Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Please cite: G. Benson, "Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences" Nucleic Acid Research(1999) Vol. 27, No. 2, pp. 573-580. Sequence: Chr06 132263754 Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000 Length: 132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  36  of  433  ( 51894 repeats found )
Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9361299--9361348
24
2.1
24
100
0
100
32
20
0
48
1.50
9363110--9363141
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
9364421--9364464
17
2.5
18
81
7
63
25
0
2
72
0.96
9364406--9364448
21
2.0
22
86
9
61
27
2
0
69
1.00
9365291--9365326
16
2.1
18
90
10
58
50
0
0
50
1.00
9365560--9365600
12
3.5
12
84
15
50
36
2
2
58
1.24
9366721--9366753
16
2.0
17
94
5
59
63
6
6
24
1.40
9370697--9370883
40
4.7
40
80
5
209
27
26
21
25
1.99
9375144--9375208
30
2.2
30
97
0
121
33
27
26
12
1.92
9378686--9378871
79
2.3
81
82
6
218
27
27
20
24
1.99
9378686--9378871
40
4.6
40
82
6
200
27
27
20
24
1.99
9381894--9381980
28
3.1
28
81
6
104
25
12
33
28
1.92
9385942--9386020
29
2.8
28
74
14
81
20
15
35
29
1.93
9389940--9390026
28
3.1
28
83
6
113
25
13
33
27
1.94
9393019--9393084
25
2.6
25
88
4
89
16
30
19
33
1.94
9394895--9394943
23
2.1
23
77
11
55
44
4
14
36
1.64
9395006--9395098
25
3.9
24
73
17
77
56
5
7
30
1.49
9395083--9395147
14
4.5
14
74
18
53
56
3
4
35
1.35
9395093--9395221
25
5.5
24
74
11
99
55
3
5
34
1.41
9395477--9395515
16
2.4
16
86
0
51
43
28
5
23
1.75
9395663--9395756
30
3.1
30
93
0
161
20
6
48
24
1.72
9397819--9398392
286
2.0
286
100
0
1148
38
24
10
27
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9401221--9401257
18
2.1
18
89
0
56
35
5
10
48
1.61
9405509--9405560
15
3.2
15
73
19
50
44
0
1
53
1.11
9405615--9405650
18
1.9
18
88
5
54
58
0
0
41
0.98
9405641--9405696
22
2.6
22
83
5
62
51
0
0
48
1.00
9407532--9407556
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
9408060--9408092
17
1.9
17
93
0
57
54
9
3
33
1.47
9408448--9408516
3
22.3
3
72
11
50
65
4
4
26
1.30
9408472--9408510
15
2.5
15
91
4
60
69
5
2
23
1.21
9409020--9409059
17
2.3
18
86
4
55
10
50
30
10
1.69
9410027--9410083
3
20.0
3
76
16
59
36
0
1
61
1.07
9410198--9410237
16
2.5
16
91
0
62
37
0
2
60
1.11
9411776--9411809
12
2.8
12
83
16
52
41
0
5
52
1.25
9411804--9411862
2
30.0
2
85
10
77
47
0
3
49
1.18
9411920--9411961
18
2.3
18
83
4
57
61
0
38
0
0.96
9413223--9413322
18
5.6
18
76
9
96
39
16
14
31
1.87
9413206--9413322
36
3.3
35
77
10
112
38
17
14
29
1.89
9413222--9413324
54
1.9
54
85
0
143
37
17
13
31
1.89
9413222--9413336
54
2.1
54
83
0
140
38
16
13
32
1.87
9414351--9414395
20
2.3
20
96
3
83
24
17
31
26
1.97
9418766--9418799
12
2.8
12
83
16
52
41
0
5
52
1.25
9420180--9420300
18
6.8
18
81
4
120
38
13
14
33
1.85
9420180--9420328
36
4.2
36
79
5
151
36
13
15
34
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9420196--9420332
54
2.6
54
81
2
170
36
13
14
35
1.85
9420197--9420328
18
7.4
18
76
8
108
36
12
15
36
1.84
9421615--9421677
21
2.9
21
83
4
63
22
25
20
31
1.98
9421636--9421677
21
2.0
21
95
0
75
21
28
21
28
1.99
9422883--9422941
30
2.0
30
89
0
91
18
27
32
22
1.97
9426040--9426075
10
3.7
10
88
7
56
52
5
0
41
1.24
9426970--9427019
22
2.3
22
80
10
59
46
2
2
50
1.24
9432616--9432936
41
7.9
40
84
4
333
33
23
16
26
1.95
9433238--9433300
21
3.0
21
76
2
54
50
23
0
25
1.49
9433238--9433304
28
2.4
28
85
7
82
50
23
0
25
1.49
9433492--9433573
43
2.0
43
82
4
105
29
7
25
37
1.83
9433835--9433873
13
3.0
13
96
0
69
43
7
2
46
1.46
9434434--9434459
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
9434734--9434844
40
2.8
39
77
11
109
40
19
17
22
1.91
9436585--9436632
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
9436671--9436747
9
7.9
9
70
16
55
33
9
22
35
1.85
9436669--9436751
20
4.2
20
95
0
148
34
12
20
32
1.89
9436806--9436922
48
2.5
48
86
10
161
27
21
23
28
1.99
9436805--9436922
23
5.0
24
85
11
163
27
21
22
27
1.99
9437112--9437192
31
2.6
31
88
5
119
34
17
25
22
1.95
9444689--9444736
25
1.9
25
91
0
78
35
25
14
25
1.94
9444775--9444831
9
5.9
9
73
15
51
35
8
21
35
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9444773--9444835
20
3.2
20
95
0
117
36
12
19
31
1.89
9444889--9445030
23
6.0
24
88
7
202
27
21
23
28
1.99
9444889--9445030
48
3.0
48
85
9
202
27
21
23
28
1.99
9445225--9445304
31
2.6
31
86
7
110
35
17
25
22
1.95
9448829--9448910
31
2.5
33
80
7
96
14
2
19
63
1.41
9448989--9449137
43
3.5
42
96
1
262
24
34
17
23
1.96
9450579--9450640
17
3.5
17
80
8
79
66
0
30
3
1.08
9458018--9458052
18
1.9
18
88
11
54
45
0
0
54
0.99
9461041--9461171
69
1.9
69
83
4
169
35
9
11
43
1.74
9466741--9466775
17
2.1
17
100
0
70
22
11
20
45
1.82
9474673--9474704
16
2.0
16
100
0
64
43
0
18
37
1.51
9475241--9475265
13
1.9
13
100
0
50
52
8
8
32
1.60
9476639--9476692
19
2.8
19
85
0
81
31
29
16
22
1.96
9476682--9476753
19
3.8
20
75
14
62
25
20
22
31
1.98
9488692--9488740
24
2.0
24
96
0
89
26
4
14
55
1.57
9497351--9497394
20
2.2
20
84
8
54
43
15
2
38
1.60
9501879--9501964
6
13.1
7
83
9
55
59
6
0
33
1.24
9501917--9501965
3
16.3
3
100
0
98
67
0
0
32
0.91
9502614--9502652
16
2.5
15
84
8
51
0
28
7
64
1.21
9502614--9502669
15
3.7
15
77
15
53
1
25
5
67
1.21
9502692--9502728
3
12.3
3
100
0
74
67
0
0
32
0.91
9502845--9502889
18
2.4
19
88
7
65
55
0
0
44
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9502845--9502897
18
3.0
17
76
13
54
54
0
0
45
0.99
9515954--9516008
18
2.8
21
81
16
80
34
16
32
16
1.91
9521182--9521332
43
3.5
43
75
5
135
28
15
21
34
1.94
9525390--9525517
39
3.3
39
90
4
188
24
21
28
25
1.99
9525389--9525552
78
2.1
78
79
6
181
24
20
28
26
1.99
9533406--9533512
39
2.7
39
85
2
142
27
20
28
24
1.99
9533412--9533541
40
3.3
40
86
3
165
24
22
27
25
2.00
9537094--9537143
9
5.6
9
82
0
64
46
18
8
28
1.77
9537163--9537203
6
6.5
6
89
10
64
17
0
2
80
0.82
9537163--9537200
14
2.9
13
92
7
60
18
0
2
78
0.86
9538037--9538066
12
2.5
12
88
0
51
23
26
16
33
1.96
9543369--9543432
24
2.6
25
76
19
71
0
42
0
57
0.98
9543380--9543419
13
3.0
13
82
7
53
0
40
0
60
0.97
9543539--9543566
7
4.0
7
100
0
56
42
57
0
0
0.99
9548851--9548947
47
2.1
47
100
0
194
30
16
25
26
1.97
9550245--9550406
43
3.8
41
77
5
119
30
12
23
33
1.91
9555223--9555255
11
2.9
12
86
13
52
66
0
0
33
0.92
9555542--9555577
6
5.8
6
93
3
54
16
27
0
55
1.42
9556065--9556174
56
2.1
52
82
14
129
24
17
21
36
1.94
9558785--9558891
26
4.2
26
91
2
180
36
24
7
31
1.83
9558785--9558891
51
2.1
52
94
1
189
36
24
7
31
1.83
9560203--9560388
90
2.1
90
96
0
345
30
9
24
36
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9562114--9562161
25
2.0
24
84
12
62
35
2
2
60
1.20
9562566--9562595
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
9564606--9564673
28
2.4
29
83
7
79
20
25
11
42
1.86
9568901--9569078
55
2.9
61
83
13
242
29
17
14
37
1.90
9569151--9569405
45
5.6
44
70
18
139
29
17
24
29
1.97
9569195--9569369
93
1.8
95
84
7
239
29
17
24
29
1.97
9569644--9569727
44
1.9
44
80
9
100
26
11
30
30
1.92
9571566--9571596
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
9574232--9574275
13
3.3
13
76
17
54
36
0
11
52
1.38
9574225--9574279
27
2.0
27
100
0
110
32
0
14
52
1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433