genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  182  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57241280--57241455	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
57241277--57241447	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
57244397--57244465	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
57244388--57244475	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
57246852--57247027	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
57246849--57247019	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
57251169--57251381	46	4.6	45	76	10	130	26	18	27	27	1.98
57251217--57251385	49	3.6	48	79	8	170	26	18	27	27	1.98
57254054--57254203	40	3.8	40	83	5	169	29	22	25	23	1.99
57254050--57254237	40	4.8	38	77	9	155	28	22	25	23	1.99
57257730--57257937	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
57257731--57257937	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
57259780--57259804	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
57260295--57260351	30	1.9	30	88	0	87	33	38	17	10	1.84
57264286--57264321	17	2.1	17	100	0	72	38	25	11	25	1.88
57271969--57272098	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
57281634--57281738	40	2.6	40	78	3	104	27	21	24	25	2.00
57283389--57283539	39	3.9	39	93	0	257	23	29	25	20	1.99
57287837--57288128	47	6.1	47	88	3	386	32	11	29	26	1.91
57287936--57288013	25	3.2	25	65	23	67	29	8	30	30	1.88
57288099--57288235	46	3.0	46	79	4	168	36	8	29	26	1.85
57293137--57293287	39	3.9	39	94	0	266	23	30	25	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57295614--57295800	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
57295637--57295800	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
57295637--57295834	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
57302603--57302789	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
57302626--57302789	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
57302626--57302823	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
57303600--57303731	71	1.9	70	83	7	171	21	28	16	34	1.95
57314554--57314828	43	6.4	43	78	7	292	29	15	25	29	1.96
57314554--57314820	128	2.1	128	84	2	349	29	15	24	29	1.96
57314547--57314828	85	3.3	85	84	4	347	29	15	25	30	1.96
57319501--57319545	21	2.2	20	92	7	74	20	24	35	20	1.96
57320786--57320836	27	1.9	26	84	11	68	21	7	0	70	1.12
57327360--57327570	27	7.9	27	72	6	135	36	18	16	27	1.93
57327446--57327608	79	2.0	80	85	3	222	33	16	17	31	1.93
57331470--57331655	40	4.7	40	89	5	261	24	21	27	26	1.99
57331470--57331688	80	2.8	80	83	8	270	25	21	26	26	1.99
57339689--57339874	40	4.7	40	89	5	261	24	21	27	26	1.99
57339689--57339907	80	2.8	80	83	8	270	25	21	26	26	1.99
57343267--57343296	14	2.1	14	100	0	60	46	26	6	20	1.75
57344851--57344985	47	2.8	48	87	2	200	25	23	25	25	2.00
57344945--57345016	37	1.9	37	85	0	99	26	19	23	30	1.98
57346408--57346479	34	2.1	36	89	5	112	40	25	1	33	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57346442--57346672	30	7.7	29	67	18	107	42	17	2	37	1.62
57346451--57346516	34	1.9	34	84	6	89	39	19	3	37	1.67
57346529--57346698	87	2.0	87	92	2	288	42	15	2	38	1.60
57346595--57346645	22	2.4	22	90	3	77	41	15	0	43	1.47
57346535--57346735	87	2.3	87	86	1	269	44	17	1	36	1.60
57346709--57346777	22	3.1	22	80	0	75	39	15	0	44	1.47
57346679--57346856	96	1.9	96	87	0	266	44	17	0	37	1.53
57346770--57346819	22	2.3	22	89	3	75	52	18	2	28	1.56
57346804--57346856	22	2.4	22	83	0	70	41	15	0	43	1.46
57346890--57346956	22	2.8	24	80	11	75	41	20	2	34	1.68
57347004--57347073	35	2.0	36	88	2	106	45	24	0	30	1.53
57347427--57347456	16	1.9	15	93	6	51	63	0	3	33	1.11
57347443--57347484	21	2.0	21	85	0	57	59	2	2	35	1.23
57357386--57357467	29	2.9	28	83	8	103	30	13	13	42	1.82
57363133--57363235	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
57372257--57372451	24	8.1	24	96	0	336	20	17	25	36	1.94
57380603--57380774	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
57380627--57380798	67	2.7	64	77	7	195	27	16	30	24	1.97
57385281--57385456	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
57385277--57385448	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
57387033--57387089	30	1.9	30	89	7	89	43	7	22	26	1.78
57387816--57387998	63	2.8	64	77	9	194	29	16	30	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57398358--57398386	15	1.9	15	100	0	58	20	24	13	41	1.89
57407476--57407516	20	2.0	20	100	0	82	43	14	19	21	1.87
57420656--57420711	29	2.0	28	85	3	76	32	28	8	30	1.88
57425018--57425117	29	3.5	29	74	6	96	26	30	16	28	1.96
57425353--57425387	16	2.2	16	89	0	52	5	17	22	54	1.64
57429453--57429561	29	3.8	29	75	8	89	23	30	17	28	1.97
57429460--57429572	58	2.0	57	82	1	136	24	28	15	30	1.96
57429786--57429839	16	3.5	15	80	5	63	9	16	20	53	1.70
57429788--57429826	8	4.9	8	80	0	51	5	15	23	56	1.59
57429788--57429838	24	2.1	24	85	0	66	7	15	19	56	1.63
57431059--57431090	16	2.0	16	93	0	55	15	6	28	50	1.68
57433023--57433206	40	4.6	39	77	6	147	28	23	26	22	1.99
57441178--57441318	40	3.6	39	80	7	142	26	22	28	22	1.99
57441178--57441288	39	2.8	39	83	8	134	27	22	27	21	1.99
57443933--57444052	35	3.4	35	86	2	141	25	16	15	41	1.88
57444397--57444434	17	2.1	19	85	9	53	28	7	18	44	1.78
57444878--57444993	58	2.0	58	94	0	205	31	13	12	43	1.81
57446750--57446898	42	3.5	42	79	6	140	24	18	25	31	1.97
57446750--57446908	43	3.7	43	75	7	144	23	17	25	32	1.97
57450004--57450077	34	2.2	34	83	9	89	24	24	22	28	2.00
57450506--57450540	17	2.0	18	94	5	63	22	45	20	11	1.82
57452524--57452773	50	5.0	50	77	5	227	30	26	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57452530--57452817	151	1.9	148	85	6	391	31	26	15	26	1.96
57452924--57452964	20	2.0	20	90	0	64	41	14	9	34	1.79
57455497--57455538	21	2.0	21	95	0	75	35	23	7	33	1.82
57459212--57459241	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
57459456--57459687	50	4.7	50	76	8	240	29	25	18	26	1.98
57466713--57466738	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
57470530--57470631	43	2.4	42	79	12	111	28	20	23	27	1.99
57475123--57475320	40	4.9	40	87	4	260	30	20	25	23	1.99
57475123--57475367	40	6.1	40	83	8	184	29	20	25	24	1.99
57475123--57475367	120	2.0	120	80	9	277	29	20	25	24	1.99
57475123--57475367	80	3.1	81	83	9	229	29	20	25	24	1.99
57479670--57479733	28	2.3	28	83	5	76	21	18	34	25	1.96
57480050--57480469	27	15.7	27	82	3	420	38	19	10	32	1.85
57480421--57480514	27	3.5	27	88	2	118	37	15	17	29	1.91
57480534--57480575	21	2.0	22	85	4	59	28	7	19	45	1.76
57483331--57483748	27	15.7	27	82	6	403	38	18	10	32	1.85
57483565--57483774	54	3.9	54	80	7	151	38	18	10	32	1.85
57483701--57483790	27	3.3	27	83	6	85	37	16	17	27	1.92
57498597--57498634	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
57504909--57504946	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
57507732--57507763	13	2.4	13	94	5	55	40	21	9	28	1.84
57510252--57510302	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57520195--57520373	39	4.5	39	92	2	261	31	29	20	18	1.96
57521390--57521419	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
57522850--57523021	46	3.7	45	74	7	166	30	26	20	22	1.98
57522855--57523025	93	1.8	93	91	0	279	30	27	20	21	1.98
57523442--57523501	30	2.0	30	86	0	84	33	23	6	36	1.81
57525923--57526110	40	4.7	40	89	3	290	26	28	21	23	1.99
57533882--57534108	40	5.7	40	90	5	336	25	27	22	24	1.99
57533882--57534108	79	2.9	79	90	2	350	25	27	22	24	1.99
57533882--57534108	119	1.9	119	90	5	361	25	27	22	24	1.99
57540162--57540418	39	6.5	39	89	1	363	30	28	21	19	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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