Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  170  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
53001021--53001068
24
2.0
24
100
0
96
37
16
16
29
1.91
53002384--53002511
47
2.8
47
80
14
160
25
18
31
24
1.98
53003472--53003535
28
2.3
28
91
0
101
23
21
37
17
1.94
53006851--53006891
20
2.0
20
85
0
55
31
7
4
56
1.48
53010104--53010275
49
3.5
49
91
0
272
30
9
31
29
1.88
53010371--53010454
37
2.3
37
93
2
143
25
19
34
21
1.96
53017119--53017151
16
2.1
16
100
0
66
39
18
36
6
1.75
53019566--53019608
20
2.4
17
81
14
50
39
18
0
41
1.51
53025285--53025324
18
2.2
18
95
0
71
15
15
0
70
1.18
53033510--53033554
22
2.0
22
91
0
72
48
15
2
33
1.57
53038105--53038149
22
2.0
22
91
0
72
48
15
2
33
1.57
53049897--53049939
21
2.0
21
86
8
61
30
9
4
55
1.52
53051222--53051251
11
2.8
11
95
5
53
50
10
0
40
1.36
53054698--53054839
46
3.1
46
87
0
194
26
30
7
35
1.85
53054813--53055101
47
6.1
47
89
3
398
26
29
11
32
1.91
53054813--53055101
145
2.0
143
86
2
402
26
29
11
32
1.91
53058679--53058766
37
2.3
39
81
12
103
43
3
3
50
1.36
53062662--53062752
16
5.8
16
70
7
69
39
16
24
19
1.92
53064864--53064940
27
2.9
27
84
0
109
31
28
18
22
1.97
53064864--53064952
27
3.3
27
80
0
106
32
28
16
22
1.96
53064781--53065122
171
2.0
171
95
0
612
35
24
17
22
1.95
53065067--53065162
27
3.6
26
78
10
113
36
25
16
21
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
53080649--53080804
43
3.7
41
72
14
111
28
26
17
26
1.98
53086617--53086647
9
3.3
9
91
8
53
77
0
0
22
0.77
53092260--53092483
40
5.6
40
82
3
270
23
21
27
26
1.99
53092260--53092458
83
2.4
83
89
2
305
23
21
28
26
1.99
53094414--53094452
9
4.3
9
90
9
62
76
0
0
23
0.78
53094413--53094452
5
8.6
5
78
15
50
77
0
0
22
0.77
53094413--53094452
14
2.9
14
88
7
55
77
0
0
22
0.77
53096120--53096149
15
1.9
16
93
6
53
73
6
20
0
1.05
53097319--53097362
6
7.5
6
94
2
72
18
20
15
45
1.85
53097499--53097570
17
4.1
17
77
13
67
33
15
15
36
1.89
53097499--53097557
18
3.3
18
84
11
61
35
15
13
35
1.87
53101024--53101078
27
2.0
27
100
0
110
45
3
18
32
1.67
53102912--53102941
15
1.9
16
93
6
53
73
6
20
0
1.05
53104026--53104143
51
2.3
52
82
2
130
17
21
20
40
1.91
53104125--53104177
6
8.8
6
91
0
79
18
15
16
49
1.80
53104306--53104382
17
4.4
17
79
14
77
35
14
14
36
1.86
53104306--53104382
35
2.2
35
83
4
93
35
14
14
36
1.86
53106991--53107075
30
2.8
31
83
5
129
24
27
16
31
1.96
53107293--53107363
26
2.8
25
87
4
97
26
21
25
26
1.99
53107406--53107446
20
2.2
19
86
8
57
39
19
9
31
1.84
53114104--53114217
42
2.7
43
83
4
124
28
29
19
21
1.98
53114096--53114217
43
2.9
43
82
3
131
28
31
18
21
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
53121117--53121150
11
3.1
11
84
16
52
79
0
2
17
0.86
53122518--53122563
24
1.9
24
81
0
56
63
17
6
13
1.50
53131678--53131783
51
2.1
51
87
3
151
33
29
14
23
1.94
53138607--53138650
13
3.3
13
80
3
52
47
0
4
47
1.22
53138971--53139008
20
1.9
19
89
5
58
42
5
7
44
1.56
53139757--53139801
18
2.5
18
100
0
90
35
17
28
17
1.93
53143910--53145572
912
1.8
912
92
1
2561
31
21
14
32
1.93
53146031--53146196
40
4.2
40
79
4
174
25
26
21
26
1.99
53148468--53148691
40
5.7
40
87
3
269
26
25
20
27
1.99
53150505--53150673
46
3.7
46
75
13
175
30
28
19
21
1.97
53150553--53150696
46
3.1
46
71
13
109
31
28
18
22
1.97
53151963--53152021
26
2.3
26
82
5
66
16
20
20
42
1.89
53151972--53152024
26
2.0
26
88
0
79
18
16
22
41
1.90
53154058--53154267
40
5.2
40
87
2
305
25
24
28
21
1.99
53162118--53162367
40
6.2
40
90
1
385
25
24
28
22
1.99
53165740--53165911
67
2.6
66
81
7
170
31
16
29
22
1.96
53165764--53165947
67
2.8
64
78
8
203
28
16
30
23
1.96
53172638--53172668
6
5.3
6
96
3
55
67
0
0
32
0.91
53172635--53172684
18
2.9
16
80
16
55
68
0
0
32
0.90
53174412--53174456
19
2.4
19
82
14
58
77
0
8
13
0.98
53174401--53174456
9
6.3
9
76
23
57
76
0
8
14
1.00
53175017--53175059
20
2.2
20
91
0
68
30
37
11
20
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
53189065--53189238
40
4.4
39
82
8
201
24
27
22
25
2.00
53189098--53189245
40
3.7
40
87
5
228
25
27
22
25
2.00
53189098--53189245
79
1.9
80
88
4
228
25
27
22
25
2.00
53195305--53195395
37
2.4
37
94
1
155
26
32
17
23
1.96
53195435--53195633
48
4.2
48
94
0
346
32
28
6
32
1.83
53195476--53195766
96
3.0
96
82
8
285
31
27
7
33
1.85
53195626--53195810
49
3.8
49
92
2
320
29
29
8
32
1.87
53195625--53195810
96
1.9
96
97
0
354
29
29
8
33
1.87
53195792--53195826
17
2.1
17
100
0
70
31
22
11
34
1.90
53195743--53195874
64
2.0
66
94
2
232
30
28
9
32
1.88
53201483--53201630
40
3.7
40
86
5
219
27
27
20
25
1.99
53201483--53201630
79
1.9
80
88
4
228
27
27
20
25
1.99
53207689--53207860
93
1.8
93
96
0
317
27
29
21
20
1.98
53207682--53207857
46
3.8
46
79
12
216
28
29
21
20
1.98
53212042--53212163
6
19.8
6
73
17
90
48
15
17
18
1.82
53212051--53212192
31
4.5
31
91
0
203
50
13
16
19
1.78
53212026--53212184
62
2.6
62
85
3
196
50
13
16
19
1.78
53212329--53212395
27
2.5
27
90
2
100
35
17
26
19
1.94
53212561--53212625
22
3.0
23
80
8
73
33
23
24
18
1.96
53213070--53213380
27
11.6
27
88
0
435
25
20
18
34
1.96
53213365--53213722
27
13.3
27
74
9
97
32
9
19
38
1.84
53213401--53213755
27
13.2
27
81
3
365
32
9
19
38
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
53213758--53213826
34
2.0
34
94
0
120
47
10
15
26
1.77
53215739--53215829
6
14.8
6
72
17
62
50
16
16
16
1.78
53215748--53215845
31
3.2
31
89
0
97
50
14
17
18
1.79
53215995--53216059
27
2.5
26
85
7
78
33
16
27
21
1.95
53216239--53216290
22
2.4
22
71
12
52
36
19
21
23
1.95
53216718--53217073
27
13.3
27
87
2
430
25
21
19
33
1.97
53217057--53217156
27
3.7
27
73
5
85
32
9
21
38
1.84
53216746--53217127
134
2.8
134
82
3
358
26
18
20
34
1.96
53216827--53217127
161
1.9
160
81
5
374
26
17
20
35
1.95
53217105--53217443
27
12.6
27
76
9
151
32
10
18
38
1.85
53217122--53217448
54
6.1
53
81
8
225
32
10
18
38
1.84
53217105--53217448
81
4.3
80
80
6
336
32
10
18
38
1.85
53217175--53217448
27
10.1
27
84
0
314
33
9
18
39
1.83
53217451--53217519
34
2.0
34
91
0
111
47
8
17
26
1.76
53219431--53219552
6
19.8
6
73
17
90
48
15
17
18
1.82
53219440--53219581
31
4.5
31
91
0
203
50
13
16
19
1.78
53219482--53219539
19
3.4
19
65
30
58
46
17
17
18
1.84
53219415--53219581
62
2.7
62
85
3
203
50
13
16
19
1.78
53219720--53219785
27
2.4
27
89
0
96
34
15
27
22
1.94
53220466--53220823
27
13.3
27
88
0
486
25
20
19
34
1.96
53220863--53221175
27
11.7
26
77
6
275
31
9
18
40
1.82
53220806--53221000
81
2.4
81
77
5
180
32
10
20
36
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
53222870--53223119
40
6.2
40
90
1
385
25
24
28
22
1.99
53230974--53231223
40
6.2
40
90
1
385
25
24
28
22
1.99
53232963--53233009
21
2.3
21
96
3
87
27
19
29
23
1.98
53237395--53237580
40
4.7
40
87
4
243
27
27
20
24
1.99
53237362--53237580
80
2.8
81
85
4
270
26
27
20
25
1.99
53238175--53238266
38
2.4
38
96
0
175
35
28
10
25
1.89
53244178--53244240
24
2.6
24
100
0
126
20
17
26
34
1.95
53247502--53247937
47
9.3
47
91
0
683
33
9
30
26
1.88
53247576--53247652
25
3.2
25
63
17
63
35
5
28
31
1.79
53247502--53247935
94
4.6
94
97
0
796
33
9
30
26
1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433