genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.144.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  144  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44436278--44436485	53	3.9	53	75	3	184	21	23	17	37	1.94
44449644--44449715	37	1.9	37	100	0	144	37	13	19	29	1.90
44468213--44468428	40	5.4	40	93	2	348	25	28	23	22	1.99
44476717--44476935	40	5.5	40	93	2	363	25	28	23	22	1.99
44487648--44487675	8	3.5	8	100	0	56	28	10	14	46	1.78
44493255--44493345	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
44493435--44493653	49	4.5	49	95	2	372	30	31	8	29	1.87
44497204--44497273	29	2.4	29	95	0	122	27	32	15	24	1.95
44499364--44499485	37	3.3	37	97	0	226	21	33	19	25	1.97
44499587--44499690	49	2.1	49	98	0	199	29	31	8	29	1.87
44499667--44499712	22	2.1	22	100	0	92	26	39	8	26	1.85
44499587--44499704	49	2.4	48	90	5	148	30	33	7	28	1.85
44499587--44499809	120	1.9	119	97	0	419	30	32	8	29	1.87
44499689--44499869	49	3.8	49	94	2	296	28	31	9	30	1.88
44499618--44499761	71	2.0	71	100	0	288	29	34	8	27	1.86
44499689--44499869	95	1.9	97	90	3	294	28	31	9	30	1.88
44506631--44506760	66	1.9	68	84	7	174	33	15	30	20	1.94
44510894--44511017	50	2.5	50	86	1	160	31	27	15	25	1.96
44514367--44514487	46	2.6	48	85	5	158	23	25	19	30	1.98
44518237--44518287	27	1.9	27	84	4	68	29	19	0	50	1.48
44520919--44520973	3	18.3	3	92	0	92	67	0	1	30	1.01
44523848--44523907	27	2.1	29	81	6	70	56	8	3	31	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44529526--44529555	14	2.1	15	93	6	53	26	13	6	53	1.64
44544069--44544239	93	1.8	93	92	0	288	27	28	21	22	1.99
44544061--44544236	46	3.8	46	79	10	196	28	27	21	22	1.99
44546626--44546682	29	2.0	28	89	3	87	19	22	26	31	1.98
44555602--44555645	20	2.3	19	84	4	52	63	11	0	25	1.27
44557419--44557586	40	4.2	40	77	6	169	24	21	29	25	1.99
44559359--44559507	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
44559400--44559507	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
44574065--44574134	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
44581959--44582028	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
44586341--44586508	40	4.2	40	77	6	169	24	21	29	25	1.99
44592155--44592402	47	5.3	47	93	0	406	29	28	8	33	1.87
44596698--44596881	50	3.6	50	83	7	237	32	26	14	26	1.95
44600104--44600189	37	2.3	37	91	0	136	25	32	18	23	1.97
44600234--44600385	48	3.2	48	87	0	232	30	26	6	35	1.82
44600377--44600620	51	4.9	50	97	1	447	31	28	8	31	1.86
44600377--44600620	100	2.4	100	95	2	447	31	28	8	31	1.86
44611935--44612025	29	3.2	30	81	9	111	25	15	31	27	1.95
44612347--44612413	27	2.5	27	92	0	116	38	26	10	23	1.87
44614029--44614098	35	2.0	35	100	0	140	28	14	28	28	1.95
44616747--44616778	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
44617366--44617530	40	4.2	40	89	0	251	28	22	26	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44624756--44624790	2	18.0	2	88	5	54	45	0	2	51	1.16
44625364--44625582	40	5.6	40	90	3	322	26	23	27	21	1.99
44625364--44625582	79	2.8	80	88	4	331	26	23	27	21	1.99
44643358--44643393	18	2.1	17	89	5	54	36	0	13	50	1.43
44643628--44643676	25	2.0	25	87	0	71	20	22	18	38	1.93
44644459--44644503	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
44665778--44665856	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
44666310--44666336	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
44671061--44671290	39	5.8	40	90	0	243	23	33	21	22	1.98
44671097--44671298	39	5.2	39	93	0	314	23	33	20	22	1.97
44676775--44676853	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
44677252--44677303	26	2.0	26	100	0	104	26	26	15	30	1.96
44680525--44680558	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
44683231--44683406	46	3.8	46	75	15	173	22	19	28	28	1.98
44683227--44683398	93	1.8	93	88	0	263	22	20	29	27	1.98
44688264--44688333	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
44696149--44696218	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
44703168--44703202	17	2.1	17	100	0	70	22	17	25	34	1.96
44713105--44713277	43	4.0	42	72	14	129	26	16	26	31	1.97
44713105--44713224	44	2.8	43	79	10	122	25	15	26	31	1.96
44715737--44715903	40	4.1	40	83	3	208	32	22	18	26	1.97
44715753--44715903	80	1.9	81	88	2	232	32	22	19	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44716719--44716747	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
44719461--44719505	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
44723546--44723582	17	2.2	17	95	0	65	40	8	16	35	1.78
44725242--44725474	49	4.7	49	85	3	304	25	17	26	30	1.97
44727187--44727282	29	3.3	29	88	1	140	30	31	13	25	1.94
44727493--44727530	16	2.4	16	90	0	58	13	23	18	44	1.85
44733724--44733886	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
44740788--44740950	71	2.3	70	97	1	308	34	17	28	19	1.95
44746811--44746928	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
44746779--44747005	71	3.2	71	99	0	447	35	16	28	19	1.94
44750164--44750348	80	2.3	81	81	8	218	25	21	26	26	1.99
44750164--44750380	40	5.5	38	83	8	197	26	21	26	25	1.99
44758215--44758400	40	4.7	40	88	5	218	25	21	26	26	1.99
44758268--44758423	80	2.0	79	82	8	192	26	20	26	26	1.99
44760487--44760554	29	2.3	30	82	12	88	11	13	14	60	1.60
44762182--44762254	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
44766261--44766435	49	3.5	49	82	3	224	25	19	25	29	1.98
44766256--44766442	100	1.9	100	93	0	320	25	20	25	29	1.99
44768031--44768135	27	4.0	26	73	2	93	25	14	20	40	1.90
44768044--44768101	26	2.2	27	81	3	64	24	17	22	36	1.95
44768461--44768495	18	1.9	18	94	0	61	20	17	17	45	1.85
44769852--44769899	2	24.5	2	82	4	53	41	0	4	54	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44774093--44774139	17	2.8	17	80	0	58	38	4	6	51	1.47
44778195--44778307	45	2.6	44	83	6	113	37	27	15	20	1.92
44778219--44778307	45	2.0	45	93	0	151	38	25	15	20	1.92
44788610--44788708	28	3.5	28	83	4	101	31	16	23	29	1.96
44797648--44797681	18	1.9	18	88	5	52	26	47	14	11	1.79
44799171--44799201	16	1.9	16	100	0	62	25	19	29	25	1.99
44802847--44803007	29	5.6	29	82	1	162	24	16	33	25	1.96
44810826--44810986	29	5.6	29	82	1	162	24	16	33	25	1.96
44821620--44821660	19	2.1	19	86	9	55	31	21	4	41	1.74
44822077--44822107	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
44822074--44822113	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
44822299--44822551	54	4.8	51	76	9	190	20	25	16	36	1.94
44822347--44822540	107	1.8	108	86	3	284	21	26	17	35	1.95
44828433--44828639	40	5.2	40	82	2	193	25	23	25	25	2.00
44828474--44828639	80	2.1	80	85	4	219	24	24	27	23	2.00
44836469--44836713	40	6.2	40	87	2	287	26	23	26	22	2.00
44836469--44836713	119	2.0	120	84	3	316	26	23	26	22	2.00
44836469--44836713	80	3.1	80	87	3	316	26	23	26	22	2.00
44836509--44836713	79	2.6	79	90	2	313	26	24	28	20	1.99
44845514--44845655	57	2.5	57	82	4	196	32	23	16	28	1.96
44847608--44847745	48	2.9	47	86	2	204	32	14	21	31	1.93
44847713--44847785	38	1.9	38	91	0	119	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44850272--44850373	28	3.6	28	89	0	159	24	36	16	22	1.94
44862321--44862526	27	7.6	27	82	0	232	41	20	6	31	1.78
44862311--44862526	54	4.0	54	85	1	290	40	20	6	32	1.79
44862493--44862560	34	2.0	34	88	0	100	38	23	8	29	1.85
44862527--44862647	27	4.5	27	80	6	104	36	21	9	32	1.86
44862623--44862697	27	2.8	26	72	8	78	38	24	6	30	1.81
44862679--44863008	27	12.3	27	88	0	410	34	20	20	25	1.96
44863435--44863499	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
44863658--44863759	27	3.8	27	84	5	125	19	23	20	36	1.95
44863918--44864020	6	16.8	6	75	15	86	20	18	14	46	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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