genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  167  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52179002--52179104	29	3.4	29	72	10	100	50	5	1	41	1.37
52179003--52179122	61	2.0	59	90	6	190	49	5	1	43	1.36
52197017--52197070	27	2.0	27	85	0	72	38	9	12	38	1.76
52197315--52197461	49	3.0	50	82	2	206	25	17	27	28	1.98
52197315--52197505	99	1.9	98	81	8	226	26	18	26	28	1.98
52200591--52200909	48	6.6	48	75	10	242	27	18	29	24	1.98
52200581--52200907	96	3.4	96	80	5	338	27	18	29	25	1.98
52200595--52200859	144	1.8	144	84	6	358	27	18	30	24	1.98
52200591--52200893	144	2.1	144	80	10	343	27	18	29	24	1.98
52205985--52206024	13	3.2	13	89	10	57	27	35	20	17	1.95
52206049--52206074	12	2.2	12	100	0	52	7	30	38	23	1.83
52209736--52209911	46	3.8	46	74	12	171	31	30	18	19	1.96
52209743--52209915	93	1.9	93	90	0	274	30	30	19	20	1.97
52215813--52215926	57	2.0	57	96	0	210	46	20	5	28	1.72
52219049--52219230	40	4.6	40	88	3	253	24	23	26	25	2.00
52222300--52222403	26	4.0	26	93	0	181	35	24	7	32	1.84
52229111--52229352	47	5.1	47	86	4	313	33	10	28	27	1.89
52229326--52229461	46	3.0	46	85	2	184	36	8	30	25	1.85
52230966--52231152	40	4.7	40	94	0	311	21	23	28	26	1.99
52231325--52231379	25	2.2	25	93	6	94	30	12	29	27	1.93
52233962--52234276	24	13.1	24	96	0	558	36	25	18	20	1.95
52236935--52236972	2	19.0	2	100	0	76	0	0	50	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52246945--52246970	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
52247680--52247859	40	4.5	40	76	4	157	27	23	25	23	2.00
52255053--52255080	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
52255791--52255969	40	4.4	40	80	3	189	25	24	26	23	2.00
52255791--52255983	80	2.4	80	82	2	217	26	24	26	22	2.00
52255912--52255995	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
52258493--52258554	32	1.9	32	93	0	106	35	3	25	35	1.72
52261908--52261994	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
52262077--52262416	49	6.9	49	96	1	617	29	26	9	35	1.88
52266257--52266307	20	2.5	20	84	6	68	29	9	17	43	1.81
52271744--52271916	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
52271741--52271911	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
52277214--52278785	524	3.0	524	99	0	3117	29	11	21	37	1.88
52279169--52279238	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
52279169--52279250	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
52283591--52283712	46	2.7	46	92	0	199	22	20	27	30	1.98
52293562--52293630	36	1.9	36	82	5	86	36	14	23	26	1.93
52294563--52294617	28	2.0	28	92	0	92	47	16	10	25	1.79
52295958--52295993	18	2.0	18	100	0	72	33	11	33	22	1.89
52296572--52296604	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
52296651--52296709	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
52296680--52296729	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52298315--52298600	136	2.1	137	96	0	520	32	25	18	24	1.97
52300381--52300568	26	7.2	26	93	2	306	36	24	5	34	1.78
52301136--52301168	12	2.8	12	86	4	50	33	0	0	66	0.92
52301876--52301945	33	2.1	33	84	5	88	64	11	12	11	1.51
52304794--52304860	18	3.9	18	72	23	56	28	1	0	70	0.96
52304796--52304855	15	3.9	14	73	26	50	28	1	0	70	0.97
52305091--52305185	16	5.5	16	69	22	59	41	2	1	55	1.18
52305090--52305206	55	2.1	56	91	1	191	42	3	1	52	1.28
52306847--52306950	26	4.0	26	93	0	181	32	7	24	35	1.84
52308550--52308690	27	5.2	27	83	11	182	18	24	22	34	1.96
52308550--52308690	54	2.6	54	92	5	232	18	24	22	34	1.96
52308550--52308708	81	2.0	80	84	8	207	19	24	21	34	1.96
52312882--52313089	40	5.2	39	83	4	213	26	19	26	26	1.99
52312882--52313107	79	2.8	80	80	6	244	27	19	26	26	1.99
52315609--52315677	33	2.1	32	83	2	84	63	11	13	11	1.52
52319851--52319905	22	2.5	22	84	3	83	41	14	9	34	1.77
52328956--52329003	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
52329051--52329106	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
52329040--52329106	20	3.3	20	91	0	107	35	11	19	32	1.88
52329155--52329319	23	7.0	24	86	5	212	28	22	22	26	1.99
52329155--52329320	47	3.5	46	84	7	210	28	22	22	26	1.99
52329155--52329319	70	2.3	71	88	4	244	28	22	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52329510--52329573	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
52337064--52337111	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
52337159--52337214	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
52337148--52337214	20	3.3	20	91	0	107	35	11	19	32	1.88
52337264--52337415	24	6.4	23	87	4	205	28	22	21	26	1.99
52337264--52337415	47	3.2	47	86	3	207	28	22	21	26	1.99
52337264--52337415	71	2.1	71	91	1	241	28	22	21	26	1.99
52337655--52337702	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
52337750--52337805	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
52337739--52337805	20	3.3	20	91	0	107	35	11	19	32	1.88
52337855--52338021	24	7.0	23	85	6	210	29	22	20	26	1.98
52337855--52338021	47	3.5	47	86	4	212	29	22	20	26	1.98
52337855--52338020	71	2.3	71	89	3	244	29	22	21	27	1.99
52336919--52338099	591	2.0	590	98	0	2263	30	16	22	30	1.96
52338214--52338277	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
52340259--52340304	14	3.6	14	72	22	55	26	15	10	47	1.78
52340260--52340311	24	2.2	24	96	0	95	28	17	7	46	1.75
52348822--52348868	13	3.0	16	80	19	55	68	0	12	19	1.21
52359331--52359442	59	1.9	58	89	8	174	32	15	16	35	1.90
52359763--52359803	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
52359844--52359903	30	2.0	29	90	3	93	28	6	8	56	1.54
52360025--52360058	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52360637--52360803	43	3.9	43	74	12	164	29	24	16	29	1.96
52363198--52363515	46	6.9	46	86	5	374	21	24	15	38	1.92
52363209--52363511	138	2.2	139	87	0	419	21	24	15	38	1.92
52365608--52365659	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
52368974--52369046	20	3.7	20	83	0	92	30	10	10	47	1.73
52374372--52374454	43	1.9	43	87	0	121	26	18	24	31	1.97
52374374--52374472	43	2.3	42	82	5	110	28	16	25	30	1.96
52374969--52375076	26	4.2	26	93	0	189	32	8	24	35	1.85
52376670--52376774	27	3.9	27	85	9	126	18	24	22	34	1.96
52380020--52380140	46	2.6	46	90	2	181	42	15	23	18	1.88
52384683--52384789	26	4.2	26	93	1	189	32	7	24	35	1.83
52386402--52386541	27	5.2	26	84	8	183	17	23	24	35	1.95
52386402--52386541	53	2.6	53	93	3	228	17	23	24	35	1.95
52386402--52386559	27	5.9	26	82	8	149	18	24	22	34	1.96
52392276--52392346	34	2.1	34	97	0	133	43	15	8	32	1.77
52393208--52393251	22	2.0	22	95	0	79	38	29	0	31	1.58
52396197--52396368	46	3.7	46	78	13	199	20	20	29	28	1.98
52396189--52396361	93	1.9	93	93	0	301	21	21	29	27	1.99
52398005--52398032	14	2.0	14	100	0	56	35	7	14	42	1.73
52401151--52401257	4	26.5	4	79	9	110	28	4	22	44	1.72
52404252--52404305	26	2.1	26	89	0	81	48	7	1	42	1.42
52404259--52404311	26	2.0	26	92	0	88	50	3	1	43	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52406273--52406389	39	3.0	39	84	0	135	29	27	11	31	1.92
52409280--52409324	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
52413861--52413905	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
52418329--52418370	3	14.0	3	94	0	75	64	0	2	33	1.07
52420684--52420804	65	1.9	65	87	1	181	28	30	1	39	1.66
52427830--52428108	95	2.9	95	87	3	411	34	16	17	31	1.92
52432416--52432453	20	1.9	20	100	0	76	21	34	28	15	1.94
52432417--52432462	20	2.3	20	92	0	74	19	30	30	19	1.97
52433341--52433395	17	2.7	22	65	26	57	45	20	3	30	1.68
52439332--52439388	28	2.0	28	93	6	98	31	7	14	47	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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