genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  219  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67957478--67957664	80	2.3	80	78	13	197	26	24	26	22	2.00
67959347--67959406	30	2.0	30	100	0	120	26	13	10	50	1.73
67959587--67959628	17	2.5	17	100	0	84	21	21	30	26	1.98
67962738--67962892	45	3.5	45	91	1	242	27	29	22	20	1.99
67963707--67963848	47	3.0	46	92	1	230	43	13	14	28	1.83
67967029--67967207	67	2.9	62	77	11	188	29	17	30	22	1.96
67973564--67973788	49	4.7	48	90	3	310	33	9	29	27	1.88
67978352--67978550	45	4.5	45	81	5	235	28	26	19	26	1.99
67979037--67979062	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
67979333--67979471	47	3.0	47	92	1	217	46	12	12	28	1.78
67986629--67986729	34	2.9	34	80	4	105	33	21	20	23	1.97
67998019--67998054	15	2.4	15	95	0	63	66	8	0	25	1.19
67998010--67998054	3	15.3	3	81	4	56	66	6	0	26	1.16
67998056--67998103	21	2.3	22	79	17	57	43	0	2	54	1.12
67999150--67999187	10	3.8	10	80	13	51	42	0	2	55	1.14
68005413--68005627	49	4.4	49	96	0	403	29	9	31	29	1.88
68005729--68005850	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
68009388--68009426	21	1.9	20	84	5	51	33	2	20	43	1.65
68013225--68013376	67	2.3	69	79	11	181	32	15	28	23	1.95
68014782--68014957	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
68014778--68014949	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
68019731--68019894	40	4.1	40	81	4	170	25	28	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68019731--68019894	80	2.0	80	82	2	195	25	28	21	25	1.99
68027841--68028004	40	4.1	40	81	4	170	25	28	21	25	1.99
68027841--68028004	80	2.0	80	82	2	195	25	28	21	25	1.99
68030297--68030367	27	2.7	26	91	2	115	23	15	18	42	1.88
68031622--68031752	50	2.6	52	80	3	158	38	11	14	35	1.82
68031749--68031819	36	2.0	36	83	8	92	54	14	8	22	1.66
68034118--68034279	26	6.3	26	87	3	215	29	22	19	29	1.98
68034121--68034279	78	2.1	74	89	4	237	28	22	18	30	1.97
68034329--68034384	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
68034341--68034405	5	13.4	5	75	15	57	33	20	6	40	1.77
68034329--68034385	20	2.8	20	97	0	105	33	19	10	36	1.86
68041495--68041593	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
68058823--68058891	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
68058814--68058893	30	2.7	30	82	7	99	11	17	15	56	1.67
68063915--68064014	47	2.1	47	86	0	137	33	10	29	28	1.89
68063984--68064119	50	2.7	50	98	0	263	36	6	25	31	1.82
68064269--68064413	37	3.9	37	93	1	238	22	19	32	25	1.97
68065553--68065729	46	3.9	44	75	11	167	22	20	27	29	1.98
68065550--68065721	93	1.8	93	88	0	263	21	21	28	28	1.99
68073654--68073679	8	3.2	8	100	0	52	50	11	11	26	1.73
68075879--68076042	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
68075879--68076076	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68083517--68083657	46	3.1	45	72	11	135	29	31	18	21	1.97
68086817--68086993	90	2.0	90	93	2	302	32	4	22	40	1.74
68091216--68091398	50	3.7	48	84	4	222	26	18	25	29	1.98
68091227--68091414	99	1.9	100	85	6	265	27	17	25	30	1.97
68091722--68091794	36	2.0	36	100	0	146	42	8	21	27	1.81
68091722--68091778	18	3.2	18	65	9	53	47	7	21	24	1.75
68094373--68094518	40	3.7	39	82	1	148	24	26	22	26	2.00
68101536--68101681	40	3.7	39	84	1	157	24	27	22	25	2.00
68101568--68101719	40	3.8	40	84	5	164	23	25	23	28	1.99
68104311--68104362	25	2.1	25	96	0	95	23	17	28	30	1.97
68104336--68104529	40	4.9	40	85	4	250	23	23	28	24	2.00
68112015--68112092	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
68113961--68114033	29	2.5	29	93	0	101	26	31	15	27	1.95
68122465--68122537	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
68136367--68136407	20	2.1	20	86	4	57	43	9	7	39	1.65
68150140--68150371	68	3.5	64	78	8	184	25	28	15	29	1.96
68150836--68150896	30	2.0	30	83	0	77	29	22	8	39	1.83
68158866--68158896	10	3.1	10	100	0	62	32	29	9	29	1.89
68160228--68160340	39	2.9	39	95	0	199	20	21	30	28	1.98
68160228--68160371	78	1.8	78	82	2	182	22	21	29	27	1.99
68160228--68160391	78	2.1	78	79	5	172	22	21	28	27	1.99
68161746--68161771	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68163145--68163390	40	6.2	40	92	1	397	23	23	26	26	2.00
68170027--68170156	40	3.2	40	81	2	163	24	26	23	25	2.00
68172977--68173160	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
68173017--68173205	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
68186044--68186095	27	1.9	28	84	7	72	17	21	23	38	1.93
68186140--68186237	27	3.6	27	80	10	108	35	9	15	39	1.79
68186228--68186353	27	4.7	27	84	2	164	29	7	22	40	1.82
68186228--68186383	54	2.9	54	80	3	154	28	10	21	39	1.86
68186373--68186582	81	2.6	81	88	3	300	38	9	24	28	1.86
68186385--68186570	27	6.9	27	89	2	275	38	8	24	28	1.85
68188718--68188893	46	3.8	45	74	10	158	21	18	28	31	1.97
68191818--68191865	15	3.2	15	85	5	62	12	14	14	58	1.64
68191827--68191876	15	3.4	15	83	8	59	10	16	12	62	1.55
68194251--68194424	46	3.8	45	75	12	167	21	19	28	29	1.98
68195911--68196082	55	3.2	55	85	2	224	22	23	18	36	1.95
68196061--68196181	47	2.6	47	90	0	179	27	24	10	37	1.89
68213645--68213760	50	2.4	47	84	5	144	27	22	14	35	1.93
68224647--68224773	40	3.2	40	81	5	125	22	27	22	26	1.99
68231619--68231742	40	3.1	40	80	2	124	21	28	24	25	1.99
68240223--68240324	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
68248084--68248185	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
68252043--68252166	43	2.9	43	83	5	137	22	25	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68257725--68257970	40	6.2	40	90	2	381	28	26	21	23	1.99
68260851--68261026	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
68260847--68261018	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
68268591--68268832	39	6.2	39	89	4	364	27	26	22	23	1.99
68268591--68268839	117	2.1	119	90	6	402	27	26	22	24	1.99
68270209--68270234	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
68271191--68271237	24	2.0	24	86	0	67	42	4	36	17	1.68
68273378--68273423	21	2.1	22	88	4	67	39	52	2	6	1.40
68276602--68276753	39	3.9	39	90	4	225	23	30	21	23	1.99
68282249--68282462	40	5.4	39	82	6	211	27	27	21	23	1.99
68286333--68286435	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
68293251--68293467	40	5.5	40	84	6	239	25	27	22	24	2.00
68301672--68301723	26	2.0	26	100	0	104	38	19	11	30	1.87
68301678--68301739	26	2.4	26	89	5	90	38	20	8	32	1.82
68301763--68301824	27	2.3	27	83	5	72	32	9	22	35	1.87
68304935--68305008	37	2.0	37	97	0	139	16	28	37	17	1.91
68306978--68307104	47	2.7	47	80	6	143	32	18	26	22	1.97
68314544--68314764	47	4.7	47	74	12	195	26	18	30	24	1.97
68314540--68314763	93	2.4	94	78	9	217	26	18	30	24	1.98
68316749--68316929	40	4.6	40	89	2	267	23	20	29	25	1.99
68322513--68322577	33	2.0	33	84	0	85	27	27	16	27	1.97
68323021--68323128	27	4.0	27	75	11	98	34	12	16	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68323026--68323128	54	1.9	54	82	7	129	33	11	16	38	1.85
68323054--68323140	27	3.2	27	83	0	111	29	11	20	37	1.88
68326758--68326907	43	3.5	43	76	2	140	33	24	14	27	1.94
68328111--68328269	43	3.7	43	79	5	160	33	24	12	29	1.92
68330033--68330326	40	7.2	40	89	7	430	22	22	26	28	1.99
68333621--68333648	14	2.0	14	100	0	56	21	28	7	42	1.79
68335372--68335689	46	6.7	48	73	8	219	23	28	19	28	1.98
68335516--68335686	94	1.8	92	83	7	229	22	28	19	29	1.98
68336572--68336596	9	2.8	9	100	0	50	68	20	0	12	1.21
68338729--68338807	25	3.1	25	75	7	86	30	17	17	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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