genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  224  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69908581--69908747	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
69916576--69916742	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
69919028--69919130	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
69922390--69922435	20	2.3	20	96	0	83	41	28	17	13	1.86
69922398--69922441	20	2.2	20	87	0	61	47	22	15	13	1.81
69926405--69926575	93	1.8	93	86	2	245	21	19	29	29	1.98
69929332--69929400	15	4.6	15	83	0	75	15	17	8	57	1.62
69929323--69929402	30	2.7	30	78	7	90	15	17	11	56	1.67
69931675--69931850	46	3.8	46	79	15	200	22	21	27	28	1.99
69931672--69931843	93	1.8	93	92	0	290	23	21	27	27	1.99
69942621--69942731	28	4.0	28	84	3	134	25	14	32	27	1.94
69942619--69942728	56	2.0	56	85	3	150	25	14	32	27	1.95
69943295--69943321	13	2.1	13	100	0	54	48	14	0	37	1.45
69945643--69945862	46	4.8	44	76	14	180	29	20	27	22	1.98
69947385--69947439	29	1.9	28	85	3	74	29	25	21	23	1.99
69948673--69948881	27	7.7	27	76	7	147	31	8	21	38	1.83
69948913--69949158	81	3.0	81	85	1	323	41	7	21	29	1.81
69948913--69949158	27	9.1	27	87	1	287	41	7	21	29	1.81
69949173--69949233	26	2.3	27	88	2	88	29	11	16	42	1.83
69953400--69953477	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
69957936--69958012	38	2.0	38	100	0	154	35	23	12	28	1.92
69960085--69960149	22	3.0	22	80	8	69	33	20	24	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69960286--69960407	41	3.0	41	83	4	147	28	28	20	22	1.98
69960645--69960965	27	11.9	27	82	2	250	30	10	19	39	1.84
69960665--69960941	81	3.4	82	80	2	281	32	10	17	39	1.84
69960970--69961052	27	3.1	27	87	0	103	28	25	18	27	1.98
69977823--69977964	43	3.3	42	80	6	162	35	25	15	23	1.94
69977804--69978003	86	2.3	85	77	10	201	33	25	16	24	1.96
69979153--69979178	13	2.0	13	100	0	52	46	23	0	30	1.53
69980157--69980205	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
69981028--69981178	40	3.8	40	82	6	173	26	21	27	24	2.00
69981064--69981194	40	3.3	40	83	4	167	24	21	26	27	1.99
69986952--69987118	40	4.2	40	78	6	153	22	27	23	25	2.00
69994900--69995106	40	5.2	40	84	1	218	26	22	26	25	2.00
69994901--69995091	79	2.4	80	85	3	233	26	23	25	24	2.00
69996634--69996814	40	4.5	40	78	9	163	25	25	22	26	2.00
69996634--69996815	80	2.3	81	80	5	192	25	25	22	26	2.00
69997542--69997733	40	4.8	40	94	0	321	26	28	20	25	1.99
70000295--70000875	125	4.6	126	83	2	674	28	15	15	39	1.88
70000665--70000701	14	2.6	14	91	0	56	37	13	0	48	1.43
70000295--70000875	250	2.3	251	85	3	744	28	15	15	39	1.88
70001003--70001090	30	2.8	30	94	5	149	43	11	0	45	1.40
70001098--70001123	7	3.7	7	100	0	52	57	26	0	15	1.38
70003092--70003129	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70004237--70004318	38	2.2	38	84	0	101	51	2	7	39	1.43
70004267--70004390	52	2.5	50	87	7	171	50	0	7	41	1.36
70005280--70005336	29	2.0	29	82	6	71	35	7	19	38	1.79
70011257--70011316	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
70016959--70017141	46	4.0	46	90	0	267	25	31	8	34	1.85
70017115--70017488	47	8.0	47	92	1	556	26	28	10	34	1.89
70017155--70017488	140	2.4	140	91	2	546	26	28	10	34	1.90
70017115--70017488	93	4.0	94	91	2	556	26	28	10	34	1.89
70022212--70022271	30	2.0	30	86	0	84	40	8	23	28	1.83
70024147--70024179	17	1.9	17	100	0	66	57	12	12	18	1.64
70027209--70027266	29	2.0	29	100	0	116	34	10	27	27	1.89
70031571--70031711	27	5.2	27	82	11	182	19	24	21	34	1.97
70031569--70031711	54	2.6	54	93	2	234	18	25	21	34	1.96
70031571--70031729	27	5.9	26	82	7	140	20	25	20	33	1.97
70031571--70031729	81	2.0	80	83	10	200	20	25	20	33	1.97
70036531--70036635	40	2.6	40	75	1	102	27	18	28	25	1.98
70040570--70040611	20	2.1	20	86	0	57	69	2	0	28	1.01
70045021--70045185	27	6.1	26	79	5	150	27	9	22	41	1.84
70045021--70045185	54	3.1	54	84	0	204	27	9	22	41	1.84
70045021--70045185	81	2.0	81	82	2	197	27	9	22	41	1.84
70049185--70049250	26	2.5	26	75	4	71	36	22	12	28	1.90
70049239--70049289	27	1.9	27	88	4	77	25	21	21	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70049301--70049429	27	4.8	26	78	5	107	33	9	17	39	1.82
70049284--70049403	27	4.5	27	79	7	84	33	9	17	40	1.81
70052000--70052032	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
70053487--70053652	81	2.0	81	82	0	197	28	12	22	36	1.90
70053487--70053652	27	6.1	27	73	2	136	28	12	22	36	1.90
70056183--70056242	23	2.6	23	86	0	84	23	28	31	16	1.96
70058781--70059113	24	13.9	24	73	10	234	25	11	26	36	1.90
70058781--70059082	48	6.3	48	76	3	295	25	11	26	37	1.89
70058782--70059082	96	3.1	96	95	0	521	25	11	26	36	1.90
70064456--70064494	21	1.9	21	89	5	62	10	7	28	53	1.62
70067750--70067873	66	1.9	65	91	1	203	29	13	8	48	1.71
70067909--70067967	29	2.0	29	100	0	118	25	16	16	40	1.90
70068362--70068409	23	2.1	23	96	0	87	33	8	25	33	1.86
70077667--70077758	29	3.2	30	80	8	104	29	32	13	25	1.93
70079636--70079715	34	2.4	33	87	2	106	32	25	22	20	1.98
70082694--70082730	2	18.5	2	100	0	74	51	48	0	0	1.00
70086298--70086489	40	4.8	40	88	2	296	25	26	22	25	2.00
70086269--70086489	80	2.8	80	86	4	297	26	26	22	25	2.00
70098202--70098384	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
70098202--70098386	40	4.6	41	84	7	231	23	22	28	25	2.00
70098255--70098419	79	2.1	79	83	6	201	25	20	27	26	1.99
70103949--70103981	14	2.3	15	89	5	50	69	21	6	3	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70105736--70105764	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
70107033--70107145	43	2.6	43	88	0	163	13	24	29	32	1.93
70113067--70113120	27	2.0	27	100	0	108	51	14	3	29	1.60
70115823--70115880	30	1.9	30	96	0	107	34	13	24	27	1.93
70116271--70116439	49	3.6	48	78	8	186	27	19	31	21	1.98
70117509--70117551	21	2.0	22	86	4	61	20	37	18	23	1.94
70123018--70123116	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
70130663--70130760	28	3.5	28	85	4	108	29	15	24	30	1.95
70132282--70132376	6	15.3	6	69	18	61	49	13	16	20	1.79
70132297--70132365	31	2.2	31	89	0	102	47	14	18	18	1.82
70132784--70133113	27	12.3	27	85	1	430	24	22	20	32	1.98
70133095--70133682	54	10.9	54	78	3	189	32	9	21	36	1.85
70133095--70133683	27	21.8	27	77	4	137	32	8	21	36	1.85
70133189--70133387	81	2.5	81	87	3	240	38	7	22	32	1.82
70133397--70133707	136	2.3	134	85	1	408	30	10	20	38	1.86
70135829--70135907	39	2.0	39	97	0	149	44	7	8	39	1.64
70135970--70136027	29	2.0	29	100	0	116	41	10	24	24	1.86
70136087--70136401	49	6.7	48	74	12	237	26	20	30	22	1.98
70141005--70141135	49	2.7	49	81	5	158	29	20	27	22	1.99
70143023--70143194	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
70143015--70143190	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
70145565--70145652	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70145565--70145643	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
70145576--70145652	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
70148598--70148769	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
70148590--70148765	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
70151844--70151883	19	2.1	19	100	0	80	45	10	5	40	1.60
70153821--70154271	150	2.9	153	83	7	513	42	9	5	43	1.59
70154189--70154234	21	2.2	21	88	0	65	54	6	2	36	1.39
70153819--70154287	159	3.0	154	79	11	496	40	9	4	45	1.58
70156165--70156394	50	4.6	49	79	8	241	30	26	18	24	1.98
70163122--70163358	49	4.7	51	73	14	181	32	25	16	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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