genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  103  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31629223--31629393	46	3.7	45	74	18	163	29	28	20	21	1.98
31629812--31629871	30	2.0	30	83	0	75	31	21	8	38	1.83
31631387--31631449	31	2.0	31	87	0	90	23	3	22	50	1.63
31640768--31640820	23	2.3	24	74	9	56	26	7	24	41	1.81
31644996--31645116	24	5.0	24	98	0	233	17	16	28	38	1.91
31644996--31645137	72	2.0	72	88	2	214	20	16	26	36	1.94
31647376--31647434	28	2.2	25	80	11	64	62	3	10	23	1.42
31649847--31649906	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
31649868--31649931	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
31650644--31650842	27	7.4	27	86	0	247	24	21	19	35	1.96
31656050--31656109	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
31656077--31656218	67	2.1	67	85	5	185	30	21	28	19	1.98
31656579--31656610	16	2.0	16	100	0	64	25	25	6	43	1.77
31661792--31661891	16	6.2	16	82	4	121	36	0	30	34	1.58
31661792--31661891	32	3.1	32	92	0	155	36	0	30	34	1.58
31661792--31661891	48	2.1	48	88	7	150	36	0	30	34	1.58
31664854--31664994	44	3.3	41	78	13	133	22	19	25	32	1.97
31664855--31665013	43	3.7	43	77	10	164	23	19	25	31	1.98
31670366--31670633	49	5.6	48	76	8	194	25	19	28	26	1.99
31670885--31670954	34	2.1	34	100	0	140	24	14	17	44	1.85
31671654--31671765	28	4.0	28	92	1	179	16	20	44	18	1.87
31675778--31676000	48	4.7	48	81	9	194	26	17	30	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31676828--31676893	30	2.2	30	91	0	105	18	25	36	19	1.94
31680789--31680940	43	3.5	43	78	8	157	25	17	24	32	1.97
31680831--31680953	43	2.9	42	76	11	133	24	17	24	34	1.96
31683385--31683410	3	8.7	3	100	0	52	0	65	0	34	0.93
31696053--31696160	55	2.0	55	81	3	128	22	22	34	21	1.97
31698839--31698943	37	2.9	37	94	1	176	25	23	14	36	1.93
31701563--31701782	40	5.5	40	93	0	361	23	23	26	27	2.00
31704323--31704374	20	2.6	20	96	0	95	11	28	40	19	1.86
31708030--31708134	25	4.2	25	91	8	162	34	4	23	37	1.76
31708030--31708134	48	2.1	51	92	5	180	34	4	23	37	1.76
31709564--31709635	25	2.8	25	85	4	81	36	19	12	31	1.89
31709739--31709877	27	5.2	27	86	4	174	17	23	23	35	1.96
31709739--31709877	53	2.6	55	88	4	194	17	23	23	35	1.96
31709737--31709886	80	1.9	80	81	4	176	18	24	23	34	1.96
31713805--31713888	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
31715323--31715397	26	2.8	26	85	4	87	36	21	10	32	1.88
31715501--31715627	27	4.7	27	85	1	164	18	25	22	33	1.97
31719339--31719438	16	6.2	16	86	0	146	37	0	30	33	1.58
31719339--31719438	32	3.1	32	94	0	164	37	0	30	33	1.58
31719420--31719512	44	2.1	46	86	8	129	30	5	24	39	1.78
31719602--31719742	60	2.4	56	81	10	158	51	3	0	44	1.18
31722381--31722540	43	3.8	41	80	5	149	23	19	26	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31727921--31728108	49	3.8	50	79	5	172	25	17	29	27	1.98
31729144--31729213	28	2.5	28	83	0	104	20	18	41	20	1.91
31744769--31744890	58	2.1	58	95	1	219	32	20	10	36	1.87
31745676--31745846	48	3.6	48	84	7	183	26	15	30	26	1.96
31746726--31746793	30	2.3	30	89	0	109	16	26	36	20	1.93
31750737--31750846	42	2.6	42	77	7	105	26	17	23	32	1.96
31750696--31750846	43	3.5	43	76	8	146	25	17	25	32	1.97
31761828--31761894	31	2.2	31	100	0	134	37	8	8	44	1.67
31775523--31775568	22	2.1	22	83	0	56	21	28	21	28	1.99
31777209--31777248	20	2.0	20	85	0	53	32	7	15	45	1.74
31778087--31778144	29	2.0	29	100	0	116	24	24	6	44	1.77
31782670--31782706	18	2.1	18	100	0	74	27	16	35	21	1.94
31782786--31782955	29	5.9	29	93	0	261	22	11	33	31	1.90
31787746--31787899	45	3.4	45	83	3	159	31	29	17	21	1.96
31790710--31790850	42	3.3	42	78	10	117	27	24	19	28	1.98
31797957--31797981	10	2.5	10	100	0	50	72	0	0	28	0.86
31815547--31815608	31	2.0	32	84	9	83	35	6	11	46	1.65
31816741--31816945	27	7.6	27	84	4	252	30	21	7	40	1.81
31816739--31816945	81	2.6	81	87	4	285	30	22	7	40	1.81
31816922--31817115	27	7.2	27	77	10	182	38	23	11	26	1.88
31816922--31817118	54	3.6	54	83	2	218	38	23	11	26	1.89
31816716--31817060	81	4.3	81	79	4	232	33	22	8	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31816935--31817085	81	1.9	81	92	2	259	41	21	9	27	1.85
31816935--31817118	81	2.3	80	87	5	255	39	22	11	26	1.89
31819807--31819837	5	6.4	5	92	7	55	0	16	0	83	0.64
31821048--31821088	18	2.2	19	87	12	59	31	0	2	65	1.05
31824148--31824196	24	2.1	24	84	3	64	63	0	26	10	1.26
31827171--31827211	21	2.0	21	100	0	82	29	17	19	34	1.94
31831523--31831562	15	2.7	15	84	0	53	57	15	17	10	1.64
31836084--31836352	48	5.7	49	75	12	208	27	19	29	23	1.98
31837182--31837264	31	2.7	31	90	3	134	27	24	16	31	1.97
31837484--31837578	25	3.8	25	94	0	154	27	22	23	27	1.99
31838379--31838463	27	3.1	27	75	9	75	22	18	18	40	1.92
31838493--31838544	27	1.9	27	84	7	70	36	11	11	40	1.78
31838557--31838697	27	5.3	27	76	4	124	28	8	20	42	1.81
31838717--31838801	27	3.1	27	84	0	116	44	7	20	28	1.77
31849356--31849526	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.99
31849351--31849523	46	3.7	47	80	13	214	28	27	21	21	1.99
31849943--31850002	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
31851942--31852087	57	2.5	58	82	5	163	29	13	23	33	1.93
31854414--31854458	20	2.2	20	88	0	63	37	0	4	57	1.19
31854506--31854547	20	2.1	20	86	8	59	30	0	7	61	1.22
31854569--31854599	12	2.6	12	100	0	62	29	0	0	70	0.87
31857093--31857150	27	2.1	27	100	0	116	43	6	0	50	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31866018--31866073	18	3.1	18	85	10	69	51	5	0	42	1.24
31866055--31866108	23	2.2	23	87	9	72	50	3	0	46	1.19
31866045--31866108	26	2.6	26	82	7	80	48	3	0	48	1.17
31866099--31866139	20	2.0	20	86	9	57	60	0	9	29	1.28
31868743--31868775	14	2.4	14	94	0	57	18	60	9	12	1.57
31868884--31868910	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
31870223--31870270	11	4.4	11	83	0	60	18	8	8	64	1.46
31870299--31870360	30	2.1	30	90	0	97	25	1	12	59	1.43
31870444--31870483	18	2.1	18	86	9	53	27	0	10	62	1.27
31871217--31871255	20	2.0	20	84	0	51	48	7	2	41	1.45
31871610--31871651	21	2.0	21	85	0	57	26	7	2	64	1.32
31871995--31872033	19	2.1	19	85	0	51	69	2	2	25	1.14
31876945--31876974	15	2.0	15	100	0	60	33	20	20	26	1.97
31876993--31877114	45	2.7	45	85	2	147	37	15	22	23	1.93
31877086--31877320	46	5.1	46	84	1	258	43	14	21	20	1.87
31877138--31877211	24	3.2	24	66	21	66	40	16	24	18	1.90
31877085--31877320	92	2.6	92	79	3	287	43	13	22	20	1.87
31879957--31879990	15	2.3	15	94	0	59	35	11	14	38	1.83
31884433--31884632	107	1.9	102	82	7	249	34	18	23	24	1.96
31884572--31884649	33	2.4	32	80	6	84	37	17	21	23	1.94
31884465--31884661	107	1.8	107	81	2	243	34	18	23	23	1.96
31891988--31892158	43	4.0	43	75	8	152	27	12	24	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31891998--31892156	86	1.9	85	82	6	205	27	13	25	34	1.93
31898599--31898760	43	3.8	43	79	4	166	28	16	23	32	1.96
31900279--31900303	12	2.1	12	100	0	50	24	24	8	44	1.80
31900705--31900746	21	2.0	21	100	0	84	28	9	23	38	1.86
31905485--31905610	19	6.9	19	82	10	156	38	9	15	37	1.80
31905494--31905610	18	6.5	18	84	5	139	37	10	14	37	1.80
31905494--31905610	35	3.3	35	90	3	171	37	10	14	37	1.80
31905927--31905992	33	2.1	32	83	13	84	31	3	1	63	1.19
31911372--31911416	13	3.4	13	81	3	54	82	0	15	2	0.77
31911379--31911417	7	5.6	7	84	9	53	84	0	15	0	0.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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