genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  83  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24561295--24561331	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
24566575--24566725	42	3.5	43	75	14	132	25	18	27	29	1.98
24567889--24567986	48	2.0	48	94	0	169	25	17	20	36	1.94
24573227--24573356	40	3.2	40	83	4	174	23	29	25	21	1.99
24581324--24581451	40	3.3	39	82	6	161	23	28	25	21	1.99
24588362--24588386	5	5.0	5	100	0	50	40	20	40	0	1.52
24596578--24596687	44	2.5	42	76	15	107	27	20	23	29	1.99
24599344--24599511	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
24599360--24599509	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
24607341--24607508	40	4.2	40	81	1	167	23	26	23	26	2.00
24607357--24607508	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
24610531--24610632	27	3.8	27	86	0	150	42	15	7	34	1.76
24610653--24610786	27	5.0	27	85	0	160	33	18	20	27	1.96
24611105--24611167	28	2.3	27	80	5	72	20	20	25	33	1.97
24611126--24611224	33	3.0	33	86	0	135	24	20	26	29	1.99
24616655--24616683	12	2.3	13	94	5	51	6	6	0	86	0.72
24621977--24622263	48	6.0	48	84	4	330	26	18	30	24	1.98
24621988--24622264	96	2.9	96	85	5	364	27	19	30	23	1.98
24628344--24628434	29	3.2	30	78	9	91	23	35	14	27	1.93
24629725--24629887	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
24629725--24629921	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
24637237--24637400	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24637237--24637434	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
24639798--24639838	18	2.2	19	83	12	50	14	39	26	19	1.90
24643157--24643432	48	5.8	48	81	4	306	26	18	30	23	1.98
24643160--24643433	96	2.9	95	84	5	347	27	18	30	24	1.98
24649498--24649600	29	3.6	30	75	7	97	25	33	14	27	1.94
24650736--24650776	18	2.2	19	83	12	50	14	39	24	21	1.91
24651280--24651352	36	2.0	36	97	0	137	16	36	24	21	1.94
24654052--24654258	40	5.2	40	87	2	276	23	21	28	26	1.99
24662146--24662353	40	5.2	40	90	1	303	23	21	28	26	1.99
24669662--24669828	40	4.2	40	85	3	214	23	22	28	26	1.99
24669662--24669828	79	2.1	80	84	6	216	23	22	28	26	1.99
24673275--24673306	16	2.0	16	100	0	64	12	6	31	50	1.65
24677347--24677377	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
24679201--24679526	48	6.9	48	79	6	328	26	18	29	25	1.98
24679201--24679477	144	1.9	144	85	4	380	26	16	30	25	1.97
24689445--24689499	25	2.2	25	77	6	58	34	3	14	47	1.62
24691131--24691204	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
24694339--24694504	40	4.2	38	79	11	165	26	22	27	23	2.00
24694339--24694488	78	1.9	79	84	5	205	26	23	27	22	2.00
24702326--24702467	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
24702365--24702493	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
24710425--24710498	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24714980--24715007	13	2.2	13	100	0	56	17	35	32	14	1.90
24720043--24720117	24	3.4	24	66	21	72	17	20	33	29	1.95
24720033--24720114	42	2.0	42	95	0	146	17	18	36	28	1.93
24724060--24724091	16	2.0	16	100	0	64	31	6	25	37	1.81
24727300--24727337	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
24735269--24735306	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
24740614--24740889	46	5.9	46	74	9	211	34	19	23	22	1.97
24740625--24740837	93	2.3	93	90	3	329	35	20	21	22	1.96
24740814--24740929	46	2.5	48	85	5	148	30	18	28	23	1.97
24740625--24740890	93	2.8	93	84	5	295	34	20	22	22	1.97
24740858--24741081	49	4.7	49	73	13	148	26	20	29	23	1.99
24742820--24742847	13	2.2	13	100	0	56	14	39	28	17	1.89
24751393--24751550	68	2.3	67	97	0	280	31	14	30	24	1.95
24751427--24751624	68	2.9	67	84	8	192	33	15	29	21	1.94
24752961--24753007	21	2.2	21	100	0	94	55	0	29	14	1.40
24755699--24755847	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
24755740--24755847	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
24759330--24759498	46	3.7	46	79	13	211	21	20	28	28	1.98
24768684--24768757	29	2.6	29	86	0	103	28	16	25	29	1.97
24772405--24772530	25	5.0	25	76	12	107	35	24	12	26	1.92
24773277--24773442	85	2.0	85	87	0	242	39	25	6	29	1.80
24784796--24784979	40	4.7	40	86	8	252	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24784798--24784979	78	2.3	81	86	6	257	25	27	22	24	2.00
24787935--24788021	6	14.3	6	81	11	97	51	16	13	18	1.76
24788425--24788580	27	5.9	27	87	3	208	25	21	19	33	1.97
24788426--24788586	53	3.0	52	83	5	205	26	21	18	34	1.95
24788577--24788756	27	6.7	27	84	0	119	33	6	23	36	1.81
24788577--24788751	54	3.3	53	81	2	170	33	6	22	37	1.80
24788658--24788773	27	4.3	27	91	0	187	37	6	23	31	1.81
24788778--24788847	27	2.6	26	86	4	86	30	4	20	45	1.70
24790467--24790536	35	2.0	35	97	0	131	37	15	14	32	1.88
24805273--24805330	20	2.9	20	94	0	98	24	27	0	48	1.51
24810580--24810621	3	14.3	3	87	5	50	76	0	23	0	0.79
24814061--24814089	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
24816173--24816220	24	2.0	24	100	0	96	33	8	12	45	1.72
24829051--24829132	31	2.6	31	84	0	101	18	39	1	41	1.58
24831358--24831461	49	2.1	48	84	5	129	25	18	32	23	1.97
24831355--24831523	47	3.5	48	79	4	146	26	17	30	26	1.97
24831539--24831697	42	3.6	42	74	14	151	27	20	27	24	1.99
24834071--24834114	23	1.9	23	90	0	70	38	2	2	56	1.24
24835859--24835942	24	3.5	24	90	3	125	16	39	0	44	1.48
24838393--24838423	16	2.0	15	93	6	53	32	19	0	48	1.49
24838622--24839015	50	7.8	50	79	4	382	31	24	16	27	1.96
24838740--24839015	151	1.8	152	88	3	430	31	23	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24840532--24840562	6	5.2	6	92	0	53	32	3	0	64	1.09
24845570--24845615	16	2.9	16	84	9	60	30	0	13	56	1.37
24847393--24847491	25	4.0	25	82	0	117	19	29	17	34	1.94
24850334--24850455	43	2.9	42	78	11	149	28	25	14	31	1.95
24859636--24859857	40	5.6	40	91	1	340	22	23	26	27	1.99
24861695--24861828	40	3.4	39	75	11	112	32	23	16	28	1.96
24872067--24872346	48	5.8	48	71	9	194	22	27	18	30	1.98
24872074--24872338	96	2.8	95	83	10	308	23	27	18	30	1.97
24884193--24884226	17	2.0	17	94	0	59	58	2	14	23	1.50
24889981--24890035	23	2.3	24	84	3	76	29	12	14	43	1.82
24889985--24890053	23	3.0	22	79	12	68	31	10	15	42	1.81
24895405--24895443	14	2.7	15	80	11	55	46	0	0	53	1.00
24895634--24895696	13	4.7	14	72	22	55	28	0	0	71	0.86
24895634--24895697	14	4.8	13	77	9	67	29	0	0	70	0.88
24895934--24895962	13	2.1	14	93	6	51	68	0	31	0	0.89
24895987--24896041	16	3.2	17	80	15	60	40	0	5	54	1.23
24895991--24896108	60	2.0	60	83	9	152	38	0	7	54	1.29
24896365--24896402	17	2.3	17	81	4	51	39	0	5	55	1.23
24896466--24897476	297	3.4	297	94	2	1751	33	2	12	51	1.52
24899055--24899112	6	9.7	6	80	0	71	20	31	43	5	1.74
24899045--24899101	18	3.2	18	84	0	78	19	29	45	5	1.72
24899040--24899112	12	6.1	12	80	0	74	20	31	42	5	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24899055--24899112	18	3.2	18	85	0	80	20	31	43	5	1.74
24899250--24899351	33	3.1	33	91	0	150	15	45	11	27	1.81
24900640--24900815	46	3.8	46	82	10	232	20	21	29	28	1.98
24900636--24900807	93	1.8	93	96	0	317	20	22	29	27	1.98
24902162--24902250	33	2.7	33	91	0	142	7	50	16	24	1.72
24902410--24902459	20	2.4	21	90	3	84	30	4	8	58	1.45
24905340--24905374	14	2.5	14	85	0	52	40	11	5	42	1.65
24906999--24907030	16	1.9	17	93	6	57	78	12	9	0	0.97
24907000--24907038	21	1.9	20	85	15	53	76	10	12	0	1.01
24907152--24907210	14	4.3	14	75	12	50	69	0	0	30	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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