genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.385.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  385  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120170579--120170684	32	3.5	30	88	6	119	50	17	3	27	1.63
120172524--120172622	47	2.1	47	96	0	180	36	15	9	39	1.79
120175207--120175246	21	1.9	21	94	0	71	35	12	0	52	1.39
120178134--120178258	59	2.1	59	83	2	153	39	3	13	44	1.60
120192536--120192596	30	2.0	30	83	0	77	40	4	22	31	1.75
120195420--120195496	36	2.1	36	97	0	145	42	11	10	35	1.76
120197913--120197954	10	4.0	10	82	11	57	59	2	0	38	1.10
120198187--120198245	10	6.0	10	80	9	59	50	3	0	45	1.18
120198190--120198251	30	2.0	31	90	3	99	51	3	0	45	1.17
120198192--120198252	10	6.2	9	76	14	50	50	3	0	45	1.17
120198288--120198329	10	4.2	10	81	6	50	40	0	2	57	1.12
120198256--120198361	55	1.9	55	88	0	158	42	0	3	52	1.25
120201093--120201174	37	2.2	37	91	0	128	41	25	14	18	1.88
120206322--120206578	141	1.8	141	86	0	370	26	15	33	23	1.95
120211155--120211192	16	2.3	17	86	13	53	0	7	5	86	0.69
120211671--120211738	34	2.0	34	97	0	127	33	5	14	45	1.69
120211833--120211871	16	2.4	16	86	0	51	25	0	2	71	0.98
120212124--120212190	24	2.7	25	82	15	77	49	0	1	49	1.10
120215709--120215756	15	3.3	15	80	13	55	18	2	4	75	1.07
120215709--120215785	29	2.7	29	80	13	79	19	6	3	70	1.26
120217018--120217044	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
120218446--120218681	27	8.7	27	88	1	274	41	18	5	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120218446--120218706	81	3.2	81	87	2	328	40	18	6	34	1.77
120218471--120218767	27	11.0	26	80	8	235	39	19	7	33	1.80
120218446--120218706	54	4.8	54	84	1	308	40	18	6	34	1.77
120218471--120218733	81	3.2	81	84	6	291	40	19	7	33	1.79
120218716--120218815	27	3.7	27	69	5	76	39	22	7	32	1.80
120218799--120218965	27	6.3	27	84	1	203	32	19	22	25	1.97
120219391--120219451	22	2.8	22	78	9	70	18	19	26	36	1.94
120219613--120219715	27	3.8	27	79	5	100	21	21	19	37	1.94
120219863--120219920	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
120219875--120219971	6	15.8	6	72	16	74	20	18	14	46	1.84
120219863--120219987	31	4.1	31	84	3	155	20	17	14	48	1.82
120230397--120230437	2	20.5	2	94	0	73	48	0	2	48	1.14
120231934--120232229	72	4.0	73	88	3	373	33	21	16	29	1.95
120231929--120232223	146	2.0	147	85	4	398	33	20	15	29	1.94
120232184--120232275	46	2.0	46	97	0	175	31	18	21	28	1.97
120232116--120232347	118	2.0	118	95	0	419	31	21	18	28	1.97
120232234--120233061	72	11.1	72	74	12	657	32	20	16	31	1.94
120232043--120232642	190	3.0	193	83	9	706	32	20	17	30	1.95
120232233--120233280	147	7.0	147	80	10	1079	33	20	15	30	1.94
120232615--120232779	86	1.9	86	82	4	208	34	19	16	29	1.94
120233118--120233277	71	2.4	65	81	11	173	33	24	13	28	1.93
120233665--120233951	143	2.0	143	100	0	574	32	15	17	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120237902--120238032	40	3.3	40	78	2	147	22	27	24	25	2.00
120244144--120244274	40	3.3	40	79	2	156	23	27	23	25	2.00
120250878--120250913	12	3.0	12	87	0	54	41	5	27	25	1.77
120250874--120250905	16	1.9	17	93	6	57	40	6	28	25	1.79
120252620--120252652	15	2.2	15	89	10	50	45	0	12	42	1.41
120255396--120255428	15	2.2	15	89	10	50	45	0	12	42	1.41
120255679--120255726	24	2.0	24	84	8	62	58	2	2	37	1.22
120257133--120257165	15	2.2	15	89	10	50	42	12	0	45	1.41
120258882--120258983	39	2.6	39	76	4	109	54	3	5	35	1.43
120269610--120269693	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
120276644--120276709	25	3.0	21	75	16	78	28	1	15	54	1.50
120278276--120278342	14	4.7	14	92	3	107	35	19	8	35	1.83
120278276--120278342	29	2.4	28	94	2	116	35	19	8	35	1.83
120278733--120278766	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
120281538--120281687	35	4.5	35	77	9	159	36	21	14	28	1.92
120284975--120285151	88	2.0	88	98	0	345	32	11	17	38	1.86
120287820--120287863	2	22.0	2	95	0	79	47	0	0	52	1.00
120288794--120288834	21	1.9	22	90	5	66	36	0	2	60	1.10
120288962--120289015	26	2.0	28	85	7	76	35	0	1	62	1.06
120291217--120291251	14	2.4	15	90	4	54	40	5	22	31	1.78
120291534--120291608	27	2.7	27	80	13	73	28	20	25	26	1.99
120300104--120300145	17	2.5	17	84	3	59	54	0	9	35	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120300214--120300273	17	3.9	17	70	16	51	65	1	1	31	1.13
120301838--120302330	87	5.6	87	79	8	511	27	20	18	33	1.96
120301873--120302433	174	3.2	176	84	4	654	27	20	18	34	1.96
120305460--120305657	105	1.9	102	81	11	233	25	26	15	32	1.95
120309005--120309057	26	2.0	26	96	0	97	49	20	3	26	1.66
120317791--120317854	21	3.0	21	71	15	60	35	3	0	60	1.12
120318942--120318997	27	2.0	28	96	3	105	44	7	0	48	1.30
120319199--120319224	13	2.0	13	100	0	52	61	0	7	30	1.24
120326047--120326083	19	1.9	19	88	0	56	59	2	10	27	1.44
120326047--120326091	19	2.3	19	84	3	54	60	4	8	26	1.46
120329079--120329254	33	5.4	33	82	1	165	36	13	23	27	1.92
120329096--120329218	65	1.9	66	83	5	160	34	13	21	30	1.92
120331370--120331684	49	6.7	46	70	13	149	25	27	19	27	1.98
120336078--120336129	20	2.6	20	96	0	95	23	32	28	15	1.95
120341784--120341853	33	2.1	33	84	5	88	21	11	2	64	1.39
120341891--120341950	30	2.0	30	96	0	111	28	3	11	56	1.51
120343330--120343362	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
120343875--120343902	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
120343678--120344170	226	2.3	211	90	5	761	42	7	10	40	1.67
120357459--120357512	23	2.3	23	77	0	63	33	18	22	25	1.97
120363561--120363585	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
120370286--120370316	13	2.4	13	88	0	53	19	35	29	16	1.93
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120378043--120378149	55	1.9	55	81	10	130	24	28	22	25	2.00
120389861--120389901	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
120390595--120390646	19	2.9	18	75	11	54	5	23	1	69	1.20
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120412141--120412185	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
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120421198--120421245	21	2.3	22	79	17	57	33	41	18	6	1.76
120421380--120421500	54	2.2	55	82	7	140	43	2	5	47	1.40
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120424551--120425272	375	1.9	375	90	0	1149	29	17	14	39	1.89
120425237--120425312	27	2.7	27	77	6	80	28	11	6	52	1.63
120426816--120426872	13	4.4	13	77	0	51	43	14	3	38	1.62
120440285--120440321	12	3.2	12	82	17	51	0	5	8	86	0.70
120441633--120441681	22	2.3	21	82	3	53	42	2	18	36	1.62
120443248--120443299	25	2.1	25	82	7	61	55	0	3	40	1.18
120443259--120443302	12	3.5	13	79	14	56	45	0	4	50	1.22
120444566--120444754	88	2.2	86	82	5	231	40	20	7	31	1.80
120444792--120444850	19	3.1	18	76	9	55	64	0	1	33	1.04
120444788--120444859	37	1.9	37	83	8	92	61	0	1	37	1.05
120445095--120445244	19	7.9	18	67	19	65	29	6	2	62	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120445127--120445319	28	6.8	28	68	13	110	33	3	1	61	1.21
120445164--120445253	10	9.2	10	72	15	55	31	4	1	63	1.21
120445064--120445244	67	2.7	63	74	17	152	30	6	1	61	1.30
120445127--120445254	28	4.5	28	74	14	111	32	4	0	62	1.21
120445547--120445585	20	2.0	20	85	10	53	30	15	2	51	1.57
120452648--120452737	44	2.0	45	95	2	164	31	16	6	45	1.73
120454654--120454686	17	2.1	17	88	11	52	21	6	27	45	1.75
120455225--120455256	16	2.0	16	93	0	55	28	12	15	43	1.83
120456561--120456645	16	5.3	16	71	10	75	44	2	0	52	1.13
120456566--120456665	12	9.1	12	74	21	87	47	2	0	51	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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