genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.287.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  287  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89621233--89621374	33	4.2	33	67	7	88	28	25	15	30	1.96
89621137--89621376	101	2.4	101	92	0	390	27	25	15	30	1.96
89621530--89621591	31	2.0	31	100	0	124	35	16	12	35	1.87
89631365--89631551	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
89631388--89631551	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
89634650--89634723	20	3.7	20	64	7	51	25	39	12	22	1.89
89637338--89637487	48	3.1	47	74	1	147	27	20	26	26	1.99
89642879--89642949	37	1.9	37	100	0	142	28	19	19	32	1.97
89646410--89646581	91	1.9	91	85	1	236	22	25	17	35	1.95
89648652--89648878	48	4.8	48	76	7	205	25	20	25	28	1.99
89648655--89648878	91	2.4	93	82	5	247	25	20	25	28	1.99
89650904--89651236	88	3.7	89	82	4	359	57	11	6	24	1.56
89651501--89651581	27	3.0	26	71	15	76	39	25	4	29	1.77
89652536--89652580	6	7.5	6	97	0	72	33	11	0	55	1.35
89653322--89653350	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
89654117--89654167	18	2.8	19	79	8	61	62	1	1	33	1.17
89654182--89654254	37	2.0	37	86	5	103	63	4	2	30	1.27
89654472--89654536	28	2.3	28	82	12	71	30	3	0	66	1.07
89657679--89657800	46	2.6	47	82	5	138	25	23	14	36	1.93
89664017--89664058	18	2.3	18	84	11	59	30	2	7	59	1.37
89665054--89665161	56	1.9	55	88	5	164	38	6	12	41	1.69
89670614--89670667	20	2.7	20	85	0	63	29	0	5	64	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89671859--89671886	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
89677627--89677761	48	2.8	48	82	2	182	28	23	23	24	2.00
89679276--89679334	29	2.0	29	96	0	109	25	10	16	47	1.78
89681087--89681258	43	4.0	43	70	14	138	25	16	25	33	1.96
89687881--89687938	28	2.1	28	96	0	107	51	0	6	41	1.28
89692959--89693053	39	2.3	42	82	12	126	31	27	15	25	1.96
89697827--89697892	33	2.0	33	93	0	114	30	21	19	28	1.98
89698634--89698826	43	4.5	42	75	2	188	30	16	22	30	1.96
89698634--89698830	85	2.3	85	92	0	340	30	16	22	29	1.96
89699548--89699581	15	2.3	15	89	0	50	11	2	41	44	1.56
89710728--89710896	91	1.8	93	88	2	261	28	28	20	22	1.99
89710720--89710893	46	3.8	46	77	13	178	29	28	20	22	1.98
89713272--89713360	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
89713272--89713351	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
89713283--89713360	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
89716334--89716504	93	1.8	93	88	2	263	28	27	20	23	1.99
89716326--89716501	46	3.8	46	75	14	173	29	27	19	23	1.98
89716377--89716520	46	3.1	46	69	21	113	28	27	20	23	1.99
89721560--89721596	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
89725446--89725502	25	2.3	25	96	0	105	35	19	22	22	1.96
89725488--89725539	26	2.0	26	100	0	104	34	15	23	26	1.94
89727181--89727290	51	2.2	51	88	0	157	24	17	17	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89729768--89729973	40	5.2	40	92	1	326	27	26	22	23	1.99
89730824--89730870	23	2.0	23	100	0	94	44	12	17	25	1.84
89731380--89731405	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
89731731--89731762	5	6.6	5	96	3	57	18	0	0	81	0.70
89736156--89736187	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
89736156--89736186	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
89740001--89740039	20	2.0	20	89	0	60	17	20	10	51	1.74
89742526--89743243	48	15.0	48	91	0	1132	36	6	26	30	1.81
89743278--89743374	37	2.6	37	93	0	158	25	15	30	27	1.96
89752742--89752774	12	3.0	11	91	8	50	36	0	30	33	1.58
89754211--89754333	52	2.4	52	88	0	183	38	15	20	26	1.92
89754218--89754333	24	4.4	27	75	15	118	37	15	20	25	1.92
89755193--89755274	31	2.7	31	90	3	132	28	25	18	28	1.98
89755497--89755563	25	2.7	25	92	0	107	22	22	26	28	1.99
89756370--89756457	27	3.3	27	75	9	81	21	19	19	39	1.92
89756465--89756674	27	7.7	27	77	6	136	30	10	20	39	1.85
89756485--89756654	54	3.1	55	81	5	168	32	10	17	38	1.84
89756550--89756674	54	2.3	53	84	2	151	28	8	21	40	1.83
89756550--89756716	54	3.1	54	79	7	144	28	11	21	38	1.88
89756579--89756714	27	5.0	27	74	12	100	27	12	22	37	1.90
89756710--89756903	27	7.2	27	82	0	208	40	5	23	30	1.76
89756706--89756903	81	2.4	81	88	0	270	40	5	22	30	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89756706--89756881	54	3.3	54	88	0	262	42	5	22	30	1.75
89759211--89759292	31	2.7	31	94	5	143	28	25	17	29	1.97
89759512--89759581	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
89760387--89760450	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
89760504--89760611	27	3.9	27	78	13	103	31	8	18	41	1.80
89760567--89760749	27	6.8	27	82	6	187	28	8	21	41	1.83
89760568--89760716	80	1.9	81	85	7	214	28	7	22	42	1.80
89760748--89760945	81	2.4	81	89	0	288	38	7	24	29	1.82
89760748--89760933	27	6.9	27	84	2	221	38	6	23	30	1.81
89766598--89766822	124	1.8	124	86	1	326	31	10	23	35	1.88
89766817--89766946	40	3.3	39	80	6	154	22	24	29	23	1.99
89771201--89771244	21	2.1	21	95	0	79	22	15	31	29	1.95
89774769--89775087	18	17.3	18	70	10	133	36	14	11	36	1.83
89774769--89775087	36	8.6	36	70	10	151	36	14	11	36	1.83
89774958--89775021	8	7.0	10	70	25	61	35	10	10	42	1.75
89775156--89775275	59	2.1	56	81	7	134	38	25	20	15	1.92
89775304--89775338	6	5.8	6	93	0	52	42	17	22	17	1.88
89775522--89775561	21	2.0	21	85	9	57	42	15	0	42	1.46
89776806--89776850	19	2.4	18	86	13	65	0	33	0	66	0.92
89777826--89778125	145	2.1	143	98	1	573	22	10	29	38	1.87
89778766--89778896	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
89786822--89786934	31	3.7	31	83	5	117	26	23	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89786958--89787049	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
89787194--89787290	26	3.8	26	97	2	180	23	22	26	26	2.00
89788097--89788159	27	2.3	27	89	5	92	22	25	19	33	1.97
89788301--89788440	54	2.6	53	82	7	183	31	9	21	37	1.85
89788219--89788494	27	10.1	27	78	6	146	34	9	18	37	1.83
89788228--89788440	81	2.6	81	74	7	189	32	8	19	39	1.82
89788301--89788505	54	3.8	54	81	3	171	36	8	20	35	1.83
89788392--89788621	81	2.9	81	82	3	205	40	9	20	29	1.83
89788418--89788628	27	7.9	27	83	7	232	40	8	23	27	1.83
89788634--89788723	27	3.3	27	84	3	101	32	11	16	40	1.84
89788654--89788732	27	2.9	27	84	5	97	34	10	15	40	1.81
89792396--89792727	43	7.7	43	83	2	398	28	23	20	28	1.99
89793023--89793066	21	2.1	21	100	0	88	0	56	20	22	1.42
89794438--89794635	71	2.8	70	91	3	285	33	17	28	20	1.95
89794472--89794635	71	2.3	71	98	0	319	34	17	28	18	1.94
89800770--89800810	21	1.9	22	90	5	66	39	31	7	21	1.81
89801785--89801924	41	3.5	40	89	2	208	22	21	21	35	1.96
89809883--89809913	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
89817421--89817562	40	3.5	40	82	3	117	28	23	26	21	1.99
89817460--89817572	40	2.8	39	86	5	145	23	23	28	23	2.00
89818988--89819102	45	2.5	46	84	7	144	34	9	28	26	1.88
89819172--89819256	40	2.2	40	84	2	109	17	22	31	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89819904--89819942	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
89828650--89828798	43	3.5	43	76	9	142	27	26	19	26	1.99
89832759--89832907	40	3.9	37	81	11	156	26	22	27	23	2.00
89832798--89832948	40	3.9	37	80	10	142	22	22	29	25	1.99
89832800--89832948	77	1.9	77	83	2	192	22	22	30	24	1.99
89840870--89840970	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
89840870--89841052	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
89850817--89850873	26	2.2	26	100	0	114	28	22	7	42	1.80
89851012--89851143	43	3.1	42	73	6	131	30	25	18	25	1.98
89851019--89851178	85	1.9	85	81	5	198	27	26	20	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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