genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.430.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  430  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131610021--131610073	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
131610320--131610606	137	2.1	137	96	0	529	24	19	24	31	1.98
131611326--131612421	132	8.3	132	86	1	1356	28	19	24	27	1.99
131611597--131612202	45	13.7	45	65	8	224	27	19	25	27	1.99
131612233--131612420	44	4.3	43	75	11	157	31	19	22	26	1.98
131614299--131614350	26	1.9	26	84	7	68	30	11	1	55	1.46
131614416--131614458	14	3.1	13	75	18	50	30	2	0	67	1.03
131614533--131614584	27	2.0	27	84	3	70	34	5	5	53	1.49
131614620--131614676	28	2.1	27	81	12	64	31	10	1	56	1.44
131614629--131614689	29	2.1	30	90	6	99	31	4	0	63	1.15
131614637--131614693	14	4.0	14	74	19	55	26	7	0	66	1.17
131616317--131616382	31	2.1	31	97	0	123	43	13	18	24	1.86
131616720--131616746	12	2.2	12	100	0	54	0	7	0	92	0.38
131617701--131617738	18	2.1	18	85	9	51	52	5	13	28	1.61
131618734--131618842	26	4.2	26	89	2	166	33	4	23	37	1.76
131618734--131618842	51	2.1	52	91	1	175	33	4	23	37	1.76
131622158--131622231	29	2.5	29	82	4	85	27	13	12	47	1.78
131624067--131624353	137	2.1	137	96	0	529	32	24	18	24	1.97
131624549--131624589	22	1.9	21	90	5	64	51	19	14	14	1.77
131626141--131626248	26	4.2	26	87	2	155	37	23	5	33	1.78
131626141--131626248	52	2.1	52	91	0	171	37	23	5	33	1.78
131628914--131628974	31	2.1	27	82	11	68	37	16	1	44	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131628912--131628984	29	2.4	31	77	11	80	39	15	1	43	1.55
131633736--131633843	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
131638915--131638967	26	2.0	26	85	7	72	24	16	22	35	1.95
131640453--131640560	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
131652298--131652469	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
131652290--131652465	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
131654848--131654936	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
131654848--131654927	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
131654859--131654936	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
131657891--131658062	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
131657883--131658058	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
131660649--131660682	16	2.1	16	100	0	68	29	14	5	50	1.67
131660725--131661405	75	8.7	75	86	8	846	33	16	17	33	1.92
131661713--131661785	29	2.4	31	80	11	89	39	20	1	38	1.61
131661999--131662035	14	2.8	14	88	8	51	70	16	5	8	1.30
131662243--131662282	18	2.2	18	86	0	53	5	12	7	75	1.18
131666279--131666393	27	4.3	26	86	5	140	36	22	24	16	1.94
131666279--131666393	54	2.1	54	87	3	160	36	22	24	16	1.94
131671614--131671726	54	2.1	54	85	3	147	38	22	22	16	1.93
131671614--131671726	27	4.2	26	84	5	127	38	22	22	16	1.93
131671829--131671900	26	2.8	24	83	12	72	31	9	22	36	1.87
131673332--131673467	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131673969--131674029	31	2.0	31	83	0	77	59	3	6	31	1.39
131673797--131674015	3	74.0	3	73	6	135	58	1	8	31	1.36
131674220--131674343	3	42.7	3	70	13	73	61	1	8	29	1.34
131674220--131674296	17	4.3	18	77	12	72	63	1	5	29	1.24
131674775--131674858	26	3.2	26	93	0	141	34	4	23	36	1.76
131676342--131676394	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
131679163--131679219	22	2.5	22	97	2	105	22	10	15	50	1.74
131681809--131681845	19	1.9	19	88	0	56	62	0	2	35	1.10
131682841--131682949	26	4.2	26	92	1	184	35	5	22	35	1.78
131684731--131685152	136	3.1	136	97	0	799	24	18	24	32	1.97
131686448--131686513	25	2.7	25	77	15	75	63	3	4	28	1.29
131686696--131686733	16	2.5	15	91	4	58	63	0	5	31	1.17
131686812--131686844	12	2.7	13	90	9	52	63	0	0	36	0.95
131686917--131686994	21	3.6	23	89	10	80	62	6	0	30	1.20
131686938--131686994	3	18.7	3	96	3	105	64	1	0	33	1.04
131686996--131687051	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
131688879--131688913	14	2.5	14	90	0	52	62	2	11	22	1.41
131688759--131688990	90	2.6	91	81	4	269	37	19	15	27	1.92
131688934--131689210	76	3.7	73	84	8	339	32	18	16	31	1.94
131688934--131689211	73	3.8	74	83	8	352	32	18	16	31	1.94
131689214--131689370	74	2.2	72	87	3	224	36	17	16	29	1.92
131689052--131689370	165	1.9	166	93	2	552	36	17	16	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131690151--131690260	45	2.5	44	86	8	145	14	25	15	44	1.84
131701404--131701434	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
131701952--131701989	16	2.5	15	91	4	58	63	0	5	31	1.17
131702155--131702193	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
131702214--131702265	3	17.0	3	96	4	95	65	1	0	32	1.04
131702824--131702872	2	24.5	2	100	0	98	0	0	48	51	1.00
131708706--131708740	18	2.0	18	94	5	63	57	5	8	28	1.52
131709482--131709544	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
131709511--131709540	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
131711054--131711168	27	4.3	26	85	5	140	36	22	23	17	1.95
131711054--131711168	54	2.1	54	87	3	160	36	22	23	17	1.95
131712789--131712898	26	4.2	25	89	6	166	38	21	4	35	1.74
131713252--131713430	99	1.8	99	92	0	304	30	29	16	24	1.96
131717292--131717345	18	2.9	18	81	13	65	38	20	16	24	1.92
131729241--131729272	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
131729539--131729563	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
131731410--131731440	16	1.9	16	100	0	62	12	19	16	51	1.76
131733400--131733439	12	3.3	13	83	13	50	65	2	5	27	1.27
131733619--131733703	3	28.3	3	100	0	170	67	0	0	32	0.91
131734833--131734874	21	2.0	21	85	0	57	9	50	0	40	1.35
131735206--131735301	49	2.0	49	82	0	120	27	20	29	22	1.99
131736850--131736914	34	2.0	34	84	6	89	30	26	16	26	1.97
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131738745--131738827	26	3.2	26	94	1	141	36	24	4	34	1.77
131738754--131738828	25	3.1	22	86	7	78	37	25	4	33	1.75
131744503--131744585	26	3.2	26	93	3	141	36	24	4	34	1.77
131750263--131750345	26	3.2	26	94	1	141	36	24	4	34	1.77
131750272--131750346	25	3.1	22	86	7	78	37	25	4	33	1.75
131753703--131753812	26	4.2	26	92	0	184	33	5	24	36	1.79
131753703--131753812	52	2.1	52	100	0	220	33	5	24	36	1.79
131755296--131755348	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
131757608--131757666	22	2.7	23	82	14	72	57	0	5	37	1.21
131757810--131757875	18	3.9	17	76	18	59	63	1	3	31	1.19
131757822--131757872	16	3.1	17	77	13	52	64	1	1	31	1.15
131757897--131757937	11	3.5	12	81	15	50	60	0	0	39	0.96
131757894--131757987	28	3.2	28	77	18	70	62	2	4	30	1.26
131757808--131758157	23	14.4	23	68	20	116	60	1	4	33	1.23
131764164--131764449	136	2.1	137	95	0	511	32	24	18	24	1.97
131766238--131766373	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
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131772376--131772451	30	2.5	30	80	4	82	39	0	2	57	1.12
131776824--131777064	120	2.0	120	95	2	430	32	23	6	37	1.80
131777482--131777643	26	6.2	26	93	0	261	36	23	6	33	1.80
131778828--131778875	24	2.0	24	91	0	78	12	18	16	52	1.75
131779019--131779064	19	2.4	19	85	7	58	39	13	26	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131782742--131782779	17	2.2	17	86	9	51	13	7	42	36	1.73
131786633--131786947	43	7.3	43	81	6	300	31	22	18	27	1.97
131786618--131786946	86	3.8	86	84	5	362	30	22	18	28	1.98
131787808--131787845	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
131790873--131791043	87	2.0	87	96	0	315	23	11	28	36	1.89
131791942--131792001	27	2.2	27	85	5	77	41	15	8	35	1.77
131791957--131792055	27	3.7	27	81	5	103	39	19	10	31	1.85
131792060--131792209	27	5.6	27	83	1	176	28	22	8	41	1.82
131792134--131792381	27	9.1	27	79	5	142	36	18	9	34	1.84
131792060--131792210	54	2.8	54	83	2	196	29	21	7	41	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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