5	33	1.78
127780760--127780811	26	2.2	23	73	23	54	32	3	3	59	1.33
127780761--127780826	24	2.7	24	88	4	87	31	3	3	62	1.26
127780853--127780903	22	2.3	23	83	10	61	29	9	1	58	1.41
127783704--127783804	15	6.3	16	71	26	65	60	1	6	30	1.34
127783728--127783780	17	3.2	17	78	2	54	58	1	7	32	1.37
127785237--127785269	17	1.9	17	88	11	50	15	9	42	33	1.78
127790291--127790338	18	2.7	18	87	6	71	66	4	0	29	1.10
127792893--127792940	21	2.3	21	81	0	51	31	6	4	58	1.42
127795076--127795140	33	2.0	33	85	11	89	38	4	18	38	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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