genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  176  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55013654--55013722	26	2.8	23	82	8	75	17	21	20	40	1.91
55018040--55018098	29	2.0	29	96	0	109	20	13	13	52	1.74
55023908--55023954	2	23.5	2	91	0	76	51	0	4	44	1.21
55036245--55036288	19	2.3	19	96	0	79	31	0	27	40	1.56
55038187--55038310	43	2.9	42	75	7	106	33	26	18	20	1.96
55043073--55043159	44	2.0	44	95	0	156	34	16	12	36	1.86
55043434--55043481	19	2.7	18	81	9	53	43	0	14	41	1.45
55044579--55045204	312	2.0	311	95	0	1128	33	4	20	42	1.72
55047417--55047558	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
55047456--55047584	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
55055387--55055528	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
55055426--55055554	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
55067721--55067824	44	2.4	43	84	7	131	34	23	20	22	1.97
55072838--55072986	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
55072879--55072986	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
55080281--55080464	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
55084263--55084411	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
55084304--55084411	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
55089728--55089784	28	2.0	28	100	0	114	28	14	7	50	1.68
55095625--55095846	39	5.6	40	87	4	265	24	28	23	22	1.99
55095625--55095807	79	2.3	79	88	2	262	25	28	23	22	1.99
55103737--55103964	40	5.7	40	87	4	282	24	28	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55103737--55103921	79	2.3	80	90	0	282	24	28	24	22	2.00
55103737--55103961	79	2.8	77	83	9	267	24	28	24	23	2.00
55105917--55105963	20	2.3	20	81	0	58	34	14	2	48	1.56
55112755--55112921	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
55112755--55112921	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
55113747--55113792	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
55119610--55119656	20	2.3	20	88	0	67	34	12	2	51	1.52
55122456--55122603	43	3.4	43	76	9	140	29	11	21	37	1.88
55125937--55126039	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
55133982--55134157	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
55133978--55134149	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
55137107--55137160	15	3.6	15	76	0	63	11	18	12	57	1.64
55137103--55137171	30	2.3	30	85	2	95	8	17	17	56	1.65
55139541--55139716	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
55139537--55139708	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
55142671--55142724	15	3.6	15	76	0	63	11	18	12	57	1.64
55142667--55142735	30	2.3	30	85	2	95	8	17	17	56	1.65
55145113--55145293	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
55145115--55145285	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
55158396--55158474	25	3.2	24	69	8	61	25	17	22	34	1.96
55158636--55158672	14	2.5	15	91	4	58	45	8	10	35	1.69
55163514--55163597	41	2.0	41	90	4	134	33	5	29	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55165861--55165986	50	2.5	50	83	3	146	23	18	20	37	1.94
55165863--55165986	25	5.0	25	72	7	99	23	18	20	37	1.94
55167593--55167779	6	30.8	6	73	16	154	49	13	17	20	1.79
55167572--55167779	30	7.1	30	80	11	216	49	13	17	20	1.80
55167593--55167779	85	2.2	85	96	0	338	49	13	17	20	1.79
55167897--55167983	27	3.3	26	85	4	111	35	25	22	16	1.94
55168243--55168410	27	6.2	27	91	0	264	25	20	19	34	1.96
55168415--55168637	27	8.3	27	82	5	263	39	7	23	29	1.82
55168415--55168655	54	4.5	54	86	2	331	38	7	23	30	1.82
55168405--55168666	81	3.2	81	80	4	305	37	8	23	30	1.84
55170637--55170799	6	26.8	6	71	16	122	48	12	17	20	1.80
55170642--55170799	31	5.6	31	79	16	150	48	13	17	20	1.81
55170637--55170799	79	2.1	79	94	2	283	48	12	17	20	1.80
55170935--55171003	27	2.6	27	88	4	95	34	26	23	15	1.95
55171201--55171403	54	3.6	56	77	11	184	26	19	19	35	1.95
55171263--55171403	27	5.2	27	91	0	201	26	19	19	34	1.96
55171408--55171630	27	8.3	27	85	4	306	39	8	23	28	1.83
55171398--55171659	81	3.2	80	82	4	312	37	8	23	29	1.85
55171408--55171630	54	4.1	54	90	2	340	39	8	23	28	1.83
55171408--55171659	54	4.7	54	87	2	310	38	8	24	29	1.84
55181076--55181210	29	4.7	29	84	5	148	24	30	15	29	1.96
55181693--55181986	142	2.1	143	97	1	556	39	28	10	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55188859--55188993	29	4.7	29	84	5	148	24	30	15	29	1.96
55189476--55189764	140	2.1	140	88	10	432	38	28	9	23	1.86
55191626--55191710	39	2.2	39	97	0	161	25	15	18	40	1.90
55191626--55191735	39	3.0	39	88	8	144	28	11	19	40	1.86
55193423--55193621	58	3.4	58	85	1	247	39	11	21	28	1.87
55193625--55193972	69	5.0	69	80	6	355	23	17	22	36	1.95
55200631--55200766	29	4.7	29	85	3	157	25	30	14	30	1.95
55200606--55200766	58	2.8	58	78	0	169	24	32	14	27	1.95
55201249--55201540	141	2.1	141	97	1	550	39	28	10	21	1.86
55203405--55203489	39	2.2	39	97	0	161	25	15	18	40	1.90
55203405--55203514	39	3.0	39	88	8	144	28	11	19	40	1.86
55205283--55205552	143	1.9	139	92	6	454	41	28	9	21	1.84
55212426--55212557	29	4.6	29	83	3	140	24	29	15	31	1.95
55212401--55212557	58	2.7	58	78	0	161	24	31	15	28	1.95
55213044--55213338	143	2.1	143	98	0	572	39	28	10	21	1.86
55215204--55215288	39	2.2	39	97	0	161	25	15	18	40	1.90
55215204--55215313	39	3.0	39	88	8	144	28	11	19	40	1.86
55217001--55217199	58	3.4	58	85	1	247	39	11	21	28	1.87
55217201--55217549	69	5.0	69	80	4	369	23	17	22	36	1.94
55220841--55221121	40	7.1	40	92	2	451	24	22	26	26	2.00
55225941--55226006	29	2.3	29	84	5	80	42	0	25	31	1.55
55227296--55227331	13	2.9	12	84	8	54	22	0	33	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55234402--55234453	27	1.9	27	88	0	77	38	17	13	30	1.88
55235128--55235189	31	2.0	31	93	0	106	27	20	9	41	1.84
55236178--55236243	29	2.3	29	84	5	80	43	1	22	31	1.62
55245099--55245255	42	3.7	44	77	13	150	31	25	16	26	1.96
55249579--55249758	47	3.8	47	77	10	172	29	18	28	22	1.98
55254603--55254769	46	3.7	44	78	10	192	21	20	28	28	1.98
55257704--55257757	15	3.6	15	76	0	63	11	18	12	57	1.64
55257700--55257768	30	2.3	30	85	2	95	8	17	17	56	1.65
55260090--55260264	46	3.8	45	75	11	167	21	19	28	30	1.97
55260086--55260258	93	1.9	93	88	2	267	21	19	29	29	1.98
55265086--55265256	40	4.3	40	96	0	297	28	28	21	21	1.98
55265051--55265256	80	2.6	80	89	3	301	28	28	20	21	1.98
55267121--55267162	22	1.9	22	85	0	57	23	19	16	40	1.91
55270271--55270434	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
55270271--55270468	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
55275334--55275492	43	3.7	43	81	5	162	32	25	17	24	1.97
55279826--55280005	47	3.8	47	79	12	174	28	17	30	23	1.97
55279829--55280000	95	1.8	94	85	8	242	29	16	30	23	1.96
55284843--55285016	46	3.8	45	75	11	174	21	21	27	29	1.99
55284839--55285011	93	1.9	93	90	2	276	21	21	28	28	1.99
55293369--55293431	28	2.2	28	88	0	99	22	17	38	22	1.93
55293748--55294184	27	16.3	26	82	5	384	36	20	11	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55293747--55294210	81	5.8	80	80	5	449	36	20	11	30	1.89
55294163--55294227	27	2.4	28	84	5	80	38	18	16	26	1.92
55304549--55304666	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
55304517--55304680	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
55313914--55314099	40	4.7	40	86	5	227	25	21	26	26	1.99
55319147--55319187	11	3.7	11	80	0	55	46	12	2	39	1.54
55319148--55319191	22	2.0	22	100	0	88	40	13	4	40	1.65
55321414--55321517	42	2.4	44	79	6	124	34	23	14	27	1.93
55322844--55323058	42	5.0	43	80	6	213	33	24	18	24	1.97
55322841--55323047	85	2.4	85	81	5	231	33	24	17	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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