genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.164.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  164  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51151950--51152125	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
51155048--51155148	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
51163005--51163105	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
51165619--51165706	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
51165619--51165697	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
51165630--51165706	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
51168643--51168817	46	3.8	46	80	13	223	28	29	21	21	1.98
51171926--51172064	46	3.0	46	73	14	149	24	20	27	28	1.99
51173602--51173785	40	4.6	39	84	4	208	25	26	22	25	2.00
51188510--51188569	31	1.9	31	89	0	93	28	21	15	35	1.93
51188763--51188880	23	5.0	24	89	5	161	28	22	21	27	1.99
51188930--51188996	20	3.3	20	85	0	98	32	19	13	34	1.91
51190847--51190871	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
51191927--51192043	44	2.7	43	84	7	155	25	17	26	29	1.98
51199618--51199680	29	2.2	28	83	5	83	23	15	30	30	1.96
51202272--51202298	12	2.2	12	100	0	54	7	25	0	66	1.17
51203526--51203587	27	2.5	24	78	16	72	35	14	19	30	1.92
51203541--51203597	27	2.2	26	96	3	105	29	17	21	31	1.96
51203715--51203789	28	2.8	28	78	10	84	17	18	21	42	1.89
51210865--51210987	55	2.2	55	83	0	165	18	19	34	26	1.95
51218391--51218621	49	4.7	49	83	5	277	30	25	18	25	1.98
51218391--51218621	100	2.3	99	86	5	306	30	25	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51220494--51220621	47	2.7	46	77	7	132	28	18	28	24	1.98
51228581--51228646	27	2.4	27	85	5	80	33	13	21	31	1.92
51231485--51231557	33	2.2	35	81	16	84	28	23	24	23	1.99
51241490--51241564	36	2.1	36	100	0	150	40	13	13	33	1.83
51246742--51247559	48	17.0	48	94	0	1357	36	6	26	31	1.82
51247704--51247801	37	2.6	37	90	0	151	26	19	28	25	1.99
51254887--51255018	27	4.9	27	80	3	149	20	17	20	41	1.90
51256167--51256199	17	1.9	17	88	11	50	30	36	9	24	1.86
51256266--51256306	12	3.4	12	86	0	55	21	43	0	34	1.53
51256265--51256317	24	2.2	24	80	6	63	22	47	0	30	1.52
51256758--51256939	27	6.7	27	85	2	231	42	18	14	25	1.87
51256758--51256939	82	2.2	81	91	2	285	42	18	14	25	1.87
51260656--51260827	27	6.4	27	87	1	220	44	16	13	25	1.85
51264029--51264124	24	4.0	24	75	0	93	30	28	19	21	1.98
51264140--51264187	24	2.0	24	87	0	69	29	22	22	25	1.99
51267925--51268179	55	4.8	54	79	7	238	37	17	24	21	1.94
51267932--51268132	108	1.8	110	87	6	302	35	17	24	22	1.95
51268370--51268400	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
51272150--51272180	14	2.2	14	100	0	62	48	0	32	19	1.49
51273741--51273785	22	2.0	22	91	0	72	53	2	2	42	1.25
51277372--51277430	30	2.0	30	83	6	75	47	13	6	32	1.69
51285641--51285845	102	2.0	102	93	1	349	28	18	13	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51298042--51298085	21	2.1	21	91	0	70	56	2	0	40	1.11
51300378--51300431	25	2.2	25	83	6	65	31	16	27	24	1.96
51304953--51305206	40	6.5	40	86	5	306	25	27	23	23	2.00
51304953--51305206	78	3.2	78	86	6	318	25	27	23	23	2.00
51304987--51305203	118	1.8	117	89	4	339	26	27	23	22	1.99
51313163--51313393	40	5.8	40	89	1	315	25	28	23	22	1.99
51321778--51321838	20	2.9	21	85	9	79	39	14	19	26	1.90
51326540--51326569	15	2.1	14	93	6	51	46	20	6	26	1.75
51328214--51328265	15	3.5	15	80	15	72	3	23	1	71	1.13
51328205--51328264	29	2.1	29	100	0	120	3	23	3	70	1.18
51328208--51328291	29	3.2	25	85	14	91	3	26	1	69	1.12
51334570--51334830	40	6.6	39	86	4	294	24	21	27	26	1.99
51334573--51334802	79	2.9	78	84	4	273	25	20	26	27	1.99
51334570--51334863	79	3.7	78	81	6	245	25	20	27	26	1.99
51342713--51342893	39	4.6	39	87	6	226	24	22	27	25	2.00
51342839--51342955	61	1.9	63	91	3	193	24	20	29	25	1.99
51353119--51353156	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
51354765--51354833	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
51356799--51356836	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
51357429--51357459	16	1.9	16	100	0	62	32	32	0	35	1.58
51358323--51358419	28	3.5	28	95	1	169	44	24	10	20	1.83
51360135--51360159	13	1.9	13	100	0	50	32	40	8	20	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51365689--51365778	22	4.2	22	68	14	62	23	34	27	14	1.94
51365689--51365781	43	2.2	43	86	3	125	22	35	27	13	1.93
51371255--51371292	19	2.0	19	89	0	58	23	21	15	39	1.92
51375950--51376056	28	3.8	28	92	0	160	34	10	25	29	1.89
51380272--51380479	40	5.2	40	81	4	204	26	22	25	25	2.00
51382086--51382293	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
51382087--51382293	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
51390156--51390362	40	5.2	40	80	5	204	26	22	25	25	2.00
51395773--51395974	40	5.1	40	92	1	309	23	21	29	25	1.99
51401180--51401277	28	3.5	28	94	0	160	32	10	26	30	1.89
51403966--51404126	39	4.1	39	91	0	250	25	31	19	23	1.98
51406877--51406976	27	3.5	28	90	5	139	29	13	26	32	1.93
51413617--51413734	41	3.1	41	61	25	105	32	16	28	22	1.96
51413587--51413748	71	2.3	71	96	0	306	35	16	28	19	1.93
51417461--51417492	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
51417722--51417821	51	2.0	51	82	4	121	34	27	16	23	1.95
51417783--51417870	43	2.1	42	84	2	113	32	32	12	21	1.91
51424039--51424078	20	2.0	20	100	0	80	40	20	20	20	1.92
51425602--51425631	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
51425887--51425925	14	2.8	14	96	0	69	30	25	17	25	1.97
51425841--51425975	64	2.1	64	88	0	198	29	28	17	25	1.97
51425887--51425931	14	3.4	13	90	6	56	31	28	15	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51425901--51426084	50	3.6	50	88	1	260	34	27	13	24	1.93
51434957--51435201	49	4.9	49	82	4	285	26	18	26	28	1.98
51435061--51435144	28	3.2	28	64	25	74	25	15	29	29	1.96
51438407--51438591	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
51438400--51438591	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
51444070--51444254	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
51444063--51444254	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
51452110--51452293	40	4.7	40	79	6	180	23	27	23	24	2.00
51452110--51452293	78	2.3	80	81	9	207	23	27	23	24	2.00
51456647--51456876	49	4.6	50	81	2	248	27	19	24	27	1.99
51469859--51469893	16	2.1	17	89	5	54	51	11	0	37	1.38
51480919--51480955	17	2.1	19	90	10	60	45	10	0	43	1.39
51481194--51481224	11	2.8	11	95	0	53	77	0	0	22	0.77
51484002--51484066	6	11.0	6	81	1	78	15	3	4	76	1.07
51484002--51484066	18	3.7	18	87	2	87	15	3	4	76	1.07
51488223--51488350	25	5.2	24	75	16	109	32	22	21	23	1.98
51488223--51488370	49	3.0	49	82	1	170	32	21	21	24	1.98
51490301--51490489	40	4.7	40	82	3	209	24	16	24	34	1.96
51490301--51490463	81	2.0	80	85	3	220	23	17	23	34	1.95
51490307--51490493	81	2.3	81	82	4	216	25	16	24	34	1.95
51491084--51491135	25	2.1	25	86	13	72	21	3	23	51	1.63
51496025--51496249	40	5.7	40	86	3	258	26	26	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51496025--51496249	79	2.8	80	82	7	278	26	26	21	26	1.99
51496025--51496249	119	1.9	120	83	6	296	26	26	21	26	1.99
51505767--51505836	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
51505767--51505848	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
51513785--51513854	27	2.5	28	93	2	115	30	14	27	28	1.95
51515427--51515650	40	5.6	39	83	4	227	26	26	20	25	1.99
51515427--51515644	79	2.7	79	81	8	253	27	26	20	26	1.99
51515427--51515651	119	1.9	120	83	6	296	26	26	20	25	1.99
51520389--51520485	41	2.4	40	79	5	97	26	13	23	36	1.92
51536986--51537055	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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