genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  65  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18731493--18731595	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
18737807--18737872	31	2.2	30	86	2	87	21	30	33	15	1.94
18744095--18744167	35	2.1	35	84	5	94	28	23	20	27	1.99
18748906--18748955	26	1.9	26	100	0	100	70	10	12	8	1.35
18751107--18751160	24	2.2	24	80	6	65	25	16	14	42	1.87
18752421--18752463	21	2.0	21	81	0	50	65	2	30	2	1.18
18763140--18763177	17	2.2	18	86	9	53	31	0	2	65	1.06
18766066--18766216	40	3.8	39	79	8	135	23	27	23	25	2.00
18769735--18769820	43	2.0	43	83	0	109	29	25	31	13	1.94
18771907--18772122	46	4.6	46	81	11	233	28	18	29	23	1.98
18778180--18778351	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
18778175--18778348	46	3.8	46	80	10	201	28	29	21	20	1.98
18778181--18778367	46	4.0	46	72	19	138	27	29	20	21	1.98
18782502--18782653	48	3.1	48	81	5	144	26	25	20	27	1.99
18782523--18782653	50	2.7	48	83	2	145	26	24	20	28	1.99
18786519--18786708	39	4.9	39	93	1	319	21	31	22	24	1.98
18786519--18786709	77	2.4	78	93	1	330	21	31	22	24	1.98
18789965--18790144	38	4.9	37	84	12	239	22	30	22	24	1.99
18789965--18790144	74	2.5	73	90	4	276	22	30	22	24	1.99
18795113--18795296	37	4.9	39	88	9	274	21	31	21	25	1.98
18801025--18801121	31	3.1	31	94	5	178	35	18	14	31	1.91
18804751--18804781	16	1.9	16	93	0	53	16	41	19	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18805715--18805892	48	3.7	47	75	10	153	29	25	17	26	1.98
18810825--18810865	20	2.0	20	85	4	55	56	0	0	43	0.99
18819002--18819312	48	6.5	48	80	4	252	28	16	27	28	1.97
18819002--18819328	96	3.4	96	80	5	349	28	15	27	28	1.96
18819048--18819312	144	1.8	145	83	3	354	28	16	27	27	1.97
18825142--18825169	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
18826297--18826326	15	2.0	15	93	0	51	50	6	3	40	1.45
18838150--18838294	50	2.9	50	83	0	191	21	15	24	37	1.93
18841982--18842029	23	2.1	23	100	0	96	39	8	20	31	1.82
18849700--18849861	89	1.8	88	94	1	288	35	16	12	35	1.86
18850603--18850650	25	1.9	25	87	8	71	41	6	18	33	1.76
18850658--18850934	123	2.3	122	83	5	346	35	11	22	30	1.89
18850830--18851152	141	2.3	141	85	3	409	36	11	21	31	1.88
18850850--18851218	141	2.6	140	81	7	360	37	11	20	30	1.88
18850968--18851343	198	1.9	199	81	5	465	36	10	21	31	1.87
18851168--18851475	141	2.2	141	80	4	320	37	9	19	32	1.84
18856518--18856748	48	4.9	48	74	11	201	29	25	19	26	1.99
18865416--18865474	25	2.4	25	100	0	118	32	23	18	25	1.97
18865536--18865591	11	5.5	11	71	16	57	37	12	17	32	1.88
18865532--18865591	20	3.0	20	92	0	102	36	11	18	33	1.87
18865640--18865838	24	8.4	23	92	3	308	28	22	21	27	1.99
18865640--18865838	47	4.2	47	94	2	319	28	22	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18865640--18865838	71	2.8	70	95	2	344	28	22	21	27	1.99
18866045--18866105	31	2.0	31	93	0	104	32	16	26	24	1.96
18867879--18867985	39	2.7	39	81	13	121	23	25	29	21	1.99
18867835--18868017	40	4.6	39	75	8	129	26	23	27	22	1.99
18867879--18868026	79	1.9	80	81	4	183	22	24	30	22	1.99
18872542--18872605	27	2.4	26	79	5	74	34	15	17	32	1.91
18874677--18874940	40	6.6	40	91	0	395	32	28	21	18	1.96
18874677--18874940	119	2.2	121	90	3	419	32	28	21	18	1.96
18878887--18878924	20	1.9	20	84	10	51	42	0	5	52	1.24
18883224--18883257	6	5.5	6	86	6	50	79	2	0	17	0.86
18887665--18887756	45	2.0	45	100	0	184	63	2	4	30	1.26
18893859--18894026	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
18900107--18900257	42	3.6	42	78	0	158	29	13	25	31	1.94
18907872--18908020	42	3.5	42	81	3	174	28	14	28	28	1.95
18919170--18919201	16	2.0	16	100	0	64	37	12	37	12	1.81
18920544--18920582	20	2.1	19	85	9	53	2	28	17	51	1.59
18928893--18928935	21	2.1	21	82	4	52	30	27	23	18	1.98
18933256--18933286	15	2.1	15	93	0	53	54	9	0	35	1.33
18933496--18933788	38	7.0	38	71	18	192	30	24	15	30	1.95
18933508--18933709	85	2.4	86	98	1	390	29	23	15	31	1.95
18933621--18933759	48	2.9	47	84	5	181	30	23	15	31	1.95
18933551--18933788	133	1.8	131	90	1	386	31	23	14	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18934250--18934385	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
18935871--18935923	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
18938551--18938611	27	2.3	27	80	5	70	40	18	14	26	1.89
18946215--18946242	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
18946994--18947049	28	2.0	28	85	3	76	26	21	33	17	1.96
18946954--18947089	68	2.0	69	84	7	179	25	21	30	23	1.99
18947023--18947124	40	2.6	40	90	4	163	23	21	29	25	1.99
18949625--18949675	25	2.0	25	100	0	102	27	19	3	49	1.66
18954222--18954270	25	2.0	25	95	0	89	63	16	4	16	1.46
18955607--18955703	26	3.8	26	75	11	83	34	19	8	38	1.82
18957591--18957631	20	2.0	20	95	0	73	29	26	4	39	1.77
18957993--18958030	19	2.0	20	84	5	51	50	10	5	34	1.59
18959247--18959297	26	1.9	27	84	4	68	25	3	0	70	1.04
18959313--18959377	18	3.5	19	79	8	71	43	1	3	52	1.26
18959316--18959375	20	3.2	19	83	6	68	38	1	3	56	1.26
18961773--18961802	14	2.1	14	93	0	51	30	0	3	66	1.07
18963140--18963229	44	2.0	44	85	4	119	50	4	8	36	1.54
18963197--18963230	18	1.9	18	88	5	52	55	5	2	35	1.39
18964297--18964334	11	3.7	10	83	16	51	28	28	10	31	1.90
18966737--18966863	40	3.2	40	79	2	121	37	17	18	26	1.93
18968539--18968666	23	5.6	23	80	9	120	23	20	20	35	1.96
18968539--18968667	45	2.8	46	79	12	133	24	20	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18968833--18968873	20	2.0	20	95	0	73	41	4	14	39	1.67
18968842--18968890	20	2.5	20	86	0	62	42	8	16	32	1.77
18973179--18973289	6	17.8	6	71	14	73	48	15	16	19	1.81
18973179--18973289	31	3.5	31	91	1	150	48	15	16	19	1.81
18973426--18973526	53	1.9	53	85	4	141	35	21	23	18	1.96
18973426--18973526	27	3.8	26	89	3	139	35	21	23	18	1.96
18975033--18975071	20	2.0	20	85	10	53	10	33	25	30	1.89
18977094--18977405	27	11.6	27	90	0	453	24	22	21	32	1.98
18977094--18977459	81	4.5	81	81	4	319	25	20	20	33	1.97
18977387--18977568	54	3.4	54	91	1	294	30	8	20	40	1.82
18977387--18977568	27	6.7	27	84	0	238	30	8	20	40	1.82
18982086--18982266	40	4.6	39	82	4	184	28	20	25	24	1.99
18982086--18982287	80	2.5	80	82	4	212	26	20	26	25	1.99
18982163--18982287	40	3.2	40	87	1	180	24	23	28	24	2.00
18990018--18990202	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
18990017--18990223	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
18990016--18990223	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
18992468--18992492	13	1.9	13	100	0	50	40	32	20	8	1.81
18995370--18995526	43	3.7	43	78	6	167	28	13	23	34	1.93
19001480--19001518	12	3.3	12	85	3	53	25	2	2	69	1.14
19001869--19001895	13	2.1	13	100	0	54	48	14	0	37	1.45
19014965--19015009	23	2.0	23	100	0	90	48	4	20	26	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19015516--19015674	28	5.3	28	67	24	101	44	11	8	36	1.70
19015491--19015676	61	3.0	61	100	0	372	43	11	8	37	1.71
19020438--19020586	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
19020479--19020586	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
19027978--19028184	40	5.2	39	84	2	218	25	26	22	25	2.00
19027978--19028182	79	2.6	80	84	3	245	25	26	22	25	2.00
19036029--19036235	40	5.2	39	84	2	218	25	26	22	25	2.00
19036029--19036233	79	2.6	80	84	3	245	25	26	22	25	2.00
19040060--19040110	21	2.4	21	96	0	93	43	33	9	13	1.77
19046404--19046447	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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