genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  204  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64363104--64363191	44	2.0	44	100	0	176	38	27	2	31	1.69
64372145--64372402	129	2.0	129	96	0	480	22	17	25	34	1.96
64372229--64372591	182	2.0	182	96	0	663	23	16	26	33	1.95
64373087--64373116	16	1.9	16	93	6	53	6	16	0	76	0.99
64373109--64373141	14	2.4	14	90	5	50	0	21	6	72	1.05
64375759--64375855	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
64376973--64377017	13	3.5	13	77	22	51	22	4	6	66	1.33
64381280--64381456	88	2.0	88	96	0	327	36	7	24	32	1.83
64387650--64387791	42	3.3	42	79	10	128	26	18	24	30	1.98
64387671--64387788	42	2.7	42	83	6	130	26	16	24	32	1.96
64387648--64387805	43	3.7	43	73	13	128	25	17	25	31	1.97
64395253--64395323	28	2.5	29	81	4	83	32	29	11	26	1.91
64396476--64396548	28	2.6	28	82	4	85	32	10	27	28	1.91
64396626--64396660	13	2.7	13	95	0	61	22	8	17	51	1.72
64398521--64398698	46	3.8	46	76	4	196	29	28	20	22	1.98
64398529--64398700	93	1.8	93	89	0	272	28	29	20	22	1.98
64400678--64400768	6	14.8	6	73	17	71	46	15	17	20	1.84
64400712--64400772	31	2.0	31	93	0	104	49	13	16	21	1.79
64401565--64401811	27	9.2	27	87	2	336	27	22	17	32	1.97
64401793--64402464	54	12.5	54	77	5	256	31	9	22	37	1.85
64401793--64402461	27	24.8	27	81	1	201	31	8	22	37	1.85
64401769--64402485	135	5.3	136	79	5	611	31	9	22	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64410541--64410571	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
64414731--64414915	40	4.7	40	86	6	218	25	22	26	25	2.00
64414783--64414938	80	2.0	79	82	11	194	26	21	26	25	2.00
64419379--64419563	39	4.8	39	88	3	223	23	31	22	23	1.98
64419415--64419572	39	4.2	37	88	8	228	22	32	20	24	1.98
64419415--64419563	76	1.9	77	91	5	248	22	31	21	24	1.98
64427139--64427327	39	4.8	40	86	2	190	24	31	20	22	1.98
64427175--64427335	39	4.2	39	89	3	236	24	32	19	23	1.98
64435039--64435224	39	4.8	39	89	2	232	23	31	22	23	1.99
64435075--64435224	39	3.9	38	92	4	239	23	31	21	24	1.98
64435075--64435224	76	1.9	79	91	4	252	23	31	21	24	1.98
64442946--64443128	39	4.7	40	84	3	187	23	31	21	23	1.99
64442978--64443125	76	1.9	77	93	1	253	23	31	20	24	1.98
64442976--64443125	39	3.9	39	92	4	241	23	31	21	24	1.98
64446303--64446376	29	2.6	29	82	4	87	27	14	31	27	1.95
64452627--64452812	40	4.7	40	86	5	227	25	22	26	25	2.00
64452627--64452845	80	2.8	80	79	12	238	26	22	26	24	2.00
64458515--64458584	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
64469080--64469294	39	5.5	40	86	6	271	24	23	26	25	2.00
64475095--64475124	12	2.5	12	94	0	51	26	23	10	40	1.86
64477452--64477495	20	2.1	21	83	4	54	38	4	22	34	1.75
64487087--64487211	46	2.7	46	88	0	178	21	22	25	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64494580--64494752	46	3.7	46	78	14	203	21	21	27	29	1.99
64494577--64494747	93	1.8	93	93	2	299	21	21	28	28	1.99
64496906--64497074	48	3.7	46	74	14	145	30	25	17	26	1.97
64496917--64497087	89	1.9	89	82	8	213	29	25	18	26	1.98
64500706--64500793	41	2.1	41	93	0	149	50	11	26	12	1.74
64503582--64504002	138	3.1	137	91	2	646	45	4	8	41	1.56
64503979--64504132	78	2.0	75	86	3	209	33	15	7	43	1.76
64506245--64506271	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
64508577--64508614	18	2.1	18	90	0	58	34	7	10	47	1.67
64510902--64510980	27	2.8	27	81	11	70	54	3	2	39	1.32
64510891--64510971	38	2.2	37	82	10	94	53	2	2	41	1.27
64515047--64515250	80	2.5	80	86	6	279	22	23	28	25	1.99
64515047--64515229	40	4.6	40	92	1	287	21	23	28	26	1.99
64516915--64517017	29	3.6	27	78	5	89	29	32	16	22	1.96
64523192--64523298	29	3.7	29	81	5	108	23	30	15	29	1.96
64531122--64531228	29	3.7	29	81	5	108	23	30	15	29	1.96
64537474--64537731	40	6.5	40	90	2	360	23	24	27	25	2.00
64553051--64553179	49	2.7	49	81	7	138	30	19	16	34	1.94
64555316--64555471	43	3.7	43	78	10	151	26	19	26	27	1.99
64555316--64555471	85	1.8	84	83	5	206	26	19	26	27	1.99
64557624--64557726	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
64568970--64569072	29	3.6	29	88	2	136	26	13	33	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64571209--64571250	7	6.1	7	94	5	77	14	0	42	42	1.45
64571209--64571249	13	3.1	13	96	3	73	14	0	41	43	1.45
64571209--64571250	20	2.0	21	95	4	77	14	0	42	42	1.45
64573223--64573321	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
64580904--64581002	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
64582525--64582648	64	1.9	64	96	0	230	27	9	29	33	1.88
64596092--64596161	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
64596092--64596173	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
64603912--64604008	27	3.6	27	97	1	176	28	13	26	30	1.94
64603912--64604020	54	2.0	55	87	5	159	29	14	24	31	1.95
64606744--64606874	66	1.9	69	81	9	160	33	15	30	20	1.93
64610870--64610909	19	2.1	19	100	0	80	15	0	45	40	1.46
64612545--64612886	137	2.5	136	86	3	445	21	23	15	39	1.91
64612568--64612886	46	7.0	46	89	1	426	21	24	15	38	1.92
64614000--64614037	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
64615666--64615734	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
64618381--64618450	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
64618381--64618462	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
64624623--64624692	27	2.5	28	93	2	115	28	15	27	28	1.96
64624647--64624704	27	2.1	27	81	6	64	31	17	22	29	1.96
64629393--64629425	16	2.1	16	94	0	57	48	24	18	9	1.76
64629644--64629737	28	3.3	28	85	8	136	25	13	30	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64632187--64632330	38	3.7	38	87	1	189	31	27	22	19	1.98
64636413--64636595	39	4.7	39	92	0	294	30	20	24	24	1.99
64642872--64643024	38	4.0	38	80	1	153	32	24	20	22	1.98
64646998--64647041	22	2.0	23	90	4	72	25	2	50	22	1.61
64647097--64647161	34	1.9	34	84	6	87	23	18	24	33	1.96
64651615--64651707	41	2.3	41	92	0	150	22	31	27	18	1.97
64652565--64652601	17	2.2	17	100	0	74	21	48	5	24	1.71
64652914--64653023	28	4.0	28	83	3	136	32	20	26	20	1.97
64652921--64653028	55	2.0	55	85	3	146	33	17	26	22	1.96
64654118--64654168	18	2.8	18	79	8	68	60	0	35	3	1.15
64654118--64654174	18	3.2	18	78	7	62	63	0	33	3	1.12
64655300--64655534	48	4.9	47	77	11	226	25	29	17	26	1.98
64655307--64655534	96	2.4	96	84	1	278	25	29	17	27	1.98
64656726--64656852	44	2.8	44	85	2	155	37	14	21	27	1.92
64657245--64657275	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
64660547--64660616	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
64660547--64660628	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
64668479--64668547	28	2.5	28	93	4	115	27	14	27	30	1.95
64668479--64668559	28	3.0	27	84	10	69	28	16	24	30	1.96
64671160--64671208	25	2.0	25	87	0	71	40	0	14	44	1.45
64671618--64671703	18	4.3	19	73	20	59	53	0	24	22	1.46
64675443--64675534	28	3.3	28	92	3	150	32	28	8	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64675640--64675728	27	3.2	28	75	15	87	19	21	24	34	1.96
64683340--64683431	28	3.3	28	95	3	159	33	28	7	30	1.85
64683534--64683626	28	3.3	27	80	7	107	18	22	24	34	1.96
64683534--64683637	28	3.7	28	78	6	86	19	24	23	33	1.97
64683534--64683651	55	2.1	55	81	7	132	17	22	22	36	1.95
64687145--64687505	46	7.7	46	78	9	313	27	19	28	23	1.98
64687150--64687505	92	3.8	92	84	4	387	28	19	28	23	1.98
64688381--64688414	17	2.0	17	88	0	50	82	0	17	0	0.67
64689670--64689926	40	6.5	40	90	3	351	22	22	28	26	1.99
64698070--64698379	46	6.6	45	78	10	261	28	18	29	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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