genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  97  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29443400--29443455	25	2.2	25	83	0	67	14	10	7	67	1.40
29443785--29443829	23	2.0	22	86	8	63	44	4	4	46	1.43
29446295--29446336	21	2.0	21	100	0	84	38	14	28	19	1.90
29458559--29458692	66	2.0	66	100	0	268	38	11	21	28	1.89
29458834--29458858	13	1.9	13	100	0	50	0	0	8	92	0.40
29464932--29464965	16	2.1	16	88	0	50	0	32	0	67	0.91
29467233--29467274	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
29470128--29470264	50	2.8	48	72	6	123	29	13	29	26	1.94
29470085--29470267	49	3.7	49	71	7	138	32	14	27	25	1.94
29470458--29470493	17	2.1	17	89	0	54	72	5	0	22	1.05
29478518--29478550	1	33.0	1	100	0	66	0	0	0	100	0.00
29480623--29480658	18	2.0	18	100	0	72	33	22	22	22	1.97
29481911--29481958	17	2.8	17	81	9	53	62	2	0	35	1.07
29498564--29498591	13	2.2	13	100	0	56	21	0	0	78	0.75
29498563--29498601	18	2.2	18	86	9	53	20	2	2	74	1.06
29509107--29509152	23	2.0	23	100	0	92	30	21	17	30	1.96
29510730--29510775	23	2.0	23	91	0	74	23	10	23	41	1.86
29515118--29515178	24	2.5	24	86	5	79	34	29	16	19	1.94
29519630--29519673	20	2.4	19	82	17	58	4	22	0	72	1.02
29521817--29521859	10	4.3	10	85	8	52	76	0	23	0	0.78
29523965--29524006	18	2.3	19	79	4	50	61	7	4	26	1.42
29531406--29531473	33	2.1	33	97	0	127	11	20	17	50	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29531419--29531477	18	3.4	18	68	13	61	11	20	18	49	1.79
29543403--29543520	40	3.0	40	92	0	191	23	17	28	29	1.97
29545555--29545604	26	1.9	26	91	0	82	18	24	24	34	1.96
29547930--29548010	23	3.6	23	78	9	78	37	9	16	37	1.81
29547929--29548019	23	4.0	22	72	14	69	38	12	15	34	1.84
29547947--29548036	46	2.0	46	82	8	112	40	11	15	33	1.83
29553683--29553713	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
29557090--29557248	47	3.4	45	68	17	117	26	20	30	22	1.98
29558109--29558226	55	2.2	54	83	7	150	22	25	27	23	2.00
29564544--29564745	47	4.3	47	72	14	157	25	19	32	22	1.97
29564576--29564791	94	2.3	92	81	6	231	26	18	30	25	1.98
29565599--29565717	55	2.2	55	80	5	134	25	25	25	24	2.00
29566225--29566275	19	2.9	17	71	23	52	78	1	15	3	0.99
29567437--29567519	29	2.9	29	100	0	166	30	14	28	26	1.95
29567433--29567568	59	2.3	58	82	5	159	27	15	31	25	1.96
29576107--29576273	40	4.2	40	82	2	176	24	26	22	26	2.00
29583310--29583477	40	4.2	40	82	1	176	24	26	22	26	2.00
29586900--29586937	16	2.3	17	86	4	51	23	21	31	23	1.98
29598536--29598705	27	6.3	27	83	0	214	24	22	18	34	1.96
29598551--29598704	81	1.9	81	90	0	245	22	20	20	35	1.96
29602309--29602395	44	2.0	44	95	0	156	18	19	29	32	1.96
29612525--29612562	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29614176--29614244	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
29620490--29620527	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
29628643--29628791	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
29628684--29628791	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
29632075--29632286	80	2.7	79	88	3	309	26	27	21	24	1.99
29632095--29632279	40	4.6	41	88	4	261	25	28	21	24	1.99
29635582--29635782	40	5.1	40	88	3	282	24	27	23	23	2.00
29639393--29640268	439	2.0	439	99	0	1725	34	20	10	34	1.87
29640771--29640966	40	4.9	40	93	1	333	27	26	22	22	2.00
29642343--29642368	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
29655140--29655209	23	2.8	25	76	14	72	24	15	11	48	1.78
29655578--29655611	7	4.9	7	86	13	52	41	0	0	58	0.98
29658161--29658207	20	2.3	20	96	0	85	34	34	8	23	1.85
29660954--29661185	49	4.7	49	77	3	221	30	25	16	26	1.97
29664251--29664437	50	3.8	50	76	6	154	24	26	18	30	1.98
29668328--29668553	48	4.7	49	76	11	207	27	18	27	26	1.98
29668320--29668553	95	2.4	98	85	4	296	27	17	27	27	1.98
29670884--29671067	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
29670924--29671112	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
29680362--29680444	29	2.9	29	100	0	166	30	14	28	26	1.95
29680358--29680493	59	2.3	58	82	5	159	27	15	31	25	1.96
29690092--29690140	22	2.2	23	85	3	64	38	10	18	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29690089--29690195	23	4.7	23	75	11	94	33	13	15	37	1.86
29690182--29690620	105	4.2	105	90	0	675	32	7	16	44	1.75
29691016--29691130	36	3.2	36	72	4	97	24	20	20	34	1.96
29691113--29691373	74	3.6	73	81	1	265	24	21	22	31	1.99
29691181--29691436	36	7.1	36	63	7	115	23	22	22	31	1.99
29691010--29691538	72	7.3	72	75	5	340	25	22	20	31	1.98
29693431--29693462	7	4.6	7	100	0	64	12	0	28	59	1.34
29694336--29694405	27	2.5	28	88	2	106	27	12	27	32	1.93
29697904--29697951	25	1.9	25	86	0	69	37	22	14	25	1.92
29697998--29698054	11	5.5	11	70	16	50	36	10	17	35	1.84
29697988--29698054	20	3.3	20	85	0	98	35	10	19	34	1.86
29698105--29698244	23	6.0	23	88	5	192	25	22	22	29	1.99
29698438--29698501	31	2.1	31	87	0	92	39	17	20	23	1.92
29700370--29700545	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
29700366--29700537	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
29702646--29702734	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
29702646--29702725	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
29702657--29702734	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
29705624--29705795	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
29705616--29705791	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
29712616--29712663	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
29712711--29712768	11	5.6	11	72	15	61	37	13	17	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29712700--29712768	20	3.5	20	87	0	102	36	13	18	31	1.89
29712816--29712919	23	4.4	24	91	3	158	27	21	22	28	1.99
29712820--29712911	47	2.0	46	93	2	157	23	22	21	31	1.98
29713127--29713190	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
29715327--29715843	48	10.9	48	92	2	837	30	28	6	34	1.83
29715327--29715843	238	2.2	238	97	0	971	30	28	6	34	1.83
29715327--29715850	142	3.7	143	94	2	860	30	28	6	34	1.83
29723769--29723797	15	1.9	15	100	0	58	31	0	13	55	1.39
29725331--29725556	40	5.7	40	81	4	217	22	27	23	26	2.00
29726380--29726425	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
29734565--29734651	37	2.3	36	92	5	138	27	33	18	20	1.96
29734718--29734941	49	4.6	49	96	2	407	29	30	9	29	1.89
29737712--29737809	41	2.4	41	80	11	112	25	24	25	24	2.00
29738554--29738825	40	6.8	40	97	0	481	26	30	20	23	1.98
29740711--29740797	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
29740868--29741167	49	6.1	49	97	0	557	31	31	8	29	1.87
29744884--29745005	60	2.0	60	100	0	244	31	6	19	41	1.77
29746109--29746198	47	1.9	47	90	0	144	33	13	26	26	1.93
29746178--29746217	19	2.1	19	95	0	71	32	12	27	27	1.93
29746131--29746264	66	2.0	66	95	0	241	32	11	28	26	1.92
29746197--29746373	47	3.8	47	94	0	309	32	10	29	26	1.90
29746197--29746393	94	2.1	94	91	3	290	31	10	30	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29746403--29746523	46	2.6	46	82	2	154	36	8	30	24	1.85
29746526--29746552	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
29747873--29747910	20	1.9	20	94	0	67	26	7	5	60	1.46
29749382--29749419	19	2.0	19	100	0	76	47	21	0	31	1.51
29767183--29767281	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
29778391--29778491	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
29782029--29782205	40	4.5	40	83	4	180	23	25	22	28	1.99
29792844--29792985	40	3.5	39	81	9	126	23	30	23	22	1.99
29800930--29801155	40	5.7	40	81	4	217	22	27	23	26	2.00
29801977--29802022	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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