genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  236  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73530212--73530429	40	5.5	39	84	6	226	22	26	24	26	2.00
73530212--73530430	79	2.7	79	80	4	244	23	26	24	26	2.00
73538297--73538515	40	5.5	41	82	7	227	23	26	23	26	2.00
73540229--73540380	40	3.8	40	89	0	225	21	22	28	26	1.99
73542309--73542513	43	4.8	43	80	9	222	30	25	19	23	1.98
73542309--73542477	85	2.0	86	82	8	211	32	26	17	23	1.97
73545972--73546129	20	8.0	20	69	4	79	40	20	20	18	1.92
73545964--73546099	40	3.5	40	79	6	152	41	19	19	18	1.90
73549458--73549601	40	3.6	40	83	3	200	26	23	25	24	2.00
73549458--73549637	80	2.3	79	87	3	247	25	23	26	25	2.00
73551213--73551251	19	2.1	19	90	0	60	28	12	15	43	1.83
73554435--73554459	13	1.9	13	100	0	50	16	36	40	8	1.77
73568131--73568203	22	3.3	22	78	0	74	32	26	30	10	1.90
73568131--73568217	44	2.0	44	86	4	122	34	25	28	11	1.91
73568149--73568217	22	3.1	22	74	0	75	36	23	28	11	1.90
73570698--73570754	22	2.6	22	72	10	53	15	14	8	61	1.56
73570783--73570844	30	2.1	30	87	6	90	27	3	9	59	1.44
73570966--73570999	12	3.1	11	91	8	52	61	0	0	38	0.96
73577771--73577827	27	2.1	28	90	3	89	19	22	17	40	1.91
73591861--73591926	24	2.8	24	81	9	89	21	19	19	39	1.93
73599157--73599223	33	2.0	33	100	0	134	32	20	14	31	1.93
73600092--73600244	39	3.9	39	89	0	216	24	30	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73600061--73600243	78	2.3	79	89	1	269	24	29	21	24	1.99
73607320--73607472	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
73607289--73607471	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
73609026--73609125	49	2.0	49	98	0	191	34	9	26	31	1.87
73610239--73610267	14	2.0	15	93	6	51	27	0	34	37	1.57
73610459--73610512	28	2.0	28	85	3	74	42	7	0	50	1.30
73611044--73611070	14	1.9	14	100	0	54	33	37	0	29	1.58
73615385--73615436	9	5.7	9	79	4	50	23	38	3	34	1.73
73615385--73615429	19	2.4	19	85	3	56	26	37	2	33	1.69
73616846--73616873	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
73618669--73618877	50	4.2	50	93	0	355	44	19	10	26	1.82
73624566--73624710	43	3.4	43	81	4	150	23	18	25	32	1.97
73628597--73628661	32	2.0	32	96	0	121	35	10	16	36	1.84
73632117--73632165	10	4.9	10	85	7	64	22	6	2	69	1.21
73638511--73638760	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
73646618--73646867	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
73649956--73650010	18	3.0	18	77	20	60	23	7	0	69	1.14
73649963--73650006	21	2.0	22	86	8	63	25	4	0	70	1.06
73649992--73650020	15	1.9	15	100	0	58	31	6	0	62	1.22
73653456--73653489	10	3.4	10	91	0	50	26	5	0	67	1.13
73654394--73654422	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
73654445--73654477	5	6.4	5	96	3	57	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73655626--73655675	15	3.4	15	80	2	57	34	2	10	54	1.45
73656071--73656155	21	4.0	21	87	0	107	14	23	25	36	1.93
73656047--73656155	42	2.5	42	77	2	119	15	20	24	39	1.91
73658310--73658356	24	2.0	24	100	0	94	46	4	14	34	1.64
73658374--73658444	35	2.0	35	100	0	142	43	28	5	22	1.76
73658445--73658486	20	2.1	20	100	0	84	38	9	4	47	1.57
73658450--73658498	20	2.5	20	89	0	71	42	12	4	40	1.61
73660148--73660191	5	9.0	5	85	5	63	22	0	0	77	0.77
73660147--73660200	22	2.5	22	80	11	60	27	0	0	72	0.85
73660560--73660591	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
73667169--73667223	24	2.3	23	76	14	58	72	0	7	20	1.07
73667570--73667595	12	2.2	12	100	0	52	84	7	7	0	0.77
73668287--73668332	21	2.2	21	92	0	74	41	23	0	34	1.55
73668507--73668559	25	2.1	24	86	6	70	30	1	1	66	1.13
73673089--73673482	126	3.1	125	87	3	551	27	15	17	38	1.91
73673541--73673650	34	3.3	33	82	5	121	41	13	0	43	1.50
73683222--73683262	6	7.0	6	88	5	57	31	4	0	63	1.15
73704344--73704486	43	3.4	41	73	11	128	25	16	27	30	1.96
73705460--73705507	24	2.0	24	100	0	96	16	4	37	41	1.68
73705462--73705513	24	2.2	24	92	0	86	19	7	32	40	1.80
73705937--73705969	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
73708664--73709026	46	7.7	47	72	11	162	27	18	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73708845--73709020	96	1.8	96	86	6	255	25	20	31	22	1.98
73711067--73711103	18	2.1	18	100	0	74	29	0	43	27	1.55
73715635--73715736	29	3.5	29	83	2	125	25	16	33	24	1.96
73715724--73715824	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
73718424--73718576	43	3.6	43	79	11	183	22	18	28	29	1.98
73719548--73719597	24	2.1	24	96	0	91	20	2	36	42	1.63
73722218--73722309	41	2.3	40	85	9	116	25	21	5	47	1.72
73723971--73724009	18	2.2	18	90	0	60	30	0	0	69	0.89
73724007--73724054	22	2.1	24	84	7	64	43	0	2	54	1.12
73729285--73729475	29	6.6	29	80	7	192	25	15	32	25	1.95
73731061--73731091	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
73731552--73731734	40	4.6	40	91	2	280	25	22	26	25	2.00
73739683--73739820	53	2.6	54	82	3	172	22	26	18	32	1.97
73739855--73739976	47	2.6	47	88	5	183	26	24	13	36	1.92
73740084--73740256	54	3.3	53	67	19	130	24	23	15	36	1.93
73740143--73740312	47	3.5	47	72	16	164	25	24	14	35	1.93
73740088--73740318	101	2.3	101	93	0	381	25	23	13	36	1.92
73741048--73741108	30	2.0	30	87	0	86	32	21	11	34	1.89
73745761--73745811	20	2.5	20	90	0	84	17	31	31	19	1.95
73746901--73747061	42	3.8	42	83	3	171	30	24	13	32	1.93
73751675--73752013	123	2.8	123	96	0	606	30	10	25	33	1.90
73751982--73752225	40	6.1	40	86	1	283	25	20	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73754455--73754540	40	2.2	39	89	6	129	31	26	16	25	1.96
73761674--73761699	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
73762152--73762214	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
73765021--73765313	131	2.2	130	77	7	304	33	12	13	39	1.83
73766881--73766951	36	2.0	36	100	0	142	47	5	7	39	1.54
73768978--73769007	6	5.0	6	100	0	60	0	16	0	83	0.65
73768973--73769023	18	3.0	18	75	13	54	5	15	0	78	0.93
73769455--73769479	11	2.3	11	100	0	50	40	16	8	36	1.77
73769779--73769841	28	2.3	27	84	12	76	46	7	3	42	1.49
73769786--73769842	28	2.0	29	96	3	107	42	8	3	45	1.52
73775208--73775336	48	2.7	48	87	1	188	31	14	22	31	1.94
73789093--73789260	40	4.2	40	90	0	246	23	23	28	24	2.00
73799709--73799876	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
73801574--73801655	24	3.4	24	98	0	155	25	21	21	30	1.99
73801705--73801765	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
73801808--73801855	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
73809364--73809427	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
73809619--73809784	24	7.0	24	91	4	248	26	22	22	28	1.99
73809619--73809784	47	3.5	48	90	5	248	26	22	22	28	1.99
73809833--73809893	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
73817724--73817895	46	3.7	44	80	9	150	25	29	20	25	1.99
73818232--73818289	30	1.9	30	92	0	98	29	24	12	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73822205--73822292	23	3.7	22	77	10	68	35	17	18	29	1.93
73835491--73836073	27	21.6	27	86	3	744	27	22	9	40	1.84
73837306--73837353	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
73837397--73837455	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
73837506--73837672	24	7.0	23	89	4	228	29	22	21	26	1.99
73837506--73837672	47	3.5	46	87	7	228	29	22	21	26	1.99
73837506--73837672	71	2.3	71	89	3	246	29	22	21	26	1.99
73837863--73837926	31	2.1	31	87	0	92	34	15	25	25	1.95
73840610--73841190	27	21.6	27	86	4	717	27	22	9	40	1.85
73841142--73841201	27	2.2	27	81	0	66	33	23	6	36	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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