genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.161.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  161  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50177265--50177320	28	1.9	29	85	7	78	60	1	3	33	1.24
50181266--50181366	53	1.9	53	87	0	148	37	4	9	47	1.59
50185787--50185861	35	2.1	35	97	0	141	37	18	2	41	1.65
50193664--50193789	27	4.7	27	79	12	134	38	23	8	29	1.84
50193688--50193811	54	2.3	54	78	0	131	42	20	7	29	1.79
50193847--50194365	27	19.3	27	92	0	761	32	20	21	25	1.97
50194792--50194856	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
50195015--50195116	27	3.8	26	81	5	96	20	21	19	38	1.94
50195253--50195341	6	14.3	6	71	19	67	17	16	15	49	1.80
50195253--50195357	31	3.4	31	81	5	115	18	16	15	50	1.78
50206029--50206213	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
50206030--50206221	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
50206029--50206246	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
50214040--50214224	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
50214041--50214232	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
50216209--50216272	22	3.2	22	62	25	59	43	9	9	37	1.69
50216202--50216277	38	2.0	38	100	0	152	44	7	7	39	1.63
50226686--50226734	23	2.1	23	88	0	71	26	14	18	40	1.89
50229806--50230154	180	1.9	181	86	2	497	33	16	9	40	1.80
50230714--50231103	50	7.7	51	78	4	346	31	25	15	26	1.96
50230717--50231001	151	1.9	151	89	1	446	30	25	16	27	1.97
50238622--50238900	50	5.5	50	83	5	328	31	26	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50238622--50238900	101	2.8	99	83	6	335	31	26	16	25	1.96
50249319--50249383	34	1.9	34	93	0	112	21	29	6	43	1.77
50251714--50251758	14	2.9	16	77	12	58	77	0	20	2	0.87
50251719--50251756	19	2.0	20	89	5	60	78	0	18	2	0.86
50252133--50252174	22	1.9	22	85	9	59	52	0	45	2	1.13
50262349--50262388	5	7.6	5	83	10	53	77	0	0	22	0.77
50262362--50262388	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
50264290--50264319	11	2.6	11	94	5	51	53	16	0	30	1.44
50265672--50265717	24	1.9	24	95	0	83	43	26	2	28	1.66
50274799--50274838	12	3.3	12	89	0	62	30	0	40	30	1.57
50274795--50274846	24	2.2	24	89	0	77	28	0	48	23	1.51
50276245--50276376	27	4.9	27	83	0	156	25	16	18	39	1.91
50276643--50276687	23	1.9	24	86	4	65	20	2	51	26	1.59
50285657--50285775	22	5.2	23	77	7	102	35	21	23	20	1.96
50296033--50296068	17	2.0	18	89	10	56	25	16	38	19	1.92
50298519--50298721	40	5.1	40	83	5	205	26	22	27	24	2.00
50298519--50298705	79	2.3	80	83	2	216	27	22	26	22	1.99
50306538--50306741	40	5.1	40	83	4	205	26	21	26	25	1.99
50306538--50306741	80	2.5	80	80	1	230	26	21	26	25	1.99
50309041--50309194	84	1.8	84	84	0	209	29	24	15	30	1.96
50309041--50309197	42	3.7	42	76	0	161	29	23	15	30	1.96
50312884--50313026	51	3.0	48	72	11	118	31	27	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50314959--50315148	24	8.0	24	90	4	278	26	21	23	28	1.99
50314958--50315149	47	4.0	48	90	4	291	26	21	22	29	1.99
50314959--50315149	71	2.7	72	89	4	289	26	21	23	29	1.99
50315205--50315261	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
50315201--50315263	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
50315300--50315347	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
50316503--50316580	27	2.9	26	78	14	86	21	20	21	35	1.96
50316636--50316977	27	12.7	26	82	8	230	40	9	22	27	1.86
50316647--50316977	81	4.1	81	85	4	436	40	9	23	26	1.86
50316647--50316977	54	6.1	54	86	2	416	40	9	23	26	1.86
50319432--50319598	40	4.2	40	77	5	160	26	22	26	23	2.00
50323744--50323920	39	4.5	39	87	2	232	23	30	22	24	1.99
50323744--50323920	77	2.3	78	86	3	232	23	30	22	24	1.99
50331651--50331794	39	3.7	39	90	0	234	22	30	20	26	1.98
50347109--50347276	40	4.2	40	76	6	142	25	29	21	23	1.99
50348924--50348966	22	2.0	22	86	9	61	27	13	11	46	1.78
50353481--50353558	39	2.0	39	100	0	156	38	12	15	33	1.85
50360008--50360122	29	4.0	29	84	6	137	27	28	15	27	1.96
50359999--50360109	58	1.9	57	87	1	159	27	29	16	27	1.97
50362575--50362624	22	2.2	23	86	10	68	38	24	18	20	1.93
50362616--50362684	24	2.7	26	80	4	79	36	17	20	26	1.94
50382809--50382984	46	3.8	46	79	10	214	21	19	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50382806--50382976	93	1.8	93	94	0	306	21	20	29	28	1.98
50384328--50384525	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
50384394--50384511	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
50384362--50384525	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
50391894--50392091	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
50391960--50392077	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
50391928--50392091	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
50397316--50397389	37	2.0	37	100	0	148	37	8	2	51	1.46
50399400--50399453	23	2.3	23	93	0	90	40	18	18	22	1.91
50401094--50401196	29	3.6	27	78	5	89	30	33	15	21	1.94
50405778--50405864	21	4.2	21	73	2	77	18	24	18	39	1.92
50405778--50405857	41	2.0	41	89	0	124	17	25	18	38	1.92
50415354--50415456	37	2.8	37	92	0	161	23	33	21	22	1.98
50415604--50415885	48	5.9	48	94	2	487	31	27	6	34	1.83
50419528--50419813	40	7.2	40	91	1	430	26	28	20	24	1.99
50421093--50421195	37	2.8	37	92	0	161	23	33	21	22	1.98
50421336--50421578	48	5.0	48	90	5	382	32	27	6	34	1.81
50421336--50421578	97	2.5	96	91	4	382	32	27	6	34	1.81
50428026--50428098	21	3.5	21	73	0	65	17	24	20	36	1.94
50428039--50428119	42	1.9	42	87	0	117	17	25	19	37	1.94
50428087--50428127	21	2.0	21	90	0	64	12	17	21	48	1.79
50433846--50433882	8	4.6	8	100	0	74	37	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50433905--50433946	5	8.4	5	100	0	84	40	0	0	59	0.97
50435215--50435271	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
50435655--50435715	21	2.8	23	76	14	76	14	22	26	36	1.93
50435645--50435727	21	3.9	21	77	3	67	15	20	25	38	1.92
50439694--50439918	93	2.4	91	83	6	276	28	17	29	25	1.97
50439698--50439975	48	5.9	46	77	14	232	28	17	29	24	1.97
50443197--50443345	40	3.7	40	95	0	262	25	22	26	26	2.00
50443197--50443389	80	2.4	80	86	5	230	25	20	25	27	1.99
50444852--50444896	24	2.0	22	82	8	54	15	33	24	26	1.95
50449160--50449412	46	5.4	46	79	10	228	29	17	29	23	1.97
50453123--50453230	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
50455000--50455286	137	2.1	137	96	0	520	24	18	24	32	1.97
50458044--50458094	20	2.5	20	93	3	84	31	0	7	60	1.25
50458336--50458428	44	2.1	43	94	2	159	26	19	2	51	1.58
50470366--50470473	54	2.0	54	100	0	216	29	14	11	44	1.80
50473486--50473854	54	6.8	54	82	2	393	24	23	14	37	1.92
50473513--50473818	162	1.9	162	86	2	436	24	23	14	38	1.91
50481469--50481619	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
50481505--50481635	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
50495971--50496035	34	1.9	34	87	0	94	26	24	24	24	2.00
50495971--50496056	34	2.5	34	83	3	93	25	24	26	23	2.00
50500903--50501171	27	10.2	26	83	7	267	39	21	8	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50500903--50501172	81	3.4	79	83	4	319	39	21	8	30	1.83
50501179--50501206	14	2.0	14	100	0	56	50	7	14	28	1.69
50501152--50501233	41	2.0	41	97	0	155	42	12	14	30	1.82
50501193--50501244	27	1.9	27	92	0	86	40	17	13	28	1.87
50501195--50501253	27	2.2	27	84	6	75	44	16	13	25	1.85
50501125--50501253	68	1.9	68	85	3	179	42	16	13	27	1.85
50501662--50501733	32	2.2	32	87	0	108	22	20	23	33	1.97
50505179--50505277	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
50519644--50519739	42	2.3	42	92	1	156	32	22	18	26	1.97
50519644--50519774	42	3.1	42	84	4	120	31	22	19	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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