Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  330  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
103173490--103173847
27
13.3
27
84
4
472
26
22
10
40
1.86
103173852--103174047
27
7.3
27
88
0
257
36
18
18
26
1.94
103174189--103174219
16
1.9
16
93
0
53
29
19
16
35
1.93
103174246--103174328
27
3.1
26
87
5
112
19
21
21
37
1.94
103174416--103174474
22
2.7
22
81
0
64
20
25
22
32
1.98
103174639--103174712
27
2.8
27
85
6
89
17
24
21
36
1.95
103174855--103174949
6
15.8
6
77
16
99
21
15
12
50
1.77
103174856--103174970
18
6.8
17
70
22
73
20
16
13
50
1.77
103174855--103174949
30
3.2
30
91
5
156
21
15
12
50
1.77
103174832--103174925
30
3.6
25
80
17
102
21
17
12
48
1.79
103174830--103174949
24
5.0
24
79
14
115
21
16
12
49
1.79
103181701--103181949
40
6.2
40
89
2
376
25
24
28
21
1.99
103189874--103190123
40
6.2
40
90
1
385
25
24
28
22
1.99
103193352--103193481
46
3.0
42
80
8
100
29
18
29
23
1.98
103193354--103193570
97
2.3
90
79
11
226
28
18
29
22
1.98
103199855--103200113
46
5.5
46
76
10
197
30
16
29
23
1.97
103200091--103200213
47
2.6
47
80
7
124
26
17
27
28
1.97
103201290--103201336
5
9.4
5
95
0
85
0
36
0
63
0.94
103204167--103204344
40
4.5
40
87
3
236
23
24
28
24
2.00
103208322--103208529
40
5.2
40
81
2
193
25
23
25
25
2.00
103208324--103208529
80
2.6
80
84
3
245
25
23
26
25
2.00
103214831--103215008
40
4.5
40
86
6
229
24
23
28
24
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
103216507--103216552
23
2.0
23
87
8
67
69
15
2
13
1.28
103218898--103218942
2
22.5
2
90
0
72
44
2
0
53
1.13
103228250--103228417
40
4.2
40
79
1
158
22
27
23
26
2.00
103228266--103228415
80
1.9
80
84
5
205
21
27
24
26
1.99
103239918--103241164
623
2.0
624
98
1
2414
27
22
17
32
1.96
103241907--103242056
40
3.8
40
77
12
148
22
27
24
26
1.99
103241907--103242055
80
1.9
79
84
6
203
21
27
24
26
1.99
103249864--103250030
40
4.2
40
77
2
149
22
26
23
26
2.00
103249880--103250028
80
1.9
79
83
6
194
21
26
24
27
1.99
103257121--103257151
16
1.9
16
93
0
53
51
6
0
41
1.27
103261120--103261155
19
1.9
19
94
5
65
8
11
8
72
1.29
103263505--103263544
18
2.2
18
95
0
71
67
0
7
25
1.16
103263505--103263574
18
3.8
18
75
5
68
62
2
5
28
1.32
103263561--103263628
29
2.4
28
85
7
84
61
1
4
32
1.24
103263695--103263727
11
3.1
11
91
4
50
30
3
0
66
1.06
103263877--103263951
29
2.6
28
77
10
71
36
0
0
64
0.94
103263964--103264141
88
2.0
89
82
5
218
35
8
16
38
1.79
103265100--103265332
49
4.7
50
83
2
299
25
19
27
28
1.99
103273114--103273291
47
3.8
47
84
3
191
25
14
27
32
1.95
103285178--103285203
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
103291858--103291919
32
2.0
32
87
3
90
38
16
6
38
1.74
103293256--103293304
19
2.5
20
78
18
57
32
6
0
61
1.21
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
103294105--103294144
10
4.0
10
80
0
53
67
2
0
30
1.04
103296093--103296126
16
2.2
16
89
5
52
82
5
8
2
0.93
103297035--103297084
3
16.3
3
88
12
75
34
0
0
66
0.92
103299204--103299255
26
2.0
26
100
0
104
46
30
11
11
1.76
103300428--103300467
21
2.0
20
90
5
62
40
10
0
50
1.36
103301360--103301614
130
1.9
132
86
1
361
30
18
17
33
1.94
103301360--103301701
130
2.6
129
81
4
355
28
18
17
34
1.94
103301592--103301832
131
1.8
131
80
3
288
26
17
18
36
1.93
103313368--103313612
132
1.9
132
98
0
472
27
22
24
26
2.00
103313962--103314006
17
2.6
16
80
13
54
75
2
4
17
1.07
103315734--103315773
21
2.0
20
90
5
62
40
10
0
50
1.36
103316666--103317001
130
2.6
130
81
3
383
28
18
18
34
1.95
103322132--103322351
47
4.7
48
74
16
180
27
20
28
24
1.99
103322180--103322287
46
2.4
44
84
7
128
27
19
27
25
1.99
103326900--103326942
18
2.4
18
80
3
52
39
9
20
30
1.84
103329704--103329975
46
5.8
48
72
15
178
27
20
29
22
1.98
103331131--103331171
22
1.9
21
85
5
55
12
39
26
21
1.89
103334090--103334134
20
2.2
20
88
0
63
40
4
6
48
1.49
103334086--103334126
20
2.0
20
95
0
73
41
0
7
51
1.30
103335966--103336011
21
2.2
21
88
3
67
23
8
19
47
1.77
103336716--103336766
21
2.4
21
100
0
102
9
9
27
52
1.65
103359414--103359467
23
2.4
23
87
6
76
37
5
7
50
1.54
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
103359779--103359854
26
2.8
26
76
7
71
47
2
1
48
1.24
103359888--103359934
3
15.7
3
100
0
94
68
31
0
0
0.90
103360355--103360386
12
2.7
12
100
0
64
65
9
25
0
1.22
103361268--103361315
23
1.9
24
84
16
62
35
6
2
56
1.36
103361403--103361471
3
23.3
3
71
14
54
27
4
4
63
1.32
103361411--103361457
18
2.7
18
84
12
62
25
4
6
63
1.36
103361538--103361567
14
2.1
15
93
6
53
26
6
3
63
1.35
103362640--103362679
18
2.2
18
90
0
62
7
7
25
60
1.50
103364837--103364876
19
2.0
20
86
13
57
62
0
0
37
0.95
103366819--103366924
28
3.7
27
74
19
90
27
27
18
26
1.98
103366822--103366960
60
2.3
60
84
10
178
26
25
20
27
1.99
103370860--103370965
28
3.7
28
72
19
83
29
26
16
27
1.97
103370994--103371033
20
2.0
20
85
9
55
27
20
20
32
1.97
103377400--103377576
48
3.7
48
78
7
180
19
19
27
33
1.96
103380742--103380789
24
2.0
24
91
0
78
43
2
0
54
1.12
103382548--103382637
42
2.1
42
87
0
126
18
30
23
27
1.98
103384154--103384321
40
4.2
40
78
1
158
23
26
23
26
2.00
103384170--103384319
80
1.9
80
84
2
203
22
26
24
26
2.00
103388927--103388966
21
1.9
21
100
0
80
17
27
20
35
1.95
103392201--103392367
40
4.2
40
82
2
185
25
27
21
25
1.99
103392201--103392367
80
2.1
79
83
7
205
25
27
21
25
1.99
103393192--103393237
17
2.5
19
74
22
53
34
23
17
23
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
103398946--103398978
4
8.5
4
93
6
59
75
0
24
0
0.80
103399732--103399842
47
2.4
47
84
6
154
25
16
23
35
1.95
103406326--103406363
20
1.9
20
88
0
58
5
18
2
73
1.14
103409284--103409321
2
19.0
2
88
0
58
47
2
2
47
1.30
103409425--103409634
56
3.8
56
92
0
339
26
17
24
31
1.97
103409425--103409665
56
4.3
55
87
4
324
26
16
24
31
1.96
103413553--103413612
30
2.0
31
87
9
88
33
1
45
20
1.61
103414147--103414189
20
2.2
20
91
8
70
11
25
23
39
1.88
103414241--103414303
20
3.2
19
75
4
54
11
30
20
38
1.87
103414241--103414325
40
2.1
40
86
4
118
11
31
18
37
1.87
103417964--103418111
48
3.1
48
70
13
126
26
25
16
31
1.97
103424370--103424444
31
2.5
31
82
2
89
49
4
5
41
1.44
103424389--103424451
31
2.0
31
93
0
108
42
4
7
44
1.54
103425496--103425534
14
2.8
14
96
0
69
20
20
10
48
1.78
103427838--103427898
30
2.0
30
83
0
77
39
4
24
31
1.77
103428632--103428815
67
2.8
64
76
8
185
29
16
30
23
1.96
103429902--103429926
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
103432603--103432671
26
2.7
26
81
4
86
27
21
27
23
1.99
103440018--103440167
40
3.8
40
94
0
273
24
20
28
27
1.99
103440032--103440203
80
2.2
80
88
0
245
23
20
28
26
1.99
103442488--103442867
188
2.0
187
84
2
485
33
15
22
29
1.94
103444244--103444370
42
3.0
42
85
6
161
29
25
14
30
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
103444483--103444625
31
4.6
31
89
3
209
25
27
18
27
1.98
103444601--103444726
48
2.6
49
85
10
168
25
22
15
36
1.94
103447119--103447286
40
4.2
40
80
3
178
25
23
27
24
2.00
103449510--103449640
29
4.5
29
88
0
163
29
15
31
23
1.95
103457615--103457745
29
4.5
29
88
0
163
29
15
31
23
1.95
103460667--103460769
29
3.6
29
89
2
145
28
15
32
24
1.95
103468516--103468646
29
4.5
29
93
0
208
27
15
32
24
1.95
103468516--103468703
87
2.2
86
80
5
200
25
15
34
25
1.95
103472639--103472737
28
3.6
26
80
9
99
28
16
25
30
1.96
103475241--103475266
12
2.2
12
100
0
52
30
15
38
15
1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433